[지방세특례제도과-3354] 사립학교가 감면받은 부동산을 수익사업에 사용할 경우 취득세 추징여부 판단

사립학교가 감면받은 부동산을 수익사업에 사용할 경우 취득세 추징여부 판단

[지방세특례제도과-3354(2015.12.07)]

<질의>

사립학교에서 2000년 교육용 건축물을 신축하여 교육용으로 사용하였으나 2015년 해당 부동산을 수익사업에 사용할 경우 추징 대상 여부

<회신내용>

○ 사립학교가 2000년 건축물을 신축하여 구「지방세법」제107조제1호에 따라 취득세를 감면받고 현재까지 교육용으로 사용중이고, 이후 2015년 해당 부동산을 수익사업에 사용할 예정이며, 이 경우 「지방세특례제한법」제41조제1항 단서의 추징규정에 따라 감면된 취득세를 추징하여야 하는지에 대한 질의인 바,

○「지방세특례제한법」제41조제1항에서는「초·중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교를 경영하는 자가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하도록 규정하고 있고,

-같은 항 단서에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징하도록 규정하면서 각 호로서 ⅰ) 수익사업에 사용하는 경우 ⅱ) 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 ⅲ) 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우를 규정하고 있음.

○ 또한, 구 「지방세법」(2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제107조 단서 및 제127조제1항 단서에서는 ‘대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일ㆍ등기일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니하는 경우’만을 부과사유로 규정하고 있었다. 그러나 해당 비영리사업자가 해당 부동산을 공익사업 용도로 일시 사용하고 곧바로 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 취득세ㆍ등록세를 비과세하는 취지에 반함에도 그 사용기간에 상관없이 부과할 수 없는 문제가 발생하자, 2000.12.29. 법률 제6312호로 개정된 지방세법은‘그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우’를 부과사유로 추가하였음(대법원 2013.3.28.선고 2012두26678판결 참고).

○ 조세법령의 개정이 있는 경우 개정 전ㆍ후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하는 것이 원칙이라 할 것이나, 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 개정된 법령이 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하여야 할 …세에 대하여는 종전의 규정에 따른다’는 경과규정을 두고 있고, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 감면한다는 등의 내용을 명시적으로 규정한 것으로 볼 수 있다면, 이러한 경과규정은 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용하도록 한 특별규정에 해당하므로, 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하여 종전 규정의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에는 예외적으로 납세의무 성립 당시의 법령이 아니라 그 원인행위가 이루어진 당시의 법령인 종전 규정이 적용된다고 할 것이므로(대법원 2015.9.24. 선고 2015두42152 판결 참고),

○ 비록 「지방세법」 제107조 단서 및 제127조 제1항 단서가 ‘대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우’를 독립된 부과사유로 규정한 것처럼 보일지라도, 위와 같은 개정 경위와 부과사유 상호간의 관계에 아울러, 비과세된 부동산을 그 사용일부터 2년 이상 공익사업의 용도에 직접 사용한 다음 매각하는 경우와의 과세형평, 부동산의 보유기간 동안 매년 부과되는 재산세와 달리 취득세·등록세는 그 부동산을 일정기간 동안 공익사업의 용도에 사용하면 비과세의 목적을 달성할 수 있다고 보는 것이 합리적인 점 등에 비추어 보면 해당 부동산을 2년 이상 공익사업의 용도에 직접 사용하였다면 그 후에 매각하거나 임대 등 다른 용도로 사용하더라도 지방세법 제107조 단서 및 제127조제1항 단서에 규정된 부과사유에 해당하지 아니하여 비과세된 취득세ㆍ등록세를 부과할 수 없는 것으로 판시하고 있음(대법원 2013.3.28.선고 2012두26678판결 참고).

-사립학교가 2000년도에 건축물을 신축하여 취득하고 취득당시 유효하였던 규정을 신뢰하여 해당 건축물을 감면규정에서 정한 일정기간 동안 해당사업의 용도로 사용하였고 이는 감면요건을 충족한 것으로 보아야 할 것이므로, 2015년 용도를 변경하여 수익사업에 사용할 예정인 경우라 하여도 「지방세특례제한법」 제41조제1항 단서에 따른 취득세 추징대상이 아닌 것으로 보는 것이 타당함.

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