[제 목] 청구법인이 지장물 보상비를 마지막으로 지급하여 쟁점수용부동산을 취득할 당시 삭제된 구 「경기도 도세 감면조례」제13조 제1항을 적용하여 취득세를 감면할 수 있는지 여부 [조심2016지0553(2016.11.30)]/경정

[결정요지] 청구법인의 경우 쟁점수용부동산 중 일부에 대하여는 2012.1.1. 이전에 지장물 보상계약을 체결하였으므로 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이르렀다고 볼 수 있는 점 등에 비추어 등에 비추어 해당 부분에 대한 취득세 등의 부과처분은 신뢰보호의 원칙에 위배되는 처분으로서 잘못이 있음.

[관련법령] 「지방세특례제한법」(2011.12.31. 법률 제11138호로 일부개정된 것) 제85조의2,「경기도 도세감면조례」(2011.12.26. 경기도 조례 제4295호로 개정되기 전의 것) 제13조

[참조결정] 조심2015지0423
[주 문] 부과처분은 <별지2>에 기재한 “수용부동산 보상금 지급 및 취득세 등 부과·고지 내역” 중 연번 1부터 25까지에 해당되는 부분은 취소하고, 나머지 심판청구는 기각한다.
<별지2>: 생략
[이 유] 1. 처분개요
가. 처분청은 2015.12.22. 세무조사를 하여 청구법인이 OOO을 2016.1.12. 청구법인에게 부과·고지하였다.
나. 청구법인은 이에 불복하여 2016.4.8. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해 표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는바, 쟁점수용부동산의 취득과 관련하여 청구법인은 지방공사가 취득하는 부동산이 취득세가 면제된다는 구「경기도 도세 감면조례」(2011.12.26. 조례 제4295호로 개정되기 전의 것을 말한다, 이하 “구 도세감면조례”라 한다)를 신뢰하여 2007년부터 2016년말 까지를 사업기간으로 하여 OOO을 시행하였으며, 개정된 OOO부칙 제1조는 이 조례는 2012년 1월 1일부터 시행한다고 규정하면서, 그 제3조 제1항에서 이 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있고, 청구법인은 청구법인이 시행한 OOO과 관련하여 조세심판원으로부터 2011.12.31. 삭제되기 전 구 도세감면조례 제13조 제1항은 지방공사가 2011.12.31. 전에 취득한 부동산 뿐 아니라, 그 전에 공사를 착공한 건축물 및 토지에 대하여도 그 취득시기에 관계없이 취득세를 면제 대상에 해당한다(조심 2015지423·458, 2015.8.15.)는 결정을 받았으므로 처분청의 이 건 취득세 등의 부과처분은 법리해석을 오해한 것이라 취소되어야 한다.
(2) 대법원에서 구 OOO에서 시세의 과세 또는 면제에 관한 조례가 개정된 경우에는 개정 전후의 규정 중에서 납세의무가 성립한 당시에 시행되는 지방세법 또는 조례를 적용하여야 함이 원칙이지만, 개정된 지방세법 또는 조례가 납세의무자에게 불리한 규정을 두어 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과규정을 두어 납세의무자에게 유리한 종전의 규정을 적용하도록 하고 있는 때에는 마땅히 종전의 규정을 적용하여야 할 것이고, 이는 납세의무는 각 세법이 정한 과세요건이 완성된 당시의 법령을 적용한다는 일반원칙에도 불구하고, 위와 같이 기득권 내지 신뢰보호라는 특별한 이유에 근거하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 그대로 적용하여야 한다고 판시하였으며, 대법원에서 납세의무의 성립시기를 전후하여 조세법령이 개정된 경우에 개정 전후의 규정 중에서 납세의무가 성립한 당시에 시행되는 규정을 적용하여야 함은 법률불소급상 당연하다고 할 것이나, 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과규정을 두어 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용하도록 하고 있는 경우에는 마땅히 종전 규정을 적용하여야 한다고 판시하고 있는바, 구 도세감면조례 제13조 제1항이 삭제된 후에 과세여건이 완성된 경우에도 유리한 종전 규정의 적용에 관한 납세의무자의 정당한 신뢰를 보호하기 위하여 종전규정을 적용할 수 있다는 의미로 해석하여야 할 것으로 처분청은 청구법인의 신뢰와 다르게 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과하였고, 이는 청구법인의 이익을 침해한 것이라고 볼 수 있는 점 등에 비추어 쟁점사건의 취득세 면제와 관련한 청구법인의 신뢰는 감면조례를 포함한 지방세 관련 법령의 개폐에 불구하고 보호되어야 할 것이므로 처분청이 청구법인에게 고지 결정한 이 건 취득세 등은 신뢰보호의 원칙에 위배되는 처분으로 처분청의 결정은 취소되어야 한다.
나. 처분청 의견
(1) 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용할 경우가 있다고 하더라도 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한 설사 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수 없다고 할 것이고,지방공사에 대한 취득세 감면규정은 2011.12.31.까지는구 도세감면조례제13조에서 규정하고 있었고, 2012.1.1.부터는「지방세특례제한법」 제85조의2에서 규정하고 있으므로, 청구법인이 2012.1.1. 이후 취득한 쟁점수용부동산 취득에 대한 취득세 감면은 개정된 「지방세특례제한법」에 따라 판단하여야 한다.
(2) 취득세의 과세 또는 면제에 관한 법령이 개정된 경우에 개정 전후의 조례 중에서 납세의무가 성립한 당시에 시행되는 법령을 적용하여야 함은 법률불소급의 원칙상 당연하다고 할 것이나, 법령이 불리하게 개정된 경우에 있어서 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과규정을 두어 납세의무자에게 유리한 종전 조례를 적용하도록 하고 있는 경우에는 마땅히 종전 조례를 적용하여야 하는 것이나, 개정된 「지방세특례제한법」에서 지방공사에 대한 취득세 감면에 대하여 부칙 제8조에서 “이 법 시행 당시 주택사업 또는 토지개발사업을 목적으로 하는 지방공사가 이 법 시행 전에 분양한 부동산에 대해 해당 지방공사에 부과하는 지방세는 제85조의2의 개정규정에도 불구하고 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 감면한다.”고 경과규정을 두고 있으므로, 개정된 「지방세특례제한법」부칙 제8조에 해당하는 경우에는 부칙 규정에 따라 취득세를 감면하고, 그 외의 경우에는 개정 「지방세특례제한법」제85조의2에서 규정한 대로 취득세를 감면하여야 할 것이고, 또한, 2012.1.1. 개정된 「지방세특례제한법」제4조 제1항에서 “지방자치단체는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 3년의 기간 이내에서 지방세의 세율경감, 세액감면 및 세액공제를 할 수 있다. 이 경우 이 법에서 정한 지방세 감면은 추가로 확대할 수 없다.”고 규정하고 있고, 같은 법 제85조의2에서 청구법인과 같은 지방공기업에 대한 감면을 규정하고 있으므로 지방공기업에 대한 감면을 확대하는 조례의 제정·개정규정은 개정된 「지방세특례제한법」제4조 제1항 단서를 위반한 위법한 조례가 된다고 할 것이므로 처분청이 2012.1.1. 이후 취득한 쟁점수용부동산의 쟁점보상비에 대하여 취득세 등을 부과한 처분은 적법하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
청구법인이 지장물 보상비를 지급하여 쟁점수용부동산을 취득할 당시에는 삭제된 구 「경기도 도세 감면조례」제13조 제1항을 적용하여 취득세 등을 감면할 수 있는지 여부
나. 관련 법령 : 생략
다. 사실관계 및 판단
(1)청구법인은「지방공기업법」에 따라 OOO가 100% 출자하여 1997.12.1.설립한 지방공사로 택지개발, 공공주택산업, 산업단지조성 등을 위하여 부동산을 취득·공급하는 사업을 목적으로 하고 있다.
(2) 쟁점수용부동산이 위치한 OOO에 대한 택지개발사업은 2008.7.11. 국토해양부고시 제208-308호로 승인·고시되어 진행 중에 있다.
(3) 청구법인은 OOO을 체결한 후, 보상금 80%를 지급하고, 나머지 유보금 20%는 지장물 철거 후 지급한 것으로 나타난다.
(4) 2011.12.31. 구 도세감면조례가 폐지되기 전에 보상계약을 체결한 후 2012년 및 2013년에 유보금(20%)을 지급한 것은 주식회사OOO인 것으로 나타난다.
(5) 지방공사에 대한 취득세는 구 도세감면조례 제13조 제1항에 따라 전액 면제하였으나, 2011.12.31. 구 도세감면조례 제13조 제1항이 폐지됨과 동시에 「지방세특례제한법」제85조의2 규정이 신설되면서, 기존 100% 면제에서 100분의 75 경감으로 변경되었으며, 2011.12.31. 구 도세감면조례 제13조 제1항 개정 당시 그 부칙 제2조 제1항에서 “이 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.”는 일반적인 경과규정을 두었으나, 2012.1.1. 신설된 「지방세특례제한법」 부칙에서는 경과규정을 두지 아니하였고, 다만, 부칙 제8조에 “이 법 시행 당시 주택사업 또는 토지개발사업을 목적으로 하는 지방공사가 이 법 시행 전에 분양한 부동산에 대해 해당 지방공사에 부과하는 지방세는 제85조의2의 개정규정에도 불구하고 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 감면한다.”고 규정하여 “분양한 부동산”에 대해서만 취득세를 면제하도록 규정하고 있다.
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 쟁점수용부동산은 OOO에 편입된 토지로서 청구법인은 2008.7.11. 사업 지정·고시 이후 구 도세감면조례 제13조 제1항의 감면 규정을 신뢰하여 택지개발사업을 진행하였고 2011.12.31. 그 규정이 삭제되기 전에 지장물 보상계약을 체결하여 쟁점수용부동산 중 일부(<별지1> 기재 중 연번 1～25)를 취득한 것으로 보이는 점, 위 규정이 삭제되면서 그 부칙에 “이 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”는 경과규정을 두고 있어 이를 적용되기 위해서는 삭제 후에 과세요건이 완성되었더라도 개정 전에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아가야 하는 점, 청구법인은 위 연번 1～25의 토지에 대하여는 2012.1.1. 이전에 지장물 보상계약을 체결하였으므로 그 신뢰가 마땅히 보호하여야 할 정도에 이르렀다고 볼 수 있는 점, 나머지 부분(26～31까지)은 2012.1.1. 「지방세특례제한법」이 개정된 이후 그 원인행위(지장물 보상계약)를 하여 취득하였으므로 신뢰보호의 원칙이 적용되기는 어려운 점 등에 비추어 연번 1번부터 25번에 대한 취득세 등의 부과처분은 잘못(조심 2015지423, 2015.8.12., 같은 뜻임)이 있는 반면 나머지 토지는 그러하지 아니하다고 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「지방세기본법」 제123조 제4항과 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.