[제 목] 중소기업으로 창업하여 창업중소기업에 대한 취득세 등을 감면받고 있던 중 벤처기업으로 확인 받아 창업벤처중소기업이 되는 경우 벤처기업 확인받는 날을 새로운 창업일로 보아 추가로 4년간 취득세 등을 감면받을 수 있는지 여부 [조심2015지1267(2016.11.11)]/취소

[결정요지] 청구법인은 그 창업 후 3년 이내에 벤처기업으로 확인받아「조세특례제한법」제6조 제2항에 규정된 창업벤처중소기업에 해당하고, 벤처기업으로 확인받은 날로부터 4년 이내에 이 건 부동산을 취득한 것이므로 이 건 부동산은 같은 법 제120조 제3항에 의한 취득세 면제대상에 해당함.

[관련법령] 「조세특례제한한법」(2012.10.2. 법률 제11486호로 개정되기 전의 것) 제6조 제2항 및 제120조 제3항

[주 문] 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유] 1. 처분개요
가. 처분청은 청구법인이 2012.8.17. OOO을 2015.6.18. 청구법인에게 부과·고지하였다.
나. 청구법인은 이에 불복하여 2015.9.11. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 청구법인은 2008.3.19. 창업한 후, 3년 이내인 2009.9.22. OOO으로부터 벤처기업을 확인받은 창업벤처기업에 해당하므로 벤처기업확인일부터 4년 이내에 취득한 이 건 부동산은 「조세특례제한법」제120조 제3항에 따라 취득세를 감면하여야 한다.
(2) 동일한 과세대상에 대하여 조세를 감면할 근거규정이 둘 이상 존재하는 경우에 어느 하나의 감면규정에 정한 감면요건이 충족되는 경우에는 감면대상으로 보아야 할 것인바, 이 건 부동산은 창업일부터 4년이 경과한 시점에 취득하였으므로 「조세특례제한법」제120조 제3항에서 규정하고 있는 창업중소기업에 대한 감면에는 해당하지 아니하지만, 벤처기업확인일부터 4년 이내에 취득한 부동산으로서 창업벤처기업이 취득한 부동산에 해당하여 같은 규정에 의한 취득세 감면 요건을 충족하고 있으므로 처분청이 이 건 부동산에 대하여 기 감면한 취득세 등을 추징하는 것은 잘못이다.
(3) 처분청이 제시한 「조세특례제한법」제6조 제2항 단서는 창업중소기업으로 법인세를 감면받은 경우에는 창업벤처기업으로 법인세 감면을 제외한다는 규정이므로 이 규정을 「조세특례제한법」제120조 제3항의 취득세 감면 규정에 적용하는 것은 잘못이다.
나. 처분청 의견
(1)「조세특례제한법」제6조에서 창업벤처중소기업에 관하여정의하고 있으므로 ‘창업벤처중소기업’에 해당하는지 여부에 관하여는 법 제6조가 적용된다고할 것이고, 제120조 제3항 소정의 ‘창업벤처중소기업’에 해당 여부도 제6조 규정에 의하여 판단하여야 할 것인바,「조세특례제한법」제6조 제2항의 단서에서 ‘제1항을 적용받는 경우는 제외한다.’고 규정하고 있고, 단서 규정의 경우 1999.8.31. 현행 창업벤처기업에 대한 감면 규정의 신설 당시 함께 도입되었으므로 이는 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 이미 창업중소기업으로서 감면 받은 후 창업벤처중소기업이 되는 경우 중복감면을 제외하고자 하는 취지라고 할 것으로,같은 법 제119조 및 제120조의 지방세 관련 감면규정을 적용함에 있어서도 동일하게 적용하는 것이 타당하다 할 것이며, 취득세 감면기간의 경우 창업중소기업이나 창업벤처기업에 대하여 동일하게 4년으로 규정하고 있을 뿐, 창업벤처중소기업에 대하여 감면 기간이 추가로 연장된다고 규정된 바 없으므로, 창업중소기업으로서 이미 취득세 등을 감면 받은 경우라면 이후에 벤처기업으로 확인 받았다고 하여 추가로 감면 기간을 연장 적용하는 것은 법의 취지를 벗어난다.
(2) 「지방세특례제한법」제180조에서 동일한과세대상에 대하여 지방세를 감면할 때, 둘 이상의 감면규정이 적용되는 경우에는그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다고 규정하고 있으나, 이는 「지방세특례제한법」에서 규정한 감면사항에 대한 적용 규정일 뿐, 「조세특례제한법」의감면조항을 적용함에 있어 적용될 여지는 없으며,설령, 이를 적용한다 하더라도 하나의 과세대상에 대하여 납세의무성립일현재 둘 이상의 감면 조항이 존재하는 경우 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다는 의미라 할 것이고, 이 건 부동산에 대한 납세의무성립일인 2012.8.17.은 창업일로부터 이미 4년이 경과하여 창업중소기업에 대한 감면 규정을 적용할 수 없으므로 둘 이상의 감면 규정이 존재하지 아니하며, 청구법인의 경우와 같이 “창업일” 또는 “벤처기업 확인일” 중 유리한날을 납세의무자가 임의로 선택하여 적용할 수 있다는 의미는 아니라 할 것이므로 처분청의 이 건 취득세 등의 부과처분은 적법하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
중소기업으로 창업하여 창업중소기업에 대한 취득세 등을 감면받고 있던 중 벤처기업으로 확인받아 창업벤처중소기업이 되는 경우 그 확인받는 날을 새로운 창업일로 보아 추가로 4년간 취득세 등을 감면받을 수 있는지 여부
나. 관련 법률 : 생략
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인은 방위사업용 장비부품 제조 및 판매 등을 목적으로 수도권과밀억제권역 외의 지역인경상남도 창원시 소재에서 2008.3.19. 창업한 창업중소기업이다.
(2) 청구법인은 2008.3.19. 창업 후, 4년 이내인 2009.1.16. 사업용재산인 업무용 자동차를 취득하여 「조세특례제한법」제120조 제3항에 따라 처분청으로부터 취득세 등을 감면받았다.
(3) 청구법인은 창업일(2008.3.19.)부터 4년 이내인 2009.9.22. OOO으로부터 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제25조의 규정에 따라 아래 <표2>와 같이 벤처기업 확인을 받았다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, ① 청구법인은 2008.3.19. 창업(법인설립) 후 3년 이내인 2009.9.22. 벤처기업 확인을 받았으므로 「조세특례제한법」제6조 제2항의 규정에 의한 ‘창업벤처중소기업’에 해당하는 점, ② 「조세특례제한법」제119조 제2항 제1호에서 ‘창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날’을 창업일로 보도록 규정하고 있고, 같은 법 제120조 제3항에서 창업벤처중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일(벤처기업을 확인받은 날)부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제한다고 규정하고 있는바, 청구법인은 창업벤처중소기업으로서 벤처기업으로 확인받은 날(2009.9.22., 창업일)부터 4년 이내인 2012.8.17. 이 건 부동산을 취득한 점, ③ 창업중소기업에 해당하여 취득세를 감면받는 것과 창업벤처중소기업에 해당하여 취득세를 감면받는 것은 요건이 다른 점, ④ 취득세를 부과하거나 감면하는 경우에는 당해 부동산의 취득시점을 기준으로 판단하여야 하는 것인바, 청구법인이 2012.8.17. 이 건 부동산을 취득할 당시에는 창업벤처중소기업에 대한 감면에 해당되는지 여부만이 문제가 되므로 이를 살펴보면 되는 것이기 때문에 종전의 창업중소기업 감면요건까지 소급하거나 이를 확대적용하여 감면 여부를 판단하는 것은 불합리한 점, ⑤「조세특례제한법」제6조 2항 단서에서 제1항(창업중소기업)을 적용받는 경우에는 창업벤처중소기업에 대한 감면을 제외한다고 규정하고 있으나 이는 기간과세세목인 소득세 또는 법인세에 대한 과도한 혜택인 중복감면을 배제하겠다는 취지라 행위과세세목인 취득세에 적용되는 규정으로 보기는 어려운 점,⑥「조세특례제한법」제120조 제3항에 따른 ‘창업중소기업’ 및 ‘창업벤처중소기업’에 해당하는지 여부는 같은 법 제6조의 규정에 의하여 판단하여야 하는 것인바, 그 제1항과 제2항 본문의 규정은 ‘창업중소기업’ 및 ‘창업벤처중소기업’에 해당하는지 여부에 대한 정의 규정으로 보아야 하고 창업에 해당하는지 여부 및 취득세 감면대상에 해당하는지 여부는 그 제6항 및 같은 법 제120조 제3항 등에 따라 판단하여야 하는 점 등에 비추어 창업벤처중소기업인 청구법인이 창업일(벤처기업을 확인받은 날)부터 4년 이내에 취득한 이 건 부동산에 대하여 처분청이 기 감면한 취득세 등을 부과·고지한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제123조 제4항과 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.