조심2021지1971(20220503) 취득세 취소

[결정요지] 쟁점공동주택의 취득세는 쟁점부칙규정의 일반적 경과조치 규정에 따라 종전감면규정을 적용하여 면제대상으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분에는 잘못이 있다고 판단됨.

[참조조문] 지방세특례제한법 제24조 제2항

[주문] OOO시장이 2020.12.15. 청구법인에게 한 취득세 등 합계 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이유] 1. 처분개요
가. 청구법인은 「공무원연금법」제1조 및 제4조에 따라 1982.2.1. 설립된 법인으로, 2013.5.20. OOO에 공동주택(분양아파트 1,005세대, 이하 “쟁점공동주택”이라 한다) 건설사업계획을 승인받고, 2014.9.30. 착공신고를 한 후 2017.6.30. 쟁점공동주택에 대한 사용승인을 받았으며, 2017.7.17. 쟁점공동주택의 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 OOO원을 처분청에 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2020.10.20. 쟁점공동주택의 취득에 대하여 2014.12.31. 개정된「지방세특례제한법」부칙 제14조(이하 “쟁점부칙규정”라 한다)가 적용되므로 2014.12.31. 개정되기 전의 같은 법 제24조 제2항(이하 “종전감면규정”이라 한다)에 따라 취득세가 면제되어야 한다고 주장하면서 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2020.12.15. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.3.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
쟁점공동주택은 청구법인이 무주택 공무원의 복리향상 및 주거안정을 위해 직접 건설·분양·임대주택 운영을 목적으로 건설한 것으로 이는 청구법인의 고유 업무에 해당하고 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 재산의 경우 1982.1.1.부터 구「지방세법」에서 과세면제를 받은 이후, 지방세특례제한법상 일몰 기한인 2014.12.31까지 약 33년간 취득세 등을 면제받았다.

「공무원연금법」제16조 제5호 규정이 2005.5.31.자로 신설된 것은 청구법인이 주택건설사업을 수행하는 경우 국가나 지자체로 의제함으로서 택지취득 등을 원활히 하기 위한 행정적·정책적 배려에 따른 것이고, 구「지방세법」에서 동 제5호 규정을 2005.12.31.부터 명시한 것은 관계법령의 개정에 따라 시행시기인 2006.1.1.부터 해당 주택건설사업에 사용하기 위하여 취득한 부동산에 대한 취득세 감면을 적용하기 위한 것은 아니다.

청구법인은 쟁점공동주택을 건설하기 위해 공사에 착공할 당시에, 청구법인에게 적용되어 오던 고유목적사업의 하나인 주택건설사업에 사용하기 위하여 취득한 부동산에 대하여 구「지방세법」 및「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 이전의 것) 제24조에 따라 30년이상 쟁점공동주택의 취득세가 면제될 것이라는 신뢰를 가지고 있었던 바, 2014.12.31. 법률 제12955호 개정된「지방세특례제한법」부칙 제14조에 따라 종전의 규정으로 세액감면을 받을 수 있었던 청구법인의 기득권 및 신뢰는 보호되어야 한다.

나. 처분청 의견
시행기간이 정해져 있는 감면규정을 감면기한이 종료된 후에 계속하여 감면을 받을 수 있다고 신뢰한 것은 일반적 경과조치에 따른 기득권을 가지고 있다고 볼 수 없다. 부칙규정에 따라 개정 전 규정을 적용 받기 위하여는 단순한 기대로는 부족하고 ① 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에는 특별히 비과세 내지 감면한다는 등의 내용을 명시적으로 규정하고, ② 납세자가 이를 신뢰하여, ③ 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위에 나아간 경우에만, 부칙규정이 납세의무자의 신뢰보호를 위한 규정으로 가능하게 되는 것(대법원 2015.9.24. 선고 2015두42152 판결 참조)이다.

취득세의 감면에 대한 기대와 신뢰는 본래부터 영구적인 것이 아니라 법령의 개정에 따라 신축적·잠정적·일시적인 것(대법원 2008두9324, 2009.9.10. 판결 참조)이고, 청구법인은 원인행위를 할 당시에 이미 감면이 일몰기한(2014.12.31.) 후에 종료될 것이라는 사실을 인지할 수 있으므로, 청구법인의 신뢰는 보호대상이 아니다.

2014.12.31. 개정 후의 규정과 그 개정 전의 규정의 내용이 동일하고, 일몰기한을 2014.12.31.로 규정한 종전규정에 따르더라도 2014.12.31.까지 취득한 것만 감면의 적용대상이므로 2017.6.30. 사용승인된 쟁점공동주택은 감면의 적용대상이 아니다.

3. 심리 및 판단
가. 쟁점
쟁점공동주택의 취득에 대하여 2014.12.31. 일몰종료되기 전의「지방세특례제한법」제24조를 적용하여 취득세를 면제하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령
(1) 지방세법(1981.12.31. 법률 제3488호로 개정된 것)
제110조의3(과세면제 등) ① 다음 각호의 법인이 그 고유의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 재산에 대하여는 취득세를 면제한다.

11. 공무원연금특별회계및기금의설치운영등에관한법률에 의하여 설립된 공무원연금관리공단
(2) 지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정된 것)
제290조(공공법인에 대한 과세면제) ② 다음 각 호의 법인이 그 고유사무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다.

14. 공무원연금법에 의하여 설립된 공무원연금관리공단
(3) 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정된 것)

제273조(연금 및 건강보험 등 지원을 위한 감면) ② 공무원연금법에 의한 공무원연금관리공단이 동법 제16조의 규정에 의한 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 다음 각호에서 정하는 바에 의하여 지방세를 감면한다.

1. 공무원연금법 제16조 제4호의 규정에 의한 후생복지사업용 부동산에 대하여는 취득세ㆍ등록세ㆍ재산세 및 종합토지세를 면제한다.

2. 공무원연금법 제16조 제3호ㆍ제5호의 규정에 의한 사업용 부동산에 대하여는 취득세ㆍ등록세ㆍ재산세 및 종합토지세의 100분의 50을 경감한다.

(4) 지방세법(2005.12.31. 법률 제7843호 일부개정된 것)

제273조(연금 및 건강보험 등 지원을 위한 감면) ②「공무원연금법」에 의한 공무원연금관리공단이 동법 제16조의 규정에 의한 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산과「사립학교교직원 연금법」에 의한 사립학교교직원연금관리공단이 동법 제4조의 규정에 의한 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 다음 각호에서 정하는 바에 의하여 지방세를 감면한다.(단서 생략)

1.「공무원연금법」제16조 제4호·제5호 및「사립학교교직원 연금법」제4조 제4호의 규정에 의한 사업용 부동산에 대하여는 취득세·등록세 및 재산세를 면제한다.

2.「공무원연금법」제16조 제3호·제6호 및「사립학교교직원 연금법」제4조 제3호·제5호의 규정에 의한 사업용 부동산에 대하여는 취득세·등록세 및 재산세의 100분의 50을 경감한다.

(5) 지방세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11618호로 개정된 것)

제24조(연금공단 등에 대한 감면) ②「공무원연금법」에 따른 공무원연금공단이 같은 법 제16조에 따른 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2014년 12월 31일까지 지방세를 감면한다.

1.「공무원연금법」제16조 제4호 및 제5호의 사업을 위한 부동산에 대하여는 취득세 및 재산세를 면제한다.

2.「공무원연금법」제16조 제3호 및 제6호의 사업을 위한 부동산에 대하여는 취득세 및 재산세의 100분의 50을 경감한다.

(6) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것)

제24조(연금공단 등에 대한 감면) ②「공무원연금법」에 따른 공무원연금공단이 같은 법 제16조에 따른 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2014년 12월 31일까지 지방세를 감면한다.

1.「공무원연금법」제16조 제4호 및 제5호의 사업을 위한 부동산에 대하여는 취득세 및 재산세를 면제한다.

2.「공무원연금법」제16조 제3호 및 제6호의 사업을 위한 부동산에 대하여는 취득세 및 재산세의 100분의 50을 경감한다.

부칙
제1조(시행일) 이 법은 2015년 1월 1일부터 시행한다.
제14조(일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

(7) 공무원연금법(2005.5.31. 법률 제7543호로 개정되기 전의 것)

제16조(공단의 사업) 공단은 다음의 사업을 한다.

1. 급여의 지급
2. 기여금·부담금 기타 비용의 징수
3. 공무원연금기금의 증식을 위한 사업
4. 공무원 후생복지사업
5. 기타 행정자치부장관이 위탁하는 사업

(8) 공무원연금법(2005.5.31. 법률 제7543호로 개정된 것)

제16조(공단의 사업) 공단은 다음의 사업을 한다.

1. 급여의 지급
2. 기여금·부담금 기타 비용의 징수
3. 공무원연금기금의 증식을 위한 사업
4. 공무원 후생복지사업
5. 주택의 건설·공급·임대 또는 택지의 취득
6. 기타 행정자치부장관이 위탁하는 사업

(9) 공무원연금법 시행령(2004.2.25. 대통령령 제18289호로 개정되기 전의 것)

제74조 (기금증식사업 및 공무원후생복지사업) ①법 제74조 제2항 제6호의 규정에 의한 기금증식사업과 공무원후생복지사업은 다음의 사업으로 한다.

1. 부동산을 취득 또는 매각하거나 보유부동산의 가치증식이나 이용도를 높이기 위한 사업
2. 증권거래법 제2조 제1항 각호의 규정에 의한 유가증권의 취득 및 대여사업과 동법 제2조의2의 규정에 의한 유가증권지수의 선물거래사업
2의2. 선물거래법 제3조 제1호 및 제2호의 규정에 의한 선물거래사업 및 해외선물거래사업
3. 후생복지사업에 따른 부동산의 장기저리 할부매매 및 임대사업
4. 공무원을 위한 주택의 건설ㆍ취득ㆍ분양 및 임대사업
5. 공무원의 후생복지를 위한 병원ㆍ휴양시설ㆍ요양시설ㆍ매점 기타 후생시설등을 운영하는 사업
6. 기타 전국은행이 적용하는 1년만기 정기예금금리를 평균한 금리 이상의 수익이 기대되는 사업

다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.
(가) 청구법인이 공무원의 주거안정을 위하여 주택건설사업을 통해 쟁점공동주택을 취득하게 되었고, 그 과정은 아래 <표>와 같으며, 청구법인은 쟁점공동주택 취득에 관한 원인행위를 한 날을 착공신고일(2014.9.30.)로 제시하고 있고, 이에 대하여 처분청과 다툼은 없다.

<표> 쟁점공동주택 취득 과정

(나) 청구법인에 대한 지방세 감면조항의 개정연혁은 아래 <표>와 같다.

<표> 청구법인에 대한 지방세 감면조항 개정연혁

(다) 법률의 개정연혁은 아래 <표>와 같고, 이 건의 감면대상인 「공무원연금법」제16조 제5호(주택의 건설·공급·임대 또는 택지의 취득)의 사업은 2005.5.31. 동 법률의 개정시에 청구법인의 사업으로 추가되었고, 위 사업은 2005.12.31. 개정된「지방세법」제273조 제2항 제1호에 취득세 면제대상으로 추가된 것으로 나타난다.

<표> 법률의 개정연혁

(라) 행정안전부에서「지방세특례제한법」일부개정법률(안)의 개정에 앞서 2014.9.15. 입법예고 내용 중 개정이유 부분은 아래와 같다.

(마) 2005년 이전에 시행중이던「공무원연금법 시행령」제74조 제1항 제4호에서 공무원후생복지사업에 공무원을 위한 주택의 건설ㆍ취득ㆍ분양 및 임대사업을 포함하고 있고, 구 행정자치부에서는 청구법인이 공무원아파트를 건립․분양하는 주택건설사업에 대하여 이를 복리후생사업으로 보아 취득세를 면제하여야 한다(세정13407-788호 2002.8.23., 세정-1309호 2005.6.23.)고 유권해석을 한 사실이 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점공동주택을 취득할 당시 종전감면규정이 일몰되었으므로 취득세 등을 면제할 수 없다는 의견이나,「공무원연금법」제16조에 제5호 규정이 2005.5.31.자로 신설되어 구「지방세법」에서 동 제5호 규정을 2005.12.31.부터 명시한 것은 시행시기인 2006.1.1.부터 해당 주택건설사업에 사용하기 위하여 취득한 부동산에 대한 취득세 감면을 적용하기 위한 것은 아니라, 공무원연금공단이 주택건설사업을 수행하는 경우 국가나 지자체로 의제함으로서 택지취득 등을 원활히 하기 위한 행정적·정책적 배려에 따른 것으로 보이고, 2005년 이전에 시행중이던「공무원연금법 시행령」제74조 제1항 제4호에서 공무원후생복지사업에 공무원을 위한 주택의 건설ㆍ취득ㆍ분양 및 임대사업을 포함하고 있을 뿐만 아니라, 구 행정자치부에서도 청구법인이 공무원아파트를 건립․분양하는 주택건설사업에 대하여 복리후생사업으로 보아 취득세를 면제하여야 한다고 유권해석을 한 것으로 보아 2006.1.1.자로「공무원연금법」제16조 제5호에 대한 취득세 면제규정이 새롭게 신설된 것이 아니라 동법 제16조 제4호에서 세분화된 것으로 보는 것이 타당한 점, 청구법인은 공무원의 복리향상 및 주거안정을 위해 직접 건설·분양·임대주택 운영을 목적으로 쟁점공동주택을 건설한 것으로 이는 청구법인의 고유 업무에 해당하고 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 재산의 경우 1982.1.1.부터 구「지방세법」에서 과세면제를 받은 이후,「지방세특례제한법」상 일몰 기한인 2014.12.31까지 약 33년간 취득세 등을 면제받아 왔고, 이에 따라 청구법인은 감면규정이 계속하여 연장될 것을 예상하고 쟁점공동주택의 건축사업을 하는 경우 취득세를 면제받을 것으로 신뢰하였을 것으로 보이며 청구법인이 이렇게 신뢰한 것이 잘못이라고 보이지 아니하는 점, 청구법인은 종전감면규정의 일몰이 종료되기 전인 2013.5.20. 쟁점공동주택을 건설하기 위하여 처분청으로부터 사업계획승인을 받아 2014.9.30. 쟁점공동주택의 건축공사를 착공함으로써 취득을 위한 원인행위를 한 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 쟁점공동주택의 취득세는 쟁점부칙규정의 일반적 경과조치 규정에 따라 종전감면규정을 적용하여 면제대상으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분에는 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제6항과「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.