창업중소기업이 쟁점토지를 취득한 후 2년 이내에 목적사업에 직접 사용하지 아니한 데 정당한 사유가 있는지 여부

조심 2018지0438 (2018. 8. 24.) 취소

[결정요지] 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 공장창업계획의 승인, 공사기간 중 처분청의 특화작목가공시설설치사업의 추가, 유예기간 도래 전의 건축물 건축공사의 착공 및 그 이후부터 건축물 준공에 이르기까지 공장 건축을 위한 일련의 과정을 꾸준히 진행하여 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내에 직접 사용한 것으로 보기는 어렵다 하더라도 최소한 그러하지 못한 정당한 사유가 있다고 보이므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨
[관련법령] 舊 「조세특례제한법」제120조 제3항

[주 문] OOO군수가 2017.6.13. 청구법인에 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유] 1. 처분개요
가. 청구법인은 2014.5.22. OOO외 2필지 토지 3,648㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하고 2014.7.18. 취득세 등 OOO을 신고ㆍ납부한 후 2016.12.21. 목적사업을 위한 공장을 신축하였으며, 2017.6.7.「조세특례제한법」(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제120조 제1항의 창업중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 해당한다며 기 납부한 취득세 등에 대하여 경정청구를 하였다.
나. 처분청은 창업중소기업인 청구법인이 쟁점토지를 창업중소기업이 취득일부터 2년 이내에 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 2017.6.13. 청구법인의 경정청구를 거부하는 통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.9.11. 이의신청을 거쳐 2018.2.21 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 OOO설치사업에 선정되어 2015.1.6. 공사에 착공하였으나 동절기 공사중단 및 암반층의 발견에 따른 공사방법 변경이나 공사진행 중 발생한 전 대표이사와의 소송 등으로 인한 공사지연 과정에서도 목적사업을 추진하기 위하여 꾸준히 노력하였으며, 동 사업과 별개로 OOO군수의 공약사업으로 OOO특화작목가공시설 설치사업이 추가되었고 중복투자사업으로 인한 처분청내 조정, 건축설계변경과 전기증설로 인한 도면변경으로 공사가 일정기간 중지되는 등 청구법인이 쟁점토지를 취득일부터 2년 이내에 해당사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있음에도 기 납부한 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견
청구법인은 쟁점토지에서 전석층(암반)이 발견되어 공사기법을 변경하여 공사가 지연되었다고 하나 공사 중 암반이 발견되는 경우는 일반적으로 자주 발생하는 사례로서 해결방법을 쉽게 찾아볼 수 있는 데도 공사기법을 변경하고 공사를 재개하는데 10개월이 소요되었고, 공사지연의 직접적인 원인은 법인설립 당시부터 내홍에 휩싸여 사업추진에 대한 합의가 이루어지지 않고 지지부진하던 중, 2015년 6월 청구법인의 전 대표이사가 쟁점토지를 압류하고 강제경매절차를 진행하기까지 이르게 됨에 따라 공사가 지연된 것으로 이는 해당 목적사업에 사용하지 못한 정당한 사유에 해당된다고 볼 수 없으므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
창업중소기업이 쟁점토지를 취득한 후 2년 이내에 목적사업에 직접 사용하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는지 여부
나. 관련 법령 “생략”
다. 사실관계 및 판단
(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료 등에 의하여 확인되는 내용은 다음과 같다.
(가) 청구법인은 2014.5.22. 쟁점토지를 취득한 후 2014.7.18. 취득세 OOO지방교육세 OOO농어촌특별세 OOO합계 OOO을 신고·납부하였고, 2017.6.7. 기 납부한 취득세에 대하여 경정청구를 하였으나, 처분청은 2017.6.9. 청구법인에게 경정청구를 거부하는 통지를 하였다.

(나) 청구법인의 등기사항 전부증명서에 의하면 2013.2.6. OOO주식회사로 법인설립등기를 하였고, 2014.7.1.과 2017.2.3. 각각 농업회사법인 OOO주식회사, 농업회사법인 OOO주식회사로 상호변경을 하였으며, 2014.5.22. 쟁점토지를 취득한 이후 OOO(2014.7.10. 사임), OOO(2015.11.20. 사임), OOO(2017.2.3. 사임) 순으로 대표이사가 변경된 사실이 확인되고, 쟁점토지의 등기부에는 2015.6.9. 청구법인의 전 대표이사인 OOO이 채권자로 강제경매개시결정이 이루어진 사실이 확인된다.

(다) 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 2014.12.1. OOO와 2014년 향토산업육성사업 OOO특화작목가공사업소 신축 공사 계약을 체결하고 아래 <표1>과 같이 공장을 설립한 사실이 있으며, OOO군수가 2015.5.6. 농업회사법인 OOO(2014.7.1. OOO로 상호 변경)에 통지한 2013향토산업육성 사업의 2014년 사업비 교부결정 공문에는 ‘특화작목가공사업소 설치’사업에 보조금 OOO백만원(총사업비 OOO백만원)을 교부한다고 기재되어 있다. “생략”

(라) OOO가 2016.11.29. 처분청에 통보한 향토산업육성사업(참옻대중화사업) 계획변경 승인 내역의 단위사업별 조정내역 검토결과 시설투자분야 증감액 OOO백만원에 대한 검토내용은 아래 <표2>와 같다. “생략”

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인이 쟁점토지를 직접 사용하였거나 그러하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 보기 위해서는 비록 유예기간 만료일까지 준공에 이르지는 못하였다 하더라도 그 기간내에 한 건축공사의 착공을 전후하여 꾸준히 일련의 건축과정을 진행하여야 하는 것인바, 청구법인이 쟁점토지를 취득(2014.5.22.)한 후 OOO설치사업에 선정되어 공장창업계획 승인(2014.12.31.)을 받아 2015.1.6. 착공신고후 기초공사를 시작한 사실이 확인되고 기초공사 도중 발견된 암반층으로 공사방법을 변경한 사실이 표준도급계약서 변경에 의하여 확인되는 점, 위 사업과 별도로 OOO군수의 공약사업으로 OOO특화작목가공시설 설치사업이 추가된 사실이 있고 참옻가공사업소 설치사업과 중복투자되는 부분에 대한 처분청내 업무 조정 및 건축설계변경과 전기증설로 인한 도면변경으로 공사가 일정기간 중지된 사실이 확인되는 점, 유예기간의 도래 후에도 잔여 공정을 계속 진행하여 7개월 후에 공장건축물을 준공한 점 등에 비추어 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 공장창업계획 승인, 공사기간 중 처분청의 OOO특화작목가공시설 설치사업 추가, 유예기간 도래 전의 건축물 건축공사의 착공 및 그 이후부터 건축물 준공에 이르기까지 공장 건축을 위한 일련의 과정을 꾸준히 진행하여 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내에 직접 사용한 것으로 보기는 어렵다 하더라도 최소한 그러하지 못한 정당한 사유는 있다고 보이므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

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