[제 목] 이 건 아파트에 대한 취득세는 그 사용승인일에 관계없이「경기도 도세감면조례」제13조 제1항을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부 [조심2016지0402(2016.12.12)/취소

[결정요지] 청구법인은 종전 도세감면조례가 전부개정되기 전에 이 건 아파트 건축공사를 착공하였으므로 그 신뢰를 보호하여야 할 정도에 이르렀다고 볼 수 있는 점 등에 비추어 이 건 경정청구를 거부한 것은 신뢰보호의 원칙에 위배되는 처분으로서 잘못이 있음.

[관련법령] 「지방세특례제한법」(2011.12.31. 법률 제11138호로 일부개정된 것) 제85조의2,「경기도 도세감면조례」(2011.12.26. 경기도 조례 제4295호로 개정되기 전의 것) 제13조

[참조결정] 조심2015지0423
[주 문] 2015.12.22. 청구법인에게 한 취득세 등 경정청구거부처분은 이를 취소한다.
[이 유] 1. 처분개요
가. 청구법인은 2013.2.26. OOO을 신고·납부하였다.
나. 청구법인은 2013.2.28.OOO을 신고·납부하였다.
다. 청구법인은 2014.2.25.OOO(이하 “이 건 제3취득세 등”이라 하고, 이 건 제1·2취득세 등을 포함하여 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 신고·납부하였다.
라. 청구법인은 2015.11.11. 이 건 아파트는OOO제13조 제1항 및 부칙 제3조 제1항에 따라 취득세 면제대상인바, 이 건취득세 등은 전액 환급되어야 한다는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2015.12.22. 이를 거부하였다.
마. 청구법인은 이에 불복하여 2016.3.21. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
청구법인은 지방공사인 청구법인이 그 고유 업무인 주택신축사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 취득세는 전액 면제대상이라는OOO제13조 제1항을 적용하는 것이 타당하다 할 뿐만 아니라 조세심판원도 건축공사 등을 착공한 후에지방세 관계법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에는 그 취득시기에 관계 없이 종전 법령을 적용하여 지방세 면제 여부를 판단하여야 한다고 결정(조심 2015지423, 2015.8.12., 같은 뜻임)하였으므로 이 건 아파트에 대한 취득세는 전액면제 대상이라고 할 것임에도 처분청이 이 건 아파트의 사용승인일이 제13조 제1항이 삭제된 2011.12.31. 이후라는 사실만으로 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
나. 처분청 의견
취득세의 과세 또는 면제에 관한 법령이 개정된 경우 취득세 납세의무가 성립한 당시에 시행되는 법령을 적용하여야 함은 당연하다 할 것이나, 해당 법령이 납세자에게 불리하게 개정된 경우에는 납세자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과규정을 두어 납세자에게유리한 종전 법령을 적용하도록 하고 있는 경우에는 종전 법령을 적용하여야 할 것이나, 「제13조 제1항이 삭제된 후, 이에 대응하여 신설된「지방세특례제한법」(2011.12.31. 법률 제11138호로 개정된 것,이하 같다) 제85조의2 제1항에서 청구법인과 같은 지방공사가 그 고유업무에 직접사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75(2014.1.1.부터는 100분의 50)를 감면한다고 규정하여 그 감면율을 낮추었고, 같은 법 부칙 제8조에서 이 법 시행 당시 주택사업 또는 토지개발사업을 목적으로 하는 지방공사가 이 법 시행 전에 분양한 부동산에 대해 해당 지방공사에 부과하는 지방세는 제85조의2의 개정규정에도 불구하고 당해 지방공사에 대한 지방자치단체의 출자비율에 따라 감면율을 결정하도록 규정함에 따라 이 건 제1·2아파트 중 청구법인이 이미 분양한 아파트에 대하여는 취득세를 면제하고, 나머지 아파트에 대하여는 100분의 75를 감면하였으며, 이 건 제3아파트의 경우 2014.1.1. 개정된「지방세특례제한법」제85조의2 제1항에 따라취득세 감면율을 100분의 50으로 하였는바, 이 건 아파트의취득세 감면관련 규정은「경기도 도세감면조례」제13조 제1항을 적용할 것이 아니라「지방세특례제한법」제85조의2 제1항을 적용하여야 하고그부칙도 마찬가지이므로처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
이 건 아파트에 대한 취득세는 그 사용승인일에 관계 없이OOO제13조 제1항을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
나. 관련 법령 등 : 생략
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.
(가) 청구법인은「지방공기업」에 따라 OOO가 100% 출자한 지방공사로서 처분청으로부터 아래 <표1>과 같이 이 건 아파트의 신축 관련 허가를 받았다.
(나) 이 건 아파트의 취득에 따른 취득세 감면 현황은 아래 <표2>와 같다.
(다) 청구법인은 <표2>에 따라 사용승인일을 기준으로 분양 여부 등에 따라 취득세감면율을 달리하여 아래 <표3>과 같이 산출한 취득세 등을 처분청에 신고·납부하였다.
(2) 청구법인에 대한 취득세 감면 규정을 살펴보면, 청구법인이 그 고유 업무에 직접 사용하고자 취득하는 부동산에 대하여 2011.12.31.까지는제13조 제1항에 따라 취득세를 전액 면제하다가 2012.1.1.제13조 제1항을 삭제하고,「지방세특례제한법」제85조의2 제1항을 신설하여 청구법인과 같은 지방공사가 그 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세 감면율을 종전 전액 면제에서 75%로 인하하면서 지방공사의 갑작스런 세부담 상승을 방지하고자 부칙 제8조에 이 법 시행 당시 분양한 부분에 대하여는 지방자치단체의 출자비율에 해당하는 만큼 감면한다는 특별 경과 규정을 두었으며, 그 후 2014.1.1.「지방세특례제한법」제85조의2 제1항을 개정하여 지방공사에 대한 감면율을 종전 75%에서 50%로 다시 인하하였고, 위 규정의 시행과 관련하여 일반적인 경과규정 외에 다른 규정을 신설하지는 않았다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인에 대한 취득세 면제 규정은 1995.1.18. 제정된 제21조 제1항에 규정된 후 2011.12.26. 제13조 제1항이 삭제되기 전까지 조항만 수 차례 변경되었을 뿐 그 내용은 15년 이상 동일하게 유지되었고, 청구법인은「제13조 제1항을 근거로 사업기간이 장기간 소요되는이 건 아파트 신축 및 분양사업을 시작한 것으로 보이는 점,2011.12.26. 개정되어 2012.1.1.부터 시행하는부칙 제3조 제1항은 과세요건이 완성된 경우에도 유리한 종전 규정의 적용에 관한 납세의무자의 정당한 신뢰를 보호하기 위하여 종전 규정을 적용할 수 있다는 의미로 해석하여야 하므로 제13조 제1항은 청구법인이 2011.12.31. 이전에 취득한 부동산 뿐만 아니라 그 이전에 공사를 착공하여 2011.12.31.이후 사용승인된 건축물에 대하여도 동일하게적용하여야 하는 점, 청구법인은 제13조 제1항에 따라 이 건 아파트의 취득세가 면제될 것임을 신뢰하고2010.5.19.부터 2011.8.29. 사이에 이 건 아파트의 신축공사를 착공한 점등에 비추어 이 건 아파트의 취득세 면제와 관련한 청구법인의 신뢰는 시·도세감면조례를포함한 지방세 관련 법령의 개폐에 불구하고 보호되어야 할 것인바, 처분청이 청구법인의 취득세 등 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제123조 제4항과「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.