2. 항소취지
제1심판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

□ 이 유
1. 처분의 개요
이 법원이 이 부분에 설시할 이유는 아래와 같이 일부 내용을 고치거나 추가하는 것 외에는 제1심판결 이유 제1항 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

○ 제1심판결 제2면 제12행의 “이 사건 취득세등 신고”를 “이 사건 취득세 등 신고”로 고친다.

○ 제1심판결 제2면 아래에서 제2행과 그 이하의 각 “당초 처분”을 각 “당초 증액경정처분”으로 고친다.

○ 제1심판결 제3면 제5, 6행의 “이 사건 처분”을 “이 사건 증액경정처분”으로 고친다.

○ 제1심판결 제3면 제6, 7행 사이에 아래 내용을 추가한다.

『마. 이상과 같은 부과처분 내역을 정리하면 별지1 ‘처분 내역’ 기재와 같다[이하 별지1의 청구취지 확장 부분, 즉 이 사건 취득세 등 신고 세액(A)과 이 사건 증액경정처분 세액(C)에 대한 부과처분을 합쳐 ‘이 사건 전체 부과처분’이라고 한다].』

2. 당사자들의 주장 요지
가. 원고
1) 주위적 주장
가) 원고가 유○○로부터 2014. 12. 16. 취득한 이 사건 토지는 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제120조 제1항 제2호에 정한 ‘중소기업 간의 통합에 의하여 설립되거나 존속하는 법인이 양수하는 해당 사업용 재산’에 해당한다. 따라서 원고가 이 사건 토지를 취득한 행위(이하 ‘이 사건 현물출자’라 한다)에 관하여는 취득세 등이 면제되어야 한다. 그러므로 이 사건 전체 부과처분은 위법하다(조특법상 면제규정 적용 주장, 원고는 이 법원에 이르러 이 주장을 추가하면서 2021. 11. 1. 별지1에서 보는 바와 같이 이 사건 취득세 등 신고 세액에 대해서까지 확장하여 취소를 구하는 청구취지변경신청서를 제출하였다.).

나) 이 사건 특례규정은 2014. 1. 1. 지방자치단체의 조례로 표준세율을 적용하도록 규정하는 경우에 한정하여 중과세율을 적용하지 않는다는 내용으로 원고에게 불리하게 개정되었다. 그러나 신법 부칙 제6조가 일반적 경과조치로 ‘이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다’고 규정하고 있다. 원고는 이 사건 특례규정이 시행될 당시 이를 신뢰하여 대표이사인 유○○로부터 관광호텔업 사업계획을 승계하는 내용의 사업계획승인을 받아 이 사건 토지의 취득으로 나아가는 법적 지위를 취득하고 시공사와 호텔건물을 신축하는 내용의 공사계약을 체결하는 등 이 사건 토지의 취득과 밀접하게 관련된 원인행위에 나아갔다. 따라서 이 사건 토지의 취득에 대해서는 신법 부칙 제6조에 따라 이 사건 특례규정이 적용되어야 한다(이 사건 특례규정 적용 주장).

다) 피고는 수차례 원고에게 이 사건 토지 취득에 대해 중과세율이 적용되지 않는다는 공적 견해를 표명하였고, 원고는 이를 정당하게 신뢰하여 이 사건 토지를 취득하고 표준세율을 적용하여 취득세 등을 신고·납부한 것이다. 그럼에도 피고가 이 사건 증액경정처분을 한 것은 신의성실의 원칙에 반한다(신의성실의 원칙 위반 주장).

2) 예비적 주장
가) 설령 이 사건 전체 부과처분이 위법하다고 볼 수 없더라도, 원고에게는 이 사건 토지에 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 등을 신고·납부하지 않은 것을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다. 따라서 이 사건 증액경정처분 중 가산세를 부과한 부분은 위법하다(가산세 부과처분 위법 주장).

나) 설령 이 사건 증액경정처분에 이 사건 특례규정이 아닌 신법 제54조 제3항이 적용된다고 하더라도, 신법 제54조 제3항이 지방자치단체에 조례로 호텔업용 부동산 취득에 대하여 표준세율을 적용하도록 하는 규정을 두도록 기속 위임을 하고 있음에도 불구하고, 서울특별시가 조례로 이러한 내용을 규정하지 않은 것은 위법하다(입법부작위 위법주장).

나. 피고
이 사건 취득세 등 신고의 법정신고기한이 지난 후 5년의 경정청구기간이 도과한 다음 원고가 이 법원에서 조특법상 면제규정 적용 주장을 추가하면서 이 사건 취득세 등 신고에 따른 세액에 대해서까지 취소를 구하는 취지로 청구취지를 확장하는 것은 허용될 수 없다. 가사 청구취지의 확장이 허용된다고 하더라도, 이 사건 전체 부과처분은 적법하다.

3. 관계 법령
별지2 ‘관계 법령’ 기재와 같다.

4. 판단
가. 조특법상 면제규정 적용 주장에 대한 판단
1) 이 사건 청구취지 변경의 적법 여부에 대한 판단.
증액경정처분이 있는 경우 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립된 존재가치를 잃게 된다고 보아야 할 것이므로, 원칙적으로는 당초 신고나 결정에 대한 불복기간의 경과 여부 등에 관계없이 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되고, 납세의무자는 그 항고소송에서 당초 신고나 결정에 대한 위법사유도 함께 주장할 수 있는 것이며(대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두 17390판결, 대법원 2013. 4. 18. 선고 2010두 11733판결 등 참조), 이 사건 취득세 등 신고에 대하여 불가쟁력이 발생하기 위해서는 그 불복기간이나 경정청구기간이 모두 경과하여야 한다(대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두 12822판결 등 참조).

앞서 본 바에 의하면, 이 사건 취득세 등 신고는 경정청구기간이 도과하기 전 이 사건 당초 증액경정처분에 흡수되었고, 원고는 이 사건 당초 증액경정처분에 대한 불복기간 내에 전심절차를 거쳐 이 사건 소송을 제기하였으므로, 이 사건 소송절차에서 이 사건 취득세 등 신고에 관한 위법사유도 함께 주장하고, 그 세액에 대해서도 취소를 구할 수 있다고 볼 것이다.
따라서 이 사건 청구취지 변경은 적법하다.

2) 조특법상 면제규정 적용 여부에 대한 판단
가) 적용 요건
자산의 양도가 구 조특법 제120조 제1항 제2호, 제31조에 정해진 ‘중소기업 간의 통합’에 의한 것에 해당하여 자산 취득으로 인한 취득세 등을 면제받기 위해서는 해당 거래가 구 조특법 제31조 제2항에 의하여 위임받은 구 조세특례제한법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26070호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법 시행령’이라 한다) 제28조 제1항에 정한 요건을 충족하여야 한다. 구체적으로 위 시행령 제28조 제1항은 ‘사업을 영위하는 중소기업자(중소기업기본법에 의한 중소기업자)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지될 것’(본문)과, ‘통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액)이상일 것’(제2호)을 요구하고 있다. 그리고 과세처분 취소소송에서 이와 같은 비과세요건이나 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다(대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두 4049판결 등 참조)

나) 이 사건 현물출자가 중소기업 간의 통합에 해당하는지 여부
앞서 인정한 사실과 앞서 든 증거들 및 을 제12, 14, 15, 16호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음의 사정들을 위 법리에 비추어 보면, 이 사건 현물출자가 구 조특법 제120조 제1항 제2호가 정한 ‘중소기업 간의 통합’에 해당한다고 인정하기 어렵다.
(1) 유○○은 2009. 2. 10. 이 사건 토지를 매수하여 2014. 12. 26. 원고에게 이를 양도하였는데, 그 기간 동안 관광진흥법 제3조 제1항 제2호 가목에 따른 호텔업(이하 ‘관광숙박업’이라고만 한다)사업자로 등록하거나, 관광숙박업을 통해 매출을 올려 이를 과세관청에 신고한 사실은 없다. 나아가 이 사건 현물출자 당시까지 유○○이 관광숙박업을 실제로 수행하기 위한 인적, 물적 시설을 갖추고 유지했다고 볼 자료도 없다.

(2) 한편, 유○○은 이 사건 토지를 사업장으로 하여 2009. 7. 21.부터 2013. 2. 28.경 폐업할 때까지 부동산임대업으로 사업자등록을 하였다. 또한 유○○은 2013. 10. 1. 이 사건 토지에 관하여 개인 명의로 사업계획승인 및 건축허가를 받은 뒤 2013. 11. 7. 그 명의를 원고로 변경하였다. 즉 유○○은 원고의 설립 이전인 2011. 6.경부터 자신의 명의로 인허가 절차를 진행하여 오다가 2012. 6. 14.경 원고를 설립하여 대표이사로 취임하고, 2013. 10. 1.경 자신의 명의로 이 사건 토지에 관하여 피고로부터 사업계획 승인 및 건축허가를 받은 뒤, 1개월 만에 그 인허가 명의를 원고에게 양도하였다.

(3) 이러한 사정을 종합해 보면, 유○○이 자신의 명의로 관광숙박업 인허가를 진행하고 이 사건 토지를 원고에게 양도한 일련의 활동은 원고를 설립하고 이를 통하여 관광숙박업을 영위하기 위한 준비행위에 불과하다고 보는 것이 자연스럽고, 유○○이 원고와 독립된 별개의 영업 실체를 가진 중소기업을 운영하였다고 보기 어렵다.

다) 순자산가액 요건을 충족하는지 여부
가사 이 사건 현물출자가 중소기업 간의 통합에 해당한다고 하더라도, 유○○이 이 사건 현물출자의 대가로 배정받은 원고 주식의 가액 50억 원이 출자 당시 이 사건 토지의 시가 이상이라고 인정할 만한 아무런 증거가 없다1).
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주1) 피고는 을 제18호증(감정평가법인의 가치수준추정)을 들며 이 사건 토지의 시가가 88억 원을 상회한다고 주장하는바, 이에 의할 경우 원고가 주장하는 바와 같이 이 사건 토지를 담보로 한 잔존 대출금 채무를 9억 5천만 원이라고 보더라도 이 사건 현물출자의 대가로 배정받은 원고 주식의 가액 50억 원을 크게 초과한다.
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원고는 ‘시가’를 정함에 있어 상속세 및 증여세법 제60조, 제61조의 규정에 따를 수 있고, 나아가 이 사건 현물출자와 관련하여서는 그 시가를 산정할 수 있는 매매사례나 수용, 감정가액이 존재하지 않으므로 개별공시지가 외의 방법으로는 가액을 산정할 수 없어 이 사건 토지의 개별공시지가2)를 시가로 보아야 한다고 주장하나, 상속세 및 증여세법 제60조 제3항의 규정을 적용하여 이 사건 토지의 개별공시지가를 시가로 보기 위해서는 ‘시가를 산정하기 어려운 사정’이 존재하여야 하는데, 그러한 사정을 인정할 만한 아무런 증거가 없고, 달리 이 사건 토지의 개별공시지가를 시가라고 인정할 만한 다른 사정을 찾아볼 수도 없다3).
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주2) 그 합계액은 5,443,130,000원이다(갑 제35호증).
주3) 이 사건 변론종결 이후 제출한 참고서면에 첨부된 갑 제45, 46, 47호증의 기재를 보태어 보더라도 달리 볼 바 아니다.
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라) 소결론
따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

나. 이 사건 특례규정 적용 주장에 대한 판단
이 법원이 이 부분에 설시할 이유는 제1심판결 제7면 제17행의 “이 사건 처분”을 “이 사건 증액경정처분”으로 고치는 것 외에는 제1심판결 제4면 제19행부터 제8면 제2행까지의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

다. 신의성실의 원칙 위반 주장에 대한 판단
조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 2013. 5. 9. 선고 2012두 28940판결 등 참조). 그리고 과세관청이 법령 해석을 그르쳐 납세의무자에게 비과세·감면 확인서 등을 잘못 교부하였다 하여도 이는 공적인 견해의 표명에 해당하는 것으로 볼 수 없다(대법원 2013. 5. 9. 선고 2012두 28940판결, 대법원 2015. 5. 28. 선고 2014두 12505판결 등 참조).

위 법리에 비추어 살피건대, 갑 제7, 8, 9, 10, 16호증, 을 제10, 11호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고가
① 이 사건 취득세 등 신고가 있기 전인 2014. 2. 11. 원고에 대하여 원고의 유상증자 등기에 대한 등록면허세 감면확인서를 발급해 주었고,
② 이 사건 취득세 등 신고 당시 원고로부터 이 사건 토지 위에 관광호텔을 건축하여 관광진흥법이 정한 관광호텔업의 목적으로만 이 사건 토지를 사용하겠다는 토지사용계획서 형식의 각서를 제출받은 사실 등을 인정할 수 있으나, 이러한 사정들만으로 피고가 신뢰의 대상이 될 만한 공적 견해를 표명하였다고 보기는 어렵고, 달리 이러한 점을 인정할 만한 다른 사정을 찾아볼 수 없다. 나아가 그 이후 피고가
㉮ 이 사건 증액경정처분 때까지 약 3년 간 원고가 이 사건 토지의 취득과 관련하여 중과세율을 적용하지 않은 부분을 문제로 삼지 않았고,
㉯ 2016. 5.경 이 사건 토지 위에 신축한 건물 중 일부를 호텔업에 사용하지 않았다는 이유로 원고로부터 취득세를 추징할 때에도 임대한 부분만을 문제로 삼아 중과세율을 적용하여 추징한 사실 등을 인정할 수 있으나, 이러한 이 사건 취득세 등 신고 이후의 사정을 들어 달리 볼 바 아니다.

따라서 이 부분 원고의 주장은 나머지 점에 대하여 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

라. 가산세 부과처분 위법 주장에 대한 판단

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현이 용이하도록 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서, 납세자의 고의·과실은 고려되지 않고, 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는다(대법원 2004. 6. 24. 선고 2002두 10780판결 등 참조).
앞서 본 이 사건 특례규정 등 이 사건에 적용될 관계 법령의 내용과 개정 경위, 이 사건 취득세 등 신고 및 이 사건 증액경정처분의 경위 등을 위 법리에 비추어 보면, 위 ‘신의성실의 원칙 위반 주장에 대한 판단’에서 인정한 사정들을 고려하더라도, 원고의 신고 및 납부 의무 불이행에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다.
이 부분 원고의 주장도 이유 없다.

마. 입법부작위 위법 주장에 대한 판단
행정입법의 부작위가 위헌·위법이라고 하려면 행정청에게 행정입법을 하여야 할 작위의무가 있음을 전제로 하는 것이고, 그 작위의무가 인정되기 위해서는 행정입법의 제정이 법률의 집행에 필수불가결한 것이어야 하며, 만일 하위 행정입법의 제정 없이 상위 법령의 규정만으로도 집행이 이루어질 수 있는 경우라면 하위 행정입법을 제정하여야 할 작위의무는 인정되지 않는다(대법원 2007. 1. 11. 선고 2004두10432 판결, 헌법재판소 2005. 12. 22. 선고 2004헌마66 결정 등 참조).

위 법리에 비추어 살피건대, 신법 제54조 제3항은 지방자치단체의 조례로 표준세율을 적용하도록 규정하는 경우에 한정하여 지방세법 각 조항의 세율을 적용하지 않는다는 취지로서, 그 문언상 원고의 주장처럼 지방자치단체가 조례로 표준세율을 적용하도록 강제하는 기속 규정이라고 해석할 여지는 없어 보이고, 아울러 지방자치단체의 조례가 없더라도 위 조항의 집행이 불가능하다고 볼 수도 없으므로, 이 부분 원고의 주장 역시 이유 없다.

5. 결론
그렇다면 원고의 청구는 이 법원에서 확장한 부분을 포함하여 이유 없으므로 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론이 달라 부당하므로, 피고의 항소를 받아들여 제1심판결을 취소하고, 원고의 청구(이 법원에서 확장한 부분 포함)를 기각한다.

취득세 등 부과처분 취소(종전 규정에 의한 조세감면 신뢰 및 공적인 견해 표명)
서울행정법원 2020구단59072(2021.02.10) 취득세

판결요지
이 사건 토지를 취득하여 2009년경부터 오랜 기간 호텔업을 추진하였던 사람은 원고의 대표이사인 유○○이었고, 호텔업을 추진하였을 당시부터 이 사건 특례규정의 일몰기한이 도래할 때까지 취득세 중과세율 배제조항이 계속하여 연장되어 온 상황에서, 그 사업을 양수한 원고로서도 과세권자인 피고의 위 감면확인서의 발급행위, 토지사용계획서 각서의 징구 행위 등의 공적견해표명을 신뢰할 수밖에 없었다고 보이고, 원고의 이 사건 토지 취득에 과실이 있다고 보이지는 않는다.

주문 / 처분청 패소
1. 피고가 2017. 10. 11. 원고에 대하여 한 취득세 271,853,470원(가산세 포함), 지방교육세 50,028,330원(가산세 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.

이유
1. 처분의 개요
가. 원고는 2012. 6. 14. 관광호텔업을 영위할 목적으로 설립된 법인으로, 2014. 12. 26. 원고의 대표이사인 유○○로부터 서울 성북구 ○○ 16-1 외 3필지 토지 합계 706.90㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 취득하였다.

나. 원고는 이 사건 토지를 취득한 것이 관광진흥법 제3조 제1항 제2호 가목에 따른 호텔업을 하기 위한 부동산 취득에 해당하고, 이는 구 지방세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12175호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구법’이라 하고, 같은 날 개정된 법률을 ‘신법’이라 한다) 제54조 제3항 전단(이하 ‘이 사건 특례규정’이라 한다)에 따라 중과세율이 적용되지 않는다고 판단하여, 2014. 12. 26. 피고에게 이 사건 토지의 취득가액에 표준세율(4%)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 250,512,400원을 신고·납부하였다(이하 ‘이 사건 취득세등 신고’라 한다).

다. 피고는 원고에 대한 세무조사를 실시한 후, ‘원고는 중과세율을 적용하지 않도록 하는 이 사건 특례규정의 종기(이하 ‘일몰기한’이라 한다)가 도래한 이후에 이 사건 토지를 취득하였으므로, 원고의 이 사건 토지의 취득은 대도시 내 법인 설립 이후 5년 이내에 하는 부동산 취득으로서 구 지방세법(2015. 12. 29. 법률 제13636호로 개정되기 전의 것) 제13조 제2항 제1호, 구 지방세법 시행령(2016. 12. 30. 대통령령 제27710호로 개정되기 전의 것) 제27조 제3항 후단에 따른 중과세율 적용 대상에 해당한다‘는 사유로, 2017. 10. 11. 원고에 대하여 취득세 305,202,790원(가산세 포함), 지방교육세 56,698,190원(가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 ’당초 처분‘이라 한다).

라. 원고는 당초 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2018. 7. 1. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2020. 1. 23. 당초 처분에서 취득세, 지방교육세에 대한 각 납부불성실가산세를 일부 감액하는 것을 내용으로 하는 일부인용 결정을 하였다.(조심2018지1259) 이에 따라 피고는 당초 처분인 취득세 305,202,790원(가산세 포함), 지방교육세 56,698,190원(가산세 포함)을 취득세 271,853,470원(가산세 포함), 지방교육세 50,028,330원(가산세 포함)으로 감액하는 내용의 결정을 하였다(위와 같이 당초 처분에서 감액되고 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증(가지번호가 있는 경우 각 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 원고 주장의 요지
1) 주위적 주장
가) 이 사건 특례규정은 2014. 1. 1. 개정되면서 지방자치단체의 조례로 표준세율을 적용하도록 규정하는 경우에 한정하여 중과세율을 적용하지 않는다는 내용으로 원고에게 불리하게 개정되었다. 그러나, 신법 부칙 제6조가 일반적 경과조치로 ‘이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다’고 규정하고 있다. 원고는 이 사건 특례규정이 시행될 당시 이를 신뢰하여 대표이사인 유○○로부터 관광호텔업 사업계획을 승계하는 내용의 사업계획승인을 받아 이 사건 토지의 취득으로 나아가는 법적 지위를 취득하고 시공사와 호텔건물을 신축하는 내용의 공사계약을 체결하는 등 이 사건 토지의 취득과 밀접하게 관련된 원인행위에 나아갔다. 따라서 이 사건 토지의 취득에 대해서는 신법 부칙 제6조에 따라 이 사건 특례규정이 적용되어야 한다(이 사건 특례규정 적용 주장).

나) 피고는 수차례 원고에게 이 사건 토지 취득에 대해 중과세율이 적용되지 않는다는 공적 견해를 표명하였고, 원고는 이를 정당하게 신뢰하여 이 사건 토지를 취득하고 표준세율을 적용하여 취득세 등을 신고·납부한 것이다. 그럼에도 피고가 이 사건 처분을 한 것은 신의성실의 원칙에 반한다(신의성실의 원칙 위반 주장).

2) 예비적 주장
1) 설령 이 사건 처분이 신뢰보호나 신의성실의 원칙에 반하여 위법하다고 볼 수 없더라도, 원고에게는 이 사건 토지에 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 등을 신고·납부하지 않은 것을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다. 따라서 이 사건 처분 중 가산세를 부과한 부분은 위법하다(가산세 부과처분 위법주장).

2) 설령 이 사건 처분에 이 사건 특례규정이 아닌 신법 제54조 제3항이 적용된다고 하더라도, 신법 제54조 제3항이 지방자치단체에 조례로 호텔업용 부동산 취득에 대하여 표준세율을 적용하도록 하는 규정을 두도록 기속 위임을 하고 있음에도 불구하고, 서울특별시가 조례로 이러한 내용을 규정하지 않은 것은 위법하다(입법부작위 위법주장).

나. 관계 법령
별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단
1) 이 사건 특례규정 적용 주장에 대한 판단
가) 구법 제54조 제3항은 ‘관광진흥법 제3조 제1항 제2호 가목에 따른 호텔업을 하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2013년 12월 31일까지 취득세를 과세할 때에는 지방세법 제13조 제1항부터 제4항까지의 세율을 적용하지 아니한다’고 규정하고 있었다. 2014. 1. 1. 개정된 신법 제54조 제3항 전단은 ‘관광진흥법 제3조 제1항 제2호 가목에 따른 호텔업을 하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 과세할 때에는 제4조 제2항 제1호에도 불구하고 지방자치단체의 조례로 표준세율을 적용하도록 규정하는 경우에 한정하여 지방세법 제13조 제1항부터 제4항까지의 세율을 적용하지 아니한다’고 규정하고 있었는데, 신법 시행 당시나 그 이후에도 서울특별시는 조례로 호텔업을 하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 표준세율을 적용하는 내용의 조례를 두고 있지 않았다. 그 이후 위 신법 제54조 제3항 규정은 더는 개정되지 않고 그대로 유지되었다.

신법 부칙 제6조는 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”고 규정하고 있다. 그러나 위 신법 부칙조항을 근거로 하여 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용할 경우가 있다고 하더라도, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한 설사 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다(대법원 2001. 5. 29. 선고 98두 13713판결, 2013. 9. 12. 선고 2012두 12662판결 등 참조).

나) 앞서 본 관련 법령의 내용 및 법리에 비추어 보면, 신법 제54조 제3항이 시행된 이후에 비로소 취득세의 과세요건사실이 발생한 이 사건의 경우에는 신법 부칙 제6조를 근거로 구법인 이 사건 특례규정을 적용할 수 없다. 그 상세한 이유는 다음과 같다.
① 갑 제4, 5, 6, 13, 14호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원래 이 사건 토지에서의 호텔 신축 사업은 원고의 대표이사인 유○○이 2009년경부터 추진하여 왔고, 유○○은 2013. 10. 1.경 피고로부터 호텔업에 대한 사업계획승인 및 건축허가를 받은 사실, 이후 2013. 11. 7. 원고가 유○○로부터 사업계획승인 및 건축허가의 지위를 승계하여 2013. 11. 27.경 건축주를 변경한 사실, 이후 원고는 2013. 12. 19. 시공사와 호텔건물 신축계약을 체결하여 같은 달 12. 23. 신축공사에 착공한 사실은 인정된다.

② 원고는, 위 인정 사실에 의하면 구법인 이 사건 특례규정이 시행될 당시 호텔업을 하기 위한 원인행위가 이루어졌으므로 이 사건 특례규정에 따라 이 사건 토지의 취득에 중과세율이 적용되지 않는다는 신뢰가 형성되었고, 신법 부칙 제6조는 이러한 신뢰보호를 위한 특별규정이므로 신법 시행 후 그 과세요건이 충족되었더라도 이 사건 특례규정이 적용되어야 한다고 주장한다. 그러나, 구법의 이 사건 특례규정은 위 규정이 개정되더라도 호텔업을 하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2013. 12. 31.까지 일몰기한을 두어 취득세를 중과하지 않겠다는 것을 규정하고 있을 뿐이고, 일몰기한이 도래한 이후에도 장래 일정한 기간에 취득세를 중과세하지 않겠다는 것을 규정하지 않고 있음은 문언상 명백하다. 따라서 이 사건 특례규정의 일몰기한이 지난 이후에 호텔업을 하기 위하여 부동산을 취득하는 경우에도 이 사건 특례규정에 따라 중과세율이 적용되지 않는다고 신뢰하였다고 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다.

③ 더욱이 이 사건 특례조항이 일몰기한을 2013. 12. 31.로 명시하여 중과세율 배제의 특례가 한시적인 조치임을 명시적으로 밝히고 있으므로 일몰기한의 도래를 얼마 앞두지 않은 2013. 11.경에야 사업계획승인 및 건축허가, 건축주의 지위를 승계한 원고로서는 취득세에 대한 중과세의 특례가 종료될 것임을 충분히 예견할 수 있었다고 보인다. 원고의 주장에 의하더라도 이 사건 토지를 2014. 12. 26.에야 원고가 취득한 것은 사업자금을 대출받았던 은행의 요구로 현물출자를 하게 된 것이라는 것이므로, 그와 같은 원고의 내부적인 사정만으로 중과세율이 적용되지 않는다고 신뢰한 것에 정당한 이유가 있었다고 보기 어렵다.

④ 종래 법령의 개정을 통하여 일몰기한이 상당한 기간에 계속해서 연장되어 왔다고 하더라도 향후에도 다시 법령의 개정을 통하여 일몰기한이 다시 연장될 것이라는 단순한 기대를 보호해 주는 경우 입법자가 일몰기한의 종료에 즈음하여 변화된 정책적 환경과 조세공평의 원칙 등을 고려하여 특례의 존속 여부 및 적용 범위 등을 다시 정하기 위하여 취득세 면제의 특례를 한시법령의 형태로 규율한 입법 취지가 몰각될 우려가 있다. 이 사건 특례규정이 명시적으로 일몰기한을 두고 있음에도 일몰기한 이전에 원인행위가 있었다는 사실만으로 신법의 개정 이후 언제라도 이 사건 특례규정이 적용된다면 지방재정의 건전성을 강화하기 위하여 지방세 감면의 일부를 축소함으로써 건전한 지방자치의 발전에 기여하려는 신법의 개정 취지가 몰각될 우려가 있다.

⑤ 또한, 원고가 이 사건 처분의 위법을 주장하면서 들고 있는 대법원판결은 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안4)그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있거나 조례에 대한 사안으로 이 사건과는 그 사안이 동일하지 않다고 보인다.
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주4) 원고가 들고 있는 대법원판결(대법원 1999. 7. 9. 선고 97누11842 판결)은 “등기 또는 등록일로부터 1년”이라는 장래의 일정한 기간의 면세가 입법적으로 보장되어 있었고, 위 사건의 원고는 장래의 일정한 기간인 등기일로부터 1년 이내에 면세 요건을 충족하였으므로 이 사건과는 사안을 달리한다.
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다) 따라서 원고의 이 부분은 주장은 이유 없다.

2) 신의성실의 원칙 위반 여부
가) 과세처분이 신의성실의 원칙 또는 금반언의 원칙에 반한다고 하기 위하여는 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 둘째, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째, 과세관청이 그 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하고, 과세관청의 공적인 견해표명은 원칙적으로 일정한 책임 있는 지위에 있는 세무공무원에 의하여 이루어짐을 요한다(대법원 1997. 7. 11. 선고 97누 553판결 참조).

나) 위 법리를 기초로 이 사건에서 본다. 앞서 인정한 사실, 갑 제7, 8, 9, 10, 16호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 인정되는 다음과 같은 사실 또는 사정들에 비추어 보면, 이 사건 처분은 피고 측의 감면확인이라는 공적견해표명에 반하여 이루어진 것으로서 신의성실의 원칙 또는 금반언의 원칙에 위반된다.
① 피고는 이 사건 취득세 등 신고가 있기 전인 2014. 2. 11. 원고에 대하여 원고의 유상증자 등기에 대한 등록면허세 감면확인서를 발급해주었다. 이는 호텔업을 하기 위해 취득하는 부동산의 등록면허세에 대하여는 중과세율이 적용되지 않는다는 것을 확인하는 내용이다. 비록 위 감면확인서는 취득세와는 세목을 달리하는 등록면허세에 관한 것이지만, 호텔업을 하는 법인등기의 등록면허세에 대한 중과세 배제조항 역시 이 사건 특례규정과 같은 입법 취지로 동일한 항인 구법 제54조 제3항 후단에서 함께 이를 규정하고 있다. 즉 취득세와 등록면허세 모두 구법하에서 동일한 일몰기한을 두어 중과세를 배제하는 형식의 규정을 두었다가 신법에서 동일한 내용으로 개정된 것이다. 따라서 이 사건 취득세 등 신고 이전에 등록면허세에 대한 위 감면확인서의 발급은 이 사건 토지의 취득에 대한 취득세도 이 사건 특례규정에 따라 중과세가 배제된다는 신뢰를 원고에게 부여하는 행위였다고 평가하는 것이 타당하다.

② 피고는 이 사건 취득세 등 신고 당시 원고로부터 이 사건 토지 위에 관광호텔을 건축하여 관광진흥법이 정한 관광호텔업의 목적으로만 이 사건 토지를 사용하겠다는 토지사용계획서 형식의 각서를 제출받았다. 이는 과세관청인 피고로서도 이 사건 취득세 등 신고를 받을 당시 이미 원고에 대한 중과세 배제의 조세감면혜택을 염두에 두고 있었다고 보인다.

③ 실제로 피고는 이 사건 취득세 등 신고일부터 이 사건 처분일까지 약 3년의 기간 동안 원고가 이 사건 토지의 취득과 관련하여 중과세율을 적용하지 않은 부분을 문제로 삼지 않았고, 특히 2016. 5.경 이 사건 토지 위에 신축한 건물 중 일부를 호텔업에 사용하지 않았다는 이유로 원고로부터 취득세를 추징할 때에도 임대한 부분만을 문제로 삼아 중과세율을 적용하여 추징하였다.

④ 이 사건 토지를 취득하여 2009년경부터 오랜 기간 호텔업을 추진하였던 사람은 원고의 대표이사인 유○○이었고, 호텔업을 추진하였을 당시부터 이 사건 특례규정의 일몰기한이 도래할 때까지 취득세 중과세율 배제조항이 계속하여 연장되어 온 상황에서, 그 사업을 양수한 원고로서도 과세권자인 피고의 위 감면확인서의 발급행위, 토지사용계획서 각서의 징구 행위 등의 공적견해표명을 신뢰할 수밖에 없었다고 보이고, 원고의 이 사건 토지 취득에 과실이 있다고 보이지는 않는다.

다) 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

3) 소결론
따라서 피고의 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다(원고의 주위적 주장을 인용하는 이상, 원고가 이 사건 처분의 위법사유로 내세우는 예비적 주장에 대하여는 더 판단하지 않는다).

3. 결론
그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.