지식산업센터 설립자에 대한 취득세 추징 여부 질의 회신

지방세특례제도과-798(20200408) 기타

<답변요지>
지식산업센터 설립자가 분양계약 체결 당시 입주가 불가능한 업종을 영위하는 자와 분양계약을 체결한 경우 및 수분양자가 분양계약 체결 이후 임대업으로 변경하거나 직접 사용하지 않고 임대하는 경우에는 기 감면한 취득세를 추징하는 것이 타당함

<질의요지>
지식산업센터 설립자가 취득일로부터 5년 이내에 다른 용도로 분양하는 경우 감면된 취득세가 추징되는데, 수분양자가 지식산업센터 설립자로부터 분양을 받아 다른 용도로 사용할 경우지식산업센터 설립자에게 감면되었던 취득세를 추징할 수 있는지

<회신내용>
○ 「지방세특례제한법」 제58조의2제1항제1호에서 “「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제28조의5제1항제1호및제2호에 따른 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(…)과 사업시설용으로 분양 또는 임대(…)하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를 경감한다”고 규정하면서, 단서조항에서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다고 규정하고 있으며, 나목에서 “그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 분양ㆍ임대하는 경우 ”라고 규정하고 있습니다.

○ 이는 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 사업시설용으로 직접 사용하거나 사업시설용으로 분양하거나 임대하고자 하는 자에게 세제 혜택을 주어 산업의 집적을 활성화하고 지식산업센터를 원활하게 설립할 수 있도록 지원하려는 것으로서, 지식산업센터를 신축하였으나 이를 사업시설용이 아닌 다른 용도로 분양하거나 임대하는 경우에도 그 혜택을 주려는 취지가 아님이 분명하다 하겠고(같은 취지의 대법원 2018.4.10. 선고 2017두74085 판결 참조),
– 위 규정에 따라 지식산업센터를 설립하는 자가 ’사업시설용으로 분양하기 위하여 취득하는 부동산‘에 대하여는 취득세 감면을 적용하고, ’다른 용도로 분양하는 경우‘에는 감면받은 취득세를 추징하게 된다 할 것인데,
– 이와 같은 지식산업센터에 대한 취득세 감면규정의 입법취지 등을 고려하면, ‘다른 용도로 분양하는 경우’에 해당하는지 여부는 수분양자의 지식산업센터 실제 이용 상황을 기준으로 지식산업센터입주가능시설 외의 용도로 분양되었는지 여부에 따라 판단되어야하는 것으로 봄이 타당하므로(대법원 2018두50031, 2018.10.25.),
– 지식산업센터 설립자가 관련법령에 따른 입주가능 업종을 운영하는 자와 분양계약을 체결하였는지 여부, 분양계약을 체결한 자가 해당 부동산을 실제 사업시설용으로 사용하는지 여부 등을 종합적으로 고려하여야 할 것입니다.

○ 살피건대, 지식산업센터를 설립하는 자가 수분양자와 분양계약을 체결하면서 계약서에 ‘지식산업센터에 입주 가능한 업종이어야 하며 계약체결 이후 지식산업센터에 입주가 불가능한 업종으로 계약을 변경하여 입주하거나 임대할 수 없다’고 기재하였다 하더라도 이는 사법상 계약에 불과한 것이어서 언제든 위배될 여지가 있다 할 것이고,
– 실제로 수분양자가 임대 등 다른 용도로 사용하는 경우라면 그것을 지식산업센터를 설립하는 자가 사업시설용으로 직접 사용할 자에게 분양한 것과 마찬가지로 볼 수 있는 등의 특별한 사정이 없는 한 해당 부분에 관하여 경감받은 취득세는「지방세특례제한법」제58조의2제1항제1호 단서 나목에 따라 추징할 수 있다고 보아야 할 것입니다.(같은 취지의 대법원 2018.4.10. 선고 2017두74085 판결, 2018.10.25. 선고 2018두50031 판결 참조)

○ 따라서 지식산업센터 설립자가 당초 관련법령에 따른 입주 불가능한 업종을 영위하는 자와 분양계약을 체결한 경우이거나 입주가능 업종을 영위하는 자와 분양계약을 체결한 이후 수분양자가 지식산업센터에 입주 불가능한 업종으로 변경하는 경우 및 사업시설용으로 직접 사용하지 아니하는 경우 등에 해당한다면 지식산업센터설립자가 다른 용도로 분양하였다고 볼 수 있어 지식산업센터 설립자에 대한 취득세 추징이 가능하다 할 것입니다.

○ 다만, 지식산업센터 수분양자의 잔금납부 등으로 소유권이 모두 이전된 이후, 수분양자가 당초 사업시설용으로 사용하던 것을 취득시점 이후 사업시설용 외의 용도로 사용하는 경우에는 수분양자의 타용도 사용에 대한 이유를 물어 지식산업센터 설립하는 자에게 감면된 취득세를 추징할 수 없다고 판단됩니다.

○ 따라서 지식산업센터 설립자가 분양계약 체결 당시 입주가 불가능한 업종을 영위하는 자와 분양계약을 체결한 경우 및 수분양자가 분양계약 체결 이후 임대업으로 변경하거나 직접 사용하지 않고 임대하는 경우에는 기 감면한 취득세를 추징하는 것이 타당하다고 하겠으며, 이는 질의 당시 사실관계를 바탕으로 판단한 해석으로서 추가사실 확인 등 변동이 있을 시에는 해당 과세권자가 면밀한 조사를 통해 결정할 사안입니다.

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