지방세정책과-1908호(20210429) 지방소득세

관계법령:지방세기본법 제60조제1항

 

<답변요지>

지방세 환급에 관한 권리는 납부 시부터 행사할 수 있으므로 그 소멸시효는 이를 행사할 수 있는 납부일부터 진행하며, 납부일부터 5년이 경과한 오납액의 경우 소멸시효 완성으로 인해 환급대상에 해당하지 않는다고 판단되며, 소득세 외에 지방소득세에 대하여 별도의 소 제기가 없었다면 당해 지방소득세의 소멸시효는 중단없이 진행되어 완성되었다고 할 것임

 

<질의요지>

○ 장기에 걸친 부당이득금 반환소송 결과(화해)에 따라 소득세(원천징수분)가 환급되어 「지방세법」 제103조의59(舊 지방세법 제177조의4도 같은 취지)에 따라 지자체에 통보된 경우, 동일한 과세요건에 따라 납부하였으나 이와 관련하여 별도의 소를 다투지 않은 지방소득세(특별징수분)가 지방세환급금의 소멸시효에도 불구하고 환급대상에 해당하는지 여부

 

<회신내용>

○「지방세기본법」제60조제1항에서 지방자치단체의 장은 납세자가 납부한 지방자치단체의 징수금 중 과오납한 금액이 있거나 「지방세법」에 따라 환급하여야 할 환급세액이 있는 경우에는 즉시 그 오납액, 초과납부액 또는 환급세액을 지방세환급금으로 결정하여야 한다고 규정하고 있으며, 이 때 오납액은 납부 또는 징수의 기초가 된 신고 또는 부과처분이 부존재하거나 당연무효임에도 불구하고 납부 또는 징수된 세액을, 초과납부액은 신고 또는 부과처분이 당연무효는 아니나 그 후 취소 또는 경정됨으로써 그 전부 또는 일부가 감소된 세액을, 환급세액은 적법히 납부 또는 징수되었으나 그 후 국가가 보유할 정당한 이유가 없게 되어 환급하기로 정한 세액(대법원 1986.6.15. 선고, 88누6436 판결 참고)을 말하는 것입니다.

 

○ 또한, 「지방세기본법」 제64조제1항에서 지방세환급금과 지방세환급가산금에 관한 납세자의 권리는 행사할 수 있는 때부터 5년간 행사하지 아니하면 시효로 인하여 소멸한다고 규정하고 있고, 「지방세관계법 운영예규(기본법 64-1)」에서는 같은 규정에서 말하는 권리를 행사할 수 있는 때를 「지방세기본법」 제62조제1항 각 호의 날(지방세환급가산금의 기산일과 동일)을 말한다고 규정하면서 예외적으로 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소하여 지방세환급금이 발생된 경우에는 경정결정일 또는 부과취소일을 말한다고 규정하고 있습니다.

 

○ 귀 질의에서 적시한 사실관계에 따르면 소득세 원천징수의무자이면서 동시에 지방소득세 특별징수의무자인 금융회사가 국내 개인투자자에 해외펀드 수익증권을 판매하고 수익금을 지급하면서 당시 조세특례 규정을 오인하여 납세의무가 없는 배당소득에 대해 소득세(원천징수분)와 지방소득세(특별징수분)를 잘못 납부한 경우로 판단되는바, 금융회사가 원천(특별)징수대상이 아닌 소득에 대하여 세액을 징수하여 납부하였다면 이는 법률상 당연무효 행위에 해당하므로 보이며 이때 잘못 납부한 세액은 앞서 언급한 환급금의 구분 기준에 따라 “오납액”에 해당할 것으로 보입니다.

○ 이처럼, 처음부터 법률상 원인 없이 납부된 오납액에 대하여 납세자가 환급을 청구할 수 있는 권리는 납부한 날에 발생하여 확정되었다고 할 것이고, 지방세 환급에 관한 권리는 납부 시부터 행사할 수 있으므로 그 소멸시효는 이를 행사할 수 있는 납부일부터 진행(대법원 1986.6.15. 선고, 88누6436 판결, 대법원 2004.4.27. 선고, 2003두10763 판결, 법제처 2012.12.14. 회신 12-0675 등 참고)하며, 납부일부터 5년이 경과한 오납액의 경우 소멸시효 완성으로 인해 환급대상에 해당하지 않는다고 판단됩니다.

○ 아울러, 「지방세기본법」 제64조제2항에서 지방세환급금의 소멸시효에 대해서는 이 법 또는 지방세관계법에 별도 규정이 있는 경우를 제외하고「민법」을 따른다고 하면서, 같은 규정 후단에서 지방세환급금 또는 지방세환급가산금과 관련된 과세처분의 취소 등 행정소송을 제기한 경우 「민법」제168조 제1호에 따른 청구를 한 것으로 간주하여 시효가 중단된다고 하고 있는데, 소득세와 지방소득세는 부과주체, 과세요건, 부과절차 등에 있어서 서로 다른 별개의 조세(대법원 1996.9.24. 선고, 95누15445 판결 참고)이므로 귀 질의와 같이 소득세에 대해서만 부당이득금 반환의 소를 제기하였을 뿐 지방소득세에 대해서 별도의 소 제기가 없었다면 당해 지방소득세의 소멸시효는 중단없이 진행되어 완성되었다고 할 것입니다.

 

○ 한편, 「지방세법」 제103조의59에서 지방자치단체의 장이 세무서장등으로부터 소득세 환급을 통보받은 경우 해당 소득세와 동일한 과세표준에 근거하여 산출한 지방소득세를 다시 계산하여 환급하라고 정하고 있는 것이 「지방세기본법」 제64조에 따른 지방세환급금의 소멸시효에도 불구하고 적용하여야 하는 것인지에 대하여 살펴보면, 해당 규정은 「지방세기본법」 등에서 정하고 있는 일반적인 조세체계와 원칙에 따라 정상적으로 환급하여야 할 세액이 발생하는 경우를 전제로 한 절차 규정으로, 지방세환급금의 환급청구권이 소멸된 경우까지 무조건 환급하라는 취지로 볼 수는 없다고 판단됩니다.

 

○ 본 회신은 지방세법규해석심사위원회(2021.4.20.)의 심의를 거쳐 결정한 내용임을 알려드리며, 개별적인 사안에 대해서는 구체적인 사실관계 등에 따라 과세관청이 직접 판단하시기 바랍니다. 끝.