[제 목] 공공기관의 지방이전계획 승인에 따라 이전 지역의 부동산을 매입하고 그에 대한 사후 승인을 받은 경우 「지방세특례제한법」제81조 제1항의 취득세 감면대상에 해당하는지 여부 [조심2016지0552(2017.2.13)]/취소

[결정요지] 청구법인이 지방으로 이전하게 됨에 따라 그 청사로 사용하고자 이 건 부동산을 취득하였고, 취득 당시 이전계획에서 임차청사를 사용하기로 되어 있었다 하더라도 이는 경미한 사항에 불과하고 이후 그 계획마저 청사를 매입하는 것으로 변경하였으므로 이 건 감면요건을 충족하지 못하였다고 보기는 어려움.

[관련법령] 「지방세특례제한법」제81조 제1항
[주 문] 청구법인에게 한 취득세 등 OOO경정청구 거부처분은 이를 취소한다.
[이 유] 1. 처분개요
가.청구법인은 2009.5.1.「한국장학재단 설립 등에 관한 법률」에 따라 설립된 비영리공익법인으로서 2011.7.29. 공공기관 지방이전계획 승인을 받은 후 2014.12.31. OOO외 5필지토지 3,033.0㎡ 및 건물 13,111.98㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를매매로 취득하고, 2015.1.2. 그 취득가액OOO을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO지방교육세 OOO농어촌특별세 OOO합계 OOO을 신고·납부하였다.
나. 청구법인은 2015.12.31. 이 사건 부동산이 「지방세특례제한법」(2015.1.1. 법률 12955호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조 제1항의 감면대상에 해당하므로 기 납부한 취득세 등의 환급을 요청하는 경정청구를 하였으며, 처분청은 2016.3.2. 이에 대하여 거부통지를 하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.5.10. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
청구법인은 2010.1.22. 지역발전위원회로부터 대구광역시 이전 승인을 받았고, 2011.7.29. 공공기관 지방이전 특별위원회의 심의를 거쳐 지방이전계획 승인을 받을 당시 자체 재원부족으로 임차청사로 이전할 대상이나 자체 재원확보방안을 마련하여 청사 신축 등을 할 경우 추후 별도로 변경승인을 추진하도록 하였으며, 2015.6.12. 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」에 따라 국토교통부로부터 지방이전계획 변경(안) 중 청사확보방안(임차 → 매입) 등에 대하여 변경승인 통보를 받았는바, 국토교통부의 유권해석에서 ① 국토교통부가 청구법인이 지방이전계획 변경(안) 중 청사확보방안(임차→매입) 등의 사항을 이 사건 부동산을 취득한 이후 변경승인한 것은 같은 법 제4조에 따른 변경승인에 해당하고, ② 기관의 사정이나 부득이한 경우, 변경사항 발생 이후에도 승인요청이 가능하다고 회신하였으므로 지방이전계획 승인에는 사전승인·사후승인을 모두 포함하는 것으로 해석하는 것이 타당하며,
「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」제1조에서 「국가균형발전 특별법」 제18조의 규정에 따른 공공기관 지방이전 시책 등에 따라 수도권에서 수도권이 아닌 지역으로 이전하는 공공기관 등을 수용하는 혁신도시의 건설을 위하여 필요한 사항과 해당 공공기관 및 그 소속 직원에 대한 지원에 관한 사항을 규정함으로써 공공기관의 지방이전을 촉진하고 국가균형발전과 국가경쟁력 강화에 이바지함을 목적으로 하도록 하고 있는바, 「지방세특례제한법 제81조 규정의 취지가 공공기관 지방이전의 원활한 지원을 위한 것이므로 이 건 부동산을 취득한 실질이 지방이전을 목적으로 취득한 부동산이라면 취득 후에 청사 매입에 대한 변경승인을 받았다 하더라도 취득세를 감면하는 것이 타당함에도 처분청이 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
나. 처분청 의견
「지방세특례제한법」제81조 제1항에서 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」제2조 제2호에 따른 이전공공기관이 같은 법 제4조에 따라 국토교부장관의 지방이전계획 승인을 받아 이전할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여 2015년 12월 31일까지 취득세를 면제하는 것으로 규정하고 있고, 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」제4조 제1항 및 제4항에서 이전공공기관의 장은 이전의 규모 및 범위에 관한 사항 등을 포함하여 지방이전계획을 수립하여 그 계획 및 변경계획을 소관 행정기관의 장에게 제출하여야 하고, 소관행정기관의 장은 제3항의 규정에 따라 제출된 지방이전계획을 검토·조정하여 국토교통부장관에게 제출하여야 하며, 국토교통부장관은 「국가균형발전 특별법」제22조에 따른 지역발전위원회의 심의를 거쳐 승인하도록 규정하고 있다.
청구법인은「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」에서 규정한 지방이전계획 변경(안) 중 청사확보방안(임차→매입)등의 사항을 승인받은 사실이 인정되나, 세금의 부과는 납세의무 성립시에 유효한 법령의 규정에 의하여야 하고, 취득세의 경우 과세물건을 취득하는 때의 법령을 적용하여야 할 것인바, 청구법인이 이 사건 부동산을 취득할 당시에는 국토교통부장관의 승인을 받지 아니하여 ‘지방이전계획 승인을 받아 이전할 목적으로 취득하는 부동산’에 해당되지 않으므로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
공공기관의 지방이전계획 승인에 따라 이전대상 지역의 부동산을 매입하고 그에 대한 사후 승인을 받은 경우 「지방세특례제한법」제81조 제1항의 취득세 감면대상에 해당하는지 여부
나. 관련 법률 : 생략
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인은2009.2.6.「한국장학재단 설립 등에관한 법률」이 공포(제9415호)됨에 따라 2009.5.1. 법인설립등기를 하였다.
(2) 청구법인의 공공기관 지방이전계획에 따른 청사이전 등과 관련하여 추진된 내역은 다음과 같다.
(3) 국토해양부장관이 2011.7.29. 통보한 OOO등 6개 이전공공기관 지방이전계획 변경승인’(기획총괄과-1337호) 문서중 청구법인에 대한 <특별 부대조건> 내용은 다음과 같다.
○ 종전 부동산은 잔류기능·규모, 재원 부족 및 타 이전기관과의 지분공유 상황 등을 고려하여 매각조치
○ 청사신축 계획에 대하여는 현재 자체 재원이 부족하므로 임차청사 이전 대상이나, 다만, 소관부처 책임하에 종전부동산 매각대금·일반회계 지원 등 자체 재원확보방안을 검토중이므로, 재원조달계획 확정시 청사신축 등으로 추후 별도 변경승인 추진
(4) 청구법인이 2015.5.13. 교육부장관에게 제출한 지방이전계획 변경(안) 수정본 내용 중 이 건 부동산의 취득과 관련한 부분을 보면, 다음과 같이 되어 있다.
○ OOO청사 매각에 따라 “수익사업특별회계”의 장학사업 재원 마련 목적 달성을 위해 대체 부동산 매입 필요
○ 2013년 8월 국가정책조정회의 결정에 따라 청사 신축 재원 미반영시 대구광역시로 임차 이전이 결정되었으나, 이전 인원을 수용할 수 있는 적합한 임차 건물을 확보할 수 없어 이전 추진을 위해 건물 매입을 검토
– 대구광역시로부터 3개 건물을 추천 받아 임차 가능여부를 검토하였으나 협상과정에서 건물주 사정으로 결렬
– 대구광역시 소재 건물 면적 상위 40개를 대상으로 임차 가능여부 확인결과 임차 건물 추가 확보 어려움
○ 장학사업 재원 마련 및 임차건물 확보가 어려운 상황을 고려하여 기존 보유 OOO청사 매각자금과 관련한 “수익사업특별회계”로 이 건 부동산OOO을 매입
(5) 국토교통부장관이 2015.6.12. 청구법인에게 통보한 지방이전계획 변경승인 내용을 보면, 다음과 같이 되어 있다.
*다음 : 생략
(6) 청구법인이 이 건 부동산 취득과 관련하여 2015.8.26. 국토교통부장관에게 질의한데 대하여 2015.11.16. 회신한 내용을 보면, 다음과 같이 되어 있다.
「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」에 따른이전계획 승인은 반드시 변경사힝이 발생하기 전에 국토교통부장관의 승인을 받아야 하는지
기관의 사정이나 부득이한 사유가 있을 경우 변경사항 발생 이후에도 승인요청은 가능하나. 지방이전사업의 적정성 확보를 위해서는 사전에 승인받는 것이 바람직하다고 사료됨
청사확보방법 변경(임차→매입) 승인이 위 같은 법 제4조에 의한 승인에 해당하는지
귀 기관의 청사 확보방법 변경에 대한 우리 부의 승인은 같은 법 제4조에 따른 변경승인에 해당함을 알려드림
(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「지방세특례제한법」제81조 제1항에서 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」 제2조 제2호에 따른 이전공공기관이 같은 법 제4조에 따라 국토교통부장관의 지방이전계획 승인을 받아 이전할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 그 제정 취지가 「국가균형발전 특별법」 제18조의 규정에 따른 공공기관 지방이전 시책 등에 따라 수도권에서 수도권이 아닌 지역으로 이전하는 공공기관에 대한 세제지원을 통하여 공공기관의 원활한 지방이전을 촉진하고 국가균형발전과 국가경쟁력 강화를 제고하는데 있다고 할 것인바, 이전공공기관이 「지방세특례제한법」의 규정에 따른 취득세를 면제받기 위하여는 먼저 국토교통부장관의 지방이전계획 승인을 받아야 할 것으로, 청구법인은 청사에 사용할 목적으로 이사건 부동산을 취득하기 전인 2010.1.22. 및 2011.7.29.「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」제4조 제4항에 따라 「국가균형발전 특별법」제22조에 따른 지역발전위원회의 심의를 거쳐 국토해양부장관(현 국토교통부장관)으로부터 지방이전계획 승인을 받은 점, 2011.8.8.재원조달 확정시 청사 신축 등에 대하여 추후 별도 승인을 받는 것으로 하여 그 변경승인을 받은 점, 청사 매입 재원을 마련하여 2014.12.31. 이 사건 부동산을 매입한 후 2015.5.13. 지방이전계획 변경(안)을 제출하여 2015.6.12. 국토교통부장관으로부터 변경승인을 받은 일련의 추진과정 등에 비추어 이 사건 부동산은 청구법인이 당초부터 사실상국토교통부장관의 지방이전계획 승인을 받아 이전할 목적으로 취득한것으로 보는 것이 타당하다 하겠다.
따라서 처분청이 청구법인의 취득세 등에 대한 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제123조 제4항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.