조심2019지2574(20200721) 취득세 취소

[결정요지] 이 사건 부동산에 임대사업을 위한 인적·물적설비가 설치된 사실이 달리 나타나지 아니하는 점, 이 사건 부동산은 청구법인(본점)과 ㅇㅇ 지점 모두에 관계되어 취득한 것이므로 그 중과대상은 이 사건 부동산 중에서 ㅇㅇ 지점이 관계되는 부분에 한정된다고 보는 것이 타당하다 하겠음
관련법령: 지방세법 제13조제2항

[주문] OOO구청장이 2019.7.1. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이유] 1. 처분개요
가. 청구법인은 1980.12.24. OOO에 본점을 설립하여 도서 도소매업 등을 영위하면서 2019.4.1. OOO 등 총 72개호 및 같은 동OOO을 과세표준으로 하고 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2019.5.3. 이 사건 부동산 중 청구법인 본점이 취득하여 임대하고 있는 본점 임대분(전체의 83% 해당부분, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)은 대도시 내에서 법인설립 후 5년이 경과된 본점에서 직접 관리 및 수익하고 있으므로 취득세 중과대상이 아니라는 이유로 처분청에 취득세 등 합계 OOO의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2019.7.1. 거부통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.8.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 쟁점부동산은 청구법인(본점)과 OOO 지점(이하 “OOO 지점”이라 한다)이 모두 관계된 부동산이므로 이를 구분하여 각각에 대한 취득세 중과 적용 여부를 판단해야 하는바, 쟁점부동산(83%)은 본점 설립 후 5년이 경과한 후에 청구법인(본점)이 취득한 것이므로「지방세법」제13조 제2항 제1호에 의한 중과세 적용 대상에 해당하지 않는다.

(가) 청구법인은 1980년 12월부터 OOO에 본점을 두고 각종 도서의 도소매업(서점업)과 부동산임대업을 영위하고 있으며, 청구법인(본점)이 2019.4.1. 임대목적의 이 사건 부동산을 취득한바, 83%는 청구법인(본점)이 부동산임대업에 사용하고 나머지 17%는 도소매업(서점업)을 영위하는 점포, 즉 합정 지점으로 사용하고 있다.

(나) 이 사건 부동산은 「집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률」상 집합건물(상가건물)로서, 청구법인은 같은 법 제1조의2(상가건물의 구분 소유)에 기해, 이 사건 부동산 취득 시 각 구분점포를 구분소유하는 방식으로 등기를 경료하였다. 동일한 집합건물에서 수 개의 구분소유건물을 취득한 경우, 등기된 각 구분소유 건물별로 별개의 소유권이 인정되는 것으로 취득세는 개개 물건의 취득에 대하여 개별적으로 부과되는 것인데, 청구법인은 이를 일괄하여 취득 신고를 이행한 것으로 각 구분소유건물이 부동산임대업에 사용되는지 도소매업(서점업)에 사용되는지는 명확히 구분이 된다.

(다) 한편, 이 사건 부동산은 OOO 지점을 기준으로 하면, 지점 설치(2017년 4월) 후 5년 이내의 부동산 취득으로 중과세 적용 대상에 해당하고, 청구법인(본점)을 기준으로 하면, 본점 설립(1980년 12월) 후 5년이 경과한 부동산 취득으로 중과세 적용 대상에 해당하지 않는다.

(라) 청구법인과 유사한 사실관계가 쟁점이 된 사례에서 대법원은 원고 법인이 지점 설치(1992년) 후 쟁점 토지 매입(1996년) 및 건물 준공(1999년)을 하여, 동 지점을 건물 1층으로 이전하고, 건물의 나머지 부분은 법인 본점이 사용한 경우, 「지방세법」에서 중과대상이 되는 것은 당해 법인(본점) 또는 지점 등과 관계되어 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 취득하는 일체의 부동산등기를 의미하는 것이므로, 다른 지점 등과 관계되어 취득한 부동산의 등기까지 포함하는 것은 아니라는 이유로 중과세 대상은 지점 관계 부분에 한정된다고 판시(대법원 2006.4.27 선고 2003두7620 판결)하였는바, 위 판례에서 원고 법인은 쟁점 토지는 본점이 전산센터로 사용할 목적으로 취득하여 본점이 등기한 것으로, 지점이 취득하여 등기한 것이 아니므로 쟁점 토지의 취득과 지점의 이전 사이에는 관련성이 없다고 주장하였다.

(마) 또한, 본점 설립 후 5년이 지난 부동산임대법인이 서울특별시에 지점을 설치한 직후, OOO에 본점명의로 부동산을 취득한 사안의 중과세 적용 대상 여부가 쟁점이 된 사안에서 ‘업무용·비업무용, 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기’라 함은 ‘당해 설치하는 지점의 업무용·사업용 여부를 불문한다는 것이지 당해 지점과는 관련이 없는 경우까지 중과한다는 뜻은 아니라 하여, 서울특별시 내에 있는 지점의 사업용 또는 사업 활동과는 전혀 관련 없이 법인설립일로부터 5년이 경과한 본점이 직접 취득한 부동산등기인 경우에는 등록세 중과대상이 아니라고 판단(심사88-0466, 1988.8.30.)한 바 있다.

(바) 이 사건 부동산은 청구법인이 부동산임대업에 사용할 목적으로 본점이 취득하여 등기한 후, 83%는 본점의 부동산임대업에 사용하고 나머지 17%는 서점업에 사용하는바, 상기 판례 등에 따르면 본점의 부동산임대사업용 취득분 83%는 서점업을 영위하는 점포인 합정 지점과 관계가 없으므로, 이 부분은 중과세 대상인 ‘지점의 설치 등 이후 5년 이내 취득하는 부동산’에서 제외되는 것이고, 이 사건 부동산의 83%인 쟁점부동산은 청구법인(본점)이 설립된 1980년 12월부터 5년이 경과한 후에 취득한 부동산이므로 중과세 대상에 해당하지 아니한다.

(2) 이 사건 부동산 중 OOO 지점은 청구법인(본점)의 부동산임대업과는 무관하고, 이 사건 부동산에 청구법인(본점)의 부동산임대업을 수행하기 위한 인적·물적시설을 갖추어 별도의 사무소 등을 설치한 사실이 없으며, 임대업과 관련된 제반의 업무는 청구법인(본점)에서 직접 수행하는바, 쟁점부동산은 본점의 사업 또는 사업활동에 관계된 부동산으로 청구법인(본점) 설립 후 5년이 경과하여 청구법인(본점)이 취득한 것이므로 취득세 중과 대상에 해당하지 않는다.

(가) 취득세 중과 대상은 법인 또는 사무소 등의 설립·설치 이후 5년 이내에 취득하는 부동산을 그 기준으로 하는바, 여기서 ‘사무소 등’이라 함은
① 부가가치세법 상 등록대상 사업장이라는 형식적 요건 뿐 아니라,
② 인적 및 물적 설비를 갖추고 계속적으로 사무 또는 사업이 행하여지는 장소일 것이라는 실질적 요건을 모두 갖춘 경우로 규정하고 있는바(「지방세법 시행령」제27조 제3항 및 같은 법 시행규칙 제6조), 청구법인은 쟁점부동산을 임대사업에 사용하려는 목적으로 취득하였으나, 쟁점부동산에 청구법인의 임대사업을 위한 지점 내지 별도의 인적·물적 시설을 설치하지 아니하고 본점에서 직접 임대업을 수행하고 있다.

(나) OOO세제-14170(2012.11.1.)에서는 질의법인이 임대사업용으로 취득한 부동산이 대도시내 지점설치에 따른 취득세 중과대상인지 여부를 판단하는 데 있어서
① 당해 법령에서 말하는 ‘지점’은 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업을 행하는 장소로서 ② 임대업무는 본점에서 직접 관리하고 당해 부동산에는 영업활동 내지 대외적인 거래업무를 처리하기 위한 인원을 상주시키지 않는 경우에는 지점설치에 해당하지 않아 중과세 대상이 아니라고 판단한 바 있다(동일 취지의 유권해석사례 다수 존재– OOO세제-12588, 2018.9.21., 세제-7302, 2015.5.18., 세제-10247, 2013.8.13., OOO세제-14812, 2012.11.16., 지방세운영과-87, 2011.1.7., 지방세운영과-3656, 2009.9.9. 등).

(다) 합정 지점은 서점업만을 영위하고 있는 점포로서 청구법인(본점)의 임대사업과는 전혀 관련성이 없고, OOO 지점은 청구법인의 부동산임대업을 위한 지점이 아니고, 이와는 별도로 쟁점부동산에 청구법인의 부동산임대업을 위한 인적·물적시설도 설치되어 있지 않으므로 쟁점부동산(임대업 사용분인 83%)은 본점의 사업활동과 관계된 부동산으로서 청구법인(본점) 설립 후 5년이 경과한 후에 청구법인(본점)이 취득한 것이므로 중과세 적용 대상에 해당하지 않는다.

나. 처분청 의견
「지방세법」제13조 제2항 제1호에서는 대도시에서 법인을 설립하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립·설치·전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우 취득세를 중과하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제27조 제3항에서는 대도시에서의 법인 설립, 지점·분사무소 설치 및 법인의 본점·주사무소·지점·분사무소의 대도시 전입에 따른 부동산 취득은 해당 법인 또는 행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장(이하 이 항에서 “사무소등”이라 한다)이 그 설립·설치·전입 이전에 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득으로 하고, 같은 호에 따른 그 설립·설치·전입 이후의 부동산 취득은 법인 또는 사무소등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다고 규정하고 있다.

청구법인은 지점 설치 이후 5년 이내 취득한 이 사건 부동산에서 「설립일로부터 5년이 경과한 본점」이 임대용으로 관리·수익하고 있는 쟁점부동산에 대해 취득세 중과를 적용하는 것은 부당하다고 주장하나, ① 대도시에서 법인 설립, 지점·분사무소 설치 및 법인의 본점·주사무소·지점·분사무소의 대도시 전입에 따라 부동산을 취득하는 경우와 그 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 대도시 내에서 부동산을 취득하는 경우를 구분하여, 전자의 경우에는 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우에 한하여 취득세 중과대상이 되고, 후자의 경우에는 법인 또는 사무소등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 부동산을 취득하였다는 요건만 갖추면 그 용도를 불문하고 취득세 중과대상이 된다고 할 것(대법원 2015.3.26. 선고 2012두13511 판결, 같은 뜻임)이고,

② 위 각 규정은 대도시 내로의 인구유입에 따른 인구팽창을 막고 대도시의 인구 분산을 기하는 데 그 목적이 있지만, 일단 위 각 규정에 정한 요건사실이 충족되면 일률적으로 위 각 규정을 적용하여야 하는 것이 원칙이고, 구체적인 사안에서 그 입법 목적과의 배치여부를 따져 그 적용 여부를 결정할 수는 없다(대법원 2011.6.10. 선고 2008두18496 판결, 같은 뜻임).

③ 다만, 대법원 판결(대법원 2006.4.27. 선고 2003두7620 판결 참조)에서 취득세 중과대상이 되는 지점 설치 이후 5년 내에 대도시내에서 부동산을 취득하는 경우라 함은 당해 법인(본점) 또는 당해 지점 등과 관계되어 그 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 모든 부동산을 의미하는 것이므로 그 부동산의 전부가 당해 법인(본점) 또는 당해 지점 등에 사용되어야 하는 것은 아니라 하더라도 다른 지점 등과 관계되어 취득한 부동산의 등기까지 포함하는 것은 아니라 할 것으로, OOO지점을 설치한 후 5년 이내에 취득한 부동산의 1층 부분은 OOO지점이 사용하면서, 나머지 부분을 본점이 사용하고 있으므로, 그 중과대상은 OOO지점이 관계되는 부분에 한정된다고 판단하였는바, 위 판례는 해당지점 설치 이후 5년 이내에 부동산을 취득한 경우 원칙적으로 모든 부동산이 취득세 중과대상에 해당하나, 타 지점(본점)이 직접 사용하는 부분까지 취득세 중과대상에 포함하는 것은 부당하다는 취지인데 반하여, 이 건의 경우는 임대용으로 관리·수익하는 부분의 문제로서 어느 본점(지점)이 내부적인 업무처리 문제인 임대수익과 임대차계약서 등을 관리하느냐에 따라 해당 본점(지점)과 관련된 부동산 취득으로 볼 수는 없을 것으로 보인다.
따라서, 청구법인의 본점이 임대수익을 회계처리하고, 임대차계약서 관리 주체임을 들어 이 사건 부동산의 임대부분인 쟁점부동산을 본점에 관계된 부동산으로 보기는 어렵다 할 것이므로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
대도시 내 본점 설립 후 5년이 경과한 청구법인이 지점이 있는 이 사건 부동산을 취득하여 지점을 제외한 쟁점부동산 부분을 전부 임대한 데 대하여 대도시 내 취득세 중과대상으로 볼 것인지 여부
나. 관련 법령 : 별지 기재

다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에서 다음과 같은 사실을 알 수 있다.
(가) 청구법인은 1980.12.24. OOO에 본점을 설립하고, 각종 도서의 도소매업과 부동산임대업 등을 영위하고 있다.

(나) 청구법인은 이 사건 부동산을 취득하기 전인 2017.4.21. 이 사건 부동산 중 17%에 해당하는 부분을 임차하여 OOO을 개설하고, 도서판매 등의 사업을 영위하였다.

(다) 청구법인은 2019.4.1. 이 사건 부동산을 매매를 원인으로 취득하고, 대도시 내 지점 설치 이후 5년 이내 취득하는 부동산으로 보아 그 취득가액인 OOO을 과세표준으로 하고 중과세율을 적용한 취득세 등 합계 OOO을 신고·납부하였다.

(라) 청구법인이 이 사건 부동산에 대한 취득신고 시 제출한 ‘사용계획서’에 는 그 사용 현황이 다음과 같이 나타난다.

(마) 청구법인이 제출한 OOO 인력현황(2019.12.31. 기준)과 청구법인(본점)의 업무분장표 및 OOO지점 구성원의 담당업무 분장표를 보면, 다음과 같이 되어 있다.
1) 청구법인 본점에는 부동산관리담당 조직 내에 ‘총무팀’과 ‘부동산관리팀’이 있고 부동산관리팀(팀장, 과장 등 직원 4명)이 부동산임대차 관리, 임대업체 매출 및 실적 관리 등의 업무를 수행하는 것으로 나타난다.
2) OOO지점 구성원은 31명(점장, 차장 등 직원 12명, 임시직 19명)으로서, 모두 서점업 관련 업무를 담당하는 것으로 확인되고, 쟁점부동산의 임대사업 관리 및 운영 등에 관한 업무를 담당하는 직원은 나타나지 않는다.

(바) 청구법인의 재무제표를 보면, 쟁점부동산은 투자부동산으로, OOO지점은 유형자산으로 기재되어 있고, 본사 손익계산서 상 매출액에 쟁점부동산의 임대수익이 계상되어 있다.

(사) 이 사건 부동산은 총 112개호의 집합건물로서 각 호별로 구분소유등기가 되어 있고, 배치도 등을 보면, OOO 지점과 쟁점부동산은 물리적으로 구분되어 있으며, OOO 지점인 서점 구역 내에는 임대한 매장이 위치하고 있지 않은 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 처분청은 이 사건 부동산 전체가 OOO 지점에 관계되어 취득한 것으로 보아 취득세 중과대상이라는 의견이나, 「지방세법」제13조 제2항 본문 및 그 제1호에서 대도시 내에서의 법인을 설립하거나 지점 등의 설립·설치·전입 이후의 부동산 취득을 취득세 중과대상의 하나로 규정하고, 같은 법 시행령 제27조 제3항에서 “그 설립·설치·전입 이후의 부동산 취득”은 법인 또는 사무소 등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다고 규정하고 있는데, 여기서 취득세 중과대상이 되는 ‘모든 부동산 취득’이라 함은 당해 법인(본점) 또는 당해 지점 등과 관계되어 그 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 일체의 부동산을 의미하는 것이므로, 그 부동산의 전부가 당해 법인(본점) 또는 당해 지점 등에 사용되어야 하는 것은 아니라 하더라도 다른 지점 등과 관계되어 취득한 부동산까지 포함하는 것은 아니라 할 것(대법원 2006.4.27. 선고 2003두7620 판결, 같은 뜻임)이다.

이 건의 경우, 이 사건 부동산의 취득은 합정 지점을 기준으로 할 경우에는 청구법인이 지점 설치 이후 5년 이내에 취득하는 부동산으로서 중과세 대상에 해당되고, 청구법인(본점)을 기준으로 할 경우에는 법인 설립 이후 5년이 경과하여 취득하는 부동산으로서 중과세 대상에서 제외될 것인바, 청구법인의 업무분장표와 결산자료 등에서 부동산의 취득 및 임대활동은 본점의 고유업무에 해당한다고 볼 수 있고, 본점과 지점의 조직도 및 인력현황에서 OOO 지점의 구성원 31명(점장, 차장 등 직원 12명, 임시직 19명)의 경우 모두 도서판매 업무 등을 담당하는 것으로 나타나며, 이 사건 부동산에 임대사업을 위한 인적·물적설비가 설치된 사실이 달리 나타나지 아니하는 점, 이 사건 부동산의 총 112개호가 집합건물로서 각 호별로 구분등기가 되어 있고, 전체 배치도 등에서 OOO 지점과 쟁점부동산이 물리적으로 구분되어 있으며, OOO 지점 내에 임대한 매장이 위치하고 있지 않은 것으로 나타나는 점에서 이 사건 부동산은 청구법인(본점)과 합정 지점 모두에 관계되어 취득한 것이므로 그 중과대상은 이 사건 부동산 중에서 OOO 지점이 관계되는 부분에 한정된다고 보는 것이 타당하다 하겠다.
따라서 처분청이 쟁점부동산을 OOO 지점에 관계되어 취득한 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.