분할 전 법인이 2015.12.31. 이전에 산업단지 사업시행자와 분양계약을 체결하는 방법으로 토지를 취득하였으므로, 분할 전 법인을 포괄승계한 분할신설법인인 청구법인이 그 지상에 증축한 쟁점건축물은 취득세 면제 대상이라는 청구주장의 당부

조심2019지3590(20210615) 취득세 취소

[결정요지]

청구법인은 쟁점건축물을 증축한 이후, 그 곳에 기존 의약품 생산설비를 증설하고 무균제 생산설비를 신규로 도입하는 등 쟁점건축물을 분할 전 법인이 영위하던 의약품제조업 등을 영위하기 위한 공장으로 사용하는 사실이 확인되는바, 청구법인은 당초 산업단지 시행자와 분양계약을 체결한 의약품제조업을 영위하던 분할 전 법인의 포괄승계인의 지위에서 쟁점건축물을 신축하였다고 보는 것이 합리적임

 

관련법령:「지방세특례제한법」제78조 제4항 및 같은 법 부칙 제25조

참조결정: 조심2019지2056

 

[주문]

OOO이 2019.7.2. 청구법인에게 한 취득세 OOO부과처분은 이를 취소한다.

 

[이유]
  1. 처분개요

가. 청구법인은 2012.10.1. 화장품 및 의약품 제조·판매/부동산 임대 및 투자사업을 영위하던 OOO주식회사(이하 “분할 전 법인”이라 한다)으로부터 인적분할되어 화장품 및 의약품 제조·판매업을 영위하는 법인으로, 2017.1.19. OOO(OOO내의 토지로 이하 “이 건 토지”라 한다) 소재 건축물 5,773.63㎡(이하 “쟁점건축물”이라 한다)를 증축한 후, 「지방세특례제한법」(2017.7.26. 법률 제14839호로 개정되기 전의 것) 제78조 제4항 및 같은 법 부칙(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것, 이하 “「지방세특례제한법」부칙“이라 한다) 제25조에 따라 산업단지에서 산업용 건축물 등을 건축하고자 하는 자가 취득한 부동산에 해당한다며 취득세 감면신청을 하여 면제받았다.

 

나. 처분청은 청구법인이 산업단지 시행자로부터 이 건 토지를 분양을 원인으로 하여 취득한 것이 아닌 법인분할에 따라 취득한 것이어서 「지방세특례제한법」부칙 제25조의 면제 적용대상이 아니라 경감(100분의 75)대상에 해당한다고 보아, 2019.7.2. 청구법인에게 취득세 OOO부과·고지하였다(이하 “이 건 처분”이라 한다).

 

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.9.23. 심판청구를 제기하였다.

 

  1. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 분할 전 법인의 인적분할로 설립된 청구법인은 2001.12.27. 사업시행자와 이 건 토지에 관하여 분양계약을 체결한 명의자 즉 최초 입주기업의 지위에 있으므로 「지방세특례제한법」부칙 제25조의 적용대상에 해당한다.

(가)「지방세특례제한법」부칙 제25조는 사업시행자와 2015.12.31.까지 분양계약을 체결하고, 산업단지에서 산업용 건축물 등을 건축(「건축법」제2조 제1항 제8호에 따라 증축을 포함)하려는 자가 부동산을 취득하는 경우에 한하여 종전의 법률을 적용하도록 규정하고 있다.

이 때 사업시행자와 분양계약을 체결하는 자란 해당 분양계약의 명의자인 입주기업 또는 이와 동일시할 수 있는 경우로서 합병·분할의 사유로 입주기업의 지위를 승계한 자가 포함된다고 할 것인바(행정안전부 지방세운영과-2759, 2011.6.13. 참고), 합병·분할로 인하여 소유권이 이전되었다는 사유로 당초 피합병법인인 분할 전 법인에게 적용할 수 있는 취득세 등 면제 효력이 소멸하거나 새로이 적용되는 것은 아니다.

(나) 청구법인은 인적분할을 통하여 분할 전 법인으로부터, 분할 전 법인이 2001.12.27. 사업시행자와 체결한 분양계약을 포함한 화장품·의약품 사업 일체의 권리·의무를 포괄적으로 이전받았으므로, 분할 전 법인이 체결한 분양계약에 있어서 청구법인은 분할 전 법인과 동일시되는 자에 해당하는바, 청구법인은「지방세특례제한법」부칙 제25조의 법제78조 제1항에 따른 사업시행자와 2015.12.31.까지 분양계약을 체결한 자에 해당한다.

 

(2) 따라서 「지방세특례제한법」부칙 제25조에 따라 사업시행자와 2015.12.31. 이전에 분양계약을 체결한 자가 취득한 쟁점건축물은 취득세 면제대상이라 할 것인바, 청구법인과 분할 전 법인을 별개로 보아 「지방세특례제한법」부칙 제25조의 적용을 부인한 이 건 처분은 부당하다.

 

나. 처분청 의견

(1) 조세법규의 엄격해석 원칙 등에 비추어 「지방세특례제한법」부칙 제25조는 사업시행자와 분양계약을 체결한 경우에만 적용이 가능한바, 별개의 법인격을 갖는 분할 전 법인과 청구법인을 동일시 할 수 없다.

(가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 특히 감면 요건 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다(대법원 2014.1.16. 선고 2014두18384 판결 등 참조).

 

(나)「지방세특례제한법」부칙 제25조는 산업단지 시행자와 2015.12.31.까지 분양계약을 체결한 자가 산업단지에서 산업용 건축물을 건축하여 부동산을 취득하는 경우에 한하여 종전 규정에 따라 취득세를 면제한다고 규정하고 있는바, 조세법규의 엄격해석 원칙 및 입법취지 등에 비추어 보면 사업시행자와 분양계약을 체결한 경우에만 「지방세특례제한법」부칙 제25조가 적용되어야 한다.

 

(다) 분할신설법인인 청구법인이 분할 전 법인의 권리와 의무를 포괄하여 승계하였다고 하나, 법인은 독립된 법인격을 가지고 권리의무가 주체가 되므로 분할신설법인인 청구법인과 분할 전 법인을 동일시 할 수 없는바, 청구법인은 「지방세특례제한법」부칙 제25조의 법 제78조 제1항에 따른 사업시행자와 2015.12.31.까지 분양계약을 체결한 자에 해당하지 아니한다.

 

(2) 따라서 청구법인과 분할 전 법인을 별개로 보아 「지방세특례제한법」부칙 제25조의 적용을 부인한 이 건 처분은 정당하다.

  1. 심리 및 판단

가. 쟁점

분할 전 법인이 2015.12.31. 이전에 산업단지 사업시행자와 분양계약을 체결하는 방법으로 토지를 취득하였으므로, 분할 전 법인을 포괄승계한 분할신설법인인 청구법인이 그 지상에 증축한 쟁점건축물은 취득세 면제 대상이라는 청구주장의 당부

 

나. 관련 법령:별지기재

 

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

(가) OOO입주분양계약서(2001.12.27.)에 의하면, 분할 전 법인은 2001.12.27. OOO사업시행자인 OOO과 이 건 토지에 관한 분양계약을 체결한 사실이 확인된다.

(나) 분할 전 법인의 투자설명서(2012.8.14.)를 보면, 분할 전 법인은 2012.10.1. 인적분할을 실시하여, 분할 전 법인이 영위하던 부동산 임대 및 투자사업 부문은 OOO주식회사로, 화장품 및 의약품 제조·판매사업 부문은 청구법인으로 분리되었고, 청구법인은 분할계획에 따라 이 건 토지 및 제약공장, 분양계약상 입주기업의 지위를 비롯하여 화장품·제약 사업 부문에 속하는 일체의 권리·의무와 재산적 가치가 있는 사실관계(인허가, 근로관계, 계약관계, 소송 등 모두 포함)를 이전받은 것으로 나타난다.

(다) 청구법인의 내부기안문(2015.9.8.)에 의하면, 쟁점건축물의 투자 목적은 아래와 같다.

<기안문 주요 내용>

(라) 사용승인서(2017.1.19.) 및 일반건축물 대장에 의하면, 청구법인은 이 건 토지 위의 제약공장을 증축(12,088.61㎡, 쟁점건축물)한 사실이 나타난다.

 

(마) 청구법인의 사업보고서(2017년)를 보면, 아래와 같이 쟁점건축물 취득일이 포함된 2017년 청구법인의 사업보고서상 공장 증설을 통한 생산대응능력 향상과 무균제의 생산능력이 추가된 사실이 확인된다. <사업보고서 중 “II. 사업의 내용” 관련 부분 >

 

(바) 청구법인은 쟁점건축물이 기존 공장과 구별되는 점이 무균제 생산설비를 신규로 도입하였다는 것이고, 이는 쟁점건축물 취득 후 무균제의 생산이 지속적으로 이루어져 청구법인의 사업에 사용되고 있다고 주장하면서 사업보고서(2019년)을 제출하였는바, 주요 내용은 아래와 같다.

 

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다.

(가)「지방세특례제한법」제78조 제4항 및 제8항, 「세종특별자치시 시세 감면 조례」제8조의3은 산업단지에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대하여 2019.12.31.까지 취득세의 100분의 75를 경감한다고 규정하고 있고, 「지방세특례제한법」부칙 제25조는 산업단지의 사업시행자와 2015.12.31.까지 분양계약을 체결하고 산업단지에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 관하여 같은 법 제78조 제4항의 규정에도 불구하고 2017.12.31.까지 종전의 법률에 따라 취득세를 면제한다고 규정하고 있다.

(나) 살피건대, 처분청은 분할신설법인인 청구법인과 분할 전 법인을 동일한 법인이 아니라는 이유로 청구법인이 「지방세특례제한법」부칙 제25조의 법 제78조 제1항에 따른 사업시행자와 2015.12.31.까지 분양계약을 체결한 자에 해당하지 않는다고 보아 이 건 처분이 정당하다는 의견이나, 아래와 같은 사정들에 비추어 청구법인과 분할 전 법인을 별개로 보아 「지방세특례제한법」부칙 제25조의 적용을 부인한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

1) 회사 분할의 경우 분할계획서에 정한 바에 따라 피분할회사의 권리의무는 사법상 관계나 공법상 관계를 불문하고 성질상 이전을 허용하지 않는 것을 제외하고는 분할로 인하여 신설되거나 존속되는 회사에 포괄승계된다고 보는 것이 타당하다 하겠다(조심 2019지2056, 2019.10.7., 대법원 2013.6.27. 선고 2012두11782 판결 등 다수 같은 뜻임).

2) 청구법인은 「상법」에 규정된 분할절차에 따라 분할 전 법인으로부터 산업단지 시행자와 분양계약을 체결한 계약상의 당사자 지위뿐만 아니라 OOO내의 토지 분양계약에 관한 권리·의무를 일괄하여 포괄승계한 것으로 볼 수 있고, 그에 관한 계약상의 지위 및 권리·의무가 성질상 이전이 제한되는 것이라고 보기도 어렵다 하겠다.

3) 청구법인은 쟁점건축물을 증축한 이후, 그 곳에 기존 의약품 생산설비를 증설하고 무균제 생산설비를 신규로 도입하는 등 쟁점건축물을 분할 전 법인이 영위하던 의약품제조업 등을 영위하기 위한 공장으로 사용하는 사실이 확인되는바, 청구법인은 당초 산업단지 시행자와 분양계약을 체결한 의약품제조업을 영위하던 분할 전 법인의 포괄승계인의 지위에서 쟁점건축물을 신축하였다고 보는 것이 합리적이라 하겠다.

 

  1. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제6항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

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