조심2022지0129(20220412) 취득세 취소

[결정요지] 청구법인이 이 건 지식산업센터를 입주 자격을 갖춘 자에게 적법하게 분양한 이상 그 수분양자가 사업시설용으로 직접 사용하지 않고 다른 용도로 사용하였다고 하여 감면한 취득세 등을 추징하는 것은 이 건 지식산업센터의 신축과 분양에 대한 청구법인의 책임과 한계를 넘어서는 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨

[참조조문] 지방세특례제한법 제58조의2

[주문] OOO구청장이 2021.11.8. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 부과 처분은 이를 취소한다.

[이유] 1. 처분개요
가. 청구법인은 2014.8.19. OOO 소재 토지 5,623.2㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득한 후, 이 중 2,145.25㎡(이 건 토지의 38.15%로서 그 지상에 신축한 지식산업센터용 건축물 12,626.52㎡의 부속토지이다)를「지방세특례제한법」(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 것, 이하 같다)제58조의2 제1항 제1호에서 규정한 지식산업센터의 설립승인을 받은 자가 지식산업센터를 신축하여 사업시설로 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 그 취득가격 OOO원(이 건 토지의 취득가격 OOO원의 38.15%)을 과세표준으로 하여 산출한 세액의 100분의 50을 감면받아 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 주식회사 AAA(청구법인의 수탁자, 이하 “주-AAA”이라 한다)은 2019.2.21. 이 건 토지에 지식산업센터 12,626.52㎡, 오피스텔 건축물 20,183.35㎡ 합계 32,809.87㎡(OOO)를 신축한 후, 지식산업센터용 건축물 12,626.52㎡(58호실, 이하 “이 건 지식산업센터”라 한다)에 대하여「지방세특례제한법」(2019.1.1. 법률 제12175호로 개정된 것, 이하 같다) 제58조의2 제1항 제1호에서 규정하고 있는 지식산업센터의 설립승인을 받은 자가 지식산업센터를 신축하여 사업시설로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세의 100분의 35를 감면받았다.

다. 처분청은 청구법인이 분양(매각)한 이 건 지식산업센터(58호실, 12,626.52㎡) 중 4,203.85㎡(21호실, 이하 “쟁점건축물”이라 한다)를 수분양자가 다른 용도로 사용하고 있다는 사실을 확인하고, 이를 청구법인이 그 취득일부터 5년 이내에 다른 용도로 분양하거나 임대하였다고 보아 2021.11.8. 청구법인에게 쟁점건축물의 부속토지 714.24㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)의 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 세액에서 청구법인이 이미 납부한 세액을 차감한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함, 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2021.12.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
청구법인으로부터 이 건 지식산업센터의 신축을 수탁받은 주-AAA은 이 건 지식산업센터를 2019.2.21. 신축한 후 재단법인 aaa(이하 “재-aaa”라 한다)에게 사업계획 등을 제출하여 입주 승인을 받은 개인이나 법인들에게「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제28조의5 제1항에 따라 이 건 지식산업센터(58호실) 전부를 분양하였는바, 이는 지식산업센터의 설립 승인받은 자로서의 법적 의무를 다한 것이고, 일단 적법하게 분양을 한 이상 청구법인이나 주-AAA의 입장에서는 그 사용 방법에 대하여 관여할 방법이 전혀 없음에도 처분청이 쟁점건축물(21호실)의 수분양자들이 쟁점건축물을 제조업, 지식기반산업, 정보통신사업 등에 직접 사용하지 아니하고 임대하거나 다른 용도로 사용하고 있다고 보아 쟁점건축물의 부속토지인 쟁점토지에 대하여 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견
「지방세특례제한법」제58조의2 제1항 제1호의 체계, 내용 및 입법취지 등을 종합하면 지식산업센터를 신축하였으나 그 취득일부터 5년 이내에 이를 제조업 등의 사업시설용으로 직접 사용하지 않을 자에게 분양하거나 임대한 경우에는 그것을 사업시설용으로 직접 사용할 자에게 분양하거나 임대한 것과 마찬가지로 볼 수 있는 등 특별한 사정이 없는 한 그 해당 부분에 대하여 경감 받은 취득세 등은 추징대상이라 할 것이므로 처분청이 청구인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단
가. 쟁점
수분양자들이 쟁점토지를 지식산업센터의 사업시설용으로 직접 사용하지 않고 다른 용도로 사용하였다고 보아 지식산업센터의 사업시행자인 청구법인에게 감면한 취득세 등을 추징한 처분의 당부

나. 관련 법률 : <별지> 기재 (별지 – 생략)

다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.
(가) 이 건 토지는 재-aaa 산업기술단지에 소재하는 토지로서 청구법인과 재-aaa는 2012.10.16. 아래와 같이 이 건 토지의 매매와 관련한 사업협약을 체결하였다.
OOO

(나) 청구법인은 2014.8.19. 이 건 토지(OOO, 5,623.2㎡)를 OOO원에 취득하였고, 처분청은 이 건 토지 5,623.2㎡ 중 지식산업센터용 건축물의 부속토지에 해당하는 2,145.25㎡(이 건 토지의 38.15%로서 그 지상에 신축한 지식산업센터용 건축물 12,626.52㎡의 부속토지)에 대하여 산출한 취득세 등의 100분의 50에 상당하는 OOO원을 감면하였다.

(다) 청구법인으로부터 이 건 지식산업센터의 신축을 수탁받은 주-AAA은 2014.9.11. 이 건 토지에 지식산업센터용 건축물 등 32,809.87㎡(지식산업센터 12,626.52㎡ 58호실, 오피스텔 20,183.35㎡)를 신축하는 공사를 착공하여 2019.2.21. 사용승인을 받은 후, 지식산업센터용 건축물(12,626.52㎡)에 대해 산출한 취득세의 100분의 35를 감면받았다.

(라) 처분청 담당공무원은 2021.3.31. 이 건 지식산업센터의 사용 현황을 확인한 후, 아래 <표>의 쟁점건축물(4,203.83㎡)에 대하여 청구법인이 지식산업센터의 사업시설용이 아닌 다른 용도로 분양하였다고 보아 그 부속토지인 쟁점토지(714.24㎡)에 대하여 감면한 취득세 등 OOO원을 부과·고지하였다.

<표> 쟁점건축물의 분양 및 임대 현황
(단위 : ㎡)
OOO

(마) 청구법인이 제출한 자료를 보면, 쟁점건축물 중 하나인 204호의 수분양자인 AAA은 이 건 지식산업센터의 관리기관인 재-aaa에게 이 건 지식산업센터의 204호(쟁점건축물), 207호 및 B103호를 에어텐트(Air Tent)개발을 위한 사무실, 개발실, 디자인실 등으로 사용하겠다는 취지의 입주계약신청서를 제출하여 재-aaa로부터 입주승인을 받아 204호를 분양받은 것으로 나타나고, AAA이 입주계약신청서에 첨부한 확약서(2018.10.22. 작성)에는 재-aaa의 동의 없이 분양호실을 매매, 양도, 임대, 전대 행위를 할 수 없고, 만일 이를 처분 및 임대하고자 하는 경우 입주대상 업종 및 입주기업에 해당하는 자에게 처분해야 함을 확인한다고 기재되어 있으며, 쟁점건축물의 나머지 수분양자도 AAA과 동일한 절차를 거쳐 쟁점건축물을 각각 취득한 것으로 보인다.

(바) 한편,「지방세특례제한법」제58조의2 제2항 제1호에서 지식산업센터를 설립한 자로부터 최초로 해당 지식산업센터를 분양받은 입주자가 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있으나, 쟁점건축물의 수분양자들 중 위의 조항으로 취득세를 감면받은 개인이나 법인은 없는 것으로 나타난다.

(2)「지방세특례제한법」제58조의2 제1항 제1호에서 지식산업센터의 설립승인을 받은 자가 지식산업센터를 신축하여「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 사업시설용으로 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세의 100분의 50을 경감하되, 그 단서 및 나목에서 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 분양ㆍ임대하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다고 규정하고 있고,「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에서는 지식산업센터에 입주할 수 있는 사업시설을 제조업, 지식기반산업, 정보통신산업 등을 운영하기 위한 시설과「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조 제1항에 따른 벤처기업을 운영하기 위한 시설 등으로 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 이 건 취득세 등을 추징한 처분이 정당하다는 의견이나, 이 건 사업협약 제2조 제1항에서 재-aaa가 청구법인이 유치한 기업에 대하여 유치업종, 입주자격 등을 심의하여 입주승인 여부를 정한다고 규정하고 있고, 이 건 지식산업센터의 수분양자들은 재-aaa의 입주 자격 심의를 거쳐 입주승인을 받은 점, 청구법인은 재-aaa로부터 입주승인을 받은 기업들에게 이 건 지식산업센터를 분양하였으므로 이는「지방세특례제한법」제58조의2 제1항 제1호에서 규정하고 있는 사업시설용으로 분양한 것으로 보는 것이 타당한 점, 나아가 청구법인이 이 건 지식산업센터를 입주 자격을 갖춘 자에게 적법하게 분양한 이상 그 수분양자가 사업시설용으로 직접 사용하지 않고 다른 용도로 사용하였다고 하여 감면한 취득세 등을 추징하는 것은 이 건 지식산업센터의 신축과 분양에 대한 청구법인의 책임과 한계를 넘어서는 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제6항,「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.