감심2018-30(20200303) 취득세

[결정요지] 구 ｢조세특례제한법｣(2 010 . 1 . 1. 법률 제9 921호로 개정되기 전의 것) 제120조 제3항에 기술력 있는 중소기업의 창업을 촉진시키고 경쟁력을 높이기 위하여 창업중소기업 등에 대하여 세액감면을 규정하고서, 구 ｢지방세특례제한법｣(2017. 7. 26. 법률 제14839호로 개정되기 전의 것)제58조의3 제6항을 신설하여 그 실질을 ‘창업’으로 보기 어려운 여러 경우를 규정하고 있는 취지는 새로운 사업을 최초로 개시함으로써 원시적인 사업창출의 효과가 있는 경우에만 취득세의 감면혜택을 주려하는 데 있다고 봄이 상당하며 청구인이 종전 개인기업 창업일로부터 3년 이내에 벤처기업 확인을 받았다 하더라도 청구인의 설립을 구 ｢지방세특례제한법｣(2017. 7. 26. 법률 제14839호로 개정되기 전의 것) 제58조의3 제1항 제2호에 따른 취득세 감면 대상(창업중소기업에 대한 감면)인 창업에 해당된다고 보기 어렵다.

[주문] 심사청구를 기각한다.

[이유] 1. 원 처분의 요지
가. 청구인의 대표이사 A은 2015. 8. 12. 경기도 ▲시 *****, *동 *호(△동, ●철재상가)에서 업태는 ‘제조업’, 종목은 ‘공작기계’로 하는 ‘○○’라는 개인기업을 개업하였고, 2016. 8. 1. 같은 주소에서 업태는 ‘제조, 도매’, 종목은 ‘공작기계 등 산업용 기계’로 하는 청구인을 설립한 후1) 같은 해 10. 1. 청구인의 사업자 등록을 하였다.
나. 청구인은 2017. 4. 27. 경기도 ▲시 #####에 소재하는 토지 753.07㎡ 및 [1) 개인기업은 2016. 9. 30.폐업] 건물 657.32㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득하고 같은 날 그 취득가액(1,570,000,000원)에 「지방세법」제11조 제1항 제7호 나목의 세율을 적용하여 산출한 취득세 62,800,000원, 지방교육세2) 6,280,000원, 농어촌특별세3) 3,140,000원 등 합계 72,220,000원을 신고·납부하였다.
다. 청구인은 2017. 6. 1. 이 사건 부동산이 구 「지방세특례제한법」(2017. 7.26. 법률 제14839호로 개정되기 전의 것) 제58조의3 제1항 제2호에 따라 창업벤처중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 취득하는 부동산에 해당하여 취득세 등이 감면되므로 기 신고·납부한 취득세 등에서 100분의 75에 상당하는 세액(54,165,000원)을 환급하여 달라는 사유로 경정청구를 하였다.
라. 처분청은 2017. 6. 5. 개인사업자가 기업 형태를 법인으로 변경하여 사업을 유지하면 창업으로 보지 않아 감면 적용이 불가하다는 사유로 경정청구를 거부(이하 “이 사건 거부처분”이라 한다)하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유
가. 청구 취지
이 사건의 청구 취지는 이 사건 거부처분을 취소하여 달라는 것이다.
2) 「지방세법」제151조 제1항 제1호 나목 1)에 따르면 취득세가 감면되는 경우 해당 취득세 감면율로 지방교육세를 감면하는 것으로 되어 있음
3) 구 「농어촌특별세법」(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제4조 제3호에 따르면 「지방세특례제한법」제58조의3 제1항에 따라 취득세가 감면되는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 않음 ———

나. 청구 이유
청구인의 대표이사 A은 개인기업을 개업한 후 청구인을 설립하여 법인으로 전환하였고, 청구인은 위 개인기업 개업일로부터 3년 이내에 중소기업진흥공단으로부터 벤처기업 확인을 받았는바, 처분청의 이 사건 거부처분은 “개인기업이 법인으로 전환하였다고 하더라도 개인기업 창업일부터 3년 이내에 벤처 확인을 받은 경우라면 창업벤처중소기업으로 취득세 등을 면제하여야 한다”라는 행정안전부 예규(2009. 10. 28. 지방세운영과-4588)에 반할 뿐 아니라, “개인이 제조업 등을 창업하고 법인전환요건에 따라 중소기업법인으로 전환하여 개인사업의 창업일로부터 3년 이내에 벤처기업으로 확인받은 경우, 창업벤처중소기업 세액감면 가능하다”라는 ｢조세특례제한법 집행기준｣6-0-2 제7항에도 반한다.

3. 우리 원의 판단
가. 다툼
이 사건의 다툼은 청구인의 설립이 구 「지방세특례제한법」(2017. 7. 26. 법률 제14839호로 개정되기 전의 것) 제58조의3 제1항 제2호에 따른 취득세 감면 대상(창업중소기업에 대한 감면)인 ‘창업’에 해당되는지 여부이다.

나. 인정사실
이 사건 관련 기록 등을 검토해 보면 다음과 같은 사실이 인정된다.
1) 청구인의 대표이사 A은 2015. 8. 12. 경기도 ▲시 *****, *동 *호(△동, ● 철재상가)에서 업태는 ‘제조업’, 종목은 ‘공작기계’로 하는 ‘○○’라는 개인기업을 개업하였고, 2016. 8. 1. 같은 주소에서 업태는 ‘제조, 도매’, 종목은 ‘공작기계 등 산업용 기계’로 하는 청구인을 설립한 후 개인 기업은 2016. 9. 30. 폐업하였으며, 2016. 10. 1. 청구인의 사업자 등록을 하였다.

2) 청구인은 2017. 3. 24. 중소기업진흥공단으로부터 구 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」(2017. 7. 26. 법률 제14839호로 개정되기 전의 것) 제25조에 따라 벤처기업 확인을 받은 다음 2017. 4. 27. 이 사건 부동산을 취득하고 그 취득가액(1,570,000,000원)에 「지방세법」제11조 제1항 제7호 나목의 세율을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 72,220,000원을 신고·납부하였다.

3) 청구인은 2017. 6. 1. 이 사건 부동산이 구 「지방세특례제한법」(2017. 7.26. 법률 제14839호로 개정되기 전의 것) 제58조의3 제1항 제2호에 따라 창업벤처중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 취득하는 부동산에 해당하여 취득세 등이 감면되므로 기신고·납부한 취득세 등에서 100분의 75에 상당하는 세액(54,165,000원)을 환급하여 달라는 사유로 경정청구를 하였다.
4) 처분청은 2017. 6. 5. 개인사업자가 기업 형태를 법인으로 변경하여 사업을 유지하면 창업으로 보지 않으므로 취득세 등 감면 적용을 위한 경정청구는 불가하다며 이 사건 거부처분을 하였다.

5) 행정안전부 예규 ｢지방세 감면에 대한 해석변경에 따른 운영기준 등 통보｣(2009. 10. 28. 지방세운영과-4588, 이하 “행정안전부 예규”라 한다)에 따르면 구 ｢조세특례제한법｣(20 10 . 1. 1. 법률 제99 21호로 개정되기 전의 것) 제120조 제3항과 관련하여 “개인기업이 법인으로 전환하였다고 하더라도 개인기업 창업일부터 3년 이내 벤처확인을 받은 경우라면 창업벤처중소기업으로 보아 취득·등록세 면제 적용”이라고 되어 있다.

6) 행정안전부 예규에서 해석 기준을 제시하고 있는 구 ｢조세특례제한법｣(20 10 . 1. 1. 법률 제992 1호로 개정되기 전의 것) 제120조 제3항은 구 ｢지방세특례제한법｣(2 015 . 12 . 29 . 법률 제1 363 7호로 개정되기 전의 것) 제58조의3으로 이관된 후 구 ｢지방세특례제한법｣(2016. 12. 27. 법률 제14477호로 개정되기 전의 것) 제58조의3 제1항에 ‘｢중소기업창업 지원법｣제2조 제1호4)에 따른 창업을 한 기업’이 창업벤처기업으로서 취득세 감면을 받기 위한 요건으로 추가되었고, 구 ｢지방세특례제한법｣(2017. 7. 26. 법률 제14839호로 개정되기 전의 것) 제58조의3 제6항 제 [4)「중소기업창업 지원법 」제2조 제1호 및 구 「중소기업창업 지원법 시행령」(2017. 7. 26. 대통령령 제28213호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 제2호에 따르면 “창업”이란 중소기업을 새로 설립하는 것을 말하며, 개인사업자인 중소기업자가 법인으로 전환하거나 법인의 조직변경 등 기업형태를 변경하여 변경전의 사업과 같은 종류의 사업을 계속하는 경우는 창업으로 보지 아니한다고 되어 있음]2호에 ‘거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우’, 같은 항 제4호에 ‘사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우’에는 창업으로 보지 않는다는 규정이 신설되었다. 그리고 이 사건의 경우 구 ｢지방세특례제한법｣(2017. 7. 26. 법률 제14839호로 개정되기 전의 것) 제58조의3의 적용을 받는다.

7) 창업벤처중소기업에 대한 세금 감면은 국세(소득세, 법인세)의 경우 구 ｢조세특례제한법｣(2017. 12. 19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것) 제6조에, 지방세(취득세, 재산세, 등록면허세)의 경우 구 ｢지방세특례제한법｣(2017. 7. 26. 법률 제14839호로 개정되기 전의 것) 제58조의3에 규정되어 있으며, 구 ｢조세특례제한법｣(2017. 12. 19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것) 제6조에 대한 국세청의 예규인｢조세특례제한법 집행기준｣(2017) 6-0-2 제7항에 따르면 “개인이 제조업 등을 창업하고 법인전환요건에 따라 중소기업법인으로 전환하여 개인사업의 창업일로부터 3년 이내에 벤처기업으로 확인받은 경우, 창업벤처중소기업 세액감면 가능하다”라고 되어 있다.

다. 관계 법령 등
이 사건과 관계되는 법령은 구 「지방세특례제한법」(2017. 7. 26. 법률 제14839호로 개정되기 전의 것) 제58조의3 등 [별지] 기재와 같다.

라. 판단
구 ｢지방세특례제한법｣(2017. 7. 26. 법률 제14839호로 개정되기 전의 것) 제58조의3 제1항 제2호와 제6항 제2호 및 제4호에 따르면 ｢중소기업창업 지원법｣제2조 제1호에 따른 창업을 한 기업으로서 ｢벤처기업육성에 관한 특별조치법｣제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업이 창업일로부터 4년 이내에 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 벤처기업으로 최초로 확인받은 날로부터 4년간 취득세의 100분의 75를 경감한다고 되어 있고 ‘거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우’, ‘사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기곤란한 경우’에는 그 법인 설립은 취득세 감면 대상인 창업으로 보지 아니한다고 되어 있다.
한편 행정규칙의 내용이 상위 법령에 반하는 것이라면 법치국가원리에서 파생되는 법질서의 통일성과 모순금지 원칙에 따라 당연무효이고, 행정내부적 효력도 인정될 수 없다. 이러한 경우 해당 행정규칙이 법질서상 부존재하는 것으로 취급하여 행정기관이 한 조치의 당부를 상위 법령의 규정과 입법 목적 등에 따라서 판단하여야 한다.5)
위 관계 법령의 내용 및 법리에 비추어 청구인의 설립이 구 ｢지방세특례제한법｣ [5) 대법원 2019. 10. 31. 선고 2013두20011 판결] (2017. 7. 26. 법률 제14839호로 개정되기 전의 것) 제58조의3 제1항 제2호에 따른 취득세 감면 대상인 ‘창업’에 해당하는지 여부를 살펴보면,
① 인정사실 “1)항”의 내용과 같이 청구인의 대표이사 A은 개인기업을 통하여 ‘공작기계 제조업’을 하다가 ‘공작기계 등 산업용 기계 제조· 도매업’을 목적으로 한 청구인을 설립하여 그 대표이사로 취임한 후 개인기업과 동일한 사업장에서 동일한 상호로 법인전환하여 동일한 사업을 계속하면서 개인기업은 폐업하였는데 이는 법인전환을 통하여 개인기업의 사업을 승계한 다음 사업을 확장하거나 업종을 추가한 것에 불과한 것으로 보이는 점,6)
② 인정사실 “6)항”의 내용과 같이 구 ｢조세특례제한법｣(2 010 . 1 . 1. 법률 제9 921호로 개정되기 전의 것) 제120조 제3항에 기술력 있는 중소기업의 창업을 촉진시키고 경쟁력을 높이기 위하여 창업중소기업 등에 대하여 세액감면을 규정하고서, 구 ｢지방세특례제한법｣(2017. 7. 26. 법률 제14839호로 개정되기 전의 것) 제58조의3 제6항을 신설하여 그 실질을 ‘창업’으로 보기 어려운 여러 경우를 규정하고 있는 취지는 새로운 사업을 최초로 개시함으로써 원시적인 사업창출의 효과가 있는 경우에만 취득세의 감면혜택을 주려하는 데 있다고 봄이 상당한 점,7)
③ 청구인은 인정사실 “5)항”의 행정안전부 예규를 근거로 취득세 등 감면 대상이라고 주장하나 인정사실 “6)항”의 내용과 같이 구 ｢조세특례제한법｣(2010 .6) 대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두14838 판결(대구고등법원 2008. 7. 25. 선고 2007누1690 판결 심리불속행 기각) 7) 대법원 2014. 3. 27. 선고 2011두11549 판결 참조 1. 1. 법률 제99 21호로 개정되기 전의 것) 제120조 제3항이 구 ｢지방세특례제한법｣(20 15 . 1 2. 2 9. 법률 제1 36 37호로 개정되기 전의 것) 제58조의3으로 이관된 후 개정을 거듭하였으므로 개정된 상위 법령에 반하는 해당 예규는 계속 적용될 수 없는 점,
④ 청구인이 주장의 근거로 제시하는 국세청 예규인 ｢조세특례제한법 집행기준｣(2017) 6-0-2 제7항은 인정사실 “7)항”의 내용과 같이 구 ｢조세특례제한법｣(2017. 12. 19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것)에 대한 해석 기준을 제시하는 것이므로 지방세 관련 법령인 구 ｢지방세특례제한법｣(2017. 7. 26. 법률 제14839호로 개정되기 전의 것)의 적용 대상인 청구인에게 그대로 적용될 수 없는 점 등을 종합적으로 고려해 볼 때 비록 청구인이 종전 개인기업 창업일로부터 3년 이내에 벤처기업 확인을 받았다 하더라도 청구인의 설립을 구 ｢지방세특례제한법｣(2017. 7. 26. 법률 제14839호로 개정되기 전의 것) 제58조의3 제1항 제2호에따른 취득세 감면 대상(창업중소기업에 대한 감면)인 창업에 해당된다고 보기 어렵다.

4. 결론
그렇다면 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 ｢감사원법｣제46조 제2항에 따라 주문과 같이 결정한다.