조심2021지5743(20220412) 취득세 취소
[결정요지] 납세자가 해당 업무에 직접 사용하기 위하여 건축물을 신축하는 경우 그 토지를 고유업무에 직접 사용한 것이라 볼 수는 없지만 건축행위자체를 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에 대한 정당한 사유로 볼 수 있는 점(대법원 2009.3.12. 선고 2006두11781 판결, 같은 뜻임) 등에 비추어 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단 [참조조문] 지방세특례제한법 제14조 제3항 [주문] OOO시장(OOO구청장)이 2021.10.12. 청구법인에게 한 취득세 등 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. [이유]1. 처분개요
가. 청구법인은 2019.10.31. OOO 토지 339.2㎡ 및 그 지상건축물 152.22㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득한 후,「지방세특례제한법」(2017.12.26. 법률 제15295호로 개정된 것, 이하 같다) 제14조 제3항에 따라 농업협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등을 면제받았다.
나. 청구법인은 이 건 부동산을 취득한 날부터 1년(이하 “유예기간”이라 한다) 이내에 정당한 사유 없이 고유업무에 직접 사용하지 않았다고 보아, 2020.11.9. 이 건 부동산의 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 신고·납부하였다.
다. 청구법인은 2021.9.30. 이 건 부동산을 유예기간 내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 보아 이 건 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2021.10.12. 이를 거부하였다.
라. 청구법인은 이에 불복하여 2021.10.15. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 청구법인은 2019.10.31. 이 건 부동산에 소재하는 건축물 152.22㎡(이하 “종전건축물”이라 한다)를 철거하고 그 지상에 업무용 건축물 646.68㎡(금융점포, 이하 “이 건 금융점포”라 한다)을 신축하기 위하여 이 건 부동산을 취득하였으나, 종전건축물의 철거 과정에서 균열, 붕괴 및 지반 침하 등이 발생하여 안전상 인접 토지(OOO)도 함께 취득하여야 하였고, 이 건 건축물의 신축을 준비과정에서도 상급단체인 OOO(이하 “OOO”라 한다)의 규정에 따른 공개입찰 등을 거쳐야 해서 여기에 상당한 시일이 소요되었으나 최선을 다해 준비과정을 단축하여 2020.6.17. 처분청으로부터 이 건 건축물의 건축허가를 받아 이 건 부동산의 유예기간 내인 2020.7.9. 이 건 건축물의 신축공사를 착공하였다.
(2) 비록, 청구법인이 이 건 부동산의 유예기간(2020.10.31.)을 약 1개월 정도 경과한 2020.12.17. 이 건 건축물의 사용승인을 받아 고유업무에 직접 사용하기 시작하였으나, 청구법인은 이 건 건축물을 신축하기 위하여 정상적인 노력을 다하였으나 그 시간이 부족하여 유예기간을 넘긴 것으로 이러한 사유는「지방세특례제한법」제178조 제1항 제1호에서 규정하고 있는 정당한 사유가 있다고 할 것임에도 처분청은 청구법인의 정상적인 노력은 전혀 고려하지 아니한 채 단지 이 건 부동산의 유예기간을 경과한 후 이 건 건축물의 사용승인을 받았다는 사유만으로 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
나. 처분청 의견
(1) 청구법인은 이 건 건축물을 신축하기 위해서는 상당한 시일이 소요된다는 사실을 충분히 예측할 수 있었음에도 이 건 부동산의 취득일부터 약 8개월이 지난 2020.6.11. 이 건 건축물의 신축을 위한 공개입찰을 하였고, 그 후 2020.6.17. 건축허가를 받아 2020.7.9.에서야 이 건 건축물의 신축공사를 착공하였는바, 청구법인이 유예기간을 경과하여 이 건 건축물의 사용승인을 받은 것은 청구법인의 귀책이라 할 것이다.
(2) 또한, 이 건 종전건축물의 철거과정에서 예상치 못한 지반 침하 등이 발생하였다 하더라도 그 철거기간은 5개월 정도에 불과하였고, 이 건 건축물의 건축허가 후 6개월 만에 이 건 건축물의 사용승인을 받은 것을 보면, 청구법인이 이 건 건축물을 신축하기 위한 정상적인 노력을 기울였다면 유예기간 내에 충분히 사용승인을 받을 수 있었다 할 것이고, 여기에 청구법인이 유예기간 내 이 건 건축물을 신축할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
청구법인이 유예기간 내에 이 건 건축물의 사용승인을 받지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수 있는지 여부
나. 관련 법률 : <별지> 기재 (별지 – 생략)
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.
(가) 청구법인은「농업협동조합법」에 따라 설립된 농업협동조합으로 2019.10.31. 이 건 부동산인 OOO 소재 토지 339.2㎡ 및 그 지상건축물 152.22㎡를 OOO원에, 2020.1.30. 이 건 부동산에 인접한 같은 동 OOO 소재 토지 60.8㎡ 및 그 지상건축물 103.34㎡를 OOO원에, 2020.4.24. 같은 동 OOO 소재 토지 85㎡ 및 그 지상건축물 106.01㎡(같은 동 OOO 소재 부동산을 포함하여 이하 “이 건 인접부동산”이라 한다)를 OOO원에 각각 취득하였다.
(나) 처분청은 이 건 부동산과 이 건 인접부동산을 청구법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세 등을 면제하였다.
(다) 청구법인은 2020.5.8. 이 건 부동산과 이 건 인접부동산에 소재하는 건축물(이 건 종전건축물을 포함한다)의 철거 공사를 완료한 후, 2020.6.17. 처분청으로부터 이 건 부동산과 이 건 인접부동산의 토지 485㎡를 건축부지로 하여 이 건 건축물에 대한 건축허가(이하 “이 건 건축허가”라 한다)를 받았다.
(라) 청구법인은 이 건 건축허가를 받기 전인 2020.6.11. 이 건 건축물의 신축을 위한 건축, 토목, 소방, 전기공사에 대한 입찰공고를 하여, 2020.7.2. AAA 주식회사 등과 이 건 건축물의 신축을 위한 도급공사계약을 체결하고, 2020.7.9. 신축공사를 착공하였다
(마) 청구법인은 2020.11.9. 이 건 부동산을 유예기간 내에 그 고유업무에 직접 사용하지 못하였다고 보아 그 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 이 건 취득세 등 OOO원을 신고·납부한 후, 이 건 부동산의 유예기간(2020.10.31.)으로부터 47일이 경과한 2020.12.17. 처분청으로부터 이 건 건축물의 사용승인을 받았다.
(바) 한편, 청구법인은 이 건 인접부동산(토지 및 종전건축물)의 경우 그 유예기간 내에 이 건 건축물의 사용승인을 받았으므로 취득세 면제대상이라고 보아 이에 대하여는 취득세를 신고·납부하지 않았고, 처분청도 이 건 인접부동산에 대하여는 토지와 종전건축물 모두 취득세 면제대상으로 판단한 것으로 보인다.
(2)「지방세특례제한법」제2조 제1항 제8호에서 “직접사용”이란 부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 제14조 제3항에서 농업협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2020.12.31.까지 면제한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제178조 제1항 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일로부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.
(3)「지방세특례제한법」제178조 제1항 제1호에서 규정한 “정당한 사유”란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 아울러 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 1993.2.26. 선고 92누8750 판결, 같은 뜻임).
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 정당한 사유 없이 이 건 부동산의 유예기간 내에 이 건 건축물을 그 고유업무에 직접 사용하지 않았으므로 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 정당하다는 의견이나, 청구법인은 이 건 부동산을 고유업무에 사용하기 위해 2019.10.31. 이 건 부동산과 2020.1.30. 같은 동 OOO을 취득하였는데, 철거하는 과정에서 당초 예상할 수 없었던 인접부동산(같은 동 OOO)의 균열·침하 등 붕괴현상이 나타나 총회 승인을 얻어 인접 부동산을 추가로 구입하게 되었고, 이에 따른 설계 변경을 함에 따라 건축공사가 지연될 수밖에 없었던 것으로 보이는 점, 청구법인은 이 건 부동산의 유예기간(2020.10.31.)으로부터 불과 47일이 경과한 2020.12.17. 이 건 건축물의 사용승인을 받은 것을 볼 때 청구법인으로서는 유예기간 내에 이 건 건축물을 신축하기 위하여 정상적인 노력을 다하였으나 그 시간이 부족하여 불가피하게 유예기간을 경과한 것으로 보이는 점, 납세자가 해당 업무에 직접 사용하기 위하여 건축물을 신축하는 경우 그 토지를 고유업무에 직접 사용한 것이라 볼 수는 없지만 건축행위자체를 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에 대한 정당한 사유로 볼 수 있는 점(대법원 2009.3.12. 선고 2006두11781 판결, 같은 뜻임) 등에 비추어 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제6항,「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.