[제 목] ① 이 건 ①토지와 이 건 ②토지상의 착공일을 사실상 지목변경일로 볼 수 있는지 여부 및 취득일 현재 삭제된「경기도 도세 감면조례」제13조 제1항을 적용하여 취득세를 감면할 수 있는지 여부 ② 이 건 ③토지의 재산세 납세의무성립일 현재 삭제된「안성시 시세 감면조례」제10조를 적용하여 재산세를 감면할 수 있는지 여부 [조심2016지0034(2016.11.30)]/경정

[결정요지] ① 청구법인은 구도세감면조례 제13조 제1항이 삭제(2011.12.31.)되기 전인 2009.1.30. 및 2010.7.5. 지목변경공사를 착공함으로써 이 건 ①토지 및 이 건 ②토지의 취득(지목변경)과 밀접하게 관련된 직접적인 행위로 나아간 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인의 신뢰보호를 위하여 현행도세감면조례의 부칙조항에 따라 구도세감면조례를 적용하여 취득세 등(농어촌특별세)을 감면하는 것이 타당함. 다만,「지방세기본법」(2014.1.1. 법률 제12152호로 개정된 것) 제53조의3에 따라 2014.1.1. 이후 납세의무가 성립한 부분에 대한 과소신고가산세 부과처분은 타당하다 할 것임. ② 2011.12.31. 법률 제11138호로 일부개정된 「지방세특례제한법」 부칙 제8조의 경우, 2015년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재까지 해당 부칙을 개정하거나 삭제하는 명시적 조치가 없었을 뿐만 아니라 「지방세특례제한법」의 전부개정 또한 없었던 점 등에 비추어 이 건 ③토지에 대하여「지방세특례제한법」(2011.12.31. 법률 제11138호로 일부개정된 것) 부칙 제8조를 적용하여 2015년도 재산세를 면제하는 것이 타당함.

[관련법령] 「지방세특례제한법」(2011.12.31. 법률 제11138호로 일부개정된 것) 제78조 및 부칙 제8조
[주 문] 부과처분은 OOO(2011.12.26. 조례 제4295호로 전부개정되기 전의 것) 제13조 제1항에 따른 감면규정을 적용하여 그 과세표준과 세액을 경정한다(2014.1.1. 이후 취득세 납세의무 성립분에 대하여 가산한 가산세는 제외).
[이 유] 1. 처분개요
가. 청구법인은 2014.8.14. 및 2014.10.16. OOO을 신고·납부하였다.
나.처분청은 청구법인에 대한 세무조사 결과, 이 건 ①토지 및 이 건 ②토지의 지목변경에 따른 각 취득가액인 OOO을 부과·고지하였다.
다.또한,처분청은 2015년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 청구법인이 소유하고 있는 제4산업단지 내 OOO을 2015.9.14. 청구법인에게 부과·고지하였다.
라. 청구법인은 이에 불복하여 2015.12.4. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 이 건 ①토지 및 이 건 ②토지의 지목변경에 대한 취득세는 OOO 제13조 제1항에 의거 면제되어야 한다.
(가) OOO 제13조 제1항의 지방공사 등에 대한 감면조항은 2011.12.26. 삭제되었는바, 이 건 토지는 해당 조항이 삭제되기 전인 2010.7.5. 착공하여 지목이 사실상 변경되었으므로 삭제되기 전 구도세감면조례에 따라 취득세가 면제되어야 한다.
(나) 각 사업준공일을 지목변경일로 본다 하더라도 신뢰보호의 원칙에 따라 구도세감면조례에 의거 취득세가 면제되어야 한다.
청구법인은 이 건①토지 및 이 건 ②토지 일대가 2008년 제4산업단지 및 원곡물류단지 개발사업에 대한 예정지구로 지정되기 전부터 지방공사 등에 대한 취득세 등을 감면받아 왔는바, 비록 OOO(2011.12.26. 조례 제4295호로 전부개정된 것, 이하 “현행도세감면조례”라 한다)의 전부개정으로 지방공사 등에 대한 취득세 감면조항이 폐지되었다 하더라도 경과조치로 현행도세감면조례 부칙 제3조 제1항에서 “이 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”고 규정하고 있으므로 이 건 ①토지 및 이 건 ②토지에 대하여도 이 규정에 따라 구도세감면조례 제13조 제1항의 규정을 적용하여 취득세를 면제하여야 한다.
더욱이, 청구법인은 이 건 ①토지 및 이 건 ②토지상에 구도세감면조례 제13조 제1항이 삭제되기 전인 2010.7.5 착공하여 2013년 준공하였는바, 기존 판례의 입장은 현행도세감면조례의 시행 후에 과세요건이 완성된 경우에도 종전 규정을 적용하여 납세의무자의 정당한 신뢰를 보호하는 것이 타당하다는 것이므로 처분청이 이 건 ①토지 및 이 건 ②토지에 대하여 지목변경 취득세 등을 부과한 처분은 신뢰보호의 원칙에 위배된다.
(2) 2011.12.31. 법률 제11138호로 일부개정된「지방세특례제한법」부칙 제8조 제2호에서 “지방공사가 이 법 시행 전에 분양한 부동산에 대해 해당 지방공사에 부과하는 재산세는 면제한다”고 규정하고 있는바,「안성시 시세 감면 조례」(2012.3.8. 조례 제858호로 전부개정되기 전의 것, 이하 “구시세감면조례”라 한다) 제10조가 삭제되기 전인 2011.3.15. 제4산업단지 내의 토지 549,732.8㎡ 중 366,942㎡(이하 “이 건 ③토지”라 한다)를 OOO에게 분양하였으므로 청구법인이 소유하고 있는 이 건 ③토지에 대한 재산세는 면제되어야 한다.
또한, OOO(2012.3.8. 조례 제858호로 전부개정된 것, 이하 “현행시세감면조례”라 한다)가 2012.3.8. 개정되면서 부칙 제3조에서 “이 조례 시행 전에 종전의 시세감면조례에 따라 감면받은 지방세의 추징에 관하여는 종전의 시세감면조례에 따른다”고 규정하고 있으므로 이 경과규정에 의해서라도 이 건 ③토지에 대한 재산세는 감면되어야 한다.
나. 처분청 의견
(1) 이 건 ①토지의 준공인가일은 2014.6.26.(제1공구) 및 2014.9.30.(제2공구)이고, 이 건 ②토지의 준공인가일은 2014.12.15.인바, 지목변경에 따른 취득세 납세의무성립일은 사실상 토지사용이 가능한 건축허가일로 판단하여야 할 것이고, 건축허가일을 취득일로 하여「지방세특례제한법」제78조 제1항 및 제71조 제1항의 규정을 적용하는 것이 타당하므로 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 적법하다.
한편, 구도세감면조례 제13조 제1항에서 지방공사가 고유의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다고 규정하였다가 해당 규정이 「지방세특례제한법」(2011.12.31. 법률 제11138호로 개정된 것) 제85조의2의 규정으로 이관되었고, 조세형평과 재정확충을 위하여 감면율을 축소하면서 사업시행자의 기득권 보호를 위하여 별도의 부칙조항을 신설하지 않은 이상, 2012년 이후 취득세 납세의무가 성립된 부동산에 대하여는「지방세특례제한법」제85조의2에 따른 지방공사에 대한 감면규정을 적용하여야 할 것이다.
또한, 「지방세특례제한법」이 2015년에 개정되어 산업단지에 대한 감면율을 축소하면서 부칙 제25조에 “제78조 제1항에 따라 사업시행자와 2015년 12월 31일 까지 분양계약을 체결한 경우는 이 법 개정법률에도 불구하고 2017년 12월 31일까지 종전 법률을 적용한다”라고 부칙조항을 신설하여 기존 감면 형태를 유지한 사례와 같이 지방공사의 감면을 유지하기 위해 부칙조항을 신설하여 적용하였어야 함에도 현행도세감면조례 부칙 제3조 제1항에서 “이 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”고 규정함으로써 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 종전 규정을 적용할 경우가 있다 하더라도 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한, 설사 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수 없는 것인바, 이는 2011.12.31. 이전에 취득세 납세의무가 성립한 경우에 한하여 종전의 조례를 적용한다는 의미로 보는 것이 합리적이라 할 것이다.
(2) 청구법인은 전부개정된 현행시세감면조례의 부칙에서 일반적 경과조치 규정을 두고 있음을 이유로 해당 조례 개정 이후에 납세의무가 성립된 재산세를 감면하여야 한다고 주장하나, 이 건 ③토지에 대한 2015년 토지분 재산세 과세기준일 현재의 현행시세감면조례에는 지방공사 등에 대한 감면 규정이 없으며, 다른 특별한 경과규정도 찾아볼 수 없으므로 이 건 재산세 등의 부과처분은 정당하다.
시세의 과세 또는 면제에 관한 조례가 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과규정을 두어 납세의무자에게 유리한 종전 조례를 적용하도록 하고 있는 경우에는 종전 조례를 적용해야 할 것이지만, 개정 조례 부칙에서 종전의 규정을 개정 조례 시행 후에도 계속 적용한다는 경과규정을 두지 않은 이상, 다른 특별한 사정이 없는 한 법률불소급의 원칙상 개정 전후의 조례 중에서 납세의무가 성립한 당시에 시행되는 조례를 적용하여야 할 것이다.
지방공사 등에 대한 재산세 감면 규정은 전국 공통의 감면 규정으로 구시세감면조례(2010.12.31. 조례 제818호로 개정된 것)에 규정되어 있었으나 해당 감면조항이 2011.12.31. 일몰됨과 동시에 「지방세특례제한법」으로 이관됨에 따라 2012.1.1.부터 시행되는 현행시세감면조례에는 지방공사 등에 대한 감면 규정이 삭제되었으며, 현행 시세감면조례 제894호 부칙 제3조에서 “이 조례 시행 전에 종전의OOO에 따른다”는 규정만 있을 뿐 “이 조례 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과하였거나 부과하여야 할 시세에 대하여는 종전의 예에 의한다”라는 일반적 경과규정을 두고 있지 아니하고, 이 건 ③토지에 대한 2015년도 재산세 납세의무가 성립 당시의 감면조례인 현행시세감면조례에도에도 지방공사 등에 대한 감면 규정이 없으며, 다른 특별한 경과규정도 찾아볼 수 없으므로 재산세 등을 감면하여 달라는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다.
또한, 청구법인은 「지방세특례제한법」(2011.12.31. 법률 제11138호로 일부개정된 것) 부칙 제8조 제2호 규정에 따라 2015년 재산세(토지분)를 감면하여야 한다는 주장이나, 재산세는 매년 납세의무가 성립되기 때문에 감면규정의 엄격해석 논리에 따라 신의성실의 원칙을 적용하지 않으며, 신의성실의 원칙을 적용한다 하더라도 개정된 법의 본칙조항의 적용례는 오로지 그 개정된 법에서 정한 부칙조항의 규정에 따라 결정해야 할 것이고, 나중에 개정된 본칙조항에 그대로 적용 시킬 수는 없는 것으로, 「지방세특례제한법」이 2014.1.1. 법률 제12175호로 지방공기업 등에 대한 감면규정인 제85조의2 제1항이 개정되면서 ‘주택사업, 토지개발사업용 부동산은 감면대상에서 제외’하고 과세전환되었으므로 제11138호로 개정된 「지방세특례제한법」 부칙 제8조는 본칙조항의 개정으로 감면대상에서 제외되어 효력을 상실했다고 보아야 할 것이다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
(1) 이 건 ①토지와 이 건 ②토지상의 착공일을 사실상 지목변경일로 볼 수 있는지 여부 및 취득일 현재 삭제된 OOO제13조 제1항을 적용하여 취득세를 감면할 수 있는지 여부
(2) 이 건 ③토지에 대하여 2011.12.31. 개정된 「지방세특례제한법」부칙 제8조를 적용하여 재산세를 감면할 수 있는지 여부
나. 관련 법령 등 : 생략
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실들이 확인된다.
(가) 청구법인은 「지방공기업법」에 따라 OOO가 100% 출자하여 1997.12.1. 설립한 지방공사로서 택지개발, 공공주택산업, 산업단지조성 등을 위하여 부동산을 취득, 공급하는 사업을 영위하고 있다.
(나) 청구법인은 OOO와 각 부지조성공사도급계약을 체결하여 2010.9.27. 및 2010.7.5. 이 건 ①토지와 이 건 ②토지에 지목변경공사를 착공하여 공사를 진행한 사실에는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다.
(다) 한편, 청구법인(매도인)은 2011.3.15. OOO는 계약금은 2011.3.18., 중도금은 2011.9.15.～2015.9.15. 청구법인에게 납부하였다.
(라) 청구법인은 제4산업단지와 원곡물류단지 조성사업이 각 완료(2014.8.14. 및 2014.10.16., 2014.12.17.)됨에 따라 이 건 ①토지에 대하여는 「지방세특례제한법」제78조 제1항의 산업단지 등에 대한 감면규정, 이 건 ②토지에 대하여는 「지방세특례제한법」제71조 제1항의 물류단지 등에 대한 감면규정에 의하여 처분청으로부터 취득세 등을 각 감면받았으며, 해당 감면을 받으면서 감면세액의 20%에 해당하는 농어촌특별세를 각 신고·납부하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.
(가)토지의 지목이 사실상 변경된 것을 취득세의 과세대상인 취득으로 보기 위하여는 우선 그 토지의 주된 사용목적 또는 용도에 따라 구분되는 지목이 사실상 변경되어야 하므로 단지 공사에 착공하였다는 것만으로 지목이 변경되었다고 보기는 어렵고 최소한 변경될 지목으로서의 기능을 사실상 발휘할 수 있음이 객관적으로 인정되어야 할 것이므로 청구법인이 주장하는바와 같이 이 건 토지상에 공사를 착공하였다는 사실만으로는 지목이 변경되었다고 할 수 없어 지목변경공사 착공 당시의 법령을 적용하기는 어렵다 할 것이다.
(나) 이 건 토지와 같이지방공사 등이 그 고유의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산 등에 대하여 취득세 면제를 규정한 「경기도 도세 감면조례」제13조 제1항이 2011.12.26. 경기도 조례 제4295호로 삭제되면서, 그 부칙에서 “이 조례는 2012.1.1.부터 시행하되, 이 조례 시행 당시 종전의규정에 따라 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는종전의 규정에 따른다”고 규정하였으며, 지방공사에 대한 취득세 감면규정은 2011.12.31. 「지방세특례제한법」(법률 제11138호)의 개정으로 감면율을 축소하여신설되었다.
조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에도 그 부칙에서 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 조세에 대하여는 종전의 예에 의한다”는 규정을 두고 있다면 이는 납세의무자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위한 것이므로, 여기서 “종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 조세”에 해당하여 개정 전 법령이 적용되기 위하여는 시행 당시 과세요건이 모두 충족되어 납세의무가 성립하였거나 비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우여야 하고, 이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 개정 전 법령이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용된다 할 것이다.
지방공사 등에 대한 취득세 면제 규정은 1995.1.18. 제정된OOO제13조 제1항이 삭제되기 전까지 조항만 몇 차례 변경되었을 뿐 그 내용은 15년 이상 동일하게 유지되어 온 점, 감면규정이 감면조례에서 삭제되면서 지방공사에게 불리하게 개정되었음에도 해당 부칙조항에서 지방공사의 신뢰보호를 위하여 구도세감면조례의 규정에 따라 감면하여야 할 취득세에 대하여는 종전의 규정에 따르도록 정하고 있으므로, 시행 당시 지방공사가 고유업무에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득과 밀접하게 관련된 원인행위를 한 경우에는 그 원인행위 당시의 구도세감면조례를 적용하는 것이 타당한 점, 청구법인은 구도세감면조례를 신뢰하여 해당 조항을 근거로 사업기간이 5년 이상인 제4산업단지 및 원곡물류단지 개발사업을 진행한 것으로 보이는 점, 실제로 청구법인은 구도세감면조례 제13조 제1항이 삭제(2011.12.31.)되기 전인 2009.1.30. 및 2010.7.5. 지목변경공사를 착공함으로써 이 건 ①토지 및 이 건 ②토지의 취득(지목변경)과 밀접하게 관련된 직접적인 행위로 나아간 것으로 보이는 점 등에 비추어 비록 현행도세감면조례와 「지방세특례제한법」이 시행된 후 이 건 ①토지 및 이 건 ②토지의 취득이 완성되었다 하더라도 청구법인의 신뢰보호를 위하여 현행도세감면조례의 부칙조항에 따라 구도세감면조례를 적용하여 취득세 등(농어촌특별세)을 감면하는 것이 타당하다고 판단된다.
다만, 이 건 취득세(가산세)는 당초 청구법인이 지목변경 취득세에 대한 과세표준을 과소신고한 것에 대하여 신고불성실가산세를 부과(본세는 면제)한 것인바, 「지방세기본법」(2014.1.1. 법률 제12152호로 개정된 것) 제53조의3에서 “납세의무자가 법정신고기한까지 지방세법에 따라 산출한 세액을 신고한 경우로서 신고하여야 할 산출세액보다 과소신고한 경우에는 2014.1.1. 이후 가산세를 가산할 납세의무가 성립하는 분부터 과소신고가산세를 부과한다”고 규정하고 있으므로 2014.1.1. 이후 납세의무가 성립한 분에 대하여 과소신고가산세를 부과한 처분은 타당하다 할 것이다.
(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다.
(가) 「지방세특례제한법」(2011.12.31. 법률 제11138호로 일부개정된 것) 부칙 제8조에서 “이 법 시행 당시 주택사업 또는 토지개발사업을 목적으로 하는 지방공사가 이 법 시행 전에 분양한 부동산에 대해 해당 지방공사에 부과하는 지방세는 제85조의2의 개정규정에도 불구하고 재산세의 100분의 100에 지방자치단체의 주식소유비율을 곱한 금액을 감면한다”고 규정하고 있는바,
부칙의 해석과 관련하여, 법률의 개정 시에 종전 법률 부칙의 경과규정을 개정하거나 삭제하는 명시적인 조치가 없다면 개정 법률에 다시 경과규정을 두지 않았다고 하여도 부칙의 경과규정이 당연히 실효되는 것은 아니고다만, 해당 법령을 전부개정하는 경우에는 구 법률을 계속 적용한다는 특별한 규정이 없는 이상 종전 부칙의 효력도 함께 소멸한다 할 것이다.
2011.12.31. 법률 제11138호로 일부개정된 「지방세특례제한법」 부칙 제8조의 경우, 2015년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재까지 해당 부칙을 개정하거나 삭제하는 명시적 조치가 없었을 뿐만 아니라 「지방세특례제한법」의 전부개정 또한 없었던 점, 더욱이 2014.1.1. 법률 제12175호로 지방공기업에 대한 재산세 등의 감면율을 축소하여 「지방세특례제한법」을 개정하면서 부칙 제6조에 일반적 경과조치규정을 두었다는 것은 종전 부칙 제8조를 배제하지 않겠다는 의도인 점, 이 건 ③토지가 2011.12.31. 전에 분양이 완료된 사실에는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없는 점 등에 비추어 이 건 ③토지에 대하여「지방세특례제한법」(2011.12.31. 법률 제11138호로 일부개정된 것) 부칙 제8조를 적용하여 2015년도 재산세를 면제하는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 ③토지에 대하여 재산세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「지방세기본법」 제123조 제4항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.