조심2021지1934(20220414) 취득세 취소

[결정요지] 산업단지 등에 대한 감면규정의 연혁을 보면, 1994년 「지방세법」에 관련규정이 신설되어 2014.12.31. 쟁점조항이 일몰되기 전까지 약 20년간 계속연장되어 왔으므로 청구법인은 쟁점건축물을 착공하면서 종전규정에 따라 취득세를 감면받을 것을 신뢰하였다고 볼 수 있고 이러한 기대는 마땅히 보호 받아야 할 정도에 이른 것으로 보는 것이 타당한 측면 등에 비추어 쟁점건축물의 취득에 대하여 종전규정의 쟁점조항을 적용하여야 한다는 청구주장에는 합리적인 이유가 있어 보인다고 하겠다. 따라서 처분청이 쟁점건축물에 대하여 기 납부한 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.

[참조조문] 지방세특례제한법 제78조 제4항

[주문] OOO이 2020.12.21. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이유] 1. 처분개요
가. 청구법인은 2015.9.25.부터 2016.2.5.까지 OOO토지 OOO㎡(이하 “이 건 토지”라 한다) 지상에 건축물 OOO㎡ 등(이하 “이 건 건축물 등”이라 한다)을 건축하여 취득한 후, 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것, 이하 “개정 후「지방세특례제한법」”이라 한다) 제78조 제4항 제2호 가목 및 「울산광역시 시세감면조례」(개정 후「지방세특례제한법」과 합하여 이하 “개정 후「지방세특례제한법」등”이라 한다) 제12조의3 제1호의 규정에 따른 산업단지에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산으로 하여 취득세의 100분의 75를 경감받고, 나머지 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 2015.9.30.부터 2016.4.7.까지 처분청에 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 이 건 건축물 등을 착공할 당시에는 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것, 이하 “개정 전「지방세특례제한법」” 또는 “종전규정”이라 한다) 제78조 제4항 제2호 가목(이하 “쟁점조항”이라 한다)에서 산업단지에서 산업용 건축물 등을 신축할 경우 취득세를 면제하고 있었고, 개정 후 「지방세특례제한법」 부칙 제14조에 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있었으므로 종전규정을 적용하여 취득세 등이 면제되어야 한다는 취지로 2020.10.22. 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.12.21. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.3.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하여야 하고, 둘째, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해 표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야하며, 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다.

청구법인은 이 건 건축물 등을 건축하기 위하여 착공할 당시 관계법령인 개정 전「지방세특례제한법」의 쟁점조항에 따라 취득세가 면제될 것을 합리적으로 기대하고 사업을 시작하였다. 산업단지에 대한 지방세 감면조항은 1994년「지방세법」에 “지방공업단지 등 입주공장에 대한 감면”규정으로 신설된 이후, 1997년 “산업단지에 대한 감면”규정으로 전문 개정되었으며 그 이후 수차례의 개정이 존재하기는 하였으나, 산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제한다는 내용은 동일하게 유지되었다. 또한 당시 법령에는 향후 지방세 감면 내용이 축소, 폐지될 것이라는 아무런 공적인 표명이 없었다. 이러한 연혁을 고려할 때 납세자가 과세관청의 견해표명을 신뢰하는 데에 귀책사유가 있다고 보기 어렵다.

청구법인은 이러한 신뢰를 바탕으로 이 건 건축물 등의 건축공사를 수행하였고, 이후 개정 후「지방세특례제한법」등의 취득세 감면율이 75%로 축소되었으며, 처분청은 준공시점에 취득세를 산정함에 있어 개정 후「지방세특례제한법」등을 적용함으로써 청구법인은 산업단지에 대한 지방세 지원을 충분히 받지 못하여 이익이 침해되는 결과가 초래되었으므로 납세자의 신뢰를 보호하기 위하여 이 건 건축물 등에 대한 취득세를 산정함에 있어 착공시점의 법령을 적용하여 취득세를 면제하여야 한다.

나. 처분청 의견
세금의 부과는 납세의무의 성립시 유효한 법령의 규정에 의하여야 하고, 세법의 개정이 있을 경우에도 특별한 사정이 없는 한 개정 전후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하여야 할 것이며(대법원 2015.9.24. 선고 2015두45694 판결, 같은 뜻임), 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 일반적 경과규정을 근거로 하여 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전규정을 적용할 경우가 있다고 하더라도, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인 행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에 특별히 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한, 납세의무자가 종전규정에 의한 조세 감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다(대법원 2001.5.29. 선고 98두13713 판결, 같은 뜻임) 할 것인바,

청구법인이 이 건 건축물 등의 건축공사에 착공한 2014.6.25. 당시 종전규정에서는 2014.12.31.까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있어, 2015.1.1.부터는 감면이 종료되거나 감면율이 축소될 수 있다는 사실을 충분히 인지할 수 있는 상황으로, 청구법인이 그 후에 이 건 건축물 건축공사를 완료하였다고 하더라도 취득세 등이 면제될 것이라고 신뢰함을 정당한 것으로 보기는 곤란하여 처분청의 처분이 신뢰보호원칙에 위배된다고 하기는 어려우므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
개정 후 「지방세특례제한법」부칙의 일반적 경과조치 규정에 따라 종전규정에 따른 감면율을 적용받을 수 있는지 여부

나. 관련 법률 : <별지> 기재 (별지 – 생략)

다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.
(가) OOO의 2003.8.14. 고시(2003-143호)에 의하면 이 건토지는 OOO국가산업단지내 위치하고 있고, 산업단지개발사업시행자는 OOO인 것으로 확인된다.

(나) 청구법인은 2014.9.12. AAA 주식회사(이하 “AAA”라 한다)로 부터 OOO생산 및 판매사업 부문을 물적분할하여 설립된 법인으로 OOO국가산업단지 내에 본점소재지를 위치하고 있다.

(다) 이 건 토지의 등기부 및 이동연혁을 보면 이 건 토지는 2005. 2.18. 구획정리가 완료된 후 2005.8.11. BBB 주식회사(이하 “BBB”이라 한다)에게 소유권이 이전되었고, BBB은 2014.3.27. AAA에게 매도하였으며, 청구법인은 2014.9. 15. AAA에서 물적분할되면서 취득한 것으로 확인된다.

(라) 처분청 등이 제출한 자료를 보면 청구법인은 개정 전「지방세특례제한법」을 적용하여 취득세 등이 면제되어야 한다는 취지로 2020.10.22. 처분청에 이 건 건축물 등에 대한 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.12.21. 이를 거부하였고, 청구법인은 이에 불복하여 2021.3.18. 이 건 취득세 등에서 경정청구기간이 도과한 부분을 제외한 아래 쟁점건축물의 취득세 등에 대하여만 심판청구를 제기한 것으로 확인된다.

(마) 청구법인이 제출한 사진 등을 보면 쟁점건축물 중 쟁점①·④건축물은 이 건 토지의 밖에 위치하여 이 건 토지에 위치한 프로필렌 생산공장에 프로판가스를 운송하기 위한 선박의 접안시설과 수송관이고, 쟁점②·③건축물은 이 건 토지에 위치하여 프로필렌을 생산하는 공장이며, 모든 쟁점건축물은 유기적으로 연결되어 있는 것으로 확인된다.

(바) 쟁점③건축물의 건축물대장을 보면 청구법인은 쟁점③건축물 신축을 위하여 처분청으로부터 2014.5.2. 건축허가를, 2014.6.25. 착공수리통지를, 2016.1.25. 사용승인을 받은 것으로 확인되고, 나머지 쟁점건축물은 별도의 건축물대장이 없는 것으로 확인된다.

(사) AAA와 CCC 주식회사(이하 “CCC”이라 한다)는 2013.12.19. 쟁점건축물 신축을 위하여 OOO계약을 OOO원에 체결하였고, 청구법인이 물적분할하면서 해당 계약을 포괄승계한 것으로 확인된다.

(아) 청구법인은 쟁점건축물을 종전규정 일몰전에 착공하였다는 증빙자료로 CCC 주식회사가 2014.12.26. 청구법인에게 제출한 기성금 지급요구 문서를 제출하였고, 그 문서를 보면 이 건 건축물 등의 신축공사 공정률은 47.72%로, 청구법인은 그 간 8차에 걸쳐 OOO원을 지급한 것으로, 금회에는 OOO원을 요구한 것으로 확인된다.

(자) 산업단지 등의 입주기업에 대한 감면규정의 주요 연혁 등은 아래와 같다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.
처분청은 쟁점건축물의 취득에 대하여 납세의무성립 당시의 법령을 적용하여야 하므로 취득세 등을 면제할 수 없다는 의견이나, 종전규정의 쟁점조항에서 산업용 건축물등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 개정 후 「지방세특례제한법」 부칙 제14조에서 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있으며, 같은 조의 “종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 지방세”로 하여 개정 전 법령을 적용하기 위해서는 개정 전 법령의 시행 당시 과세요건이 모두 충족되어 납세의무가 성립하였거나, 비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에도 이에 포함되는 것으로 보는 것(대법원 20 15.9.24. 선고 2015두42152 판결, 같은 뜻임)이 타당하다.

건축물을 건축하는 경우에 통상적으로 착공에 이르기 이전까지 부지의 매입, 건축설계, 공사감리계약, 건축허가 등 건축물 건축을 위한 일련의 필수적인 절차를 거치게 되고 일단 착공이 되면 되돌릴 수 없는 원인행위가 이루어져 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성한 것으로 볼 수 있다 하겠는바, 청구법인이 제출한 이 건 건축물 등의 시공사인 CCC이 2014.12.26. 청구법인에게 제출한 기성금 지급요구 문서 등을 보면 당시까지 이 건 건축물 등의 신축공사 공정률은 47.72%이고, 청구법인은 그 간 8차에 걸쳐 OOO원을 지급하였으며, 금회에는 OOO원을 지급요구한 것으로 확인되므로 종전규정이 일몰되기 전에 공사를 착공한 것으로 볼 수 있는 점, 산업단지 등에 대한 감면규정의 연혁을 보면, 1994년 「지방세법」에 관련규정이 신설되어 2014.12.31. 쟁점조항이 일몰되기 전까지 약 20년간 계속 연장되어 왔으므로 청구법인은 쟁점건축물을 착공하면서 종전규정에 따라 취득세를 감면받을 것을 신뢰하였다고 볼 수 있고 이러한 기대는 마땅히 보호 받아야 할 정도에 이른 것으로 보는 것이 타당한 측면 등에 비추어 쟁점건축물의 취득에 대하여 종전규정의 쟁점조항을 적용하여야 한다는 청구주장에는 합리적인 이유가 있어 보인다고 하겠다. 따라서 처분청이 쟁점건축물에 대하여 기 납부한 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ｢지방세기본법｣ 제96조 제6항과 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.