대법원 2018두57803(2019.01.17) 취득세 기각

[판결요지] 취득세와 재산세 비과세 규정인 지방세법 제9조 제1항 및 제109조 제1항에 의하면, 비과세 대상을 “국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합, 외국정부 및 주한 국제기구”로 명확히 한정하고 있고, 또한 구 지방세특례제한법 제3조 제1항에서도 이 법, 지방세법 및 조세특례제한법에 따르지 아니하고는 지방세법에서 정한 일반과세에 대한 지방세 특례를 정할 수 없도록 하여 위 열거 법령에서 규정되어 있는 경우에만 지방세를 비과세ㆍ감면하게 되어 있으므로 지방세 감면 등 특례 적용 요건인 ‘해당 사업에 사용’ 여부는 관련 근거 조문인 구 지방세특례제한법 제41조 제1항 또는 제2항의 규정 및 위 법리에 따라 현실적으로 당해 부동산이 학교의 연구·교육사업 자체에 직접 사용되는지를 기준으로 판단하여야 하고, ○○대법을 근거로 하여 판단할 수는 없다.

【주문】 처분청승소
상고를 기각한다.
상고비용은 원고가 부담한다.

【이유】
이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유를 모두 살펴보았으나, 상고인의 상고이유에 관한 주장은 상고심절차에 관한 특례법 제4조에 해당하여 이유 없으므로, 위 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울고등법원 2018. 8. 22. 선고 2018누36624 판결】
【주문】 처분청승소
1. 원고의 항소를 기각한다.
2. 항소비용은 원고가 부담한다.

【이유】
1. 제1심판결의 인용 등
이 법원의 판결 이유는 제1심판결 중 해당 부분을 다음 2항과 같이 수정하고, 다음 3항과 같이 판단을 보충하거나 추가하는 것 외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

2. 수정 부분
○ 5쪽 6행의 “고,” 오른쪽에 다음을 추가
『원고가 국가로부터 권리ㆍ의무를 포괄적으로 승계하였다고 하더라도 ○○대법에 의하여 설립된 법인으로서 국가에 해당하지 아니하므로 원고는 취득세 등 지방세법상 비과세주체에 해당하지 아니하며, 국립대학법인인지 사립대학인지에 따라 취득세 납세의무의 차등을 두는 규정이 없고, 구 「지방세법」제6조 제1호는 취득세에서 사용하는 용어인 ‘취득’이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수, 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득, 또는 유상ㆍ무상의 모든 취득을 말한다고 규정하고 있으므로』

○ 6쪽 아래에서 8행의 “점”을 다음과 같이 수정
『점, 국립대학법인이 기존의 법률체계에 없던 새로운 제도임을 고려하더라도 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는 점(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결 참조)』

3. 판단의 보충 및 추가
가. 구 「지방세특례제한법」제41조 ‘해당 사업의 사용’의 확장 해석 가부

1) 원고의 주장
종전 ○○대의 법인화를 위하여 ○○대법이 제정되고 기획재정부 및 교육과학기술부 등 정부 부처가 법인화에 필요한 여러 정책을 폈으며, 원고는 위와 같은 입법 및 국립대학의 법인화 정책에 따라 법인으로 그 법적 형태를 전환하였으므로 영조물에 불과한 종전 ○○대와 ○○대법에 따른 원고 사이의 법적 성격 차이가 중요하게 고려되어야 한다. 따라서 구 「지방세특례제한법」제41조의 ‘해당 사업’의 의미를 반드시 교육, 연구에만 한정시키는 것은 부당하고, 원고의 운영에 필요하다고 ○○대법 규정에 근거하여 허용되는 사업까지도 ‘해당 사업’에 포함된다고 해석하여야 하며, 나아가 국립대학을 국립대학법인으로 바꾸는 일련의 절차 및 법인화라는 결과를 하나의 사업이라고 본다면, ○○대법에 따라 종전 ○○대가 관리하던 부동산을 무상으로 양여받는 과정 자체도 마찬가지로 ‘해당 사업’에 포함된다고 보아야 한다.
또한, 취득세와 재산세 및 지역자원시설세의 과세요건은 구분되므로 구 「지방세특례제한법」제41조 제2항의 ‘직접 사용’과 제1항의 ‘(단순) 사용’의 의미도 그에 따라 명확하게 구분되어야 하고, ‘직접 사용’은 교육ㆍ연구와 더 밀접한 관련을 맺고 사용되는 것으로 볼 수 있으며, ○○대법도 ‘교육ㆍ연구에 사용되는 것’과 ‘교육ㆍ연구에 직접 사용되는 것’을 구분하고 있는 점 *주1) 도 고려하여 달리 평가되어야 한다.
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주1) 제21조(재산의 관리 및 보호)
① 국립대학법인 ○○대학교의 재산 중 교육·연구에 사용되는 것으로서 대통령령으로 정하는 것은 매도, 증여, 교환 또는 용도변경하거나 담보로 제공하려면 교육부장관의 승인을 받아야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 가액·면적·규모 등을 고려한 경미한 사항은 교육부장관에게 신고하여야 한다.
② 국립대학법인 ○○대학교의 재산 중 대학 교육·연구에 직접 사용되는 것으로서 대통령령으로 정하는 것은 매도·증여하거나 담보로 제공할 수 없다.
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2) 판단
구 「지방세특례제한법」제41조 제1항은 본문에서 고등교육법에 따른 학교를 경영하는 자가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 2012. 12. 31.까지 면제한다고 규정하고, 단서 제1호 ‘정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우’ 또는 제2호 ‘해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우’에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있으며, 구 「지방세특례제한법」제41조 제2항은 학교가 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대한 재산세를 면제하는 규정을 두고 있는바, 비영리사업자가 당해 부동산을 ‘그 사업에 사용’한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고(대법원 1994.10.28. 선고 94누224 판결, 대법원 2003.11.28. 선고 2003두9039 판결 등 참조), ‘그 사업에 사용’의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단되어야 한다(대법원 1996.1.26. 선고 95누13104 판결, 대법원 2002.4.26. 선고 2000두3238 판결, 대법원 2002.10.11. 선고 2001두878 판결 등 참조). 이러한 법리는 구 「지방세특례제한법」제41조 제1항 및 제2항 해당 여부를 판단할 때에도 마찬가지로 적용된다고 봄이 타당하다.
취득세와 재산세 비과세 규정인 「지방세법」제9조 제1항 및 제109조 제1항에 의하면, 비과세 대상을 “국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합, 외국정부 및 주한 국제기구”로 명확히 한정하고 있고, 또한 구 「지방세특례제한법」제3조 제1항에서도 이 법, 지방세법 및 조세특례제한법에 따르지 아니하고는 지방세법에서 정한 일반과세에 대한 지방세 특례를 정할 수 없도록 하여 위 열거 법령에서 규정되어 있는 경우에만 지방세를 비과세ㆍ감면하게 되어 있으므로 지방세 감면 등 특례 적용 요건인 ‘해당 사업에 사용’ 여부는 관련 근거 조문인 구 「지방세특례제한법」제41조 제1항 또는 제2항의 규정 및 위 법리에 따라 현실적으로 당해 부동산이 학교의 연구·교육사업 자체에 직접 사용되는지를 기준으로 판단하여야 하고, ○○대법을 근거로 하여 판단할 수는 없다. 이와 다른 전제에 있는 원고의 주장은 이유 없다.

나. 신뢰보호의 원칙 위반 여부
1) 원고의 주장
2010. 12. 27. ○○대법 제정시 ‘국립대학법인 ○○대학교는 종전의 ○○대학교 학교 경영과 관련하여 발생한 국가의 권리·의무를 포괄 승계한다’는 부칙 규정(제8조 제1항)이 포함되어 있었고, 이 사건 무상양여계약은 2012. 1. 무렵 체결되었다. 원고로서는 위 부칙 규정에 따라서 무상 양여받는 부동산에 대하여 별도의 세금을 납부하지 아니하여도 될 것이라는 기대를 갖고 있었으므로 이 사건 처분은 국세기본법 제15조 등의 신뢰보호의 원칙에 반하는 위법한 처분이다.

2) 판단
국세기본법 제15조, 「지방세기본법」제18조는 신의성실의 원칙을 규정하고 있는데, 일반적으로 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이나 신의성실의 원칙을 적용하기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하여 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 2019.1.17. 선고 2018두57803 판결 참조). 나아가 이러한 요건에 관한 주장ㆍ증명책임은 납세자에게 있다(대법원 1992.3.31. 선고 91누9824 판결 참조). 한편 조세법률관계에 있어서 신뢰보호의 원칙이나 신의성실의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되는 예외적인 법 원칙이므로 과세관청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙 또는 신의성실의 원칙을 적용하기 위해서는, 과세관청이 공적인 견해표명 등을 통하여 부여한 신뢰가 평균적인 납세자로 하여금 합리적이고 정당한 기대를 가지게 할 만한 것이어야 한다(대법원 2013.12.26. 선고 2011두5940 판결 참조).
원고의 주장이나 제출한 증거만으로는 ○○대법 부칙 제8조 제1항의 규정만으로 취득세 등 지방세 부과처분을 하지 아니할 것이라는 피고의 공적인 견해표명이 있었다거나 원고가 이에 대하여 보호가치 있는 신뢰를 형성하였다고 보기 어려우므로 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙을 위반한 것이라고 볼 수 없다. 이와 다른 전제에 있는 원고의 주장은 이유 없다.

4. 결론
그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것이다. 이와 결론을 같이한 제1심판결은 정당하고, 원고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각한다.
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【하급심-수원지방법원 2018. 1. 31. 선고 2017구합66054 판결】

【주문】 처분청승소

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【이유】
1. 처분의 경위
가. 원고는 구 국립대학법인 ○○대학교 설립·운영에 관한 법률(2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘○○대법’이라 한다)에 의하여 설립된 국립대학법인이다.

나. 원고는 2012. 1. 2. ○○대법 제22조 제1항에 따라, 원고 설립 당시 ○○대학교(이하 ‘종전 ○○대’라 한다)가 관리하고 있던 국유재산을 무상으로 양여받았는바, 여기에는 미사용 중이거나 창업보육센터로 사용 중인 수원시 ○○구 ○○동 103-2, 92-6, 7-164, 14-89 소재 토지 및 위 지상 건축물(이하 ‘쟁점 양여재산’이라 한다)이 포함되어 있었다.

다. 원고는 2012. 2. 13. 피고에게 쟁점 양여재산 등에 대한 취득신고를 하면서 쟁점 양여재산에 대한 지방세 감면신청을 하여, 구 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제41조 제1항 본문에 의하여 쟁점 양여재산 취득에 따른 취득세, 지방교육세 및 농어촌특별세를 면제받았다.

라. 피고는, 2015. 3. 4. 및 2015. 6. 2. 쟁점 양여재산 등에 대한 현장 확인 결과 원고가 쟁점 양여재산에 관하여 그 취득일인 2012. 1. 2.부터 2016년 과세기준일까지 이를 미사용하였거나 ‘해당 사업’과 다른 용도(임대 및 창업보육센터)로 사용하였다고 보아, 원고에 대하여 별지 1 목록 기재와 같이 쟁점 양여재산 취득에 따른 2012년 귀속 취득세, 지방교육세, 농어촌특별세(각 가산세 포함, 이하 ‘취득세 등’이라 한다) 및 쟁점 양여재산에 대한 2012년 내지 2016년 귀속 재산세, 지방교육세, 지역자원시설세(각 가산세 포함, 이하 ‘재산세 등’이라 한다)를 각 부과·고지하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 이에 불복하여 감사원에 심사청구를 하였으나, 2017. 3. 23. 기각결정이 내려져 2017. 3. 28. 이를 통지받았다.

바. 한편 원고는 2012. 1. 2.부터 2016년 과세기준일까지, 쟁점 양여재산 중 일부는 창업보육센터로 사용하고 있고(이하 ‘창업보육센터 부분’이라 한다), 일부는 주식회사 ○○○○○○에 임대하고 있으며(이하 ‘임대 부분’이라 한다), 일부는 이를 사용하지 아니하고 있다(이하 ‘미사용 부분’이라 한다).
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2호증, 갑 제3호증의 1 내지 6, 갑 제4호증의 1, 2, 을 제2호증의 1, 2, 을 제3호증, 을 제4호증의 1 내지 10, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
1) 이 사건 처분 중 취득세 등 부분에 대한 주장
가) 원고는 ○○대법에 의하여 신설되면서 종전 ○○대에서 국립대학법인으로 주체의 법적 성격만 변경되었는바, 종전 ○○대가 관리하던 쟁점 양여재산에 관하여 기술적 조치로써 형식적 소유권이전등기를 경료한 것이지 실질적 재화의 이전이 있어 이득을 얻은 것은 아니므로, 취득세의 과세요건인 ‘취득’이 있었다고 볼 수 없고, 이와 전제를 달리 한 이 사건 처분은 실질과세원칙, 신의성실원칙 등에 반한다.

나) ○○대법 부칙(2010. 12. 27. 제10413호, 이하 같다)에 의하면, 원고는 종전 ○○대의 학교 경영과 관련하여 발생한 국가의 권리·의무를 승계하게 되는바, 「지방세법」제9조에 따른 취득세 비과세 대상으로서의 국가의 지위 역시 승계하였다고 보아야 한다.

다) 원고는 쟁점 양여재산을 목적 사업 용도로 사용하였거나, 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 목적 사업 용도로 직접 사용하지 아니한 정당한 사유가 있다.

2) 이 사건 부과처분 중 재산세 등 부분에 대한 주장
가) ○○대법 부칙 제8조에 의하면, 원고는 종전 ○○대의 학교 경영과 관련하여 발생한 국가의 권리·의무를 승계하게 되는바, 「지방세법」제109조에 따른 재산세 비과세 대상으로서의 국가의 지위 역시 승계하였다고 보아야 한다.

나) 원고는 쟁점 양여재산을 목적 사업 용도로 사용하였거나, 목적 사업 용도로 직접 사용하지 아니한 정당한 사유가 있다.
나. 관계법령
별지 2 관계법령 기재와 같다.

다. 판단
1) 이 사건 처분 중 취득세 등 부분에 관한 판단
가) 위 가. 1) 가) 주장에 대한 판단
부동산취득세는 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종으로서 부동산의 취득자가 그 부동산을 사용·수익·처분함으로써 얻어질 이익을 포착하여 부과하는 것이 아니므로, 구 「지방세법」제6조 제1호(2013. 1. 1. 법률 제11617호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)의 ‘취득’이란 부동산 취득자가 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는지 여부와 관계없이 소유권이전의 형식에 의한 부동산취득의 모든 경우를 포함하는 것으로 해석된다(대법원 2007.4.12. 선고 2005두9491 판결 등 참조).
이 사건에서 보건대, 쟁점 양여재산이 종전 ○○대가 관리하던 것이라고 하더라도, 종전 ○○대는 고등교육법, 국립학교 설치령에 따라 국가가 설립·경영하는 대상으로서 영조물에 불과한 반면 원고는 구 ○○대법에 따라 국립대학법인으로 설립되었고, 앞의 1.의 나.에서 본 바와 같이 원고가 ○○대법 제22조 제1항에 따라 쟁점 양여재산을 ‘양여’의 형식으로 국가로부터 이전받은 이상, 이는 구 「지방세법」제6조 제1호에서 정한 ‘취득’에 해당한다고 봄이 타당하다.

나아가 원고가 이 부분 주장의 근거로 드는 행정안전부 유권해석은, 산업기술혁신 촉진법이 2009. 1. 30. 법률 제9369호로 개정됨에 따라 기존 비영리법인인 한국산업기술평가원 등이 해산되고 그와 목적이 동일한 새로운 비영리법인인 한국산업기술진흥원 등이 설립되면서 신설된 한국산업기술진흥원 등이 해산 전 한국산업기술평가원 등의 재산을 승계하는 사안에 대한 것으로, 산업기술혁신 촉진법은 부칙(2009. 1. 30. 제9369호) 제4조에서 ‘한국산업기술평가원 등은 민법 중 법인의 해산 및 청산에 관한 규정에도 불구하고 한국산업기술진흥원 등의 설립과 동시에 해산된 것으로 보며, 한국산업기술평가원 등의 모든 권리와 의무 및 직원은 부칙 제3조 제3항 제2호에 따라 지식경제부장관의 인가를 받은 계획의 내용에 따라 한국산업기술진흥원 등이 승계한다’(제1항), ‘이 법 시행 당시 등기부나 그 밖의 공부에 표시된 한국산업기술평가원 등의 명의는 개편계획의 내용에 따라 한국산업기술진흥원 등의 명의로 본다’(제3항)는 한국산업기술진흥원 등 설립에 따른 경과조치 규정을 두고 있다. 위 유권해석 대상 사안은 신설된 국립대학법인이 국가로부터 양여의 형식으로 국유재산을 이전받은 것인데다 위와 같은 등기부 표시에 관한 경과조치 규정도 없는 이 사건과는 그 내용이 다르다.

원고의 위 주장은 이유 없다.
나) 위 가. 1) 나) 주장에 대한 판단
○○대법 부칙 제8조 제1항은 본문에서 ‘원고는 종전 ○○대의 학교 경영과 관련하여 발생한 국가의 권리·의무를 포괄승계한다’고 규정하는 한편 단서에서 ‘권리·의무의 성격상 원고가 포괄승계하는 것이 적절하지 아니한 경우에는 그러지 아니하다’고 규정하고 있다.
그런데 원고는 ○○대법에 따라 설립된 국립대학법인으로서 국가와는 그 주체의 법적 성격을 달리하는 점, 구 「지방세법」제9조 제1항 본문은 국가 또는 지방자치단체 등의 취득에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하여 예외적 비과세 대상을 열거적으로 규정하고 있고, 아울러 다른 법률에서 국가 또는 지방자치단체로 의제되는 법인은 비과세 대상에서 제외한다고 명시하고 있는 점, 위 부칙 제8조 제1항 규정의 문언에 의하더라도 위 규정은 ‘원고가 “기왕에” 발생한 국가의 “구체적인” 권리의무를 포괄승계함’을 의미한다고 보는 것이 타당한 점 등에 비추어 보면, 취득세 비과세 대상으로서의 국가의 지위가 위 부칙 제8조 제1항 본문에서 말하는 종전 ○○대의 학교 경영과 관련하여 발생한 국가의 권리·의무에 해당한다고 볼 수 없다. 원고의 위 주장은 이유 없다.

다) 위 가. 1) 다) 주장에 대한 판단
(1) 구 「지방세특례제한법」제41조 제1항은 본문에서 고등교육법에 따른 학교를 경영하는 자가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 2012. 12. 31.까지 면제한다고 규정하고, 단서 제1호 ‘정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우’ 또는 제2호 ‘해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우’에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있는바, 여기에서 학교가 부동산을 그 ‘해당 사업 용도로 사용’한다고 함은 현실적으로 당해 부동산이 학교의 연구·교육사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, 학교의 연구·교육사업 자체에 사용하는 것인지는 해당 학교의 사업목적과 당해 부동산의 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2002.4.26. 선고 2000두3238 판결, 대법원 2009.5.28. 선고 2009두4708 판결, 대법원 2014.3.13. 선고 2013두21953 판결 등 참조).
한편 구 「지방세특례제한법」제41조 제1항 단서 제1호가 정하는 ‘정당한 사유’라고 함은 법령에 의한 금지·제한 등 외부적인 사유는 물론 해당 용도로 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 학교의 연구·교육사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 아니하는 입법취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 연구·교육사업에 직접 사용하는 데에 걸리는 준비기간의 장단, 연구·교육사업에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 학교가 부동산을 연구·교육사업에 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단할 것이다. 그리고 학교가 법령에 의한 금지·제한 등 부동산을 취득할 당시 3년 내에 연구·교육사업에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황에서 부동산을 취득하였고, 취득 후 3년 내에 당해 부동산을 연구·교육사업에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면, 취득 전에 존재한 법령상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 연구·교육사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 법령상의 장애사유는 당해 토지를 연구·교육사업에 직접 사용하지 못한 것에 대한 정당한 사유가 될 수 없다(대법원 2012.12.13. 선고 2011두1948 판결 등 참조).

(2) 먼저 쟁점 양여재산 중 창업보육센터 부분 및 임대 부분에 관하여 본다.
위와 같이 창업보육센터 및 임대 용도로 사용하는 것이 원고의 학생 등 그 구성원을 대상으로 한 것으로서 원고의 연구·교육사업 자체에 해당한다는 점에 관한 주장·증명이 없고, 오히려 을 제2호증의 1, 2, 을 제3호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 주식회사 ○○○○○○는 농약개발업체 등에서 의뢰받은 독성평가 실험이나 정부과제를 수행하는 등 임상, 전임상 시험 및 컨설팅업 등을 영위하는 영리법인인 사실을 인정할 수 있으므로, 원고가 쟁점 양여재산 중 창업보육센터 부분 및 임대 부분을 연구·교육사업이 아닌 다른 용도로 사용하였다고 봄이 타당하다. 이 부분에 관하여는 구 「지방세특례제한법」제41조 제1항 단서 제1호에서 정한 정당한 사유의 유무와 관계없이 구 「지방세특례제한법」제41조 제1항 단서 제2호에서 정한 취득세 등 추징사유가 있다. 원고의 위 주장은 나머지 점에 관하여 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.

(3) 다음으로 쟁점 양여재산 중 미사용 부분에 관하여 본다.
교육기본법 제9조 제2항에 의하면, 학교는 공공성을 가지며, 학생의 교육 외에 학술 및 문화적 전통의 유지ㆍ발전과 주민의 평생교육을 위하여 노력하여야 하고, 고등교육법 제28조에 의하면, 대학은 인격을 도야(陶冶)하고, 국가와 인류사회의 발전에 필요한 심오한 학술이론과 그 응용방법을 가르치고 연구하며, 국가와 인류사회에 이바지함을 목적으로 한다. 그러나 위 각 규정에 의하더라도, 여기에서 말하는 공공성 일반이 선언적 의미를 넘어서는 대학의 고유 목적에 해당한다거나 연구·교육사업 그 자체가 될 수는 없다고 봄이 타당하다.
이 사건에서 보건대, 갑 제6 내지 8호증, 갑 제9호증의 1 내지 3, 갑 제10호증의 1, 2, 갑 제11 내지 13호증, 갑 제14호증의 1, 2, 갑 제20호증, 갑 제21호증의 1, 2, 갑 제22호증, 갑 제23호증, 갑 제24호증의 1, 2, 갑 제25호증의 1 내지 7, 갑 제26호증, 갑 제27호증의 1, 2, 갑 제28호증의 1, 2, 갑 제29호증의 1, 2, 갑 제30호증의 각 기재 내지 영상에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 사정들,
즉 ① 원고가 주장하는 ‘기존에 추진하였거나 장차 추진하고자 하는 쟁점 양여재산에 대한 계획사업’ 중 창업지원센터 및 벤처단지 운영, 문화공간 운영(공공미술 프로젝트, 청년문화센터, 숙박시설 등), 경기도 내 대학생을 대상으로 한 통합기숙사 운영, 반려동물 문화센터 운영 등이 연구·교육사업 그 자체에 해당한다거나 원고의 학생 등 그 구성원을 대상으로 한 연구·교육 목적과 관련이 있다고 보기 어려운 점,
② 재활승마연구센터 건립·운영 계획사업의 경우 대학의 연구·교육사업에 해당한다고 볼 여지는 있으나, 쟁점 양여재산은 서호중학교 및 주민 거주지역에 인접하여 축산폐수배출시설을 설치함에 있어 법률적·사실적 장애가 있으리라는 것을 충분히 예상할 수 있었고 이는 원고가 쟁점 양여재산을 취득하기 전부터 이미 존재한 장애사유인바, 그것이 쉽게 해소될 가능성이 있다고 보기 어려운데도 위 계획사업을 추진하다가 결국 2013. 6. 19.경 위와 같은 법률적·사실적 장애로 인하여 쟁점 양여재산을 부지로 한 재활승마연구센터의 건립이 사실상 무산된 것으로 보이는 점,
③ 수목원 관련 계획사업, 생명혁신연구단지(Innovative AgBio R&D Complex) 조성 계획사업의 경우 역시 대학의 연구·교육사업에 해당한다고 볼 여지는 있으나, 위 사업 관련 부지는 쟁점 양여재산과 무관하거나 이미 취득세 등 부과 대상에서 제외된 것으로 보이고, 계획의 수립 정도도 구상 단계에 머물러 있는 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 원고가 쟁점 양여재산 중 미사용 부분을 연구·교육사업이 아닌 다른 용도로 사용하였거나, 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 연구·교육사업 용도로 직접 사용하지 아니하였다고 봄이 타당하다. 이 부분에 관하여는 구 「지방세특례제한법」제41조 제1항 단서 제1호 또는 제2호에서 정한 취득세 등 추징사유가 있다. 원고의 위 주장은 이유 없다.

2) 이 사건 처분 중 재산세 등 부분에 관한 판단
가) 위 가. 2) 가) 주장에 대한 판단
원고가 「지방세법」제109조 제1항 본문에 규정된 재산세 비과세 대상으로서의 국가의 지위를 승계한다고 볼 수 없음은 위 다. 1) 나)에서 살펴본 바와 같으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

나) 위 가. 2) 나) 주장에 대한 판단
(1) 구 「지방세특례제한법」제41조 제2항은 학교가 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대한 재산세를 2012. 12. 31.까지 면제하는 규정을 두고 있고, 제60조 제3항 제1호는 창업보육센터 사업자의 지정을 받은 자가 창업보육센터용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 2012. 12. 31.까지 재산세의 100분의 50을 경감하는 규정을 두고 있으며, 이후 현행 지방세특례제한법에 이르기까지 이와 동일한 재산세 감면 규정을 두고 있는바, 여기에서 학교가 부동산을 그 사업에 직접 사용한다고 함은 현실적으로 해당 부동산을 학교의 연구·교육사업 자체에 사용하는 것을 뜻하고, 학교의 연구·교육사업 자체에 사용하는 것인지는 해당 학교의 사업목적과 부동산의 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다. 그리고 고등교육법 등 관련 법령에 따라 학교는 학생의 선발, 일정기간 동안의 재학, 학위의 취득, 교수 절차 등에 관하여 주무관청으로부터 엄격한 규율을 받고 있고 그러한 학교가 부동산을 교육사업에 직접 사용하는 경우 위와 같이 재산세를 비과세하도록 규정한 것이므로, 고등교육법에 따른 학교가 창업보육센터 사업자로서 학생 등 그 구성원이 아닌 일반인을 대상으로 창업의 성공 가능성을 높일 수 있도록 경영, 기술분야에 대한 지원활동을 하면서 창업자를 위한 시설과 장소로 그 소유 부동산을 제공하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 교육사업에 직접 사용하는 것으로 볼 수 없다(대법원 2002.4.26. 선고 2000두3238 판결, 대법원 2015.5.14. 선고 2014두45680 판결등 참조).
한편 조세감면의 범위를 정하는 규정은 이를 확대해석하면 조세형평의 원칙에 반하는 결과를 초래하기 때문에 과세요건을 정하는 규정과 같이 엄격히 해석하여야 할 것인바, 재산세의 면세범위를 정한 구 「지방세특례제한법」제41조 제2항에서 정한 해당 사업에 직접 사용한다 함은 현실적으로 해당 사업에 직접 사용되고 있는 경우만을 지칭하는 것이고 단지 해당 사업에 직접 사용하기 위한 준비를 하고 있는 경우까지 포함한다고 볼 수 없다. 또한 구 「지방세특례제한법」제41조는 제1항에서 정당한 사유의 유무를 취득세의 면세요건으로 규정하고 있을 뿐이므로, 이를 재산세의 면세요건으로 규정하고 있지 않은 제2항의 해석에 유추적용하여 엄격히 해석하여야 할 재산세 면세대상을 확대할 수 없다(대법원 1984.6.26. 선고 83누709 판결 참조).

(2) 이 사건에서 보건대, 원고가 쟁점 양여재산을 연구·교육사업이 아닌 다른 용도로 사용하였거나[창업보육센터 부분 및 임대 부분, 위 다. 1) 다) (2) 참조] 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 연구·교육사업 용도로 직접 사용하지 아니하였음[미사용 부분, 위 다. 1) 다) (3) 참조]은 앞서 본 바와 같으므로, 이 부분에 관하여는 정당한 사유의 유무와 관계없이 재산세 등 부과사유가 있다고 봄이 타당하다. 원고의 위 주장은 나머지 점에 관하여 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.
3. 결 론
원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.