간호전문대학 부속병원이 구 지방소득세 종업원분(현 주민세 종업원분) 면제대상인 의과대학 등 부속병원에 해당되는지 여부

대법원 2015두47928(2015.11.26)/ 지방세특례제한법 제41조 제3항

<판결요지>

간호전문대학 부속병원은 의과대학 등 부속병원에 해당되지 않음.

지방세특례제한법의 규정은 의과대학 외에도 해당 대학의 교육과정상 부속병원의 필요성과 병원의 운영상 그 대학 학생들의 교육과 실습이 차지하는 비중 등이 의과대학과 동등한 정도라고 인정되는 대학의 부속병원인 경우에만 면제대상에 포함하도록 한 것인데, 지특법 제38조 제2항과 제41조 제7항도 이와 동일한 취지에서 면제대상을 열거하고 있는 점, 만일 그 외의 대학의 부속병원도 이 사건 각 규정에서 정한 ‘의과대학 등 부속병원’에 포함된다고 보면 적용시한을 두고 있는 지특법 제38조 제2항과 제41조 제7항의 면제대상 부속병원보다 그 외의 대학의 부속병원의 경우에 오히려 면제범위가 더 넓어지는 부당한 결과가 되는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 각 규정에서 정한 ‘의과대학 등 부속병원’은 지특법 제38조 제2항 및 제41조 제7항과 마찬가지로 의과대학, 한의과대학, 치의과대학 및 수의과대학의 부속병원만을 의미한다고 보아야 한다.

이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 간호전문대학을 운영하는 원고가 설립한 이 사건 병원이 경영하는 의료업은 수익사업에 해당하는 반면, 이 사건 병원은 이 사건 각 규정에서 정한 ‘의과대학 등 부속병원’에 해당하지 아니하므로, 이 사건 지방소득세 종업원분은 지특법 제41조 제3항에서 정한 면제대상에 해당하지 아니한다고 볼 것이다.

<원심판결> 부산고등법원 2015. 7. 3. 선고 2015누20985 판결

<주 문>

원심판결을 파기하고, 사건을 부산고등법원에 환송한다.

<이 유>

상고이유를 판단한다.

1. 상고이유 제1점에 관하여

구 지방세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12175호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘지특법’이라고 한다) 제41조 제3항 본문은 “학교 등이 그 사업에 직접 사용하기 위한 면허에 대한 등록면허세와 학교 등에 대한 주민세 재산분 및 지방소득세 종업원분을 각각 면제한다.”라고 규정하고 있다.

이와 같은 지특법 제41조 제3항 본문의 문언 내용과 규정 형식, 입법 취지 및 관련 규정의 체계 등에 비추어 보면, 지특법 제41조 제3항에 따른 학교 등에 대한 지방소득세 종업원분의 면제에 관하여는 ‘그 사업에 직접 사용하기 위한’이라는 요건은 별도로 필요하지 아니하다고 봄이 타당하다.

같은 취지의 원심판단은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 지특법 제41조 제3항 본문의 해석에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.

2. 상고이유 제2점에 관하여

가. 지특법 제41조 제3항은 본문에서 학교 등에 대한 지방소득세 종업원분을 면제하도록 규정하면서도 그 단서에서 “다만, 수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 재산분 및 지방소득세 종업원분은 면제하지 아니한다.”라고 규정하고 있고, 제2조 제1항 제2호는 “‘수익사업’이란 법인세법 제3조 제3항에 따른 수익사업을 말한다. 다만, 고등교육법 제4조에 따라 설립된 의과대학 등의 부속병원이 경영하는 의료업과 사회복지사업법에 따라 설립된 사회복지법인이 경영하는 의료업은 수익사업으로 보지 아니한다.”라고 규정하고 있다(이하 통틀어 ‘이 사건 각 규정’이라고 한다).

한편 지특법 제38조 제2항에서는 “고등교육법 제4조에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치의과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원에 대하여는 주민세 재산분 및 지방소득세 종업원분을 2013년 12월 31일까지 면제한다.”라고 규정하고 있고, 제41조 제7항에서는 “제1항부터 제6항까지의 규정에도 불구하고 고등교육법 제4조에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치의과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원에 대한 제1항부터 제6항까지의 규정에 따른 면제는 2013년 12월 31일까지로 한정한다.”라고 규정하고 있다.

이 사건 각 규정은 의과대학 외에도 해당 대학의 교육과정상 부속병원의 필요성과 병원의 운영상 그 대학 학생들의 교육과 실습이 차지하는 비중 등이 의과대학과 동등한 정도라고 인정되는 대학의 부속병원인 경우에만 면제대상에 포함하도록 한 것인데, 지특법 제38조 제2항과 제41조 제7항도 이와 동일한 취지에서 면제대상을 열거하고 있는 점, 만일 그 외의 대학의 부속병원도 이 사건 각 규정에서 정한 ‘의과대학 등 부속병원’에 포함된다고 보면 적용시한을 두고 있는 지특법 제38조 제2항과 제41조 제7항의 면제대상 부속병원보다 그 외의 대학의 부속병원의 경우에 오히려 면제범위가 더 넓어지는 부당한 결과가 되는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 각 규정에서 정한 ‘의과대학 등 부속병원’은 지특법 제38조 제2항 및 제41조 제7항과 마찬가지로 의과대학, 한의과대학, 치의과대학 및 수의과대학의 부속병원만을 의미한다고 보아야 한다.

나. 원심이 인용한 제1심판결 이유와 기록에 의하면, ① 원고는 전문대학교육을 실시함을 목적으로 설립된 학교법인으로 1978년경 3년제 간호전문대학인 00간호전문대학(1998년경 00대학으로 교명이 변경되었다가 2011년경 다시 00대학교로 변경되었다. 이하 ‘이 사건 대학교’라고 한다)을 설립하여 운영해 온 사실, ② 한편 원고는 00 00구 00동에서 00외과병원을 운영하면서 위 병원을 이 사건 대학교 학생들의 실험실습장으로도 제공하다가, 1986년경 00 00구 00동 000-0에 병원건물을 신축하여 그곳에서 00병원(이하 ‘이 사건 병원’이라고 한다)을 개원한 이래 현재까지 운영하고 있는 사실, ③ 원고는 이 사건 병원의 사업주로서 2013. 10. 10.경부터 2013. 12. 10.경까지 사이에 2013년 9월분 내지 11월분 지방소득세 종업원분(이하 ‘이 사건 지방소득세 종업원분’이라고 한다)을 신고ㆍ납부하였다가, 2013. 12. 13.경 피고에게 그 환급을 구하는 경정청구를 하였으나 피고가 이를 거부한 사실(이하 ‘이 사건 거부처분’이라고 한다) 등을 알 수 있다.

이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 간호전문대학을 운영하는 원고가 설립한 이 사건 병원이 경영하는 의료업은 수익사업에 해당하는 반면, 이 사건 병원은 이 사건 각 규정에서 정한 ‘의과대학 등 부속병원’에 해당하지 아니하므로, 이 사건 지방소득세 종업원분은 지특법 제41조 제3항에서 정한 면제대상에 해당하지 아니한다고 볼 것이다.

그런데도 원심은, 그 판시와 같은 이유만으로 이 사건 병원이 이 사건 각 규정에서 정한 ‘의과대학 등 부속병원’에 해당하고 이 사건 지방소득세 종업원분은 지특법 제41조 제3항에서 정한 면제대상이라고 보아 이 사건 거부처분이 위법하다고 판단하였으니, 이러한 원심의 판단에는 이 사건 각 규정에서 정한 ‘의과대학 등 부속병원’의 해석에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.

3. 결론

그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리ㆍ판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.