청구법인이 2002.6.26. 비영리법인을 흡수합병하여 취득한 쟁점토지에 대하여 종합합산과세대상으로 구분하여 과세한 처분의 당부

조심2019지2185(2019.08.30) 재산세 기각

[결정요지] 청구법인은 2002.6.26. OOO학원을 합병하여 쟁점토지를 취득하였으므로 종합합산 과세대상으로 구분하여 재산세 등을 부과한 처분은 정당하다고 판단됨.
[관련법령]「지방세법 시행령」제102조 제8항 제1호

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유] 1. 처분개요
가. 처분청은 2018년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 청구법인이 소유하고 있는 OOO 외 9필지 6,105.7㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 종합합산과세대상으로 구분하여 2018.9.14. 청구법인에게 재산세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 부과․고지하였다.
나. 청구법인은 이에 불복하여 2018.12.11. 이의신청을 거쳐 2019.5.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
「지방세법 시행령」(2017.12.29. 대통령령 제28524호로 개정된 것, 이하 같다) 제102조 제8항 제1호는 “비영리사업자가 1995.12.31. 이전부터 소유하고 있는 토지”는 분리과세대상토지에 해당한다고 규정하여 “소유”를 기준으로 분리과세대상 여부를 구분하고 있지 “취득하여 소유”하도록 규정하고 있지 아니하는바, 합병이 형식적 취득원인에 해당한다고 하더라도 합병에 의하여 그 동안의 소유관계가 단절되지 아니하고, 「사립학교법」제40조 등에 따라 합병으로 소멸되는 학교법인의 권리․의무는 당연히 존속하는 학교법인에 승계되고 합병의 본질은 소멸하는 회사와 존속하는 회사가 기존에 갖고 있던 법인격의 경계를 허물어 존속회사라는 하나의 법인격이 되는 것(서울고등법원 2012.1.12. 선고 2011누13417 판결, 같은 뜻임)이므로 청구법인이 2002.6.26. OOO학원(이하 “피합병법인”이라 한다)을 흡수합병하여 동 학원이 1995.12.31. 이전부터 소유하던 쟁점토지를 그대로 학교법인의 재산으로 소유하고 있는 이상, 쟁점토지는 「지방세법」상 분리과세대상에 해당하고, 처분청이 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 구분하여 과세한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견
쟁점토지는 청구법인이 2002.6.26. 피합병법인을 흡수합병함에 따라 동 법인이 1995.12.31. 이전부터 소유하던 토지를 포괄승계한 것으로 청구법인이 2002.6.26. 취득일로 하여 2002.7.16. 취득세 등을 신고하였는바, 「지방세법」제6조 제1호에서 취득이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자 등에 의한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상, 무상을 불문한 일체의 취득이라고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제102조 제9항에서 제1항 제2호 라목․바목, 제2항 제4호․제6호, 제1항 제3호, 제2항 제5호에 따른 토지는 법인합병으로 인하여 취득하여 소유하는 경우를 포함하여 분리과세하도록 규정하고 있으나 같은 조 제8항 제1호에서는 법인합병으로 인하여 취득하여 소유하는 경우에 관하여 별도로 규정하고 있지 아니하므로 처분청이 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 구분하여 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
청구법인이 2002.6.26. 비영리법인을 흡수합병하여 취득한 쟁점토지에 대하여 종합합산과세대상으로 구분하여 과세한 처분의 당부
나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.
(가) 청구법인은 1964.4.14. 설립허가(1971.2.2. 설립등기)를 받아 OOO에서 OOO 부속 초․중․고등학교 등을 경영하는 학교법인으로서, 2002.6.26. 피합병법인을 흡수합병하여 2002.6.29. 합병등기하고 2002.7.16. 취득일을 2002.6.26.로 하여 아래 <표>와 같이 쟁점토지를 취득하였다.
<표> “생략”

(나) 청구법인은 쟁점토지에 대한 2015ㆍ2016년도분 재산세 부과처분에 관하여 이 건 심판청구와 동일한 취지로 각 심판청구 및 행정소송을 하여 “합병의 효력발생 시점은 합병등기를 마친 때이므로 합병 이후에는 종전부터 소유하고 있는 것으로 보아 분리과세를 적용할 수 없다”는 취지로 하여 대법원에서 패소하였다(대법원 2016.12.15. 선고 2016두50877 판결).

(다) 처분청은 2018년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 청구법인이 소유하고 있는 쟁점토지에 대하여 「지방세법」제111조 제1항 제1호 가목에 따른 종합합산과세대상 토지로 판단하고 2018.9.14. 청구법인에게 2018년도분 재산세 등 OOO원을 부과․고지하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.
청구법인은 흡수합병한 피합병법인이 1995.12.31. 이전부터 소유하던 쟁점토지를 그대로 학교법인의 재산으로 소유하고 있으므로 쟁점토지는 「지방세법」상 분리과세대상에 해당한다고 주장하나,
「지방세법 시행령」제102조 제9항에서는 일정한 농지, 임야 또는 목장용지를 종합합산과세대상에서 제외하여 별도의 기준에 의하여 분리과세하려는 정책적인 취지로 분리과세대상인 일부 농지, 임야 또는 목장용지의 범위에 관하여 1990.5.31. 이전부터 소유한 농지 등을 1990.6.1. 이후에 상속받아 소유하는 경우와 법인합병으로 인하여 취득하여 소유하는 경우를 포함한다고 명시적으로 규정하고 있는 반면, 같은 조 제8항에서는 학교 등을 운영하는 비영리사업자가 1995.12.31. 이전부터 소유하는 토지라고 규정하고 있을 뿐, 이러한 토지를 1996.1.1. 이후 법인합병으로 인하여 취득하여 소유하는 토지도 마찬가지로 분리과세대상으로 한다는 규정을 두고 있지 아니한 점, 청구법인은 피합병법인을 2002.2.26. 흡수합병한 것으로 나타나는 점, 법인합병으로 인하여 취득하여 소유하고 있다는 이유만으로 정책적 고려에 따른 입법조치가 있었던 경우와 동일하게 분리과세대상에 포함된다고 해석할 수는 없는 점(대법원 2016.12.15. 선고 2016두50877 판결, 같은 뜻임) 등에 비추어 처분청이 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 구분하여 재산세 등을 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

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