3심-대법원 2022두31396(2022.04.28) 취득세
산업단지 사업시행자의 무상양도 공공시설에 대한 취득시기 및 취득세 과세표준, 토지 지목변경에 따른 간주 취득세 납세의무
관련법령 : 지방세법 제4조 및 7조
[이유] 이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유를 모두 살펴보았으나, 상고인의 상고이유에 관한 주장은 「상고심절차에 관한 특례법」 제4조에 해당하여 이유 없음이 명백하므로, 위 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.———————————————–
2심-부산고등법원 2020누10404(2021.12.15) 취득세
산업단지 사업시행자의 무상양도 공공시설에 대한 취득시기 및 취득세 과세표준, 토지 지목변경에 따른 간주 취득세 납세의무
1. 청구취지
주문 제3항과 같다(원고는 이 법원에서 청구취지를 감축하였다)1)
주1) 원고는 2020. 11. 10. 자 청구취지 및 청구원인 변경신청서로서 “피고가 2018. 9. 12. 원고에게 한 취득세 44,478,010원(가산세 4,239,820원 포함)의 부과처분 중 10,692,370원을, 지방교육세 3,559,140원(가산세 110,160원 포함)의 부과처분 중 916,480원, 농어촌특별세 6,844,500원(가산세 211,840원 포함)의 부과처분 중 1,762,470원을 각 초과하는 부분을 취소한다”고 청구취지를 변경하였다. 그런데 이는 2018. 9. 12. 자 부과처분 금액과 일치하지 않아 오기임이 명백하고, 원고의 청구원인은 2018. 9. 12. 자 부과처분 중 2020. 2.경 환급받은 세액을 공제한 나머지 전부의 취소를 구하는 것이므로 주문 제3항과 같이 청구취지를 감축한 것으로 본다.
2. 항소취지
제1심판결 중 피고가 2018. 9. 12. 원고에게 한 취득세 부과처분 중 40,238,190원을 초과하는 부분, 지방교육세 부과처분 중 3,448,980원을 초과하는 부분, 농어촌특별세 부과처분 중 6,632,660원을 초과하는 부분의 취소를 명한 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.
□ 이 유
1. 처분의 경위
가. 피고는 2012. 8. 1. 구 산업단지 인․허가 절차 간소화를 위한 특례법(2015. 8. 11. 법률 제13481호로 개정되기 전의 것) 제15조에 따라 김해시 진례면 고모리, 담안리 일원 1,522,000㎡에 ○○테크노밸리 일반산업단지를 조성하는 산업단지계획을 승인․고시하고, 원고를 사업시행자로 지정하였다(김해시고시 제2012-131호, 이하 ‘이 사건 사업’이라고 한다).
나. 대한민국, 경상남도, 김해시와 원고 사이에 이 사건 사업의 시행으로 인하여 용도가 폐지되는 구거, 도로, 제방 등 국유재산 및 공유재산에 관하여 원고에게 무상양도하기로 하는 협의가 이루어졌는데, 피고는 최종 변경된 산업단지계획(변경) 승인 고시인 2017. 1. 26. 김해시고시 제2017-32호로 원고에게 무상양도하는 국․공유지 및 이에 따라 용도폐지되는 기존 공공시설을 아래와 같이 338필지 219,555㎡로 고시하였다.
다. 피고는 2017. 4. 7. 준공인가일을 2017. 3. 31., 준공면적을 전체 사업시행지 면적 중 1,519,186.1㎡로 하여 ○○테크노밸리 부분준공(1단계) 인가를, 2018. 4. 13. 준공인가일을 2018. 4. 6., 준공면적을 전체 사업시행지 면적 1,644,010.8㎡ 중 124,824.7㎡로 하여 ○○테크노밸리 전체준공(2단계 부분준공) 인가를 각각 공고하였다.
라. 원고는 2018. 4. 17.경 피고에게 나항과 같이 무상양도된 국․공유지 중 위 2단계 부분준공된 토지인 김해시 진례면 담안리 2○5-2 외 9필지 9,671㎡(아래 표 기재와 같다. 이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)에 관하여 취득일을 2018. 4. 6., 과세표준은 2016년 담안리 평균 공시지가 63,976원에 평균 상승률 7.31%를 반영하여 해당 면적으로 환산한 669,507,485원, 세율은 지방세법 제11조 제1항 제2호에 따라 무상귀속에 대하여 적용되는 1천분의 35를 적용하여 산정한 취득세 10,692,370원, 지방교육세 916,480원, 농어촌특별세 1,762,470원 합계 13,371,320원을 신고․납부하고, 2018. 4. 18. 이 사건 토지에 관하여 2018. 4. 6. 자 무상귀속을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.
마. 피고는 원고에게, 2018. 5. 28.경 위 취득세 신고 시 이 사건 토지의 과세표준을 이 사건 사업시행지 전체면적의 시가표준액을 전체면적으로 나누어 산정한 단위면적(㎡) 당 평균 가액인 346,100원을 적용하여 산정한 3,347,133,100원보다 적은 금액으로 하여 과소 신고하였다는 이유로 과세표준 차액 2,677,625,615원(=3,347,133,100원-669,507,485원)에 대하여 취득세 등의 과세예고 통지를 하고, 2018. 9. 12. 위 과세표준 차액 2,677,625,615원에 따른 취득세(가산세포함) 48,899,500원, 지방교육세(가산세 포함) 3,824,840원, 농어촌특별세(가산세 포함) 7,355,460원 합계 60,079,800원을 부과하였다(이하 ‘원처분’이라고 한다).
바. 원고는 2018. 9. 28. 원처분에 따른 취득세 등 합계 60,079,800원을 납부하고, 2018. 12. 10. 피고를 상대로 원처분의 취소를 구하는 이 사건 소를 제기하였다. 제1심법원은 과세표준 산정이 잘못되었다는 이유로 원처분을 취소하는 판결(제1심판결)을 선고하였다.
사. 당심에 이르러 피고는 2020. 2. 18. 원고에게 이 사건 토지의 각 면적에 각 해당 블록 지번의 2017. 1. 1. 기준 개별공시지가를 곱한 값을 합산하여 과세표준을 2,519,532,189원으로 산정하고, 이에 따라 원고가 납부할 세액을 취득세 40,238,190원, 농어촌특별세 6,632,660원(감면분 포함), 지방교육세 3,448,980원, 신고불성실가산세 2,954,580원, 납부불성실가산세 1,607,260원 합계 54,881,670원으로 경정하고, 위와 같이 산정한 과세표준을 초과한 과세표준액 827,600,911원(=3,347,133,100원-2,519,532,189원)에 따른 세액을 환급한다고 통지하였고, 원고는 같은 날 이를 수령하였다. 피고는 2020. 2.경 원고로부터 초과하여 징수한 세액에 환급 가산금을 포함하여 취득세 15,536,540원, 지방교육세 1,215,240원, 농어촌특별세 2,337,010원 합계 19,088,790원을 환급하였다(이하 원처분 중 위와 같이 감액하고 남은 부분에 대한 부과처분을 ‘이 사건 처분’이라고 한다).
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 12, 15 내지 19호증, 을 8 내지 11, 14호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지2. 원고의 주장 요지
가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」(이하 ‘산업입지법’이라고 한다) 제26조 제5항은 산업단지개발의 시행으로 인하여 용도가 폐지되어 사업시행자에게 무상으로 양도하는 국가 또는 지방자치단체 소유의 재산(이하 ‘무상양도 공공시설’이라고 한다)에 대한 가액은 실시계획 승인 당시를 기준으로 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」(이하 ‘토지보상법’이라고 한다)을 준용하여 평가한 금액으로 하도록 규정하고 있으므로, 취득세 과세표준인 ‘취득 당시의 가액’ 역시 위 조항에 정한 ‘가액’에 상당한 금액으로 보아야 한다. 따라서 이 사건 토지의 취득세 과세표준은 준공인가일이 아닌 이 사건 사업에 관한 산업단지계획을 승인․고시한 2012. 8. 1.을 기준으로 산정하여야 한다.
나. 설령 준공인가일을 기준으로 하여 이 사건 토지의 취득세 과세표준을 산정한다고 하더라도, 피고는 이 사건 토지에 관한 개별공시지가가 아니라 블록 지번의 개별공시지가를 적용하여 과세표준을 산정하였는바, 개별공시지가가 존재하지 않는 경우 국토교통부장관이 제공한 ‘토지가격비준표’를 사용하여야 한다는 지방세법 제4조 제1항 단서에 반하여 위법하다. 그리고 이 사건 토지와 피고가 주장하는 블록 지번의 동일성도 인정되지 않을 뿐만 아니라, 이 사건 토지가 블록 지번 내에 있다고 하더라도 이 사건 토지뿐만 아니라 다른 토지까지 포함하여 블록 지번 전체 토지의 특성에 따라 결정된 블록 지번의 개별공시지가는 다른 토지의 특성이 고려된 가격이므로 이 사건 토지의 개별공시지가라고 할 수 없다.
다. 원고는 거액의 비용을 투입하여 이 사건 토지의 가치를 증진시키고, 이에 따라 이 사건 토지에 대하여 지목변경에 따른 간주취득세를 납부하였다. 그럼에도 불구하고 가치 상승 후 이 사건 토지의 가액을 기준으로 하여 재차 취득세를 부과한 것은 이중과세로서 위법하다.
3. 관계법령
별지 기재와 같다. (별지 – 생략)
4. 판단
가. 이 사건 토지에 대한 취득세 과세표준을 산업입지법 제26조 제5항에 정한 가액으로 산정하여야 하는지
1) 관련 법령 및 법리
지방세법 제10조 제1항은 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다고 규정하고 있다. 취득 시기에 관하여, 지방세법 제7조 제2항 본문은 ‘부동산등의 취득은 관계 법령에 따른 등기․등록을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 각각 취득한 것으로 보고 해당 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다’고 규정하고 있다. 여기서 사실상의 취득이란 일반적으로 등기와 같은 소유권 취득의 형식적 요건을 갖추지 못하였으나 대금 지급과 같은 소유권 취득의 실질적 요건을 갖춘 경우를 말한다(대법원 2018. 2. 28. 선고 2017두64897 판결 등 참조). 또한 지방세법 시행령 제20조 제1항은 ‘무상승계취득의 경우에는 그 계약일에 취득한 것으로 본다’고 규정하고 있다.
산업입지법 제26조는 산업단지개발사업의 시행으로 인하여 용도가 폐지되는 국가 또는 지방자치단체 소유의 재산은 사업시행자가 새로 설치한 공공시설의 설치비용에 상당하는 범위에서 그 사업시행자에게 무상으로 양도할 수 있고(제2항), 해당 공공시설과 재산은 그 사업이 준공되어 관리청에 준공인가 통지를 한 때에 사업시행자에게 귀속 또는 양도된 것으로 보며(제4항), 제4항에 따른 귀속 또는 양도에 있어서 사업시행자에게 귀속 또는 양도될 재산에 대한 가액은 실시계획 승인 당시를 기준으로 토지보상법을 준용하여 평가한 금액으로 한다고 규정하고 있다(제5항).
2) 지방세법에 따른 무상양도 공공시설에 대한 취득 시기
가) 사업시행자가 산업입지법 제26조 제2항에 따라 용도가 폐지되는 국가 등 소유 재산을 취득하는 것은 무상 승계취득에 해당한다(대법원 2019. 4. 3. 선고 2017두66824 판결 등 참조).
나) 그런데 산업단지개발사업 실시계획에 무상양도 공공시설에 관한 사항이 포함되어 있고, 산업입지법 제26조 제3항에 따라 실시계획승인권자는 미리 그 관리청의 의견을 들어야 한다고 규정되어 있다고 하더라도, 실시계획의 승인은 실시계획승인권자가 행정청의 지위에서 사업시행자에게 하는 행정처분일 뿐 대등한 당사자 사이에 이루어지는 계약으로 볼 수 없다. 사업시행자는 산업입지법 제26조 제4항에 따라 관리청에 준공인가 통지를 한 때 위 법률 규정에 따라 해당 공공시설에 관한 물권을 취득한다(민법 제187조). 따라서 실시계획의 승인은 지방세법 시행령 제20조 제1항에 규정한 무상 승계취득의 원인이 되는 계약이라고 볼 수 없다.
다) 구 지방세법(2018. 12. 31. 법률 제16194호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조 제2항 본문에 의하면, 산업입지법 제26조에 따라 무상양도 공공시설을 취득한 경우에 그 부동산을 사실상 취득하였다고 하기 위해서는 소유권 취득의 실질적 요건을 갖추었다고 평가되어야 한다. 그런데 산업입지법 제26조는 무상양도 공공시설은 사업이 준공되어 준공인가 통지를 한 때 사업시행자에게 양도된 것으로 본다고 규정하고 있고(제4항), 무상양도 공공시설에 대하여 산업단지개발사업 시행기간 동안 해당 재산에 대한 사용료 및 대부료를 면제한다고 규정하고 있다(제6항). 이에 비추어, 산업입지법 제21조 제1항 제17호에서 실시계획승인권자가 산업단지개발사업 실시계획의 승인을 한 때에는 국유재산의 사용허가 및 행정재산의 용도폐지가 있은 것으로 본다고 규정하고 있더라도, 이는 사업시행자가 사업계획에 따라 무상양도 공공시설을 사용하여 공사를 수행하는 데에 장애가 없도록 사용허가 및 용도폐지를 의제하는 규정일 뿐, 사업시행자에게 무상양도 공공시설에 대한 사실상 소유권을 인정하는 취지로 해석하기는 어렵다.
라) 달리 지방세법령에는 산업입지법 제26조에 따라 사업시행자에게 귀속되는 공공시설의 취득시기에 관한 규정을 두고 있지 않다. 따라서 사업시행자가 무상양도 공공시설을 취득하는 시기는 산업입지법 제26조 제4항에 따라 사업이 준공되어 준공인가 통지를 한 때로 보아야 한다.
3) 이 사건 토지에 관한 취득세 과세표준
가) 산업입지법 제26조 제5항에 정한 ‘사업시행자에게 귀속 또는 양도될 재산에 대한 가액’은 실시계획 승인 당시 제26조 제2항에 따라 사업시행자가 새로 설치한 공공시설 설치비용에 상당한 범위에서 사업시행자에게 무상으로 양도할 공공시설의 범위를 정하기 위한 기준을 마련하는 조항일 뿐, 취득세의 과세표준인 ‘취득 당시의 가액’을 정하기 위한 규정으로는 보이지 않는다.
나) 또한 사업시행자가 산업입지법 제26조 제2항에 따라 무상으로 양도받은 토지의 취득세 과세표준을 같은 조 제5항에 따라 실시계획 승인 당시를 기준으로 감정평가한 금액으로 하는 것은 앞서 본 무상양도 공공시설의 취득 시기와도 들어맞지 않는다.
다) 앞서 본 바와 같이 사업시행자가 산업입지법 제26조 제2항에 따라 용도가 폐지되는 국가 등 소유 재산을 취득하는 것은 무상 승계취득에 해당한다. 사실상 취득가액이 없는 무상취득의 경우에는 시가표준액에 의하여 그 과세표준을 산정하여야 하고, 지방세법 제10조 제5항에 따라 사실상 취득가격을 과세표준으로 삼을 여지는 없다(대법원 2003. 9. 26. 선고 2002두240 판결, 대법원 2000. 10. 13. 선고 98두19193 판결 참조).
라) 그렇다면 무상양도 공공시설인 이 사건 토지에 관한 취득세 과세표준은 특별한 사정이 없는 한 지방세법 제10조, 제4조 제1항, 지방세법 시행령 제2조에 따라 그 취득 당시의 시가표준액, 즉 이 사건 사업의 전체준공(2단계 부분준공)인가일인 2018. 4. 6. 당시 공시된 개별공시지가로 하여야 한다. 따라서 산업입지법 제26조 제5항 후문의 금액을 취득세 과세표준으로 하여야 한다는 원고 주장은 받아들이지 않는다.
나. 각 블록 지번의 개별공시지가를 적용하여 과세표준을 산정한 것이 위법한지
1) 지방세법 제4조는 이 법에서 적용하는 토지 및 주택에 대한 시가표준액은 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따라 공시된 가액으로 하되, 개별공시지가가 공시되지 아니한 경우에는 시장·군수 또는 구청장이 같은 법에 따라 국토교통부장관이 제공한 토지가격비준표를 사용하여 산정한 가액으로 하도록 규정하고 있다.
2) 원고가 이 사건 토지를 취득한 이 사건 사업의 전체준공(2단계 부분준공)일인 2018. 4. 6. 당시 이 사건 토지의 공부상 지번에 대하여는 개별공시지가가 공시되지 않은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다. 그러나 앞서 든 각 증거, 을 15, 16호증(가지번호 포함)의 각 기재, 이 법원의 ○○○○정보공사 김○○사장에 대한 사실조회결과, 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정을 더하여 보면, 피고가 블록 지번의 개별공시지가를 적용하여 이 사건 토지의 취득세 과세표준을 산정하였다고 하여 과세표준 산정에 잘못이 있다고 할 수 없다. 즉, 이 사건 토지의 지적이 소멸하기는 하였으나, 이 사건 토지가 위치한 블록 지번이 특정되고 원고가 이 사건 토지를 취득할 당시 위 블록 지번에 대하여 공시된 개별공시지가가 존재하는 이상 이를 이 사건 토지에 관한 개별공시지가로 볼 수 있으므로 피고가 이를 기초로 과세표준을 산정하였다고 하여 위법하다고 할 수는 없다.
가) 이 사건 사업의 시행으로 이 사건 토지를 비롯한 이 사건 사업시행지 내 토지는 평탄화 작업으로 인해 물리적 형상이 변경되고 그 경계를 확인할 수 없게 되었으며, 블록 단위로 나누어져 확정예정지번(블록 지번)이 부여되었다.
나) 이 사건 사업 시행 기간 동안 위와 같이 부여된 블록 지번에 대하여 개별공시지가가 결정․공시되었다.
다) 원고는 이 사건 사업시행자로서 공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률 제23조 제1항 제3호 아목, 제86조 제1, 2항, 같은 법 시행령 제83조 제1항, 제3항에 따라 이 사건 사업 완료 후 토지의 이동을 신청하기 위하여 ○○○○정보공사와 지적확정측량계약을 체결하였고, ○○○○정보공사는 토지의 이동 신청에 필요한 자료인 이 사건 사업 시행 전 이 사건 사업시행지 내 토지의 위치와 경계를 표시한 종전도, 이 사건 사업시행지를 블록 단위로 나눈 토지의 위치와 경계를 표시한 확정종합도, 종전도와 확정종합도를 겹쳐 표시한 신구대조도를 작성하였다.
라) 원고는 2018. 4. 18. 이 사건 토지에 관하여 2018. 4. 6. 자 무상귀속을 원인으로 하여 소유권이전등기를 마쳤다. 이후 원고는 이 사건 사업의 완료를 이유로 이 사건 사업시행지 내 토지의 이동을 신청하였고, 이에 따라 이 사건 토지를 비롯한 이 사건 사업시행지 내 토지의 사업 시행 전 지적을 소멸시키고, 새로이 토지의 위치, 경계, 지번, 지목을 부여하는 내용으로 지적공부가 정리되었다.
마) 피고는 2020. 1. 20. 원고에게 이 사건 토지에 대한 취득세 과세표준액 산정 및 확정을 위한 과세 관련 자료로 이 사건 사업시행지에 관한 지적확정측량파일의 제출을 요청하였고, 2020. 1. 31. 원고로부터 위 다)항의 종전도, 확정종합도, 신구대조도를 제출받았다. 피고는 종전도, 확정종합도, 신구대조도 등을 이용하여 이 사건 토지의 위치에 대응하는 새로운 지번을 특정하고, 새로운 지번이 위치한 블록 지번을 확인하여 이 사건 토지의 지번, 용도, 지목, 면적(구 지적)과 이 사건 토지의 위치에 부여된 블록 지번, 새로운 지번과 그 용도, 지목, 해당면적(이 사건 토지는 그 지목이 구거, 도로로 그 용도상 폭이 좁고 길이가 수백 미터에서 수 킬로미터에 이르렀으므로, 이 사건 토지 각 필지는 새로운 지번 여러 필지의 각 일부 면적에 걸쳐 있는 것으로 확인되었고, 이에 따라 피고는 새로운 지번과 더불어 이 사건 토지에 해당하는 면적도 특정한 것이다)을 정리한 자료(을 5호증)를 작성하였다.
바) 피고는 2020. 2. 5. 원고에게 이 사건 사업으로 공공용지(도로, 공원, 하천 등)로 편입․이용되는 토지에 대하여는 비과세하고, 공장용지 및 대지 등으로 편입․이용되는 토지에 대하여 과세한다는 내용을 통지하면서 2020. 2. 14.까지 위 자료의 검토를 요청하였다. 원고는 무상귀속되는 이 사건 토지의 전체 면적이 준공인가승인서와 다르다고 이의를 제기한 외에는(이에 대하여 피고는 준공인가승인서의 면적이 잘못 기재된 것이라고 답변하였고, 원고는 이의하지 않았다) 위 자료에 대하여 별다른 이의를 제기하지 않았다.
3) 다만, 블록 지번 중 I25-6, 7에 관한 개별공시지가는 존재하지 않는 것으로 보이고, 이에 대하여 피고는 위 블록지번 I25-6, 7에 해당하는 이 사건 토지 중 김해시 진례면 담안리 267-1 도로 중 468.16㎡, 같은 리 268-1 구거 중 107.98㎡, 같은 리 1473-4 구거 중 42.97㎡에 대하여 임의로 블록지번 I26-5의 개별공시지가를 적용하여 과세표준을 산정하였는바, 이는 개별공시지가가 존재하지 않는 부분에 대하여 임의로 다른 토지의 개별공시지가를 적용하여 과세표준을 산정하였으므로 지방세법 제4조에 반하여 위법하다.
다. 이중과세로서 위법한지
1) 지방세법 제7조 제4항에 따른 간주취득세
가) 구 지방세법 제7조 제4항, 제1항은 토지의 지목이 사실상 변경됨으로써 가액이 증가한 경우를 취득으로 보아 취득세(이하 ‘간주취득세’라 한다)의 과세 대상으로 삼고 있다. 즉, 토지의 경우 취득세 과세대상이 되는 것은 토지의 소유권을 취득하거나 ‘소유하고 있는’ 토지의 지목이 사실상 변경되어 그 가액이 증가한 경우이다(대법원 2012. 6. 14. 선고 2010두2395 판결 등 참조).
나) 토지의 지목이 사실상 변경된 것을 취득세의 과세대상인 간주취득으로 보기 위하여는 우선 그 토지의 주된 사용목적 또는 용도에 따라 구분되는 지목이 사실상 변경되었을 뿐만 아니라 그로 인하여 가액이 증가되어야 하므로, 이미 그 지목이 사실상 변경된 후에 토지를 취득한 것이라면 비록 취득 후 변경된 사실상의 지목에 맞게 공부상의 지목을 변경하였다고 할지라도 이로써 당해 토지소유자가 취득세 과세물건을 새로이 취득한 것으로 간주할 수 없고, 또한 토지를 취득한 후 그 현상을 전혀 변경시키지 아니한 채 그대로 보유하고 있다가 그 공부상의 지목을 실질에 맞게 변경하였다고 할지라도 공부상의 지목이 변경되었다는 사유만으로 당해 토지 소유자가 그 변경 시점에서 취득세 과세물건을 새로이 취득한 것으로 취급할 수는 없다(대법원 1997. 12. 12. 선고 97누15807 판결 참조).
2) 원고의 간주취득세 납부
다툼 없는 사실, 갑 13, 14, 26호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 피고에게 이 사건 사업시행지의 2단계 부분준공 지역에 포함되는 유상 취득한 토지 및 무상 취득한 이 사건 토지 중 준공 전 사용승낙을 받은 부분 21,201㎡에 관하여 지목변경을 이유로 2017. 9. 29. 취득세 7,501,070원, 농어촌특별세 1,557,900원(김해시 진례면 고모리 I28B 2L외 1필지 4,364㎡), 2017. 10. 30. 취득세 3,651,490원, 농어촌특별세 758,370원(김해시 진례면 ○○테크노밸리 I28B 1L 2,031㎡), 2017. 11. 17. 취득세 10,749,510원, 농어촌특별세 2,232,590원(김해시 진례면 ○○테크노밸리 I28B 3L 외 2필지 5,979㎡), 2017. 12. 29. 취득세 16,455,360원, 농어촌특별세 3,417,640원(김해시 진례면 ○○테크노밸리 I28B 8L 외 4필지 8,827㎡)을 납부한 사실, 이 사건 사업시행지의 2단계 부분준공 지역에 포함되는 유상 취득한 토지 및 무상 취득한 이 사건 토지 중 위와 같이 준공 전 사용승낙을 받은 부분 외의 나머지 부분 62,523㎡에 관하여 지목변경에 따른 간주취득세 365,922,510원(취득세 295,540,940원, 농어촌특별세 61,381,570원)을 납부한 사실, 각 간주취득세의 과세표준은 원고의 회계장부에 의해 확인되는 지목변경에 소요된 공사비용을 기준으로 산정된 사실이 인정된다.
3) 간주취득세를 납부한 원고에게 이 사건 처분을 한 것이 이중과세로서 위법한지
가) 원고는 전체준공(2단계 부분준공)인가일인 2018. 4. 6. 이 사건 토지의 소유권을 취득하였으므로, 준공 전 이 사건 토지에 대하여 사용승낙을 받았다고 하더라도 이 사건 토지는 소유하고 있는 토지가 아니므로 지목변경에 따른 간주취득세를 납부할 의무가 없다. 원고가 준공 전 사용승낙을 받은 부분 21,201㎡에 관하여 납부한 간주취득세는 납부의무가 없음에도 불구하고 세금을 오납한 것에 불과하므로, 이에 대하여 피고를 상대로 부당이득금반환청구를 하는 것은 별론으로 하더라도, 이 부분 간주취득세를 납부하였다는 이유로 이 사건 취득세가 이중과세로서 위법하다는 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.
나) 이 사건 사업 시행으로 인하여 이 사건 토지의 지목은 전체준공(2단계 부분준공)인가일인 2018. 4. 6. 이전에 이미 사실상 변경되었다. 원고는 지목이 사실상 변경된 후 이 사건 토지를 취득하였으므로, 피고는 앞서 본 바와 같이 이 사건 토지에 관한 소유권 취득 당시의 시가표준액을 과세표준으로 한 취득세를 부과하면 족하고, 그 이후 지목변경이 되었다는 사유로 간주취득세를 추가로 부과할 수 없다.
그런데 앞서 인정한 사실관계에 의하면, 원고는 이 사건 토지의 취득 당시의 시가표준액이 아니라 원고가 임의 산정한 과세표준(2016년 담안리 평균 공시지가 63,976원에 평균 상승률 7.31%를 반영하여 해당 면적으로 환산한 669,507,485원으로, 원고의 주장에 따르면 지목변경에 따른 가액 증가가 반영되지 않은 가격이다)으로 취득세를 신고납부하였고, 추가로 지목변경에 따른 가액상승을 반영한 간주취득세를 납부하였으며, 그 이후 피고가 원고에게 취득 당시의 시가표준액을 과세표준으로 산정한 취득세를 과세하는 이 사건 처분을 하였다.
구 지방세법 제7조 제1항의 취득세는 토지를 ‘취득’한 자에게 취득 당시의 시가표준액을 과세표준으로 하여 부과하는 것이고, 구 지방세법 제7조 제4항의 간주취득세는 소유하고 있는 토지의 지목변경으로 인한 가액상승을 토지의 ‘취득’으로 보아 지목변경으로 인한 증가 가액을 과세표준으로 하여 부과하는 것인바, 취득세와 간주취득세 모두 토지의 ‘취득 가액’을 과세대상으로 삼고 있다. 따라서 원고가 이 사건 토지에 대하여 취득 당시의 시가표준액이 아니라 임의로 산정한 과세표준을 적용하여 취득세를 과소신고․납부하였더라도, 이후 이 사건 토지의 지목변경으로 인한 가액상승분에 대하여 간주취득세를 추가 납부하였고, 그 간주취득세액이 이후 피고가 이 사건 토지의 취득 당시의 시가 표준액을 기준으로 산정한 취득세액보다 많다는 점에서 이 사건 토지의 취득 당시의 시가표준액 상당에 대한 취득세가 납부된 것으로 볼 수 있으므로, 피고가 원고가 이미 납부한 간주취득세를 전혀 고려하지 않고 이 사건 토지의 취득 당시의 시가표준액을 기준으로 한 취득세를 추가로 부과한 것은 이 사건 토지의 취득 가액을 과세대상으로 한 취득세를 이중과세한 것으로서 위법하다고 보아야 할 것이다.
라. 이 사건 처분의 취소 범위
이 사건 처분 중 김해시 진례면 담안리 267-1 도로 중 468.16㎡, 같은 리 268-1 구거 중 107.98㎡, 같은 리 1473-4 구거 중 42.97㎡에 대한 부분은 임의로 다른 토지의 개별공시지가를 적용하여 과세표준을 산정한 것이므로 위법하고, 원고가 준공일 이후 간주취득세를 납부한 토지에 대한 부분은 이중과세로서 위법하다. 그런데 이 법원의 석명에 대하여 제출된 증거만으로는 원고가 준공일 전후 납부한 각 간주취득세의 대상 토지를 확인할 수 없어 이 사건 처분 중 이중과세로서 위법한 부분과 위법하지 않은 부분을 구별할 수 없는바, 정당한 세액을 새로이 산정할 수 없으므로 이 사건 처분 전부를 취소할 수밖에 없다.
5. 결론
원고의 청구는 이유 있어 인용하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 피고의 항소를 기각한다. 다만 제1심판결의 주문 제1항은 이 법원에서 원고의 청구감축에 따라 주문 제3항과 같이 변경되었다.