② 인정사실 “1)항”의 내용과 같이 C과 A은 이 사건 법인의 임원(대표이사, 사내이사)으로서 구 ｢지방세기본법 시행령｣ 제2조 제2항 제1호에 따라 이 사건 법인과 각각 경제적 연관관계에 따른 특수 관계인에 해당하며, 또한 C과 A은 경제적 연관관계에 있는 이 사건 법인을 통하여 청구인의 경영에 대하여 지배적인 영향력(청구인의 설립자로 출연재산의 100분의 30 이상을 출연)을 행사하고 있어 같은 법 시행령 제2조 제3항 제2호 가목에 따라 청구인과 C, A은 특수관계인에 해당하는 점,

③ 인정사실 “3)항 및 “4)항”의 내용과 같이 이 사건 법인의 기존 과점주주는 C으로 소유주식 비율이 75%이고, 청구인이 이 사건 주식을 취득하고 난 후 청구인과 C, A의 특수관계가 성립하여 과점주주(청구인, C, A) 소유주식 비율이 증가(100%)한 사실이 확인되는 점 등을 종합적으로 고려할 때, 처분청이 과점주주의 소유주식 비율이 증가한 것으로 본 것은 타당하다.

가. 처분청은 2020년 정기 지방세 서면조사 결과, 청구인이 2017. 10. 25. 청구 외 주식회사 (대표이사 C, 이하 “이 사건 법인”이라 한다)의 발행주식 681주(이하 “이 사건 주식”이라 한다)를 취득1)하여 특수관계인에 해당하는 이 사건 법인의 대표이사 C, 이 사건 법인의 사내이사이자 청구인의 대표자 A과 함께 이 사건 법인의 과점주주(100%)가 되었는데도, 기존 과점주주 소유주식 비율(75%)에서 그 증가분(25%)에 대한 과점주주 취득세를 신고납부하지 않은 사실을 확인하였다.
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주1) 청구인은 2017. 10. 25. 이 사건 법인과의 주식 증여(기부) 계약을 통하여 이 사건 주식을 취득
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나. 이에 따라 처분청은 2020. 11. 10. 청구인에게 과점주주 취득세 납세의무 성립일인 2017. 10. 25. 현재 이 사건 법인의 취득세 과세대상 물건 장부가액(922,663,652원)에 소유주식 증가비율(25%)을 적용한 230,665,913원을 과표로 하여 산출한 취득세 6,832,310원, 농어촌특별세 591,930원 계 7,424,240원(가산세 2,349,600원 포함)을 부과고지(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)하였다.2)
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주2) 처분청은 취득세 등 계 7,424,240원을 청구인, C, A에게 연대부과
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2. 심사청구의 취지와 이유
가. 청구 취지
이 사건의 청구 취지는 이 사건 부과처분을 취소하여 달라는 것이다.

나. 청구 이유
2015년 말 기준으로 이 사건 법인(총발행주식 수 110,000주)의 주주는 C(71,943주,65.4%), A(23,981주, 21.8%), 자기주식(14,076주, 12.8%)으로 구성되어 있었고, 청구인은 2017. 10. 13. A, C이 각 현금 1억 원, 이 사건 법인이 현금 6억 원과 주식 681주를 출연하여 설립되었으며, C, A, 이 사건 법인이 2019. 2. 28. 각각 300주를 추가로 출연하여 2019. 12. 31. 기준 청구인이 보유한 이 사건 법인의 주식 수는 1,581주이다.

이 사건 법인의 과점주주는 최대주주인 C과 생계를 같이하는 자 또는 C과 경제적인 연관관계를 갖는 자이어야 하는데 C과 A은 ｢지방세기본법｣상 특수관계인에 해당되지 않으며, 비영리법인인 청구인과 C의 특수관계가 성립하려면 해당 법인의 이사의 과반수를 차지하거나 법인의 출연재산(설립을 위한 출연재산만 해당한다)의 100분의 30 이상을 출연하고 그중 1명이 설립자인 경우에 해당하여야 하는데 C은 청구인의 최대 기부자일 뿐 설립자는 아니며, 청구인의 이사들 또한 C과 특수관계가 성립하지 않으므로 청구인과 C은 특수관계인에 해당하지 않는다.

설령, 청구인이 이 사건 법인의 과점주주에 해당한다고 하더라도 청구인이 이 사건 주식을 취득한 것은 과점주주 간의 주식이동에 해당하여 청구인에게 취득세 납세의무는 없고, 대법원이 당해 법인의 주주가 아니었던 자가 기존의 과점주주와 친족, 기타 특수관계를 형성하면서 기존의 과점주주로부터 그 주식의 일부 또는 전부를 이전받아 새로이 과점주주가 되는 경우에도 기존의 과점주주와 새로운 과점주주가 소유한 총주식의 비율에 변동이 없다면 간주취득세의 과세대상이 될 수 없다고 판결3)하였으므로 이 사건 부과처분은 취소되어야 한다.
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주3) 대법원 2013. 7. 25. 선고 2012두12495 판결
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3. 우리 원의 판단
가. 다툼
이 사건의 다툼은 청구인의 이 사건 주식 취득으로 기존 과점주주의 소유주식 비율이 증가한 것에 대하여 취득세를 부과한 이 사건 부과처분이 적법한지 여부이다.

나. 인정사실
이 사건 관련 기록 등을 검토해 보면 다음과 같은 사실이 인정된다.

1) 이 사건 법인의 등기사항일부증명서에 따르면 이 사건 법인은 2002. 9. 5. 의약품 등의 제조 판매 및 도매업을 목적사업으로 하여 설립되었고, 2010. 10. 24. 이후 대표이사는 C, 사내이사는 A이다.

2) 청구인의 법인설립허가서4)에 따르면 대표자는 A이며, 정관에 따르면 설립자는 C, A, 이 사건 법인이다.
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주4) 법인설립허가서(제****호, 2017. 10 .13. 서울특별시교육감)
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3) 청구인은 2017. 10. 20. 설립되었으며, 설립 당시 출연재산 내역은 [표 1]과 같다.

4) 청구인은 2017. 10. 25. 이 사건 주식을 취득하여, 자기주식을 제외한 이 사건 법인의 주주 및 주식 변동 현황은 [표 2]와 같다.

5) 처분청 조사결과, 과점주주 취득세 납세의무성립일인 2017. 10. 25. 현재 이 사건 법인의 취득세 과세대상 물건5)의 장부가액은 922,663,652원이고, 이에 따라 처분청은 2020. 11. 10. 청구인에게 과점주주 취득세 납세의무성립일인 2017. 10. 25. 현재 이 사건 법인의 취득세 과세대상 물건의 장부가액에 소유주식 증가비율(25%)을 적용한 230,665,913원을 과표로 하여 취득세 등을 산출하여 이 사건 부과처분을 하였다.
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주5) 경기도 ㊁시 ㊂구 ㊃ ***동 ***호 부동산: 토지 143.8㎡, 건물 84.77㎡
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다. 관계 법령
이 사건과 관계되는 법령은 구 ｢지방세법｣(2017. 12. 26. 법률 제15292호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조 제5항 등 [별지] 기재와 같다.

라. 판단
구 ｢지방세법｣ 제7조 제5항에 따르면 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 보도록 되어 있고, 구 ｢지방세기본법｣(2017. 12. 26., 법률 제15291호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제46조 제2호에 따르면 과점주주란 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들을 말한다고 되어 있다.

｢지방세법 시행령｣ 제11조 제2항에 따르면 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 해당 법인의 주식 등을 취득하여 해당 법인의 주식 등의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식 등의 비율이 증가된 경우에는 그 증가분을 취득으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과하도록 되어 있다.
구 ｢지방세기본법｣ 제2조 제1항 제34호에 따르면 “특수관계인”이란 본인과 혈족·인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계, 임원·사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계, 주주·출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계에 있는 자를 말하고 이 경우 같은 법 및 지방세관계법을 적용할 때 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 보도록 되어 있고, 구 ｢지방세기본법｣ 제44조 제1항에 따르면 공유물(공동주택의 공유물은 제외), 공동사업 또는 그 공동사업에 속하는 재산에 관계되는 지방자치단체의 징수금은 공유자 또는 공동사업자가 연대하여 납부할 의무를 지도록 되어 있다.

｢지방세기본법 시행령｣ 제2조 제2항에 따르면 법 제2조 제1항 제34호 나목의 임원·사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계란 임원과 그 밖의 사용인,본인의 금전이나 그 밖의 재산으로 생계를 유지하는 사람, 그리고 이들과 생계를 함께하는 친족에 해당하는 관계(이하 “경제적 연관관계”라 한다)를 말하며, 같은 조 제3항에 따르면 법 제2조 제1항 제34호 다목의 “주주·출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계”란 본인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인과의 관계 등을 말하고, 같은 조 제4항에 따르면 제3항을 적용할 때 비영리 법인인 경우 법인의 이사의 과반수를 차지하거나 법인의 출연재산(설립을 위한 출연재산만 해당)의 100분의 30 이상을 출연하고 그중 1명이 설립자인 경우 해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 보도록 되어 있다.

간주취득세 납세의무를 부담하는 과점주주에 해당하는지 여부는 과점주주 중 특정 주주 1인의 주식 증가를 기준으로 판단하는 것이 아니라 과점주주 집단이 소유한 총주식 비율의 증가를 기준으로 판단한다.6)
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주6) 대법원 2013. 7. 25. 선고 2012두12495 판결
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법인의 과점주주가 되면 법인 자산에 대해 사실상 지배력을 취득하게 되는 것이므로, 과점주주가 되거나 과점비율이 증가하는 시점에 법인과 과점주주가 과점비율만큼 동일시되는 것으로 보아 취득세를 과세하는 것이며, 의결권 없는 자기주식의 취득으로 과점주주가 되거나 과점비율이 증가한 경우라면 간주취득세 납세의무는 없다고 할 것이나, 그 이후에 과점주주가 주식 또는 지분을 취득하여 기존 간주취득세를 부담하였던 과점비율보다 증가한 경우라면, 주식 또는 지분 취득시점의 과점비율에서 자기주식 취득 전의 과점비율을 차감한 비율에 대해서 취득세 납세의무가 성립한다고 할 것이다.7)
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주7) 2015. 12. 11. 행정안전부 지방세운영과-3860
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위 관계 법령 및 법리 등의 내용에 비추어 청구인이 2017. 10. 25. 이 사건 주식을 취득하여 과점주주가 되었는지 여부를 살펴보면, ① 청구인은 C이 청구인의 최대 기부자일 뿐 설립자가 아니므로, 청구인과 C이 ｢지방세기본법｣에 따른 특수관계인에 해당하지 않고, 설령, 특수관계인에 해당한다고 하더라도 이 사건 주식을 취득한 것은 소유주식 비율의 변동이 없는 과점주주 간 주식거래에 해당하여 과점주주 취득세 납세의무가 없다고 주장하나, 인정사실 “2)항”의 내용과 같이 C, A 및 이 사건 법인은 청구인의 설립자인 사실이 확인되어 C이 청구인의 기부자일 뿐 설립자는 아니라는 청구주장과 배치되는 점, ② 인정사실 “1)항”의 내용과 같이 C과 A은 이 사건 법인의 임원(대표이사, 사내이사)으로서 구 ｢지방세기본법 시행령｣ 제2조 제2항 제1호에 따라 이 사건 법인과 각각 경제적 연관관계에 따른 특수 관계인에 해당하며, 또한 C과 A은 경제적 연관관계에 있는 이 사건 법인을 통하여 청구인의 경영에 대하여 지배적인 영향력(청구인의 설립자로 출연재산의 100분의 30 이상을 출연)을 행사하고 있어 같은 법 시행령 제2조 제3항 제2호 가목에 따라 청구인과 C, A은 특수관계인에 해당하는 점, ③ 인정사실 “3)항 및 “4)항”의 내용과 같이 이 사건 법인의 기존 과점주주는 C으로 소유주식 비율이 75%이고, 청구인이 이 사건 주식을 취득하고 난 후 청구인과 C, A의 특수관계가 성립하여 과점주주(청구인, C, A) 소유주식 비율이 증가(100%)한 사실이 확인되는 점 등을 종합적으로 고려할 때, 처분청이 과점주주의 소유주식 비율이 증가한 것으로 본 것은 타당하다.
따라서 처분청의 이 사건 부과처분은 잘못이 없다.

4. 결론
그렇다면 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 ｢감사원법｣ 제46조 제2항에 따라 주문과 같이 결정한다.