운송사업자가 과점주주인 경우 지특법상 취득세 감면대상 여부 회신

부동산세제과-2069(20210729) 취득세

관계법령 : 지방세특례제한법 제70조제3항

[답변요지] 특정 법인이 부동산 등을 취득하여 그에 따른 비과세, 감면 또는 중과세는 취득의 주체가 해당 목적사업에 사용여부 등 지방세관계법에서 정하는 과세요건에 충족해야하는데, 과세대상 부동산 등을 취득한 법인이 아닌 그 과점주주에게는 이러한 과세요건이 적용된다고 볼 수 없고, 과점주주 B가 여객자동차운송사업 면허를 보유하고 있다 하더라도 시내버스 운송사업에 직접 사용하는 것은 A법인이며 이를 B가 직접 사용한다고 볼 수 없이므로, B법인이 A법인의 주식을 취득하여 A법인의 과점주주가 되는 경우, A법인이 보유한 천연가스 버스에 대하여 「지방세특례제한법」 제70조제3항에 따른 취득세 감면대상이 아니라고 사료됨

[질의요지] ○ B법인이 A법인(천연가스 버스 소유)의 주식을 취득하여 A법인의 과점주주가 되는 경우, A법인이 보유한 천연가스 버스에 대하여 「지방세특례제한법」 제70조제3항에 따른 취득세 감면대상인지 여부

[회신내용] ○ 「지방세법」 제7조제5항에서 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 “과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 본다고 규정하고,

– 「지방세특례제한법」 제70조제3항에서 「여객자동차 운수사업법」 제4조에 따라 여객자동차운송사업 면허를 받거나 등록을 한 자가 같은 법 제3조에 따른 여객자동차운송사업에 직접 사용하기 위하여 천연가스 버스를 취득하는 경우에는 2020년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 2021년 1월 1일부터 2021년 12월 31일까지 취득세의 100분의 75를 경감한다고 규정하고 있습니다.

○ 법인이 취득세 과세대상 부동산 등을 취득하는 경우와 그 법인의 주식을 취득하여 과점주주가 되는 경우에는 독립적인 취득행위로서 각각의 과세요건에 따라 취득세 납세의무가 성립한다 할 것입니다.

– 즉, 특정 법인이 부동산 등을 취득하여 그에 따른 비과세, 감면 또는 중과세는 취득의 주체가 해당 목적사업에 사용여부 등 지방세관계법에서 정하는 과세요건에 충족해야하는데, 과세대상 부동산 등을 취득한 법인이 아닌 그 과점주주에게는 이러한 과세요건이 적용된다고 볼 수 없다 할 것입니다.

– 쟁점 사안의 경우에서도 「지방세특례제한법」 제70조제3항의 적용에 있어 과점주주 B가 여객자동차운송사업 면허를 보유하고 있다 하더라도 시내버스 운송사업에 직접 사용하는 것은 A법인이며 이를 B가 직접 사용한다고 볼 수 없다 할 것입니다.

○ 또한, 「지방세법」 제7조제5항에 따라 과점주주가 해당 법인의 부동산등을 취득한 것으로 보아 취득세가 과세되지만, 그 감면대상으로 「지방세특례제한법」 제57조의2제6항의 금융산업의 구조개선에 관한 법률에 따라 주식을 취득하는 경우 등 일정 요건으로 한정하고 있고, 아울러 2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정된 舊「지방세법」 제105조제6항 단서에서 “기타 법령에 의하여 취득세가 비과세·감면되는 부분에 대하여는 그러하지 아니하다”는 부분이 삭제된 점을 종합적으로 고려할 때,

– B법인이 A법인(천연가스 버스 소유)의 주식을 취득하여 A법인의 과점주주가 되는 경우, A법인이 보유한 천연가스 버스에 대하여 「지방세특례제한법」 제70조제3항에 따른 취득세 감면대상이 아니라고 사료됩니다.

○ 이는 질의 당시 사실관계를 바탕으로 판단한 해석으로서 추가 사실 확인 등 변동이 있을 시는 당해 과세권자가 면밀한 조사를 통해 최종 결정할 사안입니다.

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