부동산 취득 후 농업법인으로 변경된 경우 소급 감면 여부 질의 회신

지방세특례제도과-930(20200428) 기타

<답변요지>
취득세 감면여부에 대한 판단은 납세의무가 성립한 시점에 법령에서 정한 감면요건을 보고 판단하여야 하는 바, 주식회사에서 농업회사법인으로 변경한 경우에는 그 이후부터 농업회사법인으로서 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 감면할 수 있겠으나 농업회사법인으로 변경되기 전인 주식회사의 명의로 취득한 부동산에 대하여는 소급하여 취득세를 감면하여 환급할 수 없다고 판단됨

<질의요지>
주식회사에서 농업회사법인으로 변경한 법인이 주식회사일 때 임야를 취득한 후 납부한 취득세를 지방세특례제한법 제11조제1항이나 제2항에 따라 감면이 가능한 것으로 보아 환급해 주어야 하는지 여부

<회신내용>
○ 관련법령을 살펴보면, 구「지방세특례제한법」(법률 제16865호, 2020.1.15. 개정 이전의 것. 이하 “구 지방세특례제한법” 이라 한다.) 제11조제1항에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농업법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일 부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2019년 12월 31일까지 면제한다고 하면서, 제2호에서 ‘「농어업 경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제19조에 따른 농업회사법인’을 규정하고 있고, 같은 법 같은 조제2항에서는 ‘농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2020년 12월 31일까지 경감한다’고 규정하고 있습니다.

○ 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제19조제1항에서는
‘농업의 경영이나 농산물의 유통·가공·판매를 기업적으로 하려는 자나 농업인의 농작업을 대행하거나 농어촌 관광휴양사업을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업회사법인을 설립할 수 있다’고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제17조제1항에서는 ‘농업인 및 농업생산자단체는 법 제19조제1항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농업회사법인을 설립할 수 있다’고 규정하면서 제3호에 ‘주식회사’를 명시하고 있으며, 또한, 같은 법 제30조에서는 ‘이 법에 따른 농업법인 또는 어업법인이 아니면 제16조에 따른 영농조합법인이나 영어조합법인 또는 제19조에 따른 농업회사법인과 어업회사법인의 명칭 또는 이와 유사한 명칭을 사용할 수 없다’고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제19조제1항에서는 ‘농업회사법인의 부대사업의 범위는 다음 각 호와 같다’고 규정하면서 제1호에 ‘영농에 필요한 자재의 생산 및 공급사업’을, 제2호부터 제5호까지 영농 관련 사업을 규정하고 있습니다.

○ 귀 질의의 경우 2019년 7월 설립된 주식회사oooo 설립등기부상 목적이 리조트사업, 전문휴양업 및 종합휴양업 등으로 기재되어 있었는데, 부동산(임야)을 2019. 8월경 취득하여 취득세를 납부한 후, 2019년 12월 법인상호를 농업회사법인 oooo주식회사로 변경하면서 등기부상 종전 목적사업인 리조트사업 등을 삭제하고 목적을 기업적 농업경영, 농산물의 유통·가공·판매, 관광농원 및 관광휴양사업 등으로 변경하였음을 알 수 있습니다.

○ 취득세 감면여부에 대한 판단은 납세의무가 성립한 시점에 법령에서 정한 감면요건을 보고 판단하여야 하는 바, 쟁점 부동산(임야) 취득 당시에는 농업회사법인이 아닌 일반 주식회사의 지위를 가지고 있었으므로 농업회사법인에 대한 감면 규정인 지방세특례제한법 제11조제1항및제2항을 적용할 수 없음은 너무나 명백하고, 농업회사법인으로 상호변경 후 주식회사 명의로 납부한 취득세를 소급 감면할 법률적 근거도 없는 상황입니다.

○ 한편, 농업회사법인에 대한 행정자치부 유권해석(지방세특례제도과-3530, 2015.12.24.)에서 주식회사로 설립된 법인이 농업회사법인으로 변경등기한 경우에도 그 법인은 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산은 지방세특례제한법 제11조제2항에 따른 취득세 감면대상에 해당한다고 해석하였는바, 이는 법인설립시에는 농업회사법인이 아니지만 농업회사법인으로 변경등기한 이후부터는 그 법인(농업회사법인)이 영농·유통·가공에 직접사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 감면할 수 있다는 것으로 귀 질의에 적용할 수 있는 유권해석은 아니라 하겠습니다.

○ 따라서 주식회사에서 농업회사법인으로 변경한 경우에는 그 이후부터 농업회사법인으로서 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 감면할 수 있겠으나 농업회사법인으로 변경되기 전인 주식회사의 명의로 취득한 부동산에 대하여는 소급하여 취득세를 감면하여 환급할 수 없다고 판단됩니다. 다만, 이는 질의 당시 사실관계를 바탕으로 판단한 해석으로서 추가 사실 확인 등 변동이 있을 시에는 해당 과세권자가 면밀한 조사를 통해 결정할 사안입니다.

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