지방세특례제도과-756(20220406) 취득세

[관계법령] 지방세특례제한법 제41조제7항

[답변요지] ○ 「지방세특례제한법」제41조제7항의 감면 대상으로 규정하는 의과대학의 부속병원이 의료업에 직접 사용하는 부동산의 범위는 의료법에 의한 의료인의 진료행위와 직·간접적으로 관련이 있는 용도로 사용되는 부동산에 적용되어야 할 것인바, 병원의 운영과 관련하여 ‘교수연구실, 전공의 숙소, 연구실험실, 의국 등’은 의사가 환자 치료와 진료를 위한 의료업과 관련된 부수시설로 보아야 할 것이므로 「지방세특례제한법」제41조 제1항 및 제2항에 따른 학교 등이 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 해당하지 않는다 판단됨

[본문] <질의요지>
○ 의과대학 부속병원 내 전공의 숙소, 연구실험실, 의국이 학교 등의 교육사업에 직접 사용하는 부동산에 해당하는지 여부
※ 학교 등이 해당 사업에 직접 사용하는 부동산 취득세, 재산세 면제(지특법 §41①,②)의과대학 부속병원이 의료업에 사용하는 부동산 취득세, 재산세 50% 경감(지특법 §41⑦)

<회신내용>
가. 舊「지방세특례제한법」(2018.12.24. 법률 제10641호로 개정된 것) 제41조제1항 및 제2항에서는 ‘「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교, 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법」 또는 「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하고, 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세 및 지역자원시설세를 면제한다’고,
– 같은 조 제7항에서는 ‘「고등교육법」 제4조에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 2020년 12월 31일까지 각각 100분의 50을 경감한다’고 규정하고 있습니다.

나. 분법 전 舊「지방세법」에서는 외형적으로는 의료기관에 해당되나 법적으로는 학교의 부속시설에 해당하는 의과대학 등의 부속병원이 경영하는 의료업에 대하여 “용도구분에 의한 비과세” 대상으로 규정하다 2010년 「지방세법」이 분법 되면서 「지방세특례제한법」으로 이관되었고, 국립대학의 부속병원 등의 감면은 별도의 공공의료기관의 감면 조문(지특법 제37조)에 포함하였으나, 당시 사립대학 의과대학 부속병원에 대한 감면은 학교 등과 감면 범위가 동일하므로 「지방세특례제한법」제41조 조문에서 통합하여 운영하게 되었습니다.
– 지방세 감면 대상인 의료기관에는 「의료법」에 의한 의료법인, 대학 부속병원, 사회복지법인 또는 종교단체가 운영하는 병원, 지방의료원 등 운영 주체 및 형태가 다양하고, 의료기관 간의 기능상 차이, 재정 여건 등을 고려하여 ’13년에 감면정비를 추진하면서, 「지방세특례제한법」제41조제7항을 신설하여 학교 등의 감면 대상에서 사립대학교 부속병원이 의료업에 직접 사용하는 부동산을 분리하여 감면 적용 조문을 구분하였습니다.

다. 「지방세특례제한법」제41조제1항 및 제2항에서의 “해당 사업”이란 학교로서의 사업으로 그 범위가 제한되며, “학교가 부동산을 해당 사업에 직접 사용”한다고 함은 현실적으로 부동산을 학교의 “교육사업” 자체에 사용하는 것을 뜻하는 것으로, 그 부동산이 「사립학교법」규정에 따라 관할 교육청에 교육용 기본재산으로 등재되어야 함은 물론, 학교법인이 설치 경영하는 사립학교의 교지·교사ㆍ체육장ㆍ실습 또는 연구시설, 그리고 기타 교육에 직접 사용되는 시설ㆍ설비 및 교재ㆍ교구 등과 같이 당해 부동산의 사용용도가 학교법인의 교육사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하는 것(조심 2016지609, 2016.9.9.)이고,
– 의과대학 부속병원이 ‘의료업에 직접 사용하는 부동산’이란 당해 부동산이 환자의 치료 등 「의료법」에 의한 의료인의 진료행위와 직·간접적으로 관련이 있는 용도로 사용되는 부동산을 말하는 것으로, 감사원도 의과대학 학생들의 연구 및 교육을 위한 실습장으로 사용되면서 시설운영과 이용실태가 일반적인 진료행위 뿐만 아니라 의과대학 학생들의 교육 실습장으로 사용되고 있는 병원은 의과대학 부속병원에 해당한다고 결정(감심 제58호, 2001.5.18.)하였습니다.

라. 살피건대, 학교법인 ???학원은 조직도에서 교육기관(5개 학교), 의료기관(8개 병원), 지원사업부(장례식장 등 8개 업체)로 구성되어 있고, 해당 부속병원은 의료기관으로 분류되고 있으며, ‘14년 의료시설을 주용도로 건축허가 되어 ’19년 완공된 이후 현재까지 종합병원으로서 사용되고 있는 현황에 비추어 볼 때, 종합병원의 일부 시설이 수익사업에 사용되지 않고 일시적이거나 부수적으로 연구 또는 수업장소로 사용되었다 하여 이를 학교 등의 감면 대상인 학교의 “교육사업” 자체에 직접사용한 것으로 보기는 어렵다 할 것이며,
– 「지방세특례제한법」제41조제7항의 감면 대상으로 규정하는 의과대학의 부속병원이 의료업에 직접 사용하는 부동산의 범위는 의료법에 의한 의료인의 진료행위와 직·간접적으로 관련이 있는 용도로 사용되는 부동산에 적용되어야 할 것인바, 병원의 운영과 관련하여 ‘교수연구실, 전공의 숙소, 연구실험실, 의국 등’은 의사가 환자 치료와 진료를 위한 의료업과 관련된 부수시설로 보아야 할 것이므로 「지방세특례제한법」제41조 제1항 및 제2항에 따른 학교 등이 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 해당하지 않는다 판단됩니다.

마. 다만, 이는 질의 당시 사실관계를 바탕으로 판단한 해석으로서 추가 사실확인 등 변동사항 여부를 확인하여 당해 과세권자가 면밀한 조사를 통해 결정할 사안입니다. 끝.