조심2021지2094(20211101) 지방소득세 기각
[결정요지] 일반적 경과조치는 지방세법령에 명시적으로 규정한 내용에 한하여 그 효력이 미친다 할 것인데, 조특법상 이월세액공제에 대한 규정은 지방세법령에 명시되어 있지 아니한 것이어서 일반적 경과조치의 적용대상에 해당하지 아니한다 할 것임관련법령 : 지방세법 제103조의22
[주문] 심판청구를 기각한다. [이유] 1. 처분개요가. 청구법인은 2020.7.31. 2013사업연도 이전에 발생하여 2014사업연도 법인세 계산시 적용된 「조세특례제한법」상 연구․인력개발비세액공제의 이월공제세액 및 본사의 지방이전 감면세액의 10%를 차감하여 아래 <표>와 같이 2014사업연도 법인지방소득세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 아래 <표>와 같이 경정청구를 거부하였다.
<표> 심판청구 현황
나. 청구법인은 이에 불복하여 2020.12.18. 및 2020.12.21. 이의신청을 거쳐 2021.4.23. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
일반적 경과조치는 납세의무자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위한 것이고, 그 내용 중 “종전의 규정”에는 「지방세법」뿐만이 아니라 「조세특례제한법」의 제반규정도 포함된다고 해석하는 것이 타당하므로, 「조세특례제한법」상 연구․인력개발비 세액공제의 이월세액공제 및 본사의 지방이전 세액감면을 적용하여 법인지방소득세를 산정하여야 한다.
청구법인은 개정 지방세법이 시행되기 전인 2013사업연도 이전에 연구개발비 등을 지출하거나 본사를 지방으로 이전할 때, 법인세액과 그에 부가되는 법인지방소득세도 향후 이월하여 공제받을 수 있다고 신뢰하였고, 이와 같은 조세감면에 대한 신뢰는 보호되어야 함이 마땅하므로, 경정청구를 거부한 이 건 처분은 부당하다.
나. 처분청 의견
개정 지방세법에는 법인지방소득세에 대한 세액공제 및 세액감면에 관한 규정이 없고, 일반적 경과조치에서 언급한 종전 규정은 개정 지방세법이 시행될 당시에 이미 부과되었거나 감면이 종료된 경우 또는 감면의 요건이 완성된 경우를 가리키는 것으로 해석하는 것이 타당하므로, 법인지방소득세를 산정할 때에는 「조세특례제한법」상의 이월세액공제를 적용할 수 없다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
2014.1.1. 개정된 「지방세법」의 일반적 경과조치에 따라 그 개정 이후 사업연도의 법인지방소득세 산정시 「조세특례제한법」상 이월세액공제 등을 적용할 수 있는지 여부
나. 관련 법령
(1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것)
제89조(세율) ① 소득분의 표준세율은 다음과 같다.
소득세분 : 소득세액의 100분의 10
법인세분 : 법인세액의 100분의 10
(2) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것)
제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」 제13조에 따라 계산한 금액(「조세특례제한법」 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다.
제103조의22(세액공제 및 세액감면) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 「지방세특례제한법」에서 정한다.(후문 생략)
부칙 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.
(3) 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 것)
제6조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.
(4) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것)
제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.(각 호 이하 생략)
제63조2(법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면) ① 다음 각 호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 “지방이전법인”이라 한다)은 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 법인세를 감면받을 수 있다.(단서 생략)
1. 수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 “본사”라 한다)를 둔 법인일 것
2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권 밖(괄호 생략)으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 2014년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나, 수도권 밖에 2017년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(괄호 생략)
② 지방이전법인은 제1호부터 제3호까지의 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 6년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 3년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
제144조(세액공제액의 이월공제) ① 제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조, 제11조, 제12조제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22, 제104조의25, 제126조의6, 제126조의7 제8항 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년(괄호 생략) 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세(괄호 생략) 또는 법인세에서 공제한다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 심리자료의 내용은 아래와 같다.
(가) 경정청구서 등에 따르면, 청구법인은 「조세특례제한법」상 연구․인력개발비 세액공제의 이월공제세액 및 본사의 지방이전 세액감면의 10%를 법인지방소득세 산출세액에서 차감하여 2014사업연도 법인지방소득세의 경정청구를 하였고, OOO청장은 경정청구 처리결과를 통지하지 아니하였고, OOO시장은 처분청은 지방세관계법에서 법인지방소득세에 관한 세액공제를 규정하고 있지 않다는 등의 사유로 경정청구를 거부한 것으로 나타난다.
(나) 2014.1.1. 개정된 「지방세법」의 개정이유에는 “소득세 및 법인세의 부가세 형태로 부과ㆍ징수하고 있는 지방소득세를 독립세 방식으로 전환함으로써 지방자치단체의 자주재원을 확충하고 지역경제의 발전을 지방세수의 신장과 연계”하기 위한 것으로 기재되어 있다.
(다) 개정 지방세법에 대한 국회 행정안전위원회 전문위원의 검토보고서에는 “구 지방세법 하에서 법인세 세액공제 및 감면에 연동하여 부가적으로 법인지방소득세도 세액공제․감면을 받았으나, 「지방세법」의 개정으로 더 이상 이와 같은 혜택이 유지되지 않는다. 법률 개정안이 지방소득세를 부가세에서 독립세 방식으로 전환하였으므로, 지방소득세에 대한 특례조항을 별도로 규정할 필요가 있어 개정안은 개인지방소득세에 관한 세액공제 등에 대하여는 새로이 「지방세특례제한법」 등에 옮겨 규정하였던 반면, 법인지방소득세에 관한 특례조항은 배제함으로써 법인에 대한 지방소득세의 과세를 강화하였다.”는 내용이 기재하고 있다.
(라) 2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 「지방세특례제한법」에서는 개인지방소득세에 대한 감면 규정은 두고 있으나, 법인지방소득세에 대하여는 세액감면․세액공제 규정을 두고 있지 아니한 것으로 나타난다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.
아래의 내용을 감안하면, 2014사업연도의 법인지방소득세는 종전의 규정이 아닌 납세의무 성립당시의 규정에 따라 산정함이 타당하다 할 것이고, 그러한 경우 법인지방소득세액 산정에 「조세특례제한법」상 이월세액공제 등은 적용되지 아니한다 할 것이므로, 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
(가) 2014.1.1. 「지방세법」이 개정되기 전에는 법인지방소득세가 법인세의 부가세목으로서 법인세액에 10%를 곱하여 산정됨에 따라 법인세 감면이 법인지방소득세액의 감소로 이어지는 구조였다가, 2014.1.1. 개정으로 법인지방소득세가 별도의 독립세로 전환되면서 법인세의 세액공제․감면이 더 이상 법인지방소득세에 영향을 미치지 못하게 되었는데, 과거에 청구법인이 법인세 세액공제․감면을 통해 누렸던 법인지방소득세의 감세효과는 결과적․반사적 이익에 불과하였다.
(나) 2014.1.1. 이후에 법인세 세액감면 및 이월세액공제의 효과가 법인지방소득세 산정에 영향을 미치지 않게 된 것은 감면규정 그 자체와는 무관하게 법인지방소득세를 독립세로 전환한 데 따른 것인데, 법인지방소득세를 법인세의 부가세목으로 운영할 것인지 아니면 독립세로 전환할 것인지는 입법자의 선택에 따라 언제든지 바뀔 수 있는 입법정책의 문제일 뿐이므로, 법인지방소득세가 법인세의 부가세목으로 장래에 지속될 것이라는 청구법인의 믿음은 일반적 경과조치로 보호하여야 할 정도의 신뢰에 이르지 못한 단순한 기대에 불과해 보인다.
(다) 「지방세법」제103조의22에서 법인지방소득세의 세액공제 및 감면에 관한 사항은「지방세특례제한법」에서 정하도록 하였으나, 「지방세특례제한법」에서는 개인지방소득세의 경우와 달리 법인지방소득세에 대한 세액공제 및 감면에 대한 규정을 별도로 두고 있지 아니하다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제6항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.