학교법인이 고등교육법에 따른 사업 운영 관련 감면 여부 질의 회신

지방세특례제도과-912(20200424) 기타

<답변요지>
「고등교육법」 제2조에서 열거하는 학교로서의 사업을 운영하는지 여부에 따라 재산세 감면 여부가 달라진다 할 것이고, 「고등교육법」에 따른 교육과정이 아닌 직업훈련 과정만을 다루고 있다면 학교 등에 대한 지방세 감면 대상에서 배제된다 할 것인데, 학교법인이 소유하고 있는 건축물에서 ‘고등교육법에 따른 사업’을 주된 사업으로 하여 반복적‧주기적으로 운영함으로써 해당 건축물의 사용용도가 학교법인의 교육사업 자체에 직접 사용되는 것으로 볼 수 있다면, 同 교사(校舍), 同 시설‧설비 및 교재‧교구 등을 일부 ‘고등교육법에 따르지 아니한 사업’과 같이 사용한다고 하더라도 해당 부동산은 재산세 감면대상에 해당된다 할 것임

<질의요지>
고등교육법에 따른 학교법인이 소유한 부동산에서 재산세 과세기준일 현재 ‘고등교육법에 따른 사업’과 ‘고등교육법에 따른 사업이 아닌 사업’이 혼재되어 운영되는 경우, 지방세특례제한법 제41조제2항에 따른 재산세 감면이 가능한지 여부

<회신내용>
○ 「지방세특례제한법」 제41조제1항에서 「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교, 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법」 또는 「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 “학교등”이라 한다)가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(대통령령으로 정하는 기숙사는 제외한다)에 대해서는 취득세를 2021년 12월 31일까지 면제한다고 규정하고, 제2항에서 학교등이 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 「지방세법」제146조제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 2021년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다고 규정하고 있습니다.

○ 위 규정에서「지방세특례제한법」제41조제1항 각 호 외의 부분 본문에서는 「고등교육법」에 따른 학교를 경영하는 자가 “해당 사업”에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2021년 12월 31일까지 면제한다고 규정하고 있는바, 문언 상 “해당”은「고등교육법」에 따른 학교를 지칭하는 것이므로 같은 규정에 따른 “해당 사업”은 「고등교육법」제2조에서 열거하는 학교로서의 사업으로 그 범위가 제한되며, 학교를 경영하는 자가 부동산을 해당 사업에 직접 사용한다고 함은 현실적으로 해당 부동산을 학교의 교육사업 자체에 사용하는 것을 뜻한다고 보는 것이 조세법률주의의 원칙에 부합하는 해석이라 할 것 이므로(법제처 19-0547, 2020.3.12.),
– 「지방세특례제한법」 제41조제2항에서 ‘해당 사업에 직접 사용하는 부동산’에 대해서도 이와 마찬가지로 「고등교육법」제2조에서 열거하는 학교로서의 사업을 운영하는지 여부에 따라 재산세 감면 여부가 달라진다 할 것이고, 해당 부동산에서 고등교육법에 따른 교육과정이 아닌 직업훈련 과정만을 다루고 있다면 학교 등에 대한 지방세 감면 대상에서 배제된다 할 것입니다.

○ 위와 같은 지방세법령의 각 규정 및 관련 법리에 비추어 보면, 해당 학교법인이 소유하고 있는 건축물에서 비학위과정만 운영하여 고등교육법에 따르지 아니한 사업 전용으로만 사용하는 경우에는 재산세 감면대상에서 제외된다 할 것이나, 학교법인이 소유하고 있는 건축물에서 ‘고등교육법에 따른 사업’을 주된 사업으로 하여 반복적. 주기적으로 운영함으로써 해당 건축물의 사용용도가 학교법인의 교육사업 자체에 직접 사용되는 것으로 볼 수 있다면, 同 교사(校舍), 同 시설‧설비 및 교재‧교구 등을 일부 ‘고등교육법에 따르지 아니한 사업’과 같이 사용한다고 하더라도 해당 부동산은 재산세 감면대상에 해당된다 할 것입니다. 다만, 이는 질의 당시 사실관계를 바탕으로 판단한 해석으로서 추가 사실 확인 등 변동이 있을 시에는 해당 과세권자가 면밀한 조사를 통해 결정할 사안입니다.

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