나. 청구인은 2017. 6. 30. 이 사건 건물을 증축(연면적 14,212.62㎡)하였고, 2020. 10. 21. 이 사건 부동산이 구 ｢지방세특례제한법｣(2016. 12. 27. 법률 제14477호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제78조 제4항에 따라 취득세 및 재산세 감면대상에 해당한다며 이 사건 부동산에 대해 기납부한 취득세 등 462,444,789원1)과 2017년부터 2020년까지의 재산세 등 202,430,340원을 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 하였다.
——————————————————————–
주1) 취득세 486,783,998원, 지방교육세 48,678,397원, 농어촌특별세 -73,017,606원
——————————————————————–

다. 처분청은 2020. 12. 8. 재산세의 경우 경정청구 대상에 해당하지 않고, 이 사건 부동산은 취득세 감면대상에 해당하지 않는다는 이유로 경정청구 거부 통지(이하 “이 사건 거부처분”이라 한다)를 하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유
가. 청구 취지
이 사건의 청구 취지는 이 사건 거부처분을 취소하여 달라는 것이다.

나. 청구 이유
청구인은 산업단지 안에서 공장을 증축하기 위하여 이 사건 부동산을 승계취득하였으므로, 이 사건 부동산은 구 ｢지방세특례제한법｣ 제78조 제4항 제2호 가목에 따른 ‘산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산’에 해당한다.
대법원 판결2) 및 감사원 결정3), 행정안전부 유권해석4) 등에 따르더라도 기존 건축물 및 토지를 승계취득한 후, 산업용 건축물을 증축한 경우에 기존의 건축물 및 그 부속토지는 취득세와 재산세 감면대상에 포함한다고 되어 있다.
——————————————————————–
주2) 대법원 2010. 1. 14. 선고  2007두 21341 판결
주3) 감사원 2019. 7. 25. 자 2018-심사 -420 결정
주4) 행정안전부 지방세특례제도과 -3174(2015. 11 .17.)
——————————————————————–
따라서 청구인이 위 규정에 따라 취득세와 재산세 등 감면요건을 갖추었는데도 처분청이 이 사건 거부처분을 한 것은 위법하다.

3. 처분청의 의견
이 사건 부동산의 재산세는 청구인이 신고납부한 것이 아니라 보통징수 방식으로 부과·징수된 것이므로 경정청구 대상에 해당하지 않는다.

취득세의 경우에는 청구인이 이 사건 부동산을 취득할 당시 건축허가 등으로 청구인의 확정적 건축의사를 인정할 만한 사정은 보이지 않았으며, 가사 건축의사를 인정하여 청구인이 산업용 건축물을 건축하려는 자에 해당한다고 하더라도, 감면대상은 증축한 건축물에만 한정되어야 하므로 기존의 건축물 및 토지는 취득세 감면 범위에 포함되지 않는다.

4. 우리 원의 판단
가. 다툼
이 사건의 다툼은 산업단지 안에서 기존 산업용 건축물 및 그 부속토지를 승계취득하여 기존 건축물을 증축한 경우 기존 건축물 및 그 부속토지가 취득세와 재산세 감면대상에 해당되는지 여부이다.

나. 인정사실
이 사건 관련 기록 등을 검토해 보면 다음과 같은 사실이 인정된다.

1) 청구인은 2016. 11. 4. 과 이 사건 부동산의 매매계약을 체결한 후 같은 해 12. 15. 잔금을 지급하여 취득하고 소유권이전등기를 마쳤다.

2) 청구인은 이 사건 건물을 증축하기 위하여 2016년 12월 청구 외 와 증축 설계계약을, 2017. 2. 6. 청구 외 주식회사와 증축 공사계약을 체결하였다.

3) 청구인은 처분청으로부터 이 사건 건물에 대해 2017. 1. 26. 증축허가와 2017. 6. 30. 사용승인을 받았고, 증축 내역은 [표 1]과 같다.

4) 청구인은 2017. 6. 30. 이 사건 건물을 증축한 부분(건축 연면적 14,212.62㎡)에 대하여 구 ｢지방세특례제한법｣ 제78조 제4항에 따라 취득세 132,888,800원을 감면받았다.

5) 청구인은 2020. 10. 21. 이 사건 부동산을 2016. 12. 31. 이전에 취득하고 이 사건 건물을 증축함으로써 구 ｢지방세특례제한법｣ 제78조 제4항에 따른 취득세와 재산세 감면대상에 해당한다며 이 사건 부동산에 대한 취득세 등 462,444,789원과 2017~2020년의 재산세 등 202,430,340원을 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 하였다.

6) 처분청은 2020. 12. 8. 청구인에게 이 사건 거부처분을 하였고, 그 사유는 [표 2]와 같다.

다. 관계 법령
이 사건과 관계되는 법령은 구 ｢지방세특례제한법｣ 제78조 제4항 등 [별지]기재와 같다.

라. 판단
1) 이 사건 부동산에 대한 2017년부터 2020년까지의 재산세가 심사청구 대상에 해당하는지 여부
｢지방세기본법｣ 제2조 제1항 제19호 및 ｢지방세법｣ 제116조 제1항에 따르면 재산세는 지방자치단체장이 세액을 산정하여 납세고지서를 납세자에게 발급하는 보통징수방법으로 부과·징수하도록 되어 있다.
또한 ｢지방세기본법｣ 제89조와 제90조 및 제91조 제3항에 따르면 이 법 또는 지방세관계법에 따른 처분으로서 위법·부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못하여 권리 또는 이익을 침해당한 자는 이의신청이나 심사청구, 심판청구 등을 할 수 있는바, 그 처분이 있는 것을 안 날(처분의 통지를 받았을 때에는 그 통지를 받은 날)부터 90일 이내에 불복의 사유를 적어 해당 세목의 처분권자인 지방자치단체장에게 이의신청 등을 하여야 하고, 이의신청을 거치지 아니하고 바로 심사청구 또는 심판청구를 할 때에는 그 처분이 있는 것을 안 날(처분의 통지를 받았을 때에는 통지받은 날)부터 90일 이내에 심사청구 등을 하도록 되어 있다.

반면, ｢지방세기본법｣ 제50조 제1항에 따르면 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 당초 납부한 과세표준 및 세액이 ｢지방세법｣에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 등의 경우에 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 처분청에 경정청구할 수 있고, ｢지방세법｣에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에 그 결정 등이 있음을 안 날부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정)에 경정청구할 수 있도록 되어 있다.
따라서 보통징수 대상 세목인 재산세에 대한 불복을 할 때에는 신고·납부 방식의 조세를 하는 ｢지방세기본법｣ 제50조 제1항에 따른 경정청구를 하여서는 아니 되고, ｢지방세기본법｣ 제89조와 제90조 및 제91조 제3항 등에 따라 통지일로부터 90일 이내에 이의신청, 심사청구 등으로 하여야 하는바, 처분청이 이 사건부동산에 대한 2017년부터 2020년까지의 재산세를 경정청구 대상이 아니라고 판단한 것은 잘못이 없고, 이 사건 부동산에 대한 2017년부터 2020년까지의 재산세에 관한 심사청구는 그 통지일로부터 90일 이상 경과5)되었으므로 ｢감사원법｣ 제46조 제1항 및 ｢감사원심사규칙｣ 제6조 제1항 제3호에 해당되어 청구요건을 갖추지 못하였다.

2) 이 사건 부동산이 취득세 감면대상에 해당하는지 여부
구 ｢지방세특례제한법｣ 제78조 제4항(이하 “이 사건 감면규정”이라 한다)에 따르면 산업단지개발사업 등의 사업시행자 외의 자가 ｢산업입지 및 개발에 관한 법률｣에 따라 지정된 산업단지 등 지역에서 취득하는 부동산으로 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 506)을 2016. 12. 31.까지 경감하도록 되어 있다.
조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법률은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다.7)
——————————————————————–
주6) 구 ｢지방세특례제한법｣ 제78조 제8항에 따라 지방자치단체장이 100분의 25의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있음
주7) 대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두 11372 판결 등
——————————————————————–

5) 가장 마지막으로 부과·고지된 2020년도 재산세를 기준으로 보아도 통지의 송달일은 2020. 9. 14.이고 심사청구일은 2021. 2. 1.이므로 모두 90일이 경과함
위 관계 법령 및 법리, 인정사실 등에 비추어 이 사건 부동산이 이 사건 감면규정에 따른 취득세 감면대상에 해당되는지 여부를 살펴보면, 처분청은 이 사건 부동산 취득 당시 청구인에게 건축의사가 있었다고 인정하기 어렵고, 이미 산업용 건축물을 건축하여 취득세 감면을 적용받고 공장설립 촉진을 위한 감면목적을 달성한 바 있는 이 사건 부동산을 승계취득한 청구인에게 다시 감면을 적용하는 것은 입법취지에 부합하지 않으므로 기존의 건축물 및 토지는 감면규정의 감면 범위에 포함되지 않는다고 주장하나, 다음과 같은 사정들을 종합하여 볼 때, 이 사건 부동산에 관한 취득세는 이 사건 감면규정에 따라 감면되어야 하므로, 이와 다른 전제에 있는 이 사건 거부처분은 위법하다고 판단된다.

① 이 사건 감면규정은 산업용 건축물 등을 ‘건축’하려는 자가 ‘취득’하는 ‘부동산’을 지방세 감면대상으로 하고 있다.
그런데 구 ｢지방세특례제한법｣ 제2조 제2항에 따르면 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 특별한 규정이 없으면 ｢지방세법｣에서 정하는 바에 따르도록 되어 있는바, ｢지방세법｣ 제6조에 따르면 ‘취득’이란 원시취득, 승계취득 또는 유·무상의 모든 취득을 의미하며(제1호), ‘부동산’이란 토지 및 건축물을 말하고(제2호), ‘건축’이란 ｢건축법｣ 제2조 제1항 제8호에 따른 건축을 말하며(제5호), ｢건축법｣ 제2조 제1항 제8호에서 ‘건축’이란 건축물을 신축·증축·개축·재축하거나 건축물을 이전하는 것을 말한다고 되어 있다.

이러한 관련 법 규정들을 종합하면 이 사건 감면규정의 ‘건축’을 신축 또는 개축으로, ‘취득’을 원시취득 또는 최초취득으로 축소해석하거나 위 규정의 적용 범위가 산업용 건축물이 존재하지 아니하는 토지 또는 기존의 산업용 건축물이 철거 또는 멸실될 예정이거나 이미 철거 중인 부동산에 한정된다고 해석할 합리적인 이유가 없다.8)
——————————————————————–
주8) 대법원 2018. 7. 27. 선고 2018두 41983 판결(전심 부산고등법원 2018. 3. 30. 선고 2017누 23216 판결)
——————————————————————–

따라서 조세법률주의의 원칙상 지방세 감면과 관련하여 ｢지방세특례제한법｣을 해석할 때에도 특별한 사정이 없는 한 그 문언에 충실하게 해석하여야 할 것인바, 이 사건 감면규정에서 말하는 ‘산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산’이란 기존 건물을 취득하여 증축하거나 기존 건물을 철거하고 신축하거나 건물을 신축하여 취득하는 경우의 건물, 건물이 없는 토지를 취득하여 그 지상에 건물을 신축하거나 기존 건물이 있는 토지를 취득하여 그 건물을 증축하거나 기존 건물을 철거하고 신축하는 경우의 토지를 모두 포함한 것으로 해석하는 것이 타당하다.9)
——————————————————————–
주9) 대법원 2010. 1. 14. 선고 2007두 21341 판결(전심 부산고등법원 2007. 9. 14. 선고 2006누5557 판결)
——————————————————————–

② 승계취득한 기존의 산업용 건축물 및 그 부속토지에 대하여 취득세 감면 혜택을 부여하지 않을 필요성이 있는 경우 그러한 내용으로 관련 규정을 입법적으로 정비하는 것은 별론으로 하고, 그러한 필요성이 있다는 이유로 이 사건 감면규정을 그 문언과 달리 해석할 수는 없다.

③ 새로운 소유자가 산업단지 내 산업용 부동산을 승계취득하여 이를 본래의 용도로 계속 사용하도록 하고 아울러 산업용 건축물을 증축하도록 하는 유인을 제공함으로써 산업시설의 유치, 확충하고자 하는 입법목적을 달성할 수 있다는 점을 고려하면 산업단지 내 부동산의 소유권이 이전되는 과정에서 증축이 이루어지는 경우라 하더라도 그 증축이 산업단지 내 부동산 취득의 중요 부분을 구성하는 것으로 볼 수 있다면 산업단지 내 토지를 최초로 취득하여 그 지상에 산업용 건축물을 신축하는 경우와 달리 취급할 이유도 없다.10)
——————————————————————–
주10) 구 ｢지방세특례제한법｣ 제78조 제7항, 구 ｢지방세특례제한법 시행규칙｣(2016. 12. 30. 행정자치부령 제101호로 개정되기 전의 것) 제6조에 따르면 신축공장의 경우 건축물의 연면적이 200㎡ 이상이면 지방세 감면대상인 것으로 되어 있음
——————————————————————–

④ 행정안전부도 산업단지 내 산업용 건축물이 있는 부동산을 승계취득한 후 증축하는 경우에 기존 건축물의 부속토지 및 증축한 건축물의 부속토지가 모두 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 해당하는 것으로 보는 것이 타당하다고 유권해석11)한 바 있다.
——————————————————————–
주11) 지방세특례제도과-915(2015. 4. 1.), 지방세특례제도과-3174(2015. 11. 17.) 등 그렇다면 이 사건 심사청구 중 2017년부터 2020년까지의 재산세에 관한 청구 부분은 청구요건을 갖추지 못하였고, 취득세에 관한 청구 부분은 이유 있다고 인정되므로 ｢감사원법｣ 제46조 제1항 및 제2항에 따라 주문과 같이 결정한다.
——————————————————————–

⑤ 인정사실 “1)항”부터 “3)항”까지의 내용과 같이 청구인은 이 사건 부동산을 취득하면서 이 사건 건물을 증축하기 위한 절차를 밟아 이 사건 부동산 취득일로부터 약 7개월 만에 증축을 완료하여 자동차부품 제조업을 영위하고 있고, 이 사건 건물 대비 증축한 면적이 1.6배로 증축 부분이 차지하는 비중이 상당하며, 증축 부분이 이 사건 부동산 전체의 사용·수익에 기여하는 정도도 높은 것으로 보이는 등 청구인이 이 사건 부동산을 취득하고 이 사건 건물을 증축하여 사업을 영위하고 있는 제반 사실관계를 종합해 보면 청구인이 산업용 건축물 등을 건축하려고 이 사건 부동산을 취득하였다고 보는 데 부족함이 없다.

⑥ 구 ｢지방세특례제한법｣ 제78조 제5항에 따르면 지방세 감면을 받은 자가 정당한 사유 없이 그 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 그 부동산을 해당 용도로 사용하지 않거나, 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 해당 취득세를 추징할 수 있으므로, 승계취득의 경우에도 지방세 감면 혜택을 받은 것이 부당하다고 할 것은 아니다.

5. 결론
그렇다면 이 사건 심사청구 중 2017년부터 2020년까지의 재산세에 관한 청구 부분은 청구요건을 갖추지 못하였고, 취득세에 관한 청구 부분은 이유 있다고 인정되므로 ｢감사원법｣ 제46조 제1항 및 제2항에 따라 주문과 같이 결정한다.