재건축조합인 청구법인이 신탁토지와 제3자 매입토지상에 아파트를 신축하여 그 중 일부를 일반분양하는 경우 당해 일반분양분의 부속토지 중 취득세 과세대상 토지 면적의 산정이 정당한지 여부

조심2020지2096(20210907) 취득세 취소

[결정요지] 청구법인은 전체 비조합원용 토지 중 제3자로부터 취득하여 취득세 등을 이미 신고ㆍ납부한 토지 21,459.39㎡를 제외한 나머지 면적에 대하여만 취득세 등을 신고ㆍ납부하는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 잘못이 있다고 판단됨

관련법령 : 지방세법시행령 제20조

[주문] OOO청장이 2020.5.18. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이유] 1. 처분개요
가. 청구법인은 2014년 8월부터 2015년 10월까지 조합원 외의 제3자로부터 OOO 외 6필지 토지 OOO㎡(이하 “이 건 매입토지”라 한다)를 취득한 후 2014년 8월 등에 등에 처분청에 취득세 등 OOO원(이하 “기 신고·납부 취득세 등”이라 한다)을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 이 건 매입토지와 조합원으로부터 신탁받은 OOO 등 토지 OOO㎡(이하 “이 건 신탁토지”라 한다) 합계 OOO㎡(이하 “이 건 사업부지”라 한다)에서 OOO제1구역주택재건축정비사업(이하 “이 건 재건축사업”이라 한다)을 시행한 후, 2019.4.5. 처분청에 조합원으로부터 신탁받은 토지 중 취득세 과세대상이 되는 일반분양분 토지 면적을 전체 일반분양분 토지 OOO㎡(이하 “이 건 일반분양분 토지”라 한다)에서 이 건 매입토지의 일부(OOO㎡)만을 차감한 후, 나머지 토지(OOO㎡)에 대하여 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

다. 청구법인은 2020.4.22. 취득세 과세대상이 되는 일반분양분 토지 면적을 산정할 때 이 건 일반분양분 토지에서 이 건 매입토지 전체를 우선하여 차감한 후 그 나머지를 과세대상 면적으로 보아야 할 것임에도 이 건 매입토지의 면적의 일부만을 차감하였으므로 기 신고·납부한 취득세 등에서 일부를 환급하여야 한다는 이유로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.5.18. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.7.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
청구법인이 이 건 매입토지를 취득하여 이 건 사업부지에 포함한 경우 이 건 재건축사업을 완료한 후 조합이 일반분양분 토지를 조합원으로부터 취득하면서 이 건 매입토지에 대하여 다시 취득세를 과세할 경우 동일한 토지에 대하여 이중으로 취득세를 부담하게 된다.

조합원으로부터 신탁받은 토지와 제3자로부터 매입한 토지가 전체적으로 하나의 단일한 사업부지로 사용하여 그 중 어느 것이 조합원에게 귀속되고 어느 것이 비조합원에게 귀속되는지의 실지귀속을 구분할 수 없다면, 특별한 사정이 없는 한 납세자에게 세무상 불이익이 없도록 제3자로부터 매입한 토지는 비조합원용 토지로 우선하여 산정하여야 할 것으로 이 건 일반분양분 토지 OOO㎡에서 이 건 매입토지 OOO㎡를 차감한 OOO㎡에 대하여만 취득세를 과세하여야 한다.

나. 처분청 등의 의견
(1) OOO시장
OOO시장은 청구법인의 의견과 같이 이 건 거부처분이 취소되어야 한다고 보았다.

(2) 처분청
비조합원용 토지에는 일반분양분, 임대주택, 정비기반시설 및 학교용지용 토지가 있고, 재건축조합이 제3자로부터 매입한 토지가 비조합원용 토지 중에서 어디로 귀속되는지가 불분명하고, 개별적으로 대응관계를 이루어 승계되는 것이 아니라, 「도시개발법」에 따른 환지가 있었던 것으로 간주되므로, 청구법인의 이 건 매입토지는 비조합원용 전체 토지에서 일반분양분, 임대주택, 정비기반시설, 학교용지용 토지가 차지하는 면적비율대로 안분하여 산정하여야 하고, 비조합원용 토지 중 일반분양분 등 각 귀속구분별로 안분하여 산정한 후 남은 토지면적을 취득세 과세대상인 조합원으로부터 취득하는 토지로 산정하여야 한다.

3. 심리 및 판단
가. 쟁점
재건축조합인 청구법인이 신탁토지와 제3자 매입토지상에 아파트를 신축하여 그 중 일부를 일반분양하는 경우 당해 일반분양분의 부속토지 중 취득세 과세대상 토지 면적의 산정이 적법한지 여부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

(가) 청구법인은 OOO 외 10필지 OOO㎡’를 사업부지로 하여 이 건 재건축사업을 시행하여, OOO 아파트 1,061세대 및 상가를 신축하여 공급하는 이 건 재건축사업의 사업시행자로서 아래와 같이 사업을 추진하였다.

○ 주요사업 추진 경과
– 2017.11.26. 조합설립인가
– 2010.12.24. 주택재건축정비사업계획 승인
– 2012.8.8. 관리처분계획인가
– 2018.12.31. 준공인가
– 2019.3.27. 소유권이전고시

(나) 청구법인은 이 건 사업부지 중 OOO 외 6필지 토지 OOO㎡ 2014년 8월부터 2015년 10월까지 조합원 외의 자로부터 취득한 후, 2014년 8월 등에 취득세 등 OOO원을 처분청에 신고·납부한 것으로 확인된다.

(다) 청구법인은 조합원들로부터 신탁받은 토지 OOO㎡와 조합원 이외의 제3자로부터 취득한 토지 OOO㎡를 사업부지로 하여 재건축사업을 시행하였고, 2018.12.31. 처분청으로부터 준공인가를 받은 후, 2019.3.27. 처분청의 아래 소유권이전고시에 따라 이 건 사업부지의 소유권을 조합원, 조합, 처분청, 학교로 이전하였다.

OOO

(라) 청구법인은 2019.4.5. 처분청에 이 건 매입토지에 대하여 비조합원용 전체 토지의 면적 중 일반분양분, 임대주택 등 각 귀속구분별 토지의 면적 비율에 따라 이 건 매입토지를 안분하여 취득세 과세대상 토지면적을 OOO㎡로 산정한 후, 그 토지에 대한 시가표준액 OOO원을 과세표준으로 하고, 「지방세법」제11조 제1항 제2호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

(마) 청구법인은 2020.4.22. 이 건 사업부지에는 이 건 매입토지가 포함되어 있고, 조합원으로부터 신탁받은 토지 중 취득세 과세대상이 되는 일반분양분 토지의 면적을 산정할 때에는 이 건 일반분양분 토지에서 이 건 매입토지를 우선하여 차감한 후 그 나머지를 과세대상 면적으로 보아야 할 것임에도 기 신고·납부한 취득세 등에서 신고한 면적에는 이 건 매입토지의 면적이 과소산정 되었으므로 기 신고·납부한 취득세 등에서 일부를 환급하여야 한다는 이유로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.5.18. 이를 거부하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.
「지방세법」 제7조 제8항에서 「도시 및 주거환경정비법」 제35조 제3항에 따른 재건축조합이 해당 조합원용으로 취득하는 조합주택용 부동산은 그 조합원이 취득한 것으로 보되 다만, 조합원에게 귀속되지 아니하는 부동산(이하 이 장에서 “비조합원용 부동산”이라 한다)은 제외한다고 규정하고 있고,

같은 법 시행령 제20조 제7항에서 「도시 및 주거환경정비법」 제35조 제3항에 따른 재건축조합이 재건축사업을 하면서 조합원으로부터 취득하는 토지 중 조합원에게 귀속되지 아니하는 토지를 취득하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제86조 제2항에 따른 소유권이전 고시일의 다음 날에 그 토지를 취득한 것으로 본다고 규정하고 있다. .

위 규정에서 정한 주택조합등이 조합원으로부터 신탁받은 토지와 제3자로부터 매입한 토지를 기반으로 아파트 등을 신축하는 사업을 시행한 다음 이를 조합원과 조합원 외의 자에게 분양함으로써 그 토지 중 일부가 조합원에게 귀속되고 나머지가 조합원 외의 자에게 귀속된 경우,

비조합원용 토지 중 제3자로부터 매입한 토지가 차지하는 면적은 그 실지귀속에 따라 가리는 것이 원칙이나, 조합원으로부터 신탁받은 토지와 제3자로부터 매입한 토지가 전체적으로 하나의 단일한 사업부지로 사용됨으로써 그 중 어느 것이 조합원에게 귀속되고 어느 것이 조합원 외의 자에게 귀속되는지의 실지귀속을 구분할 수 없다면,

특별한 사정이 없는 한 납세자에게 세무상 불이익이 없도록 제3자로부터 매입한 토지는 비조합원용 토지로 우선하여 산정하여야 할 것(대법원 2015.10.29. 선고 2010두1804 판결, 같은 뜻임)이다.

처분청은 이 건 취득세 등의 경정청구 거부처분이 정당하다는 의견이나, 청구법인은 이 건 재건축사업을 추진하기 위하여 조합원 외의 제3자로부터 토지 OOO㎡를 취득한 후 취득세 등을 신고ㆍ납부한 점,

청구법인은 이 건 재건축사업을 시행하여 아파트 등을 신축하고 소유권이전고시일의 다음날인 2019.3.28. 비조합원용 토지를 취득한 것으로 보아 위 토지 중 OOO㎡에 대한 취득세 등을 신고ㆍ납부한 점,

청구법인은 이 건 재건축사업의 시행을 위하여 토지의 일부는 조합원으로부터 신탁받고 일부는 제3자로부터 유상으로 취득한 후 그 지상에 공동주택을 신축하여 일부는 조합원에게 일부는 비조합원에게 이전하였으나, 제3자로부터 취득한 토지가 조합원 또는 비조합원에게 개별적으로 그대로 귀속되었는지 여부가 불분명하고 위와 같이 제3자로부터 취득한 토지의 실지 귀속이 불분명한 경우 동 토지는 비조합원용 토지로 우선하여 산정하는 것이 타당한 점,

청구법인이 취득한 토지 중 조합원용 토지는 조합원이 취득한 것으로 의제되어 청구법인은 취득세 등의 납세의무가 없고, 비조합원용으로 취득한 토지에 대하여만 취득세 등의 납세의무 있는바, 청구법인은 비조합원용으로 취득하고, 기부채납 비과세 대상인 임대주택, 정비기반시설 및 학교용지를 제외한 이 건 일반분양분 토지 OOO㎡에 대하여만 취득세 등의 납세의무가 있으나, 이 중 비조합원용으로 간주되는 제3자로부터 취득한 토지 OOO㎡에 대하여는 이미 취득세 등을 신고ㆍ납부한 점 등에 비추어,

청구법인은 전체 비조합원용 토지 OOO㎡에서 제3자로부터 취득하여 취득세 등을 이미 신고ㆍ납부한 토지 OOO㎡ 및 기부채납 등의 사유로 비과세되는 OOO㎡를 제외한 나머지 면적 OOO㎡에 대하여만 취득세 등을 신고ㆍ납부하는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제6항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

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