조심2021지2045(20220427) 취득세 취소

[결정요지] 처분청 및 인근 지역주민들의 의견을 반영하여 곧바로 건축허가 신청(2018.12.4.), 건축허가(2019.6.21.) 및 수리(2019.6.25.) 등 일련의 절차를 진행하여 사용승인(2020.3.4.) 받은 점 등을 볼 때 청구법인은 이 건 토지를 그 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하지 않았다고 볼 수 없어 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 1년 이내 해당 용도로 직접 사용하지 못한 것에는 정당한 사유가 있다고 볼 수 있으므로 처분청이 이 건 취득세 등을 청구법인에게 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.

[참조조문] 지방세특례제한법 제85조의2 제1항

[주문] OOO구청장이 2020.7.13. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이유] 1. 처분개요
가. 청구법인은 2016.12.28. OOO일원 OOO(이하 OOO라 한다) 주차장2용지 OOO㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)와 건축중인 건축물을 매매로 취득한 후, 2017.2.8. 「지방세특례제한법」제85조의2 제1항 제1호에 따른 지방공기업이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 처분청으로부터 취득세의 100분의 50을 감면받았고, 나머지 취득세 등 OOO원을 처분청에 신고·납부하였다.

나. 이후, 처분청은 2020.7.13. 청구법인이 「지방세특례제한법」제178조 제1호에 따라 이 건 토지를 취득한 후 정당한 사유없이 1년 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.9.11. 이의신청을 거쳐 2021.3. 2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
청구법인은 이 건 토지와 건축중인 건축물을 인근 지역주민들의 민원해소를 위하여 공익목적으로 다시 취득한 후, 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였으나, 부득이 하게 건축주 명의 및 용도변경, 일괄임차사업자 선정을 위한 사업자 공모 지연 등으로 건축중인 건축물의 착공이 지연된 것으로 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 1년 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 것에는 정당한 사유가 있다.

나. 처분청 의견
청구법인의 경우 2016.12.28. 이 건 토지와 건축중인 건축물을 취득한 후, 건축중인 건축물의 설계를 변경하여 공영주차장과 부대 편의시설을 운영할 일괄임차사업자를 선정하기 위하여 2017.6.12. 1차 공고, 2017.8.14. 2차 공고 및 2018.11.22. 3차 공고를 거쳐 사업자를 선정한 후, 2018.12.31. 처분청으로부터 건축허가를 받고, 2019.6.21. 처분청에 착공신고를 후 2020.3.4. 처분청으로부터 사용승인을 받은 것으로 나타나고, 일괄임차사업자 선정 과정에서 임대예정가격 등이 수익요건에 맞지 않거나 입찰자가 없어 유찰되는 등의 사유는 청구법인의 내부적인 사정으로 밖에 볼 수 있으므로 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 1년 이내에 해당 용도로 직접·사용하지 못한 것에는 정당한 사유가 없다.

3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
이 건 토지를 취득한 후 1년이내 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령
(1) 지방세특례제한법
제85조의2(지방공기업 등에 대한 감면) ① 「지방공기업법」에 따라 설립된 지방공사(농수산물공사 및 도시철도공사를 제외한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2016년 12월 31일까지 지방세를 감면한다.

1. 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50(100분의 50 범위에서 조례로 따로 정하는 경우에는 그 율)에 지방자치단체의 주식소유비율[해당 지방공사의 발행주식총수에 대한 지방자치단체의 소유주식(「지방공기업법」 제53조제4항에 따라 지방자치단체가 출자한 것으로 보는 주식을 포함한다) 수의 비율을 말한다. 이하 이 조에서 같다]을 곱한 금액을 경감한다.

제178조(감면된 취득세의 추징) 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.
(가) 청구법인은 1988.12.21. OOO을 주사무소로 설립되었고, 「지방공기업법」제42조, 「서울특별시 도시주택공사 설립 및 운영에 관한 조례」제21조 및 정관 제6조를 보면 청구법인은 택지의 개발과 공급, 주택의 건설, 개량, 공급 및 관리 등을 통하여 시민의 주거생활 안정과 복지향상에 기여함을 설립목적으로 하고 있으며, 토지의 취득, 개발, 비축, 공급(분양 또는 임대) 및 관리, 주택 등 건축물의 건설, 개량, 공급(분양 또는 임대) 및 관리 등을 목적사업으로 하고 있다.

(나) 국토교통부장관은 2009.12.3. 이 건 토지가 포함된 지역을 OOO로, 청구법인을 해당 사업의 사업시행자로 지정하였으며, 2010년 4월 지구계획을 승인·고시 하였다.

(다) 국토교통부장관은 2012.12.28. OOO내 이 건 토지를 주차장용지로 변경하고, 노외주차장 및 부대시설을 설치하는 내용의 지구계획 변경을 승인·고시하였다.

(라) 청구법인은 2013.5.15. 이 건 토지를 주식회사 AAA(이하 “AAA”라 한다)에게 매각하였고, AAA는 2013.9.27. 처분청으로부터 이 건 토지 지상에 주차전용건축물 신축에 대한 건축허가를 처분청으로부터 받았으며, AAA는 2013.10.8. 주식회사 BBB(이하 “BBB”이라 한다)에게 이 건 토지에 대한 권리의무를 승계하였다.

(마) 처분청은 2013.10.15. 이 건 토지에서 주차전용건축물 신축에 대한 건축주를 BBB으로 변경하는 건축허가를 하였고, 주식회사 BBB은 이 건 토지에 OOO정비공장, 신차 및 중고차 전시장(이하 “자동차관련 건축물”이라 한다)을 건축할 예정이었으며, 자동차관련 건축물 신축과 관련하여 아래와 같이 인근 지역주민들의 반대가 있었던 것으로 확인된다.

(바) 이 건 토지 소재 인근 지역주민들은 2014년 7월 BBB의 이 건 토지 지상에서 건축중(공정률 60.25%)인 자동차관련 건축물 신축공사에 대한 공사중지 가처분 및 처분청의 건축허가를 취소를 구하는 소송를 제기하여 2015.7.9. 대법원에서 승소하였다.

(사) BBB은 2016.8.24. 이 건 건축물 신축에 대한 건축허가를 처분청에 신청하였고, 처분청은 2016.10.18. 그 신청을 허가하였다.

(아) 청구법인은 2016.12.28. 아래와 같이 인근 지역주민들의 민원 등으로 인하여 장기간 공사가 중단되자 주민편익시설 확보 등을 통한 민원해소를 위하여 이 건 토지와 건축중인 건축물을 BBB으로부터 취득한 후, 2017.2.8. 「지방세특례제한법」제85조의2 제1항 제1호에 따른 지방공기업이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 처분청으로부터 취득세의 100분의 50을 감면받았고, 나머지 취득세 등 OOO원을 처분청에 신고·납부한 것으로 확인된다.

(자) 국토교통부장관은 2017.1.4. 이 건 토지 지상에 건축중이던 자동차관련 건축물에 공공시설 및 판매시설 등을 설치할 수 있도록 지구계획을 변경고시(제2016-1085호) 하였고, 처분청은 2017.1.31. 건축중인 건축물에 대한 건축주를 BBB에서 청구법인으로 변경하는 건축허가를 하였다.

(차) 청구법인은 아래와 같이 2017.6.12. 이 건 건축물을 일괄임차할 사업자 선정을 위해 1차로 4주간 공고를 하였으나, 신청한 1개 업체가 감정평가액으로 산정한 연간 임대예정가격 미만을 제시하여 유찰되었고, 2017.8.14. 2차 공고를 4주간 하였으나, 신청자가 없어 유찰되었으며, 2018.11.22. 아래의 공모지침서 등에 따라 3차 공고를 하여 1차 연간 임대예정가의 30% 인하 수준으로 하여 주식회사 CCC를 일괄임차사업자로 선정(2019.1.11.)하였다.

<이 건 관련 언론기사>

< 공고사업자 선정 공모지침서>
(카) 청구법인은 2017.5.15. 이 건 건축물 신축을 위하여 OOO와 기본설계용역계약을 아래와 같이 체결하였다.

(타) 처분청은 2017.3.20. 등 3차에 걸쳐 청구법인에게 이 건 건축물 중 OOO㎡ 등의 기부채납 또는 무상사용을 요청하였고, 청구법인은 2018.6.22. 처분청과 OOO㎡를 무상으로 사용하도록 제공하는 것으로 최종 협의하였다.

(파) 청구법인은 이 건 건축물의 신축을 위하여 2018.12.31. 아래와 같이 1차 변경건축허가를, 2019.6.21. 착공신고를, 2019.6.25. 가설건축물 축조신고를, 2019.8.26. 2차 변경건축허가를, 2020.3.4. 사용승인을 처분청으로부터 받았다.

(하) 청구법인은 2019.5.17. 이 건 건축물 신축공사를 위하여 DDD 주식회사와 OOO원에 도급계약을 체결하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.
(가) 「지방세특례제한법」제85조의2 제1항에서 「지방공기업법」에 따라 설립된 지방공사에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2016년 12월 31일까지 지방세를 감면한다고 규정하면서, 그 제1호에서 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50에 지방자치단체의 주식소유비율을 곱한 금액을 경감을 규정하고 있고, 같은 법 제178조에서 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하면서, 그 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우를 규정하고 있다.

(나) “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지 제한 등 그 법인 등이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함되고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 부동산의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 취득자가 부동산을 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 고려하여 판단하여야 할 것이다(대법원 2009.1.15. 선고, 2006두14926 판결, 같은 뜻임).

(다) 처분청은 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 1년 이내 해당 용도로 직접 사용하지 못한 것에는 정당한 사유가 없다는 의견이나, 청구법인은 본인이 매각한 이 건 토지를 주민편익시설 확보 등을 통한 인근 지역주민들의 민원해소 등을 위하여 다시 취득(2016.12.8.)한 점, 인근 지역주민들의 민원해소 등을 위하여는 공공시설 및 판매시설을 설치하기 위하여는 국토교통부의 지구계획 변경 등이 선행 되어야 했고, 청구법인은 그 지구계획이 변경(2017.1.4.) 된 후에는 그 변경계획을 반영하기 위한 기본설계용역을 추진(2017.5.15.)한 점, 처분청이 2017.3.20. 등 3차에 걸쳐 청구법인에게 이 건 건축물 중 OOO㎡ 등의 기부채납 또는 무상사용을 요청하였고, 처분청과 청구법인은 2018.6.22.에서야 OOO㎡를 무상제공하는 것으로 최종 합의된 점 등을 볼 때 이 건 토지를 그 고유업무에 사용하기 위한 건축물 착공이 지연된 것은 청구법인의 내부적인 사유라기 보다는 외부적인 사유에 의한 것으로 볼 수 있을 것이다.

또한, 청구법인은 이 건 토지에 신축될 건축물을 일괄임차할 사업자의 선정을 위하여 감정평가액 기준으로 산정한 임차료 등으로 1·2차 입찰을 진행하였고, 2회 유찰된 후에는 조속한 사업진행을 위하여 그 임차료 등을 30% 인하한 후 3차 입찰을 진행하여 일괄임차사업자를 선정(2019.1.11.)한 점, 청구법인이 일괄임차사업자를 선정한 후에는 곧바로 지구계획의 변경 내용, 처분청 및 인근 지역주민들의 의견을 반영하여 곧바로 건축허가 신청(2018.12.4.), 건축허가(2019.6.21.) 및 수리(2019.6.25.) 등 일련의 절차를 진행하여 사용승인(2020.3.4.) 받은 점 등을 볼 때 청구법인은 이 건 토지를 그 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하지 않았다고 볼 수 없어 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 1년 이내 해당 용도로 직접 사용하지 못한 것에는 정당한 사유가 있다고 볼 수 있으므로 처분청이 이 건 취득세 등을 청구법인에게 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제6항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.