조심 2018지0175 (2018. 6. 1.) 경정 [결정요지]
독립된 연구소, 연구단지, 연구개발부서 등 다양한 규모와 형태의 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서를 본점 사무소의 부대시설로 보기는 어려우므로 처분청이 기업부설연구소인 쟁점연구소를 본점 사업용 부동산으로 보아 취득세 등 경정을 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단됨.
[관련법령] 「지방세법」제13조 제1항
[참조결정] 조심2014지0379
가. 청구법인은 2001.10.10. 설립되어 전자제품(통신장비) 제조업 등을 영위하는 법인으로, 2017.4.17. OOO지상에 건축물(본점 사옥 9,515.15㎡, 이하 “이 사건 건축물”이라 한다)을 취득(신축)하고 ① 본점, 복리후생시설 및 공장 등에 대하여는 취득가액OOO을 과세표준으로 하여 「지방세법」제11조 제1항 제3호 및 같은 법 제13조 제1항에 따른 중과세율 등을 적용하고, ② 기업부설연구소에 대하여는 취득가액OOO을 과세표준으로 하여 「지방세법」제11조 제1항 제3호 및 같은 법 제13조 제1항에 따른 중과세율 등을 적용하여 산출한 세액에서 「지방세특례제한법」제46조 제3항에 따른 중소기업 기업부설연구소 세액감면(60%)을 적용하여 2017.6.9. 다음과 같이 산출한 취득세 등 합계 OOO을 신고·납부하였다.
<표> 이 사건 건축물에 대한 취득세 등 신고·납부내역 “생략”
나. 청구법인은 이후 이 사건 건축물 중 기업부설연구소(5,868.75㎡, 이하 “쟁점연구소”라 한다)는 본점 사업용 부동산에 해당하지 않는다는 사유로 2017.10.10. 처분청에 경정청구를 하였으나, 처분청은 2017.11.1. 이를 거부하였다.
다. 청구인은 이에 불복하여 2017.12.11. 심판청구를 제기하였다.
2.청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
처분청은 쟁점연구소를 본점의 일부 부서에 지나지 않는다고 보았으나, “본점 또는 주사무소”란 법인의 주된 업무를 지휘·통제하는 활동이 이루어지는 사업장으로서, 경영활동에 필수적인 업무인 인사·기획·재무 등의 활동이 이루어지는 장소, 주요 의사결정권자, 주요 경영의사결정과정, 다른 사무소 등과의 업무상의 지휘감독체계 등을 종합하여 본점 또는 주사무소에 해당하는지 여부를 판단하여야 하는 것인데(조심 2014지379, 2015.1.2.),
쟁점연구소는 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」에서 정한 바에 따라 독립된 연구공간과 연구설비 및 연구인력을 통해 연구개발만을 전담하고 있는 조직으로서
① 법인의 주된 업무를 지휘·통제하는 활동 또는 경영활동에 필수적인 인사·기획·재무 등이 활동이 이루어지는 장소 등에 해당하지 아니하고,
② 청구법인은 공장에서 발생하는 비용을 제조원가로, 쟁점연구소에서 발생하는 비용을 경상연구개발비로, 일반적인 경영관리활동에서 발생하는 비용을 판매비와 관리비로 각 구분하는 등 별도의 회계관리를 하고 있으며,
③ 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조의2, 같은 법 시행령 제16조의2에서 독립된 연구공간과 연구설비 및 연구인력의 확보를 기업부설연구소의 인정요건으로 정하고 있고 위 법 제14조의 4에서 기업부설연구소에 근무하는 자는 연구개발에만 전념할 수 있도록 연구개발활동과 관련된 업무 외에 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 아니하도록 규정하고 있으며 이를 준수하지 않을 경우 기업부설연구소 인정을 취소하도록 하고 있는바 쟁점연구소는 위 규정을 준수하고 있으므로 쟁점연구소에서 본점 기능과 관련된 업무가 이루어질 여지가 없다고 보아야 하고,
④ 처분청과 같이 수도권과밀억제권역 내에 설치한 기업부설연구소를 본점 또는 주사무소에 해당한다고 보는 것은 「지방세특례제한법」제46조에 따른 기업부설연구소에 대한 취득세 및 재산세 등 감면 취지와 배치되는 점 등에 비추어 쟁점연구소를 본점 또는 주사무소라 본 처분은 부당하다.
나. 처분청 의견
청구법인은 법인 홈페이지에서 주력 업종인 방위산업과 관련한 연구개발 중심의 강소기업임을 홍보하고 있고 본점 사옥인 이 사건 건축물에서 본점의 지휘·통제 하에 통신장비에 대한 연구·개발이 이루어지고 있는 점, 기업부설연구소는 「지방세법 시행령」제25조에서 열거하고 있는 본점 사업용 부동산 제외대상(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 예비군 병기고 및 탄약고)에 해당하지 않는 점, 지방세법 기본통칙 13-5 제1호에서 본점 이외의 장소에서 경리, 인사, 연구, 연수, 재산관리업무 등 대외적인 거래와 직접적인 관련이 없는 내부적 업무만을 처리하고 있는 경우는 지점이 아닌 본점에 해당된다고 규정되어 있는 점 등을 종합할 때 쟁점연구소는 본점 사업용 부동산에 해당하는 것이다.
수도권과밀억제권역 내 설치한 기업부설연구소를 본점으로 보아 중과세를 적용하는 것은 감면취지와 맞지 않는다고 주장하나, 기업부설연구소 감면은 기업활동 지원의 일환으로 장기간(32년) 유지되어 오다가 「지방세특례제한법」이 2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되면서 기업의 담세력, R&D 투자의 중요성 등을 고려하여 감면 폭을 축소하되 중소기업 지원 강화 및 지역균형발전 차원에서 감면율을 차등화(중소기업, 중견·대기업, 과밀억제권역내 대기업 연구소)하였으며 특히 위 법률 부칙 제13조에서 당초 「지방세특례제한법」에 따라 지방세를 면제하였으나 법이 개정되면서 일부가 과세대상으로 전환된 기업부설연구소 감면규정에 대한 중과세율 적용시기를 2016.1.1.부터 적용한다고 규정한 점 등에 비추어 감면취지에 맞지 않는다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
본점과 같은 건물에 있는 기업부설연구소를 본점 사업용 부동산으로 보아 취득세 중과세율을 적용한 처분의 당부
나. 관련 법령 : <별지> 기재
다. 사실관계 및 판단
(1) 처분청과 청구법인이 제출한 증빙자료에 따르면 다음과 같은 사실이 나타난다.
(가)청구법인은 2001.10.10. 설립되어 OOO에서 전자제품 제조 및 판매업 등을 영위하던 법인으로, 2001.12.11. OOO으로부터 기업부설연구소 인정을 받고 2017.4.9. OOO으로부터 중소기업 확인[주업종: 의료·정밀·광학기기 및 시계제조업(C27)]을 받았다.
(나) 건축물대장 등에 따르면 이 사건 건축물은 2017.4.17. 수도권과밀억제권역 내인 OOO토지 1,755㎡ 지상에 신축(사용승인)된 교육연구시설 3,646.94㎡, 공장 및 업무시설 2,149.45㎡, 기타 주차장 등 3,718.76㎡ 합계 9,515.15㎡(연면적)로, 청구법인은 2017.6.12. 본점, 쟁점연구소를 비롯한 조직 전부를 이 사건 건축물로 이전하여 지하 1층～지상 6층 합계 2,378.65㎡(전용면적)를 쟁점연구소로, 나머지를 주차장, 공장, 업무시설 등으로 사용하고 있는 것으로 나타나고, 건축물대장 등에 나타나는 용도 및 면적은 다음과 같다. “생략”
(다) 청구법인이 제출한 조직도, 업무분장표 등에 따르면 청구법인은 4개 본부(경영관리본부, 체계사업본부, 품질관리본부, 제조사업본부), 1개 기술연구소에 직원 172명(임원 제외)을 두고 있는 것으로 나타나고, 조직별 담당업무를 살펴보면 경영관리본부(18명)는 ‘인사기획·경영계획 수립·예산관리 및 사업계획 작성·회계업무 및 자금관리 등’을, 체계사업본부(11명)는 ‘신규사업 추진 및 개발 등 영업관리·대외홍보·원가관리·업무지원 등’을, 품질관리본부(8명)는 ‘품질시스템 인증 및 유지·공정검사·입고검사·고객대응 등’을, 제조사업본부(26명)는 ‘생산계획 및 생산일정 관리·공정관리·생산장비 자동화시스템 설계 및 관리·제조 등’을, 기술연구소(109명)는 ‘1실(41명)에서 원격측정장치 및 점검시스템 설계 제작, S/W 개발, 2실(36명)에서 RF 장비, 지령송수신장치 개발 및 기구설계, 3실(32명)에서 항공 및 우주 관련 송수신장치 개발’을 각 담당하고 있으며, 직원은 인사·급여·회계 및 경영과 관련한 의사결정을 담당하는 경영관리 및 체계사업본부에 29명(16.8%)이, 기술연구소에 109명(63.3%)이, 품질관리 및 제조사업본부 34명(19.7%)이 근무하고 있는 것으로 나타난다.
(라) 청구법인의 재무제표 등에는 청구법인의 매출(2016사업연도 OOO2017사업연도 OOO)이 전액 제품매출에서 발생하였고 연구용역 등 관련 매출이 없으며, 판매비와 관리비(2016사업연도 OOO2017사업연도 OOO) 중 경상연구개발비(2016사업연도 OOO2017사업연도 OOO)가 차지하는 비중이 2016사업연도에 77.7%, 2017사업연도에 77.4%에 달하는 등 기술개발 등에 소요되는 비용이 큰 것으로 나타난다.
(마) 처분청은 2017.5.30. 이 사건 건축물에 현지출장하여 이 사건 건축물은 청구법인의 중추적인 의사결정 등 주된 기능을 수행하는 임원실, 경영관리팀, 재경팀 등의 사무실이 구비되어 그 해당 직원이 상시 근무하는 본점의 역할을 수행하고 있고, 쟁점연구소는 본점 내 일부 부서의 역할을 하는 본점용 부동산에 해당한다고 확인하였고,
청구법인은 이에 따라 2017.6.9. 이 사건 건축물에 대한 취득세 등을 신고·납부하면서 쟁점연구소에 대하여 「지방세법」제11조 제1항 제3호 및 같은 법 제13조 제1항에 따른 중과세율 등을 적용하여 산출한 세액OOO에서 「지방세특례제한법」제46조 제3항에 따른 중소기업 기업부설연구소 세액감면(60%)을 적용하여 취득세 OOO을 산출하여 취득세 등을 신고·납부하였다가 기업부설연구소는 본점용 부동산이 아니라 주장하며 이 건 경정청구를 제기하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「지방세법」제13조 제1항 및 같은 법 시행령 제25조는 과밀억제권역에서 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 예비군 병기고 및 탄약고는 제외)을 취득하는 경우 중과세율을 적용하도록 규정하고 있고, 법인의 본점용 부동산은 법인이 고유업무의 수행에 필요한 사무실 등으로 직접 사용되고 있는 부동산과 그 부대시설용 부동산을 말하며, 이에 해당하는지 여부는 법인의 목적사업의 특성과 그 수행방법, 법인의 경영활동에 필수적인 업무인 인사ㆍ기획, 재무 등의 활동이 이루어지는 장소, 주요 의사결정권자, 주요 경영의사결정과정 및 다른 사무소 등과의 업무상의 지휘감독체계 등을 종합하여 판단하여야 할 것이다(조심 2014지379, 2015.1.2. 외 다수, 같은 뜻임).
쟁점연구소는 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법령에 따라 연구인력 및 시설 등 요건을 갖추어 인정된 기업부설연구소로서, 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조의4 제1호, 같은 법 제14조의3 제1항 제7호에서 기업부설연구소등에 근무하는 자는 연구개발 활동과 관련된 업무 외에 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 않도록 규정하고 이를 위반하는 경우 기업부설연구소등의 인정을 취소할 수 있도록 하고 있어 쟁점연구소는 연구개발 활동만을 담당할 뿐 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 않는 것으로 보이는 점, 청구법인은 전자제품 등 제조 및 판매업을 영위하는 업체로서 매출의 전부가 제품 매출(2017사업연도 OOO억원)에서 발생하고 있을 뿐 기업부설연구소의 연구개발 활동을 통한 매출이 발생하고 있지 아니한 점, 독립된 연구소, 연구단지, 연구개발부서 등 다양한 규모와 형태의 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서를 본점 사무소의 부대시설로 보기는 어려운 점 등에 비추어 처분청이 기업부설연구소인 쟁점연구소를 본점 사업용 부동산으로 보아 취득세 등 경정을 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제6항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.