대법원 2018두42559(2019.01.17) 재산세

[판결요지] 그 고유업무에 사용하는 부동산에 대하여는 재산세 등이 면제된다는 피고와 내무부장관 등의 공적인 견해표명을 신뢰하여 1997년 무렵부터 이 사건 부동산을 취득하여 사용해 왔고, 원고가 위 견해표명을 신뢰한 데에 어떠한 귀책사유가 있다고 볼 수도 없다.3. 관련 법령의 연혁 및 내용과 함께, 앞서 본 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단에 상고이유 주장과 같이 신의성실의 원칙 등에 관한 법리를 오해하는 등으로 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.

【주문】 처분청패소
상고를 기각한다.
상고비용은 피고가 부담한다.

【이유】
상고이유를 판단한다.
1. 「지방세기본법」제18조에 의하면, 세무공무원은 신의에 따라 성실하게 직무를 수행하여야 한다. 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는, ① 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, ② 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, ③ 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, ④ 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 1985. 4. 23. 선고 84누593 판결, 대법원 2008. 6. 12. 선고 2008두1115 판결 등 참조).
그리고 과세관청의 공적인 견해표명은 원칙적으로 일정한 책임 있는 지위에 있는 세무공무원에 의하여 명시적 또는 묵시적으로 이루어짐을 요하나, 신의성실의 원칙 내지 금반언의 원칙은 합법성을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의, 형평에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에 적용되는 것으로서 납세자의 신뢰보호라는 점에 그 법리의 핵심적 요소가 있는 것이므로, 위 요건의 하나인 과세관청의 공적 견해표명이 있었는지 여부를 판단하는 데 있어 반드시 행정조직상의 형식적인 권한분장에 구애될 것은 아니고 담당자의 조직상 지위와 임무, 당해 언동을 하게 된 구체적인 경위 및 그에 대한 납세자의 신뢰가능성에 비추어 실질에 의하여 판단하여야 한다(대법원 1995. 6. 16. 선고 94누12159 판결, 대법원 2008. 4. 24. 선고 2007두25060 판결 등 참조).

2. 가. 원심은 제1심 판결이유를 인용하고 일부 내용을 추가하거나 보충하여 다음과 같은 사실을 인정하였다.
1) 원고는 외교부 소속 전·현직 공무원을 회원으로 하여 국제정세 연구와 외교에 관한 국민인식 제고 및 민간 외교활동 등을 목적으로 정부로부터 설립허가를 받아 1973. 2. 16. 설립된 비영리 사단법인이다.

2) 원고는 1977년경부터 국고보조금을 지원받아 서울 ○○구 ○○동에 재외공무원 자녀들을 위한 기숙사를 운영해 왔다.

① 당시 원고의 감독기관인 외무부장관은 내무부장관에게 원고가 취득한 위 기숙사 부지 및 건물이 취득세·재산세 등의 면제 대상에 해당하는지 확인을 요청하였다.

② 서울특별시 ○○구청장 등의 상급기관으로서 지방세 부과·징수의 지도·감독 등의 업무를 담당하던 내무부장관은 1977. 11. 28.경 ‘위 기숙사 건물 및 부지는 학술 기타 공익을 목적으로 하는 사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산에 해당하여 구 지방세법(1981. 12. 31. 법률 제3488호로 개정되기 전의 것) 제107조 제1호, 제184조 제1항 제3호 등에 따라 취득세나 재산세 등의 과세대상이 아니다’라고 회신하였고, 서울특별시장에게도 같은 내용의 공문을 발송하였다.

③ 이에 서울특별시 ○○○청장 등은 원고에게 취득세·재산세 등을 과세하지 않았다.
3) 위 기숙사 건물이 노후화되자 원고는 1996. 2. 2. 서울 ○○구 ○○동 ○○○ 대 12,803㎡를 매수하여 같은 해 11. 27. 소유권이전등기를 마쳤고, 1997. 12. 15. 위 토지 지상에 지상 4층, 지하 1층의 기숙사 건물(부속건물 포함, 이하 같다)을 착공하였으며, 2000. 12. 22. 관할관청으로부터 위 건물에 관한 사용승인을 받았다(이하 위 토지와 위 건물을 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라고 한다).
① 외무부장관은 피고에게 앞서 본 바와 같은 이유로 취득세 면제를 요청하였으나, 피고는 1997. 10. 9.경 이 사건 부동산에 대한 지방세 과세예고 통지를 하였다.

② 그러나 원고와 외무부장관이 피고와 내무부장관에게 ‘이 사건 부동산은 학술연구단체·장학단체에 해당하는 원고가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 것이므로 취득세·재산세 등 면제에 관한 구 지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제290조 제1항 제18호에 의하여 취득세 등 지방세가 면제되어야 한다’는 의견을 제출하였다.

③ 이에 대해 내무부장관은 1997. 11. 22.경 외무부장관에게 ‘원고가 학술연구단체와 장학단체이고 원고가 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산이라면 위 규정에 의하여 취득세가 면제된다’고 회신하였으며, 그 후 피고는 약 19년 동안 원고에 대하여 이 사건 부동산과 관련한 취득세·재산세 등을 전혀 부과하지 않았다.

4) 그런데 피고는 2016. 7. 10.부터 2016. 9. 10.까지, 원고 소유의 이 사건 부동산이 구 지방세특례제한법(2016. 12. 27. 법률 제14477호로 개정되기 전의 것) 제45조 제1항, 구 지방세특례제한법 시행령(2016. 12. 30. 대통령령 제27711호로 개정되기 전의 것) 제22조 제1호에 규정된 학술연구단체가 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 해당하지 않는다는 등의 이유를 들어 2012년도분부터 2016년도분까지의 재산세 등을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

나. 원심은 다음과 같은 사정 등을 종합하여, 이 사건 처분 가운데, 이 사건 부동산 중 원고가 다른 단체에 임대한 부분에 대하여 부과된 세액을 초과하는 부분은, 신의성실의 원칙에 반하는 것으로서 위법하다고 판단하였다.
1) 피고와 내무부장관은 아래와 같이 원고에게 ‘원고가 재산세 등이 면제되는 학술연구단체·장학단체에 해당하고, 이 사건 부동산이 원고가 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 해당하여 재산세 등이 과세되지 아니한다’는 공적 견해를 명시적 또는 묵시적으로 표명하였다.

① 과세관청은 원고가 이 사건 부동산을 취득하기 전부터 내무부장관으로부터 원고에 대한 지방세 면제에 관한 공문을 송달받아 원고가 당시 소유하고 있던 부동산에 대하여 별달리 과세하지 않았다.

② 피고는 원고가 이 사건 부동산을 취득할 당시에는 원고에 대하여 취득세 등 과세예고통지를 하기도 하였으나, 원고와 외무부장관의 구체적인 질의 및 협조 요청에 따른 내무부장관의 회신이 있은 후에는 이 사건 처분에 이르기까지 19년 동안 이 사건 부동산에 대한 재산세·취득세 등과 관련하여 어떠한 과세처분도 한 적이 없었다.
③ 내무부장관의 위 회신이 원고가 취득세 등 지방세 면제대상에 해당한다는 점에 관하여 판단을 유보한 것이라고 보더라도, 피고는 이처럼 과세예고통지까지 하였음에도 내무부장관의 회신 이후 약 19년 동안 이 사건 부동산에 대한 재산세·취득세 등을 과세하지 않았으므로, 적어도 위와 같은 취지의 공적 견해를 묵시적으로 표명하였다고 보는 것이 타당하다.

2) 원고는 그 고유업무에 사용하는 부동산에 대하여는 재산세 등이 면제된다는 피고와 내무부장관 등의 공적인 견해표명을 신뢰하여 1997년 무렵부터 이 사건 부동산을 취득하여 사용해 왔고, 원고가 위 견해표명을 신뢰한 데에 어떠한 귀책사유가 있다고 볼 수도 없다.
3. 관련 법령의 연혁 및 내용과 함께, 앞서 본 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단에 상고이유 주장과 같이 신의성실의 원칙 등에 관한 법리를 오해하는 등으로 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.
4. 결론
그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울고등법원 2018. 4. 11. 선고 2017누79006 판결】

【주문】 처분청일부패소
1. 제1심판결을 다음과 같이 변경한다.
가. 피고가 별지 1 부과처분 내역 ‘처분일’란 기재 일자에 원고에게 한 ‘부과처분 내용’란 기재 부과처분의 합계 524,957,090원 중 ‘임대 부분’란 기재 합계 12,289,190원을 초과하는 부분을 취소한다.
나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
2. 소송 총비용 중 1/20은 원고가, 나머지는 피고가 부담한다.

【이유】
1. 제1심판결의 인용 등
이 법원의 판결 이유는 제1심판결 3쪽 2행의 “목록”을 “부과처분 내역”으로 고치고, 3쪽 3행의 “별지 목록”과 13쪽 12행부터 13쪽 15행까지를 삭제하며, 제1심판결 첨부 별지 1을 이 판결 첨부 별지 1로 교체하고, 다음 2항과 같이 판단을 보충하거나 추가하는 것 외에는 제1심판결의 이유(‘3. 결론’ 부분을 제외하고 별지 2, 3, 4를 포함한다) 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

2. 판단의 보충 및 추가
가. 원고는 다음과 같이 주장한다. 원고의 감독기관인 외무부장관은 1977년 무렵 내무부장관에게 원고가 취득한 기숙사 부지 및 건물이 구 지방세법(1978. 12. 6. 법률 제3154호로 개정되기 전의 것) 제107조 제1호, 제184조 제1항 제3호 등에 따른 재산세 등의 면제대상에 해당하는지에 관하여 확인을 요청하였다. 내무부장관은 1977. 11. 28. 기숙사 건물 및 부지가 학술 기타 공익을 목적으로 하는 사업자가 그 사업에 직접 사용하는 부동산에 해당하여 취득세나 재산세 등의 과세대상이 아니라고 회신하였고, 이에 따라 서울특별시 ○○구청장 역시 원고에게 취득세, 재산세 등을 과세하지 아니하였다. 한편, 피고는 원고가 1996년 무렵 이 사건 부동산을 취득할 당시 이 사건 부동산에 관한 취득세 과세 예고통지를 하였으나, 원고와 외무부장관이 원고가 학술연구단체 및 장학단체에 해당한다는 이유로 구 지방세법(1997. 12. 13. 법률 제5454호로 개정되기 전의 것) 제290조 제1항 제18호에 따라 이 사건 부동산에 대한 취득세 등이 면제되어야 한다는 의견을 피고 및 내무부장관에게 제출하여 내무부장관으로부터 원고에 대한 취득세가 면제된다는 취지의 회신을 받았고, 그 후 피고는 원고의 이 사건 부동산에 대하여 취득세 등을 면제하여 주는 등 장기간 비과세하는 관행이 성립하였다. 원고는 이러한 외무부장관, 내무부장관의 견해를 정당하다고 신뢰한 데 대하여 아무런 귀책사유가 없고, 위 견해를 신뢰하여 이 사건 부동산을 취득 및 사용하게 되었으므로 이 사건 처분은 신의성실의 원칙 및 비과세관행에 위배되어 위법하다.

나. 일반적으로 조세법률 관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는, ① 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, ② 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, ③ 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, ④ 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다.
그리고 과세관청의 공적인 견해표명은 원칙적으로 일정한 책임 있는 지위에 있는 세무공무원에 의하여 이루어짐을 요하나, 신의성실의 원칙 내지 금반언의 원칙은 합법성을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의, 형평에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에 적용되는 것으로서 납세자의 신뢰보호라는 점에 그 법리의 핵심적 요소가 있는 것이므로 위 요건의 하나인 과세관청의 공적 견해표명이 있었는지 여부를 판단하는 데 있어 반드시 행정조직상의 형식적인 권한 분장에 구애될 것은 아니고 담당자의 조직상의 지위와 임무, 당해 언동을 하게 된 구체적인 경위 및 그에 대한 납세자의 신뢰 가능성에 비추어 실질에 의하여 판단하여야 한다(대법원 2008. 6. 12. 선고 2008두1115 판결 참조).
또한 과세관청의 회신이 납세자의 추상적인 질의에 대한 일반론적인 견해표명에 불과한 경우에는 공적 견해에 해당되지 아니하나, 납세자가 자신의 사안에 관하여 구체적으로 질의하였고 과세관청이 이에 대하여 비과세 의견으로 회신한 경우에는 공적인 견해표명에 해당된다고 보아야 한다(대법원 1994. 3. 22. 선고 93누22517 판결, 대법원 2001. 6. 29. 선고 99두12229 판결 등 참조).

다. 살피건대, 갑 제27에서 33호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.
1) 원고의 감독기관인 외무부장관은 1977년 무렵 내무부장관에게 원고가 취득한 기숙사 부지 및 건물이 구 지방세법(1978. 12. 6. 법률 제3154호로 개정되기 전의 것) 제107조 제1호, 제184조 제1항 제3호 등에 따른 취득세, 재산세 면제 대상에 해당하는지에 관하여 확인을 요청하였다. 구 정부조직법(1998. 2. 28. 법률 제5529호로 개정되기 전의 것) 제31조 및 ‘내무부와 그 소속기관 직제(1998. 2. 28. 대통령령 제15715호로 폐지되기 전의 것)’ 제15조에 의한 피고의 상급기관으로서 지방세의 부과ㆍ징수에 관한 지도ㆍ감독과 지방세에 관한 질의 회신 등의 업무를 관장하고 있던 내무부장관은 1977. 11. 28. 기숙사 건물 및 부지가 학술 기타 공익을 목적으로 하는 사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산에 해당하여 취득세나 재산세 등의 과세대상이 아니라고 회신하였고, 서울특별시장에게도 같은 내용의 공문을 발송하였다. 이에 서울특별시 ○○구청장 역시 원고에게 취득세, 재산세 등을 과세하지 아니하였다.

2) 그 후 외무부장관은 1996년 무렵 원고가 이 사건 부동산을 취득할 당시 위와 같은 이유로 취득세 면제를 요청하였으나 피고는 1997. 10. 9. 이 사건 부동산에 대한 지방세 과세예고 통지를 하였다.

3) 이에 원고 및 외무부장관은 이 사건 부동산은 학술연구단체ㆍ장학단체에 해당하는 원고가 그 고유사무에 직접 사용하기 위하여 취득한 것이므로 구 지방세법(1997. 12. 13. 법률 제5454호로 개정되기 전의 것) 제290조 제1항 제18호에 따라 취득세가 면제되어야 한다는 의견을 피고 및 내무부장관에게 제출하였다. 내무부장관은 1997. 11. 22. 외무부장관에게 ‘원고가 지방세법 제290조 제1항 제18호에서 규정한 학술연구단체와 장학단체이고 원고가 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산이라면 같은 법 제290조 제1항의 규정에 의거하여 취득세가 면제된다’고 회신하였다.
4) 그 후 피고는 이 사건 처분 전까지 19년 동안 원고에 대하여 이 사건 부동산과 관련한 취득세, 재산세 등의 세금을 전혀 부과하지 아니하였다.

라. 위 인정 사실을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 피고는 원고가 이 사건 부동산을 취득하기 전부터 내무부장관으로부터 원고에 대한 지방세 면세에 관한 공문을 송달받아 원고가 당시 소유하고 있던 부동산에 대하여 별달리 과세를 하지 아니하였고, 원고가 이 사건 부동산을 취득할 당시에는 원고에 대하여 취득세 등 과세예고 통지를 하기도 하였으나, 원고와 외무부장관의 구체적인 질의 및 협조 요청에 따른 내무부장관의 회신이 있은 이후에는 이 사건 처분에 이르기까지 19년 동안 어떠한 과세처분도 한 적이 없었는바, 이는 피고와 피고의 상급기관인 내무부장관이 원고에게 원고가 구 지방세법상 취득세 등이 면제되는 학술연구단체ㆍ장학단체에 해당하고, 이 사건 부동산이 원고가 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당하여 과세되지 아니한다는 공적 견해를 명시적 또는 묵시적으로 표명한 것이라고 봄이 타당하다. 그리고 원고는 원고가 그 고유업무에 사용하는 부동산에 대하여는 취득세 등이 면제된다는 피고와 내무부장관 등의 공적인 견해표명을 신뢰하여 1997년 무렵부터 이 사건 부동산을 취득하고 사용하여 왔으므로 원고가 위 견해표명을 신뢰한 데 대하여 어떠한 귀책사유가 있다고 볼 수도 없다(이에 대하여 피고는 원고의 감독기관인 외무부장관이 구체적인 법률적인 근거 없이 피고와 피고의 상급기관인 내무부장관에게 원고가 면세대상임을 확인하여 달라는 취지로 압박하였다거나, 내무부장관의 회신은 단순히 원고가 학술연구단체나 장학단체에 해당하는 것을 조건으로 취득세의 면세대상이 된다고 하여 판단을 유보한 것에 불과하므로 행정청이 공적 견해를 표명한 것이라고 볼 수 없다는 취지로 주장한다. 그러나 외무부장관이 그와 별개의 독립한 행정청인 내무부장관을 압박하였음을 증명할 만한 충분한 증거가 없는 데다가, 내무부장관의 회신이 원고가 면세대상에 해당한다는 점에 관하여는 판단을 유보한 것이라고 하더라도 적어도 피고로서는 과세예고 통지까지 하였음에도 내무부장관의 회신 이후 19년 동안 과세하지 아니하였으므로 원고가 학술연구단체 또는 장학단체에 해당하고 이 사건 부동산이 원고가 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당한다는 취지의 공적 견해를 묵시적으로 표명한 것으로 봄이 타당하다).
따라서 이 사건 처분 중 정당한 세액을 초과하는 세액 부분은 신의성실의 원칙에 반하는 것으로서 위법하다.

마. 과세처분취소소송에서 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 한다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 참조).
이 사건 부동산 중 원고가 ○○○○○○협회와 ○○○○○시스템에 임대한 부분이 학술연구에 직접 사용되는 부동산에 해당하지 아니함은 이 법원이 인용하는 제1심판결에서 판단한 것과 같고, 이 사건 부동산 중 위 임대 부분에 관한 재산세, 도시지역분, 지역자원시설세, 지방교육세를 계산하면 별지 1 부과처분 내역의 ‘처분일’ 기재 각 일자에 원고에 대하여 한 부과처분 내용 중 ‘임대 부분’ 기재와 같으므로 그 합계 12,289,190원은 정당한 세액에 해당한다. 따라서 이 사건 처분 중 12,289,190원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 하므로 원고의 주장은 위 인정 범위 내에서 이유 있고, 나머지는 이유 없다.

3. 결론
그렇다면 이 사건 처분 중 이 사건 부동산 일부를 임대한 부분에 대한 과세처분의 합계 12,289,190원에 해당하는 부분은 적법하고, 이를 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다. 이와 일부 결론을 달리한 제1심판결은 부당하므로 제1심판결을 주문 제1의 가, 나항과 같이 변경한다.
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【하급심-서울행정법원 2017. 9. 22. 선고 2017구합53286 판결】
【주문】 처분청승소
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【이유】
1. 처분의 경위
가. 원고는 외교부(1948. 7.경 외무부로 출범한 후 1998. 2.경 외교통상부로 개편되었고, 2013. 3.경 외교부로 개편되었다. 이하 ‘외교부’라 한다) 소속 전·현직 공무원을 회원으로 하여 국제정세 연구와 외교에 관한 국민인식 제고 및 민간 외교활동 등을 목적으로 정부로부터 설립허가를 받아 1973. 2. 16. 설립된 비영리 사단법인이다. 원고는 2014. 1. 16. 외교부장관으로부터 비영리법인 설립변경허가를 받았다.

나. 원고는 1977. 11.경 국고보조금을 지원받아 서울 ○○구 ○○동에 재외공무원 자녀들을 위한 기숙사 건물을 운영해 왔다. 이후 위 건물이 노후화되자 원고는 1996. 2. 2. 서울 ○○구 ○○동 580 대 12,803㎡를 매수하여 같은 해 11. 27. 소유권이전등기를 마쳤고, 1997. 12. 15. 위 토지 지상에 지상 4층, 지하 1층의 기숙사 건물(부속건물 포함, 이하 같다)을 착공하였으며, 2000. 12. 22. 관할관청으로부터 위 건물에 관한 사용승인을 받았다(이하 위 토지와 위 건물을 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 한다).

다. 원고는 학술연구업무에 직접 사용한다는 이유로 이 사건 부동산에 관한 재산세와 지역자원시설세 등을 면제받아 왔다. 그런데 피고는 원고가 구 지방세특례제한법(2016. 12. 27. 법률 제14477호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세특례제한법’이라 한다) 제45조 제1항 2012년도분 재산세 등에 관해서는 구 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것) 제45조 제1항이, 2013년도분 내지 2015년도분 재산세 등에 관해서는 구 지방세특례제한법(2015. 12. 29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것) 제45조 제1항이 각 적용된다. 그러나 본문에는 2016년도분 재산세 등에 관해서 적용되는 구 지방세특례제한법(2016. 12. 27. 법률 제14477호로 개정되기 전의 것) 제45조 제1항만을 설시한다. 이하 같다.
구 지방세특례제한법 시행령(2016. 12. 30. 대통령령 제27711호로 개정되기 전의 것) 제22조 제1호에 규정된 학술연구단체에 해당하지 아니하고 이 사건 부동산이 학술연구업무에 직접 사용된다고 볼 수 없다는 이유로 별지 1 목록 처분일란 기재 각 일자에 원고에게 별지 목록 부과처분 내용란 기재 각 부과처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 위 처분에 불복하여 2016. 8. 12.과 같은 해 10. 4. 피고에게 각 이의신청을 하였으나, 피고는 2016. 11. 8. 위 각 이의신청을 기각하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제2, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

1) ① 원고는 학술연구를 위한 목적으로 설립되었고,
② 연 4회 외교와 국제관계에 관한 논문집인 ‘외교’지를 발간하고 있으며,
③ 매주 1회 원고가 운영하는 홈페이지에 ‘외교광장’이라는 제목으로 외교현안에 관한 전문가의 의견을 게시하고 있고,
④ 정기적으로 학술세미나와 토론회, 주한외교사절 및 주요방한인사들의 초청강연회를 개최하고 있으며,
⑤ 외국 민간외교협회와 교류하고 있고,
⑥ 정기적으로 민간외교역량강화 사업으로 지방자치단체 등에서 강연을 실시하고 있다. 따라서 원고는 구 「지방세특례제한법」제45조 제1항에 규정된 학술연구단체에 해당한다.

2) 이 사건 부동산 중 원고의 사무실은 원고의 임직원들이 원고의 고유업무인 학술연구를 위해서 사용하고 있으므로 학술연구업무에 직접 사용되고 있음이 명백하다. 원고는 정부로부터 재외공무원 자녀들을 위한 기숙사 건물을 운영해 달라는 요청을 받고 위 자녀들을 위한 기숙사를 운영하고 있으므로, 이 사건 부동산 중 위 자녀들을 위한 기숙사 부분도 원고의 학술연구업무에 직접 사용되는 것으로 보아야 한다. 원고는 이 사건 부동산 중 일부를 외부업체인 사단법인 ○○○○○○협회(이하 ‘○○○○○○협회’라 한다)와 주식회사 ○○○○○시스템(이하 ‘○○○○○시스템’이라 한다)에 임대하였으나, 이 사건 부동산 중 위 부분이 차지하는 면적은 극히 일부에 불과하다. 따라서 이 사건 부동산은 전부 원고의 학술연구업무에 직접 사용되는 부동산으로 보아야 한다.

나. 관계 법령
별지 2 관계 법령 기재와 같다.
다. 원고가 구 「지방세특례제한법」제45조 제1항에 규정된 학술연구단체인지 여부

1) 인정사실
제4조(목적)
본회는 국제정세를 연구하고 외교에 관한 국민의 인식을 높이며 회원의 경륜을 활용하여 민간외교 활동을 전개함으로써 국가외교의 수행을 측면에서 지원하고 아울러 대한민국(이하 ‘한국’이라 한다)의 국제적 지위향상과 국제적 우호관계의 증진에 기여함을 목적으로 한다.

제5조(사업)
1. 본회는 전 조의 목적을 달성하기 위하여 다음의 사업을 행한다.
가. 외교정책 및 관련분야에 관한 학술연구 및 발표
나. 기관지 자료 수립 및 편찬, 간행에 관한 사업
다. 국제친선 및 이해증진을 위한 정책토론회, 강연회 및 간담회 개최
라. 중요외교문제에 관한 지방순회강연 등 대국민홍보활동
마. 외국 민간외교 기관과의 상호교류를 통한 협력증진 활동
바. 재외공무원 자녀기숙사 운영
사. 장학금 운영
아. 외교센터 유지 및 운영
자. 전 각호에 관련되는 사업
차. 본회의 목적을 달성하기 위하여 필요하다고 인정되는 수익사업의 운영
카. 회원의 경험을 공유하기 위한 교류증진사업과 강의, 강연 등 교육 사업
가) 원고의 정관에 기재되어 있는 원고의 목적과 사업은 다음과 같다.
본회는 국제정세를 연구하고 외교에 관한 국민의 인식을 높이며 민간 외교활동을 통하여 국가외교의 수행을 측면에서 지원하고 아울러 회원 상호간의 친목을 도모함으로써 한국의 국제적 지위향상과 국제적 우호관계의 증진에 기여함을 목적으로 한다.
1. 내지 7.항은 위 정관의 가. 내지 사.목 기재와 같다.
8. 회원 상호간의 친목증진과 회원의 복지향상
나) 원고 법인등기부등본에 기재되어 있는 원고의 목적과 사업은 다음과 같다.

다) 원고는 매년 4회(영문본의 경우 연 1회) ‘외교’지를 발간하고 있다. 외교지 2016년 10월호에는 ① ‘주요 국제정세 전망’이라는 목차 하에 ‘미국 대선 전망과 한국에 미치는 영향’, ‘사드 문제와 향후의 한·중 관계’ 등의 기고문,
② ’일반논문‘이라는 목차 하에 ’PCA의 남중국해에 관한 중재판정이 동북아 해양질서에 미칠 영향‘, ’부상하는 사이버 안보위협과 바람직한 대응책‘ 등의 기고문,
③ ‘특별대담’이라는 목차 하에 ‘일본의 평화헌법개정 전망과 영향‘에 관한 대담 내용,
④ ’회원칼럼‘이라는 목차 하에 ’어떤 특별한 대통령 취임식‘ 등의 기고문이 각 게재되어 있다.

라) 원고는 2015. 1.경부터 매주 1회 원고가 운영하는 홈페이지에 ‘외교광장’이라는 제목으로 외교현안과 국제정세에 관한 전문가의 의견을 게시하고 있다. 2016. 12. 28.에는 ‘하나의 중국 원칙과 북경의 딜레마’라는 기고문, 2017. 1. 18.에는 ‘트럼프시대의 대미외교’라는 기고문이 각 게시되었다.

마) 원고는 2005. 5. 6. ‘북한 핵문제와 ○○○○의 진로’, 2012. 5. 4. ‘전환기의 미·중 관계와 ○○○○, 무엇이 문제인가·’, 2012. 10. 12. ‘급변하는 주변정세와 차기 정부의 바람직한 외교정책’, 2013. 10. 11. ‘한반도 통일과 남북한 신뢰 프로세스, 추진 전략과 방향’이라는 주제로 정책토론회를 각 개최하였다.

바) 원고는 2016. 10. 6. 주한우즈베키스탄 대사를 초청하여 세미나를 개최하였다.

사) 원고 소속 회원들은 2004. 12. 2.부터 같은 달 4.까지 대한민국에 방문한 일본 외교협회 대표단을 영접하였고, 2016. 4. 21.부터 같은 달 23.까지 일본에 방문하여 일본의 외무성 정무차관 등과 면담을 하고 일본 외교협회와 합동세미나를 개최하였다.

아) 원고는 민간외교역량강화사업으로 매년 약 70회에 걸쳐 소속 회원들을 학교, 행정기관, 상공회의소, 지방자치단체 등에 파견하여 대한민국의 외교과제, 분단과 통일, 타국의 문화 등을 주제로 강연을 실시하였다.
자) 원고의 41기(2012. 1. 1.부터 2012. 12. 31.까지)부터 45기(2016. 1. 1.부터 2016. 12. 31.까지)까지 각 사업연도 손익계산서는 별지 3 손익계산서 기재와 같다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4, 8 내지 14, 20호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2) 판단
가) 구 「지방세특례제한법」제45조 제1항에 규정된 학술연구단체란 그 규정의 취지에 비추어 학술의 연구와 발표를 주된 목적으로 하는 단체를 의미한다고 할 것이므로, 학술의 연구와 발표가 부대사업의 하나에 불과한 단체는 위 조항에 규정된 학술연구단체에 해당하지 않는다(대법원 1995. 5. 23. 선고 94누7515 판결 등 참조). 어느 단체가 학술연구단체에 해당하는지 여부는 단체의 명칭 여하를 불문하고 설립근거인 법령, 정관의 목적사업, 주된 수행업무 등 실질적인 활동내역, 예산집행상황 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다.
‘학술’의 사전적 의미는 학문의 방법이나 이론이고, ‘연구’의 사전적 의미는 어떤 일이나 사물에 대해서 깊이 있게 조사하고 생각하여 진리를 따져보는 일이므로, ‘학술연구’란 학문의 방법이나 이론을 깊이 있게 조사하고 생각하여 진리를 따져보는 일을 의미한다.

나) 원고의 정관 제4조와 법인등기부등본에 원고의 목적 중 일부로 ‘국제정세 연구’가 규정되어 있는 사실, 원고가 정기적으로 외교지를 발간한 사실, 원고가 2005. 5. 6., 2012. 5. 4., 2012. 10. 12., 2013. 10. 11. 정책토론회를 각 개최한 사실은 앞서 본 바와 같다.

다) 그러나 앞서 인정한 사실과 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 위 나)항의 인정사실만으로는 원고가 학술의 연구와 발표를 ‘주된 목적’으로 하는 단체에 해당한다고 볼 수 없고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고는 구 「지방세특례제한법」제45조 제1항에 규정된 학술연구단체에 해당하지 않는다.

(1) 원고의 정관 제4조는 원고의 목적을 ‘국제정세를 연구하고 외교에 관한 국민의 인식을 높이며 회원의 경륜을 활용하여 민간외교 활동을 전개함으로써 국가외교의 수행을 측면에서 지원하고 아울러 한국의 국제적 지위향상과 국제적 우호관계의 증진에 기여’라고 규정하고 있다. 그리고 원고의 법인등기부등본은 위 목적에 더하여 ‘회원 상호간의 친목 도모’도 원고의 목적으로 규정하고 있다.
위 정관과 법인등기부등본의 문언에 의할 경우, ‘국제정세 연구’는 ‘외교에 관한 국민인식 제고 활동’, ‘회원의 경륜을 활용한 민간외교활동’, ‘회원 상호간의 친목 도모’와 함께 원고의 목적을 이루는 일부분에 불과하다고 할 것이므로, 정관의 기재사항만으로는 원고가 학술의 연구와 발표를 주된 목적으로 하는 단체라고 볼 수 없다.

(2) 국가를 비롯한 국제사회의 여러 행위자들이 어떻게 상호작용하고 관계를 확립하는지를 연구하고 분석하는 외교학과 국제정치학의 학문적 특성상, 원고가 발간한 외교지에 게재되어 있는 외교현안과 국제정세를 주제로 한 다수의 논문들이 외교학과 국제정치학에 관한 학술연구적 성격을 지니고 있음을 부정할 수는 없다.
그러나 학술의 연구와 발표를 주된 목적으로 하는 단체라면 단체 스스로 연구주제를 선정하여 그에 관한 연구를 지속하거나, 정기적으로 특정 연구주제로 학술연구회를 개최하여 참석자들의 토론을 통해 진리를 탐구하는 등 단체가 ‘주도적으로’ 학술의 연구와 발표 활동을 지속하여야 한다.
그런데 외교지 2016년 10월호를 통해 알 수 있듯이, 원고가 발간한 외교지에는 원고가 선정한 연구주제에 관해서 이루어진 연구결과가 아닌 기고자 스스로가 선정한 연구주제로 작성된 논문이나 외교현안과 국제정세에 관한 기고자 개인의 평론 등이 게재되어 있을 뿐이므로, 외교지는 ‘원고의 학술연구 결과물’이 아닌 ‘외교와 국제정치를 주제로 한 논문 등을 게재한 잡지’라고 보아야 한다. 원고가 외교지를 발간하는 과정에서 수행한 활동은 기고자에게 논문이나 평론 등의 기고를 의뢰하고 이를 편집하여 출판하는 것에 그쳤는바, 이와 같은 단순한 출판활동을 두고 학술의 연구와 발표 활동을 한 것이라고 평가할 수는 없다[원고의 홈페이지에 게시되어 있는 외교지 2017년 4월호 등의 경우에는 ‘특집’이라는 목차 하에 동일하거나 유사한 연구주제에 관한 여러 편의 논문들이 게재되어 있기는 하다. 그러나 이는 출판자인 원고가 해당 호의 대주제(大主題)를 정하고 그 대주제에 부합하는 논문을 기고받아 게재한 것에 불과하므로, 마찬가지로 이를 두고 원고가 학술의 연구와 발표 활동을 한 것이라고 평가할 수는 없다].
결국 원고가 외교지를 발간한 것은 학술연구 자체가 아닌, 외교와 국제정치를 주제로 한 논문 등을 게재한 잡지를 배포함으로써 외교에 관한 국민의 인식을 제고하고 민간외교활동을 전개함에 주목적이 있는 것으로 보아야 한다.

(3) 원고의 홈페이지에 ‘외교광장’이라는 제목으로 정기적으로 게시되는 글들은 학술연구보다는 외교현안과 국제정세에 관한 개인의 평론으로서의 성격을 강하게 지니고 있으므로, 이를 학술연구에 해당한다고 평가할 수 없다.

(4) 외교학과 국제정치학의 학문적 특성상, 원고가 2005. 5. 6., 2012. 5. 4., 2012. 10. 12., 2013. 10. 11. 개최한 정책토론회가 학술연구적 성격을 지니고 있음을 부정할 수는 없다. 그러나 위와 같은 정책토론회는 2005. 5. 6.부터 2013. 10. 11.까지 8년의 기간 동안 단 4회만 단발적으로 개최되었을 뿐이고, 달리 원고가 정기적으로 위와 같은 세미나를 개최하였음을 인정할 증거가 없다.

(5) 주한우즈베키스탄 대사 초청 세미나나 일본 외교협회와의 합동세미나는 학술연구보다는 민간외교활동과 국제적 우호관계 증진 기여활동으로서의 성격을 강하게 지니고 있으므로, 이를 두고 학술연구에 해당한다고 평가할 수 없다.

(6) 민간외교역량강화사업으로 소속 회원들을 학교 등에 파견하여 실시한 강연은 외교에 관한 국민의 인식 제고 활동일 뿐이고 학술연구로서의 성격을 가지고 있지 않으므로, 이를 두고 학술연구에 해당한다고 평가할 수 없다.

(7) 무엇보다 학술의 연구와 발표를 주된 목적으로 하는 단체라면 연구인력 인건비, 연구 성과에 대한 보상, 연구시설 유지비, 연구 자체에 소요되는 비용 등(이하 위 비용들을 통틀어 ‘학술연구비’라 한다)이 단체의 지출비용 중 상당 부분을 차지하고 있어야 한다.
그런데 원고의 외교지 발간 등을 학술연구에 해당한다고 선해하더라도,
① 41기 사업연도 지출비용 1,678,492,388원(판매비와 관리비 2,344,915,179원 중 회계상의 비용에 불과한 감가상각비 666,422,791원 공제) 중 학술연구비로 볼 수 있는 항목 손익계산서를 기준으로 학술연구비를 분류하는 것이 타당하나, 원고가 작성한 손익계산서에는 외교지 발간과 정책토론회(정책세미나)에 소요된 비용이 여러 계정으로 분산되어 있어 정확한 지출 내역을 확인할 수 없다. 따라서 부득이 원고가 정리하여 제출한 별지 4 지출 내역을 기준으로 학술연구비를 특정한다.
의 합계액 123,928,000원(= 리셉션 755,520원 + 외교지 발간 110,605,180원 + 정책세미나 12,567,300원)이 차지하는 비중은 7%(소수점 이하 버림, 이하 같다)에 불과하고,
② 42기 사업연도 지출비용 1,765,932,523원(= 판매비와 관리비 2,435,137,652원 중 감가상각비 669,205,129원 공제) 중 학술연구비로 볼 수 있는 항목의 합계액 124,249,700원(= 리셉션 3,238,000원 + 외교지 발간 109,211,200원 + 정책세미나 11,800,500원)이 차지하는 비중은 7%에 불과하며,
③ 43기 사업연도 지출비용 1,867,298,846원(= 판매비와 관리비 2,539,087,866원 중 감가상각비 671,789,020원 공제) 중 학술연구비로 볼 수 있는 항목의 합계액 129,717,468원(= 리셉션 6,674,900원 + 외교지 발간 113,042,568원 + 정책세미나 10,000,000원 원고가 43기 내지 45기 각 사업연도에 정책토론회(정책세미나)를 개최하였음을 인정할 증거가 없으나, 정책토론회(정책세미나)를 개최한 것으로 가정하여 학술연구비에 산입한다. )이 차지하는 비중은 6%에 불과하고,

④ 44기 사업연도 지출비용 2,075,364,719원(= 판매비와 관리비 2,723,875,416원 중 감가상각비 648,510,697원 공제) 중 학술연구비로 볼 수 있는 항목의 합계액 127,845,110원(= 리셉션 6,275,910원 + 외교지 발간 110,319,200원 + 정책세미나 11,250,000원)이 차지하는 비중은 6%에 불과하며, ⑤ 45기 사업연도 지출비용 2,113,142,564원(= 판매비와 관리비 3,453,899,265원 중 감가상각비 653,618,795원 및 이 사건 처분으로 인하여 부과된 것으로 보이는 세금과공과금 687,137,906원 공제) 중 학술연구비로 볼 수 있는 항목의 합계액 123,093,600원(= 리셉션 9,031,600원 + 외교지 발간 104,062,000원 + 정책세미나 10,000,000원)이 차지하는 비중은 5%에 불과하다.
[원고는 별지 4 지출 내역 중 인건비, 퇴직금, 수도광열비, 민간외교역량강화사업, 초강장학금, 회의비도 학술연구비에 산입하여야 한다고 주장한다.
① 원고의 임직원들이 외교지에 기고문을 기고할 자와 정책토론회 참가자를 섭외하고 외교지 발간과 정책토론회 개최에 수반되는 각종 업무를 수행하기는 하였다. 그러나 위 임직원들은 위 업무 이외에 외교에 관한 국민인식 제고 활동 등 다른 업무도 담당하고 있으므로, 위 임직원들의 인건비와 퇴직금, 위 임직원들이 사용하는 사무실에서 발생한 수도광열비 전액을 학술연구비에 산입할 수는 없다. 위 임직원들이 담당하는 업무 중 학술연구와 관련된 업무가 차지하는 비중이 얼마인지를 특정할 수 있는 아무런 증거가 없으므로, 해당 부분만을 특정하여 학술연구비에 산입할 수도 없다(설령 원고의 주장처럼 위 임직원들의 인건비, 퇴직금, 수도광열비 전액을 학술연구비에 전부 산입하더라도, 전체 지출비용에서 학술연구비가 차지하는 비중이 미미하다는 결론에는 변동이 없기도 하다).
② 민간외교역량강화사업은 ‘외교에 관한 국민인식 제고 활동’과 ‘회원의 경륜을 활용한 민간외교활동’에 해당하므로 여기에 소요된 비용을 학술연구비에 산입할 수 없다.
③ 장학금은 학술연구와 어떠한 관련성도 없으므로, 마찬가지로 이를 학술연구비에 산입할 수 없다. ④ 회의비가 원고의 임직원들의 회의에 소요된 비용인지 아니면 원고의 총회에 소요된 비용인지, 그와 같이 개최된 회의의 목적이 무엇이었는지를 특정할 수 있는 아무런 증거가 없으므로, 회의비도 학술연구비에 산입할 수 없다. 따라서 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.]

라. 이 사건 부동산이 학술연구에 직접 사용되는 부동산인지 여부
1) 원고가 구 「지방세특례제한법」제45조 제1항에 규정된 학술연구단체에 해당하지 아니하는 이상 원고의 이 사건 청구원인 주장은 더 나아가 살펴 볼 필요 없이 이유 없으나, 이 사건 부동산이 학술연구에 직접 사용되는 부동산에 해당하는지 여부도 추가적으로 판단한다.
2) 이 사건 부동산이 ① 원고의 사무실, ② 재외공무원 자녀들을 위한 기숙사, ③ 외부업체인 ○○○○○○협회와 ○○○○○시스템의 임차 부분으로 구분되어 사용되고 있음은 당사자 사이에 다툼이 없다.
3) 우선 이 사건 부동산 중 원고의 사무실로 사용되는 부분에 관해서 본다. 원고는 구 「지방세특례제한법」제45조 제1항에 규정된 학술연구단체에 해당하지 않으므로, 원고의 사무실은 구 「지방세특례제한법」제45조 제1항에 규정된 학술연구단체의 학술연구에 직접 사용되는 부동산에 해당하지 않는다.

4) 다음으로 이 사건 부동산 중 재외공무원 자녀들을 위한 기숙사로 사용되는 부분에 관해서 본다. 기숙사의 운영은 학술연구와는 전혀 관련이 없으므로, 설령 원고가 구 「지방세특례제한법」제45조 제1항에 규정된 학술연구단체에 해당한다고 가정하더라도, 위 기숙사는 학술연구에 직접 사용되는 부동산에 해당하지 않는다.
5) 이 사건 부동산 중 ○○○○○○협회와 ○○○○○시스템이 임차한 부분에 관해서 본다.
갑 제19호증의 기재에 의하면, ○○○○○○협회의 정관 제2조에 ‘초청 및 파견외교, 국제회의 및 기타 정부가 행하는 국제협력·교류 및 친선의 증진을 위한 제반사업 및 활동에 적극적으로 공헌함으로써 국위를 선양하고 나아가 국제우호친선에 기여함을 목적으로 한다’라고 규정되어 있는 사실을 인정할 수 있다. 위 인정사실에 의하면, 위 협회는 학술연구가 아닌 국제협력·교류 및 친선 증진을 목적으로 하는 단체에 해당한다고 봄이 타당하므로, 위 협회가 임차한 부분은 학술연구에 직접 사용되는 부동산에 해당하지 않는다.
○○○○○시스템은 원고로부터 임차한 부분에서 ‘○○○○○○’라는 상호의 카페를 운영하고 있으므로, 마찬가지로 ○○○○○시스템이 임차한 부분도 학술연구에 직접 사용되는 부동산에 해당하지 않는다.

6) 결국 이 사건 부동산은 전부 학술연구에 직접 사용되는 부동산에 해당하지 않는다.

마. 소결론
결국 원고는 구 「지방세특례제한법」제45조 제1항에 규정된 학술연구단체에 해당하지 않고, 이 사건 부동산이 학술연구에 직접 사용되는 부동산에 해당하지도 않으므로, 원고의 이 사건 청구는 이유 없다.
3. 결론
그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
【참조조문】
구 지방세특례제한법 제45조 제1항