조심2021지0744(20220125) 취득세 취소
[관련법령] 지방세특례제한법 제47조의2 [주문] OOO구청장이 2020.8.25. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. [이유] 1. 처분개요가. 청구법인은 2016.11.10. 처분청으로부터 지식산업센터 설립승인을 받고, 2016.12.16. OOO소재 토지 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO원에 취득한 후, 「지방세특례제한법」(2015.12.29. 법률 제13637호로 일부 개정된 것) 제58조의2 제1항 제1호에 따라 취득세의 100분의 50을 경감하여 취득세 등 OOO원을 신고‧납부하였다.
나. 청구법인은 2017.4.13. 주식회사 OOO(이하 “수탁자”라 한다)과 관리형토지신탁 계약을 체결하여 쟁점토지를 신탁하였고, 수탁자는 2019.5.14. 쟁점토지 지상에 지식산업센터 OOO㎡(이하 “이 건 지식산업센터”라 한다) 및 근린생활시설 OOO㎡를 신축한 후, 「지방세특례제한법」(2019.4.30. 법률 제16413호로 일부 개정된 것) 제58조의2 제1항 제1호에 따라 취득세의 100분의 35를 경감하여 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.
다. 처분청은 청구법인에 대한 세무조사 결과, 이 건 지식산업센터 중 제OOO호 외 OOO호실 OOO㎡(이하 “쟁점지식산업센터”라 한다)의 수분양자가 입주 후 입주가능업종을 영위하지 아니한 것을 확인하고, 이 건 지식산업센터 중 쟁점지식산업센터가 차지하는 비율만큼은 쟁점토지에 대해 이미 경감해주었던 취득세를 추징하여야 한다고 보아, 2020.8.25. 청구법인에게 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과‧고지하였다.
라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.11.20. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 청구법인으로부터 이 건 지식산업센터의 신축‧분양 업무를 위탁받은 수탁자는 쟁점지식산업센터를 분양받은 자들(이하 “수분양자들”이라 한다)과 쟁점지식산업센터를 사업시설용으로 사용하는 내용으로 계약하였고, 그 용도대로 사용하겠다는 계약자 확인서, 사전입주조사서 및 확인사항 등(이하 “계약자 확인서 등”이라 한다)을 받고 분양하였으므로, 청구법인으로서는 쟁점지식산업센터를 사업시설용으로 분양하기 위한 의무를 다한 것이다.
(2) 수분양자들이 쟁점지식산업센터를 다른 용도로 사용한 것은 이 건 취득세 등 추징사유인 ‘다른 용도로 분양하는 것’에 해당하지 않으며, 지식산업센터 설립자는 「지방세특례제한법」제58조의2 제1항에 따라 취득세를 감면받고, 지식산업센터의 수분양자들은 같은 조 제2항에 따라 취득세를 감면받는 것으로 규정하고 있어, 그 감면에 적용되는 조항이 서로 다름에도 이를 연관지어 취득세의 감면 여부를 판단하는 것은 부당하다.
(3) 특히, 쟁점지식산업센터 중 제OOO호는 수분양자가 지식산업센터를 사업시설용으로 사용 중에 있다.
나. 처분청 의견
(1) 「지방세특례제한법」제58조의2 제1항의 감면취지는 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 사업시설용으로 직접 사용하거나 사업시설용으로 분양하거나 임대하고자 하는 자에게 세제 혜택을 주어 산업의 집적을 활성화하고 지식산업센터를 원활하게 설립할 수 있도록 지원하려는 것으로서, 지식산업센터를 신축하였으나 이를 사업시설용이 아닌 다른 용도로 분양하거나 임대하는 경우에도 그 혜택을 주려는 것은 아니다.
(2) 청구법인이 분양계약을 체결하면서 쟁점지식산업센터를 사업시설용으로 사용할 것이라는 계약자 확인서 등을 받았다고 하더라도, 그것은 청구법인과 수분양자들 간의 사법상 계약에 불과한 것이어서 언제든 위배될 여지가 있으며, 수분양자들이 쟁점지식산업센터를 의무 사용기간내 임대, 매각 등을 하여 사업시설용 이외의 용도로 사용하였다면 「지방세특례제한법」제58조의2 제1항 제1호 나목에 따라 감면된 취득세 등을 추징하는 것이 타당하다.
(3) 다만, 쟁점지식산업센터 중 제704호는 수분양자가 지식산업센터를 사업시설용으로 사용 중인 것으로 확인된다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
지식산업센터 설립자가 사업시설용으로 분양하였으나, 수분양자가 사업시설용 이외의 용도로 사용한 경우 기 감면받은 취득세 등을 추징하는 것이 타당한지 여부
나. 관련 법령 : <별지> 기재 (별지 생략)
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.
(가) 청구법인은 2016.11.10. 처분청으로부터 다음과 같은 지식산업센터 설립승인을 받은 것으로 나타난다.
○○○
(나) 청구법인은 2016.12.16. 쟁점토지를 OOO원에 취득한 후, 「지방세특례제한법」(2015.12.29. 법률 제13637호로 일부 개정된 것) 제58조의2 제1항 제1호에 따라 취득세의 100분의 50을 경감하여 취득세 등 OOO원을 신고‧납부하였다.
(다) 청구법인은 2017.4.13. 수탁자와 관리형토지신탁 계약을 체결하여 쟁점토지를 신탁하였고, 수탁자는 2019.5.14. 쟁점토지 지상에 이 건 지식산업센터 및 근린생활시설 OOO㎡를 신축한 후, 이 중 이 건 지식산업센터에 대하여는 「지방세특례제한법」제58조의2 제1항에 따라 취득하는 부동산으로 감면을 신청하여 취득세의 100분의 35를 경감받았다.
(라) 쟁점지식산업센터의 수분양자들은 2019.6.21. 등에 쟁점지식산업센터를 수탁자로부터 분양‧취득하였으나, 처분청에 「지방세특례제한법」 제58조의2 제2항에 따른 지식산업센터 입주자 감면은 신청하지 않은 것으로 확인된다.
(마) 처분청은 수분양자들이 수탁자로부터 쟁점지식산업센터를 최초로 분양받은 후 사업시설용으로 직접 사용하지 않고 임대‧매각 등을 하였다고 주장하며 그 사용현황을 아래와 같이 제출하였다.
○○○
(바) 청구법인은 수탁자가 쟁점지식산업센터 분양시 수분양자들로부터 계약자 확인서 등을 수령하였다고 주장하며, 수분양자들 중 주식회사 OOO가 2017.6.5. 수탁자에게 제출한 다음과 같은 계약자 확인서 등을 제출하였다.
<계약자 확인서>
○○○
<사전입주조사서 및 확인사항>
○○○
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.
「지방세특례제한법」(2015.12.29. 법률 제13637호로 일부 개정된 것) 제58조의2 제1항에서「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2016년 12월 31일까지 지방세를 경감한다고 규정하면서, 그 제1호에서 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 “사업시설용”이라 한다)으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 지식산업센터에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다고 규정하고 있고, 그 나목에서 그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 분양ㆍ임대하는 경우를 규정하고 있다.
처분청은 수분양자들이 쟁점지식산업센터를 사업시설용으로 사용하지 않았다면 청구법인이 다른 용도로 이를 분양‧임대한 것으로 보아 당초 감면해준 취득세 등을 추징하는 것이 타당하다는 의견이다.
그러나, 청구법인은 2016.11.10. 처분청으로부터 이 건 지식산업센터 설립승인을 득한 후, 2016.12.16. 사업시행자의 지위에서 쟁점토지를 취득하였던바, 청구법인은 「지방세특례제한법」제58조의2 제1항에서 말하는 지식산업센터 설립자에 해당하는 한편,
청구법인은 2017.4.13. 수탁자와 관리형토지신탁 계약을 체결하여 쟁점토지를 신탁한 후 이 건 지식산업센터 신축‧분양 업무를 위탁하였고, 수탁자는 쟁점토지 지상에 이 건 지식산업센터를 신축하여 수분양자들에게 분양하면서 수분양자들이 이를 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용으로 사용하는 것을 조건으로 하여 분양한 것으로 확인되는바, 지식산업센터 설립자인 청구법인이 사업시설용이 아닌 다른 용도로 분양‧임대했다고 보기 어려운 점,
「지방세특례제한법」제58조의2 제2항 제1호 나목에서 ‘다른 용도로 사용하는 경우’를 규정하고 있으나, 이는 지식산업센터 설립자가 아닌 수분양자에게 적용하는 규정이므로 설립자까지 확장하여 적용할 수 없고, 분양 후 사후적으로 발생하는 사유로 인하여 지식산업센터 설립자에게 부여했던 감면혜택까지 추징하는 것은 그 설립자의 관리‧의무의 범위를 벗어나는 것이라서 불합리해 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점지식산업센터를 사업시설용이 아닌 다른 용도로 분양‧임대한 것으로 보아 처분청이 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제6항, 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.