부가가치세의 쟁점금액을 이 건 토지의 취득가격에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

조심2020지1709(20220406) 취득세 기각

[결정요지] 이 건 토지의 취득가격은 그 대물변제협약서에서 확인되는 가액이라 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.

참조조문 : 지방세법 시행령 제18조

참조결정 : 조심2019지1747

[주문] 심판청구를 기각한다.

[이유] 1. 처분개요
가. 청구법인은 OOO 일대에 주둔하던 OOO을 OOO 일원으로 이전하고 그 이전부지 일부에 공동주택 등을 신축하여 분양하는 사업을 영위하기 위하여 설립한 특수목적법인이다.

나. 청구법인은 2019.6.21. OOO외 18필지 412,942.4㎡(OOO이 주둔하던 토지의 일부, 이하 “이 건 토지”라 한다)를 처분청으로부터 대물변제를 원인으로 취득한 후, 대물변제협약에 따른 감정평가액 OOO원(이하 “OOO원”이라 한다)을 과세표준으로 하고「지방세법」(2018.12.31. 법률 제16113호로 개정된 것, 이하 같다) 제11조 제1항 제7호 나목의 세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 신고·납부하였다.

다. 청구법인은 2019.9.17. 이 건 토지의 취득가격을 그 감정가액(OOO원)에서 청구법인이 조성하여 국가 등에 제공한 군부대와 공공시설의 조성비용에 포함된 부가가치세 OOO원(OOO원, 이하 “쟁점금액”이라 한다)을 제외한 OOO원(이하 “OOO원”이라 한다)으로 변경하여야 한다는 취지로 이 건 취득세 등의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2019.11.7. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.6.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 청구법인과 처분청은 2016.3.31. 이 건 토지의 감정평가액을 청구법인이 OOO을 OOO으로 이전하고, OOO 일대에 공공시설을 조성(OOO 이전사업과 공공시설 조성사업을 이하 “이 건 부대이전사업”이라 한다)하는데 투입하는 총 비용인 OOO원으로 하되, 실제 투자금액이 OOO원에 미달하는 경우 청구법인이 미달하는 금액을 처분청에게 현금으로 지급(총 투자비용이 OOO원을 초과하는 경우에는 초과금액 부인)하기로 하는 대물변제협약을 체결하였다.

(2)「지방세법 시행령」(2018.12.31. 대통령령 제29437호로 개정된 것, 이하 같다) 제18조 제2항 제4호에서 부가가치세는 부동산의 취득가격에서 제외한다고 규정하고 있고, 청구법인이 이 건 부대이전사업에 투입한 총 OOO원 중 OOO원은 군부대 및 공공시설 조성공사비용으로 여기에는 쟁점금액인 부가가치세 OOO원이 포함되어 있는바, 쟁점금액은 이 건 토지의 취득가격에 해당되지 않는다 할 것임에도 처분청이 쟁점금액을 이 건 토지의 취득가격으로 보아 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견
(1) 지방자치단체가 관련 법령에 따라 평가한 감정평가액은 특별한 사유가 없는 한 해당 재산의 객관적인 가치로 인정하는 것이 합리적이고, 청구법인과 처분청은 이 건 토지의 대물변제가액을 감정평가액인 OOO원으로 합의하였을 뿐만 아니라 청구법인의 건설용지계정을 보면, 이 건 토지의 가격을 총 OOO원으로 기장하고 있을 뿐, 부가가치세인 쟁점금액(OOO원)에 대하여는 별도로 기장하지 않았다.

(2) 또한, 청구법인이 이 건 토지를 대물변제로 취득하였다 하더라도 토지는 부가가치세 과세대상이 아니므로 이 건 토지의 감정평가액에서 부가가치세인 쟁점금액을 제외하여야 한다는 청구주장은 받아들일 수 없으므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단
가. 쟁점
부가가치세인 쟁점금액을 이 건 토지의 취득가격에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재 – 별지생략

다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.
(가) 주식회사 AAA 외 5개사와 처분청은 2010.6.23. OOO 이전 및 부지개발사업을 위한 민자유치시행 협약을 아래와 같이 체결하였다.
OOO

(나) 주식회사 AAA 외 5개사는 2010.8.10. 이 건 부대이전사업을 위한 특수목적법인인 청구법인을 설립하였다.

(다) 청구법인과 처분청은 2016.3.31. 이 건 토지의 감정평가액인 OOO원을 매매가액으로 하여 이 건 토지 취득을 위한 대물변제계약을 체결하였고, 그 내용은 아래와 같다.
OOO

(라) 청구법인은 2019.6.7. 이 건 부대이전사업을 완료하였고, 처분청은 2019.6.13. OOO이 주둔하던 OOO 일대 955,965.1㎡(이 건 토지 412,942㎡ 포함)를 산업단지로 조성하는 OOO 개발사업을 준공하였다.

(마) 처분청이 2019.6.18. 작성한 이 건 부대이전사업의 총 투자비 정산 내역(OOO)을 보면, 이 건 부대 이전사업의 순 투자비용은 OOO원으로 대물변제협약서 상의 총 투자금액(OOO원)보다 OOO원이 감소하였고, 청구법인은 개발이익 OOO원 중 OOO원으로 공공시설(OOO공원 및 OOO 박스교량)을 조성하고, 나머지 OOO원은 처분청에 현금으로 납부한 것으로 나타난다.

(바) 청구법인은 2019.6.21. 대물변제협약에 따라 이 건 토지를 취득한 후, 그 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 이 건 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.

(사) 청구법인이 제출한 건설용지계정을 보면, 청구법인이 이 건 토지의 장부가액을 대물변제 협약에 따른 감정평가액인 OOO원으로 기장한 사실을 알 수 있으나, 쟁점금액인 OOO원에 대하여는 계정별 원장 등을 제출하지 아니하여 구체적인 산출내역은 알 수 없다.

(2)「지방세법」제10조 제5항 제3호, 같은 법 시행령 제18조 제1항 및 같은 조 제2항 제4호에서 판결문·법인장부 등에 따라 취득가격이 증명되는 취득의 경우에는 그 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 간접비용의 합계액을 취득가격으로 하되, 부가가치세는 취득가격에서 제외하는 것으로 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,「지방세법 시행령」제18조 제2항 제4호에서 취득가격에서 포함하지 않는 것으로 규정하고 있는 부가가치세는 해당 부동산 등을 취득하기 위하여 그 취득자가 거래 상대방 또는 제3자에게 지급한 것을 의미한다고 보는 것이 타당한 점(조심 2019지1747, 2020.2.6. 같은 뜻임), 청구법인은 이 건 토지의 매매금액을 감정평가액인 OOO원으로 하여 대물변제계약을 체결한 후 그 금액 전부를 이 건 토지의 취득가격으로 하여 장부에 기장한 점, 부가가치세는 그 공급을 받는 자(취득자)가 부담하는 세목으로 이 건 토지는「부가가치세법」제26조 제1항 제14호에 따라 부가가치세가 면제되므로 청구법인이 부담하지도 않은 부가가치세를 이 건 토지의 취득가격에서 제외할 수는 없는 점 등에 비추어 이 건 토지의 취득가격은 그 대물변제협약서에서 확인되는 OOO원이라 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제96조 제6항,「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령 – 생략

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