쟁점건축물은 사실상 국가 등에 기부채납된 것으로 보아 취득세 등을 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

조심2019지2199(20200417) 취득세 취소

[결정요지] 쟁점①건축물에 대한 무상사용계약서에 따르면 청구법인은 점용허가기간(30년)이 경과한 후 원상회복의무를 면제받은 경우에 해당 시설을 국가에 귀속하도록 약정되어 있는바, 이 건 무상사용계약은 일종의 조건부 소유권이전계약이므로 쟁점①건축물의 소유권이 국가 등에 최종적으로 귀속되었다고 단정하기는 어려운 점, 서울특별시장은 2047.1.13.까지 약 30년의 기간동안 해당 건축물을 무상으로 사용하기로 하고 청구법인은 그 기간동안 소유권을 유지하는 것으로 나타나므로 쟁점①건축물의 소유권이 단지 잠정적이고 일시적으로 청구법인에게 귀속된 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점①건축물에 해당하는 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없으나, 「철도건설법」 제17조에서 철도건설사업으로 조성 또는 설치된 시설은 준공과 동시에 국가에 귀속되도록 규정하고 있고, 같은 법 제2조 제6호 및 제7호에서 철도건설사업은 환승시설 등이 포함된 철도시설을 건설하는 사업으로 규정하고 있는 점, 쟁점②건축물은 이러한 규정에 따라 국가 등에게 그 소유권이 최종 귀속된 것으로 나타나는 점 등에 비추어 쟁점②건축물은 그 신축 이전부터 국가에 귀속될 것이 사실상 예정되어 있었고 신축 이후에는 그 소유권이 국가 등에게 최종적으로 귀속된 것으로 확인되므로 이에 해당하는 기 납부한 취득세 등은 환급되어야 한다는 청구주장은 타당하다고 할 것임.

관련법령 : 지방세법제9조 제2항

[주문] OOO 건축물(전체 건축물 면적 : 63,156.45㎡) 가운데 환승주차장(3,052.47㎡)에 해당하는 취득세 등OOO은 이를 취소하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

[이유] 1. 처분개요
가. 청구법인은 OOO을 주된 영업목적으로 하여 2010.10.1. 설립된 법인으로서 2017.1.13. OOO 건축물 63,156.45㎡(용도 : 호텔, 사무실, 주차장 등 복합시설, 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 OOO 개발사업으로 신축․취득하고 2017.3.8. 과세표준을 OOO으로 하여 산정한 취득세 등 OOO을 신고․납부하였다.

나. 청구법인은 2017.6.9. 이 건 부동산 가운데 커뮤니티시설 795.2㎡(이하 “쟁점①건축물”이라 한다)에 대하여 OOO와 무상사용계약을 체결하였고, 2018.4.17. 환승주차장 3,052.47㎡(이하 “쟁점②건축물”이라 하고, 쟁점①건축물과 합쳐서 “쟁점건축물”이라 한다)를 국가 등에 기부채납하였으므로 2019.1.11. 「지방세법」 제9조​ 제2항에 따른 취득세 등 OOO의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2019.3.11. 이를 거부하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.5.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 쟁점①건축물은 청구법인이 주관한 OOO 관련 공사 인허가시 OOO의 요청에 따라 국가 소유의 토지 위에 신축․취득한 것으로 30년 후에는 법률에 의하여 원상복구 또는 기부채납하도록 되어 있다. 청구법인이 쟁점①건축물을 통하여 운영수익을 얻을 수 없음에도 국가가 소유한 토지 위에 신축된 건물이라 30년 동안 해당 토지점용료를 납부하여야 하고 그 후에는 관련 법률에 의해 원상복구 하거나 국가에 기부채납을 하며 원상복구비용 때문에 기부채납을 선택할 수 밖에 없었는바, OOO이 청구법인의 소유기간(30년) 동안 무상사용권을 갖는 것은 실질적으로 청구법인이 OOO에게 기부채납한 것과 동일하다고 볼 수 있다.
청구법인은 OOO의 요청에 의하여 기부채납을 못하고 쟁점①건축물의 운영수익을 얻을 수 없었음에도 30년 동안 국가에 점용료만 납부하여야 하는 손해까지 부담하게 되었다. 따라서, 쟁점①건축물에 대하여 신축 이후에 청구법인의 소유기간인 30년 동안 OOO에게 무상사용을 허락한 것은 실질적으로 기부채납과 동일하고, 기부채납을 하지 못한 원인이 청구법인이 아닌 OOO에게 있으므로 해당 취득세 등은 비과세되어야 한다.

(2)「철도건설법」 제17조​에서 ‘철도건설사업으로 조성 또는 설치된 토지 및 시설은 준공과 동시에 국가에 귀속되도록 규정하고 있는바, 쟁점②건축물은 앞서 기술한 바와 같이 당초 국가OOO가 하는 OOO 공사에 포함되었으나, OOO(국가)과 청구법인 간의 협약에 의해 청구법인의 부담으로 설치되었고, 해당 시설은 철도건설사업으로 설치된 것이므로 「철도건설법」 제17조​에 의해 국가로 귀속될 수 밖에 없어 이는 청구법인이 환승주차장을 취득하기 이전부터 기부채납이 결정된 것이라 볼 수 있다. 「지방세법」 제9조​에서는 국가(지방자치단체 포함) 등에 조건없이 기부채납을 조건으로 하여 취득한 재산에 대한 취득세는 비과세로 규정하고 있고, 「지방세특례제한법」 제73조의2​에서 무상사용권을 제공받는 조건으로 기부채납을 하더라도 취득세를 면제하도록 규정하고 있다. 따라서, 청구법인이 조건없이 기부채납한 환승주차장은 취득세 비과세 대상이므로 기납부한 취득세 등은 환급되어야 한다.

나. 처분청 의견
(1) 청구법인은 쟁점①건축물이 사실상 OOO에게 기부채납된 것과 동일하다고 보아 해당 건축물이 구「지방세법」제9조​ 제2항에 따른 비과세대상이라 주장하나, 해당 비과세 규정이 적용되기 위해서는 청구법인은 쟁점①건축물을 취득하기 이전에 OOO에게 커뮤니티센터에 대한 기부채납의 의사표시를 하여야 하고 이를 승낙받아야 한다. 청구법인이 커뮤니티센터에 대한 소유권을 보유하면서 청구법인이 소유하는 기간(30년) 동안 OOO이 해당 건축물을 무상사용하는 것이라 주장하나, 결국 기부채납의 상대방인 OOO으로부터 기부채납의 승낙을 얻지 못하였으므로 기부채납이 성립된 것으로 볼 수 없고 쟁점①건축물의 취득은 구「지방세법」제9조​ 제2항에 따른 비과세 요건을 충족한 것으로 보기 어렵다.

(2) 청구법인은 쟁점②건축물이 국가로의 기부채납을 조건으로 취득한 것이라 하여 구「지방세법」제9조​ 제2항의 비과세대상이라 주장하나, 해당 비과세 규정은 기부자가 당해 부동산을 취득하기 전에 당해 부동산의 국가 귀속 등이 확정된 부동산을 취득하는 경우에 적용하는 규정인데 반해, 청구법인은 2017.1.13. 쟁점②건축물을 취득하고 이를 국가에 귀속시키도록 요청하였고 2018.4.10. 국가에 귀속되도록 결정되었다. 해당 환승주차장 취득이 청구주장처럼 기부채납으로 비과세되기 위해서는 청구법인은 쟁점②건축물을 취득하기 이전에 국가 등에 기부채납의 의사표시를 하고 국가가 이에 대한 승낙 의사표시를 하였어야 하나, 해당 건축물은 취득시점부터 1년 3개월을 경과한 후 국가 등으로 귀속되었다. 결국 청구법인은 쟁점②건축물이 결과적으로 국가에 귀속되었다고 주장하나, 국가 등으로의 귀속에 대한 결정은 해당 건축물의 취득 후 1년 3개월이나 경과하여 이루어진 것인바, 청구법인이 2017.1.13. 해당 건축물을 취득할 당시에 국가로의 귀속 등이 확정되지 않았으므로 청구법인이 쟁점②건축물을 취득한 행위는 구「지방세법」제9조​ 제2항에 따른 비과세대상이라 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단
가. 쟁점
쟁점건축물은 사실상 국가 등에 기부채납된 것으로 보아 취득세 등을 감면하여야 한다는 청구주장의 당부
나. 관련 법률 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단
(1) 쟁점①건축물의 소유권은 국가 등에게 귀속되지 않고 무상사용권만 부여된 것에 반해 쟁점②건축물의 소유권은 국가 등에게 최종적으로 귀속된 것에 대해서는 다툼이 없다.

(2) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다.
(가) 청구법인은 2010.6.30. OOO과 OOO 등 사업자주관자들과 이 건 사업의 협약을 체결하였다.

(나) OOO과 위 사업주관자들은 2010.10.1. 이 건 사업의 협약 제4조에 따라 청구법인을 설립하였다.

(다) 청구법인은 2012.2.29. OOO과 OOO과 이 건 사업에 대하여 변경협약을 체결하였는바, 해당 계약의 주요 내용은 다음과 같다.

(라) 처분청은 2014.4.24. 다음과 같이 이 건 사업의 사업시행자 지정 및 실시계획인가를 고시하였다.

(마) 청구법인은 2014.8.12. 착공한 이후에 2017.1.13. 이 건 부동산을 준공하여 2014.3.8. 취득세 등 OOO을 신고ㆍ납부하였다.

(바) 청구법인은 2017.6.9. OOO과 쟁점②건축물에 대하여 체결한 무상사용계약의 주요 내용은 다음과 같다.

(사) 경정청구 거부처분(2019.3.6.)의 주요 내용은 다음과 같다.

(아) 등기사항전부증명서(2018.8.27.)에 따르면 이 건 건축물 가운데 OOO은 2018.4.17. ‘권리귀속’을 이유로 청구법인으로부터 OOO에게 그 소유권이 이전되었다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다.
(가) 「지방세법」 제9조​ 제2항에서 국가 등에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조​ 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다)을 조건으로 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 비과세하도록 규정하면서, 같은 항 제1호에서 국가 등에 귀속 등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각ㆍ증여하거나 귀속 등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우에는 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과하도록 규정하고 있다.

(나) 국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속을 조건으로 취득하는 부동산 및 부동산의 등기에 대하여는 취득세 및 등록세를 과세하지 아니하도록 하는 규정의 입법 취지는, 국가 등에 귀속을 조건으로 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 하는 것은 부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하여 국가 등이 직접 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 하는 경우와 동일하게 평가할 수 있다고 보아 취득세 등을 비과세하는 구 「지방세법」 제106조​ 제1항, 제126조 제1항과 같은 취지에서 취득세 및 등록세를 비과세하겠다는 데에 있으므로 취득세 및 등록세가 비과세되기 위해서는 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 할 당시에 취득자가 그 부동산을 국가 등에 귀속시키는 것이 사실상 확정되어 있어야 할 것이다OOO.

(다) 청구법인은 국가가 소유한 토지 위에 쟁점①건축물을 신축하다보니 30년 후에는 관련 약정 등에 따라 원상복구 하거나 국가에 기부채납을 하여야 하는바, 원상복구비용을 고려하면 기부채납을 선택할 수 밖에 없고, OOO이 청구법인의 소유기간(30년) 동안 무상사용권을 갖는다는 것은 실질적으로 청구법인이 OOO에게 기부채납을 하는 것과 동일하다고 주장하나, 쟁점①건축물에 대한 무상사용계약서에 따르면 청구법인은 점용허가기간(30년)이 경과한 후 원상회복의무를 면제받은 경우에 해당 시설을 국가에 귀속하도록 약정되어 있는바, 이 건 무상사용계약은 일종의 조건부 소유권이전계약이므로 쟁점①건축물의 소유권이 국가 등에 최종적으로 귀속되었다고 단정하기는 어려운 점, OOO은 2047.1.13.까지 약 30년의 기간동안 해당 건축물을 무상으로 사용하기로 하고 청구법인은 그 기간동안 소유권을 유지하는 것으로 나타나므로 쟁점①건축물의 소유권이 단지 잠정적이고 일시적으로 청구법인에게 귀속된 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점①건축물에 해당하는 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
다만, 처분청은 국가 등으로의 귀속결정이 청구법인이 쟁점②건축물을 취득한 후 1년 3개월이나 경과하여 이루어진 것인바, 국가 등으로의 귀속이 확정되지 않은 상태에서 청구법인이 2017.1.13. 쟁점②건축물을 취득한 행위는 「지방세법」제9조​ 제2항에 따른 비과세대상이라 보기 어렵다는 의견이나, 「철도건설법」 제17조​에서 철도건설사업으로 조성 또는 설치된 시설은 준공과 동시에 국가에 귀속되도록 규정하고 있고, 같은 법 제2조 제6호 및 제7호에서 철도건설사업은 환승시설 등이 포함된 철도시설을 건설하는 사업으로 규정하고 있는 점, 쟁점②건축물은 이러한 규정에 따라 국가 등에게 그 소유권이 최종 귀속된 것으로 나타나는 점 등에 비추어 쟁점②건축물은 그 신축 이전부터 국가에 귀속될 것이 사실상 예정되어 있었고 신축 이후에는 그 소유권이 국가 등에게 최종적으로 귀속된 것으로 확인되므로 이에 해당하는 기납부한 취득세 등은 환급되어야 한다는 청구주장은 타당하다고 할 것이다.

따라서, 처분청이 쟁점②건축물에 해당하는 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

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