조심2020지0762(20200821) 취득세 취소

[결정요지] 청구법인의 설립 당시 법인등기부등본과 법인 정관에 식품제조가공 및 도소매업 등을 목적사업으로 등재하였고, 이 건 토지를 취득하여 공장 건축허가를 받아 건축 중에 있으며, 식품제조를 위한 햅썹(HACCP) 공사계약, 유제품 원재료 공급계약, 관련 공장장비 공급계약 등을 체결하여 이 건 토지를 창업중소기업의 감면대상 업종인 제조업에 직접 사용하기 위한 일련의 준비과정에 있는 것으로 나타나는 점 등에 비추어 이 건 토지는 「지방세특례제한법」제58조의3 제1항의 창업중소기업 등에 대한 감면대상으로 보는 것이 타당하다 하겠음

[관련법령] 지방세특례제한법 제58조의3
참조결정: 조심2013지0156 / 조심2015지0894 / 조심2017지0022

[주문] OOO시장이 2020.2.17. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이유] 1. 처분개요
가. 청구법인은 2018.2.23. 법인등기부 상에 가맹사업, 식품 제조, 가공 및 도소매업, 식품, 식자재 및 공산품에 관한 물류 유통업 등을 목적사업으로 하여 설립되었다.

나. 청구법인은 2019.12.10. 처분청으로부터 OOO 토지 1,977㎡(지목 : 답, 이하 “이 건 토지”라 한다) 상에 공장을 설립하는 것으로 하여 창업계획승인을 받고, 2019.12.30. 이 건 토지를 취득한 후, 그 취득가액 (OOO원)을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 합계OOO원을 신고·납부하였다.

다. 청구법인은 2020.1.7. 처분청에 이 건 토지가 창업벤처중소기업이 그 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 해당하므로 「지방세특례제한법」제58조의3에 따라 취득세의 100분의 75를 경감해야 한다는 취지로 취득세 등의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.2.17. 청구법인이 창업 당시부터 제조업을 실질적으로 경영하였다고 인정하기 어렵다고 보아 거부통지를 하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.4.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장

청구법인은 2018.2.23. 식품 제조와 식자재유통, 도소매업 등을 목적사업으로 하여 법인을 설립하였으나, 설립등기 후 사업자등록 신청 당시 식품 제조시설 및 영업허가증이 없어 제조업을 등재할 수 없는 상황이어서 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)라는 제빵류 제조업체와 위탁생산계약을 체결하고 당사의 아이디어와 지시 하에 제조 후 제3자인 OOO(이하 “OOO”라 한다) 배송을 통해 유통 및 판매를 하였다.
이후, 새로운 제품 생산 등이 위탁생산만으로 충분치 않아 2019년 5월 자본금을 증자한 후 OOO지역에 제조공장과 제조시설을 설치하고자 이 건 토지를 매입하여 공장 설립에 대한 사업계획서를 바탕으로 OOO에 허가를 득하고 사업자등록증에 제조업을 추가하였는바, 기존에는 사업자등록증에 포함되어 있지 않은 종목으로 세금계산서를 발행할 수 없기 때문에 창업 초기부터 2019년 제2기까지 제조업으로 세금계산서를 발행하지 않아서 제조업 매출이 없는 것이고, 2019년 12월 처분청(OOO)으로부터 창업사업계획 승인을 받아 이 건 토지 상에 공장 건축허가를 득하여 공사를 진행하고 있다.

처분청은 창업 당시부터 실질적으로 감면대상 업종을 영위하였다고 보기 어려워 취득세 등의 경정청구를 거부하였으나, 청구법인은 법인설립 당시부터 법인정관 상에 제조업이 목적사업에 포함되어 있고, 일반적으로 창업을 한 회사들과 같이 초기 자금 사정과 관계 시스템이 매우 취약하여 제3자 유통방식으로 사업을 운영한 것이며, 창업 초기 회사들을 지원하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 제조업 등을 영위하기 위한 일련의 준비과정(업종의 안정화와 산업기반시설의 확보 등)이 필요한바, 사업자등록 상 서비스업으로 등록되어 있고 제조업을 추후에 추가한 것이 감면업종을 경영하지 않았다고 보는 것은 해당 감면 조항의 입법취지에 부합되지 않는다고 사료되므로, 처분청이 경정청구를 거부한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견
「지방세특례제한법」제58조의3 제1항에서 「중소기업창업 지원법」 제2조 제1호에 따른 창업을 한 기업으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 대통령령으로 정하는 날(이하 이 조에서 “창업일”이라 한다)부터 4년 이내에 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다고 규정하고 있고, 같은 조 제6항에서 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호(4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우)의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다고 규정하고 있다.
“사업의 확장이나 업종추가”의 의미를 위의 창업의 의미에 비추어 보면, ‘업종의 추가’란 최초로 영위하는 사업과 다른 사업을 영위하는 모든 경우를 의미한다고 보아야 할 것으로서, 사업주체가 동일한 경우에는 사업장의 변화에 따라 추가된 사업장이나 업종에 대하여 더 이상 조세감면혜택을 부여하는 것이 조세형평상 불합리하므로 이를 배제하겠다는 의미(조심 2013지156, 2014.9.19., 같은 뜻임)이고, 독립된 법인을 설립했는지 등 외형 적인 요건을 기준으로 “창업” 여부를 판단하는 것이 아니라 실질적으로 새로운 사업을 최초로 개시함으로써 원시적인 사업 창출의 효과가 있는 경우에만 조세 감면 혜택을 주려는 데 있다(대법원 2014.3.27. 선고 2011두11549 판결)할 것인바,
창업에 해당하지 아니한 업종으로 창업하여 사업용재산을 취득한 경우에는 업종의 영위 여부를 떠나 취득세 감면대상 창업중소기업에 해당되지 아니한다 할 것이고, 이후에 창업에 해당하는 업종을 추가한 경우라고 하더라도 사업주체가 동일한 경우에 이는 다른 업종을 추가한 경우로서 새로운 창업으로 볼 수 없다고 할 것(지방세운영과-1952, 2013.8.20.)인 점, 「지방세특례제한법」제58조의3 제1항의 ‘해당 사업’이라 함은 창업 이후의 모든 사업을 의미하는 것이 아니라 창업 당시의 사업을 의미하는 것으로 해석하는 것이 타당하다 할 것이고, ‘사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우’에서 ‘업종의 추가’란 최초로 영위하는 사업과 다른 사업을 영위하는 모든 경우를 의미한다고 봄이 타당한 해석이라 할 것(행정안전부 지방세특례제도과-1084, 2017.5.22.)인 점, 법인 설립 이후 부동산의 취득 시까지 실제 매출과 관련된 사업자등록증상에 감면대상 업종인 제조업이 포함되어 있지 아니하고, 설립 당시부터 제조업을 영위하고자 하였다는 객관적인 자료는 전혀 없는 경우, 창업 당시부터 감면대상 업종인 제조업을 위하여 그 영업을 개시하여 왔다고 보기 어렵다 할 것(서울고등법원 2011.12.13. 선고, 2011누16102, 판결 참조)인 점, 청구법인은 부가가치세 신고내역(2018년∼2019년 2기) 등의 매출·매입자료 상에도 이 건 토지를 취득한 이후까지 제조업에 관한 매출액은 확인되지 않고, 대부분의 매입·매출 실적이 주업종인 서비스업(프랜차이즈가맹사업 및 도·소매업)에 해당하며, 2019.11.29.에야 부 업종으로 제조업을 추가한 사실이 확인되는 점, 통계청장이 발간한 한국표준산업분류 해설서에 따르면 위탁판매 등의 경우, 자기계정으로 구입한 원재료 등을 계약사업체에 제공하여 자기명의로 제조하게 하고 자기책임 아래 직접 시장에 판매하는 경우에 제조업에 해당한다고 규정하고 있으나, 청구법인의 경우 원재료 계정 등 제조에 필요한 매입관련 계정이 재무제표에서 확인되지 않고, 위탁계약업체인 OOO와 위탁생산계약을 체결하였다는 계약서만 제출하였을 뿐, 구체적인 작업지시서 등을 제출하지 않은 점 등에 비추어 볼 때, 처분청에서 청구법인이 창업 당시부터 제조업을 실질적으로 경영하였다고 인정하기 어려운 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
청구법인 설립 시 법인등기부상에 제조업 등을 목적사업으로 한 후 창업일부터 4년 이내에 제조업 창업계획승인을 받아 사업자등록상 제조업을 추가하고 사업용 부동산인 이 건 토지를 취득한 데 대하여 창업중소기업 감면 적용대상에 해당하는 것으로 볼 것인지 여부
나. 관련 법령: 별지기재

다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에서 다음과 같은 사실을 알 수 있다.
(가) 청구법인의 등기사항전부증명서에 의하면, 청구법인은 2018.2.23. 가맹사업, 식품 제조, 가공 및 도소매업, 식품, 식자재 및 공산품에 관한 물류 유통업 등을 목적사업으로 하고 OOO을 사업장 소재지로 하여 설립되었다.

(나) OOO이 2019.12.3. 발급한 사업자등록증에 따르면, 개업일은 2018.3.2., 업태는 서비스, 제조업, 도소매, 종목은 프랜차이즈 가맹사업, 빵류 제조업, 식품·식자재 유통 등으로 나타나고, 처분청이 2020.1.17. OOO에 사업자등록에 대한 업종 변경, 추가 사항 사실 확인을 요청한 데 대하여 아래와 같이 회신을 받았다.

(다) 청구법인과 OOO는 2018.3.2. 제품판매 및 공급에 관한 위탁생산계약서를 작성하였는바, 그 제1조에서 본 계약은 청구법인이 OOO에게 제공, 의뢰한 제품을 명확히 하여 상호간 우호적 관계를 유지하기 위한 목적으로 한다고 되어 있고, 청구법인이 제빵류 반죽품에 대해 종류별로 레시피를 제공하여 OOO가 제조를 하면 검사 후 청구법인 직영매장에서 납품을 받은 것으로 나타난다.

(라) 청구법인은 2019.10.31. OOO으로부터 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제25조 규정에 따라 벤처기업확인(제20190402343호)을 받았다.

(마) 청구법인의 홈페이지OOO에서 프랜차이즈 브랜드는 OOO 등으로 확인되고, 청구법인의 부가가치세과세표준증명(2019.11.5. 발급)에서 사업종목은 ‘프랜차이즈 가맹사업’으로 되어 있으며, 사업개시 이후 매출과세표준(수입금액)은 아래와 같고, 매출 전자세금계산서·전자계산서 합계표에서 공급받는 자의 상호는OOO등으로 확인된다.

(바) 청구법인의 매입 전자세금계산서·전자계산서 합계표 상에 나타난 OOO부터의 매입액은 아래와 같다.

(사) 청구법인의 2018년도 손익계산서상 상품매출액은OOO이고, 2018년 재무상태표상 재고자산에는 상품계정만 있으며, 원재료 및 제품 계정은 존재하지 않는다.

(아) OOO 발간한 한국표준산업분류에 대한 분류내용 보기(해설서)에서 제조업을 아래와 같이 정의하고 있다.

(자) 청구법인은 2019.8.7. 이 건 토지의 매매대금을OOO억원으로 하여 매매계약을 체결한 후, 2019.11.29. 처분청에 창업사업계획승인 신청을 하여 2019.12.10. 다음과 같이 ‘곡물 혼합 분말 및 반죽 제조업’에 대한 창업계획승인(기업지원과-17477호)을 득하였다.

(차) 청구법인은 위 제조업 창업계획승인을 받아 이 건 토지를 취득하였고, 청구법인이 이 건 심판청구 후 공장 건축허가와 착공 이후 OOO건설공사 계약 체결 등 제조업을 영위하기 위하여 추진한 내역에 대하여 제출한 자료에서 다음과 같은 사실이 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 창업 당시부터 제조업을 실질적으로 경영하지 아니하였으므로 「지방세특례제한법」제58조의3 제1항의 창업중소기업에 대한 감면 대상이 아니라는 의견이나, 청구법인의 설립 당시 법인등기부등본과 법인 정관에 식품제조가공 및 도소매업 등을 목적사업으로 등재하였고, 법인설립 초기에 직영점에서 빵류 반죽품을 납품받아 제빵 판매를 하다가 직접 제빵류 반죽제조업을 영위할 목적으로 2019.8.7. 이 건 토지에 대한 매매계약을 체결하고, 2019.12.10. 처분청으로부터 제조업 창업계획승인을 받은 후 이 건 토지를 취득하여 공장 건축허가를 받아 건축 중에 있으며, 식품제조를 위한 OOO(주)와의 유제품 원재료 공급계약, 관련 공장장비 공급계약 등을 체결하여 이 건 토지를 창업중소기업의 감면대상 업종인 제조업에 직접 사용하기 위한 일련의 준비과정에 있는 것으로 나타나는 점, 일반적으로 제조업을 영위하고자 할 경우 그 준비과정에 장기간이 소요되는 상황에서 도·소매업과 관련된 매출실적이 먼저 발생하였다는 이유로 처음부터 제조업을 영위하지 않은 것으로 보아 취득세 면제 대상에서 제외하는 것은 창업중소기업에 대하여 조세 감면혜택을 부여하는 입법취지에 반하는 것으로 보이는 점(조심 2017지22, 2017.4.26. 및 2015지894, 2015.12.28. 등, 같은 뜻임)등에 비추어 이 건 토지는 「지방세특례제한법」제58조의3 제1항의 창업중소기업 등에 대한 감면대상으로 보는 것이 타당하다 하겠다.

따라서 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.