조심2019지2326(20200619) 취득세 기각

[결정요지] ①이 건 세무조사는 처분청이 청구법인에게 통지한 ‘세무조사 사전통지’의 일환으로 3차례에 걸쳐 관련자료를 제출받은 1건의 정기세무조사로 보이므로 「지방세기본법」제80조 제2항의 중복세무조사 금지의 원칙 등을 위배한 것으로 보기는 어렵다고 판단됨
②쟁점비용은 청구법인이 매도자와의 사전 약정에 따라 매도자의 양도소득세 등을 대납하는 성격으로 지급한 비용으로서 “취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액”으로 보는 것이 타당하다 하겠으므로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨
[관련법령] 지방세기본법 제80조 제2항 및 지방세법 시행령 제18조
[참조결정]국심2007서0973 / 조심2010지0076

[주문] 심판청구를 기각한다.

[이유] 1. 처분개요
가. 청구법인은 2016.4.28.OOO 외 12필지 부동산(토지 4,294㎡ 및 건축물 809.69㎡, 이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 취득(매매)하고, 같은 날 그 신고가액(19,204,421,645원)을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 합계OOO원을 신고․납부하였다.

나. 처분청은 2017.8.10. 청구법인에 대한 세무조사(이하 “이 건 세무조사”라 한다)결과, 청구법인이 이 건 부동산을 취득하면서 잔금지연에 따라 매도인에게 추가로 지급한 매도인의 양도소득세와 기타소득 관련세금 및 기타비용 합계 OOO(이하 “누락비용”이라 한다)이 신고가액에서 누락된 것을 확인하고, 2018.12.7. 청구법인에게 누락비용을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO(가산세 포함, 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.2.14. 이의신청을 거쳐 2019.7.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 처분청은 2017.8.10. 이 건 부동산 관련 세무조사를 위해 청구법인에게 세무조사 사전통지서를 교부한 후 청구법인의 세무대리인(이하 “세무대리인”이라 한다)과 서류제출방법 및 현지 확인 방문일 등을 협의하였으며, 청구법인의 장소 협소 등을 이유로 서면조사를 진행하기로 결정하였다. 이후, 청구법인은 2017.8.31. 세무조사에 필요한 서류 등을 담당자의 이메일로 제출(이하 “1차 자료제출”이라 한다)하였고, 처분청의 별도 연락이 없어 세무조사가 종결된 것으로 알고 있었으나, 처분청은 세무조사기간인 20일을 초과한 2개월 후인 2017.11.6.∼2017.11.7. 사이에 조사기간 연장 신청도 하지 않은 채 같은 세목 및 같은 과세기간에 대해 추가 서류 제출을 요구하였고, 이에 청구법인 직원과 세무대리인은 2017.11.16. 처분청 담당자를 방문하여 약 40∼50분간 이 건 부동산 관련 자료를 제출․의견진달(이하 “2차 자료제출”이라 한다)을 하는 등 재조사를 받았다.
이에 더하여, 처분청은 세무조사 결과 통지를 위해 2018.8.10.∼2018.8.23. 추가로 서류 등을 요청(이하 “3차 자료제출”이라 한다)하며 재조사하는 등 조사권을 남용하였는바 이는「지방세기본법」제80조​제2항의 “조사권의 남용 금지” 및 같은 법 제81조제2항의 “재조사 금지규정” 위반이며, 과세전적부심사결정통지서를 살펴보면, 처분청은 1차 자료제출은 세무조사라고 인정하고 2차 및 3차 자료제출은 단순한 사실관계 및 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 행위라고 했으나, 2차 자료제출은 처분청이 현지 확인을 나갈 것이라 명확히 고지한 후 이에 따른 필요서류의 제출을 요구했으며, 청구법인의 사무실로 현지 확인을 나갈 것인지 처분청 세정과 사무실에서 조사를 받을 것인지 선택해야 할 상황에서 처분청을 방문하여 질문ㆍ검사를 받은 사실이 있고, 1차ㆍ2차ㆍ3차 자료제출은 처분청이 직접 청구법인에 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 장부ㆍ서류ㆍ물건 등의 제출을 요구 및 검사ㆍ조사하였는바, 단순히 사업장의 현황 확인, 기장 여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 행위는 없었음이 제출서류 등에 구체적으로 명확히 나와 있으므로 처분청의 이 건 세무조사 행위는 중복세무조사(대법원 2017.3.16. 선고 2014두8360 판결, 같은 뜻임)이며 그 세무조사 결과에 근거한 처분 역시 위법하므로 이 건 부과처분은 취소되어야 한다.

(2) 청구법인이 이 건 부동산의 잔금지급(2015.9.30.)이 지연되었다가 2016.4.29. OOO 대출이 되자 같은 날 이 건 부동산의 잔금 등을 지불하고 잔금과는 별개로 OOO 외 6인(이하 “매도인”이라 한다)에게 「소득세법」개정에 따른 양도소득세 추가 부담분에 대한 손해배상금 조로 위약금 OOO을 지급하였고, 위 손해배상금은 「소득세법」 제21조​에 따라 기타소득으로 원천징수한 후 신고하였는바, 이 건 부동산의 취득일은 2016.4.29.이고, 손해배상금의 발생ㆍ확정일은 양도소득세 납세의무확정일과 같은 매도인이 양도소득세를 신고한 2016.6.22.이므로 손해배상금을 선지급했다는 이유만으로 이 건 부동산의 과세표준에 포함한 것은 법리에 배치되며, 장부가액이 조작되었거나 사실이 아니라는 증거가 없는 한 청구법인의 장부에 기장되어 있는 취득가액을 인정하여야 하고, 처분청도 2018.8.21. 취득물건 조서에는 손해배상금을 제외한바, 토지의 취득자체의 가격이 아닌 양도소득세 개정에 따른 특수상황에 의해 발생한 별개의 권리이며 법인장부에도 지급수수료로 작성된 위 손해배상금은 그 취득가액에서 제외되어야 한다.
아울러, 청구법인이 매도인에게 손해배상금을 지급할 때 추가로 손해배상금의 기타소득납부세액(증여금액 OOO)도 청구법인에게 대신 납부해줄 것을 요구해 이를 수용한 후 의무 없는 비용인 증여금액으로 보아 「법인세법」에 따라 손금불산입하여 2016년 귀속분 법인세 신고를 하였고, 매도인은 증여세를 신고납부하였는바, 이 건 부동산의 매도인에게 잔금과 별개로 지급한 금액(손해배상금 성격의 양도소득세 및 소득세)의 합계인OOO원(이하 “쟁점비용”이라 한다)은 「지방세법」 제10조​ 제5항 제3호 및 같은 법 시행령 제18조 제2항 제3호의 이주비, 지장물 보상금 등 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급하는 비용으로 보아 취득세 과세표준에서 제외하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견
(1) 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황확인, 기장여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보기 어렵지만 그 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무〮실·사업장·공장 또는 주소지등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부·서류·물건 등을 검사·조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보아야 할 것(대법원 2017.3.16.선고 2014두8360 판결, 같은 뜻임)이며, 조세법은 강행규정이므로 세법이 정한 과세요건을 충족하면 과세관청은 세법이 정하는 바에 의하여 징수하여야 하고, 조세의 탈루사실이 확인되는데도 이를 과세하지 않는다면 세법에 규정된 과세소득에 대하여 임의로 과세하지 아니하는 결과가 초래되어 이는 합법성의 원칙을 저해하고 공평과세의 원칙을 위반하는 결과가 되는 것이므로, 세무조사 사전통지의 절차 위반 등을 이유로 그에 기초한 처분이 무효라 하거나 당해 처분을 취소하기는 어려운 것으로 판단(국심 2007서973, 2007.8.24., 같은 뜻임)되고, 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위한 과세관청의 모든 조사행위가 재조사 금지되는 세무조사에 해당한다고 볼 경우에는 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로 충분한 사안에서 언제나 정식의 세무조사에 착수할 수밖에 없고 납세자 등으로서도 불필요하게 정식의 세무조사에 응하여야 하므로, 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 볼 것은 아니라고 판시(인천지방법원 2017.9.28. 선고, 2015구합53798 판결 참조)한바, 청구법인의 1차 자료제출은 세무조사를 위한 법인장부 등을 제출한 것에 불과하고, 2차와 3차 자료제출은 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되고, 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우로서 원칙적으로 재조사가 금지되는 세무조사로 보기 어려운 점, 처분청이 청구법인을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부․서류․물건 등을 검사․조사한 것으로 보기 어려운 점, 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위한 처분청의 모든 조사행위가 재조사 금지되는 세무조사에 해당하지 않는 점, 이미 세무조사 결과 통지서를 보낸 이후 동일한 과세기간을 다시 재조사 한 것이 아닌 점에 비추어 볼 때, 3차에 걸친 자료제출이 재조사 금지 규정에 위배된다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.

(2) 청구법인은 쟁점비용이 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급되는 비용이므로 이 건 부동산 취득세 과세표준에서 제외되는 것이 타당하다고 주장하고 있으나, 「지방세법」상의 “취득가격”에는 과세대상물건의 취득시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격(직접비용)은 물론 그 이외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나 그에 준하는 취득절차비용도 간접비용으로서 이에 포함된다 할 것(대법원 1993.4.27. 선고, 92누15895 판결 참조)이고, 잔금을 지급하지 못해 발생한 위약금 및 지연이자는 해당 토지의 취득을 위해 소요된 간접비용에 해당하기에, 잔금 지급 이전에 소유권이전등기를 마쳤더라도 취득세 과세표준에 포함하는 것이 타당(조심2010지76, 2010.9.9. 참조)한바, 청구법인의 경우, 이 건 부동산의 취득 전인 2016.4.25. 매도인과 토지 및 주택매매잔금 지급 최종 합의서를 작성하였고, 청구법인의 법인장부로 쟁점비용이 지급되었음을 확인할 수 있으며, 이는 취득시기 이전에 이 건 부동산을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서, 처분청이 이를 취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액으로 보아 취득세 과세표준에 포함한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
① 이 건 세무조사가 재조사 금지 규정에 위배된다는 청구주장의 당부
② 이 건 부동산의 잔금지급 시 매도인에게 지급한 양도소득세 대납금 등의 쟁점비용이 취득세 과세표준에 포함되는지 여부
나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에서 다음과 같은 사실을 알 수 있다.
(가) 청구법인은 2016.4.25. 이 건 부동산의 매도인과 “토지 및 주택매매잔금 지급 최종 합의서”를 작성하였는바, 그 합의서의 일부 내용은 아래와 같다.

(나) 청구법인은 2016.4.29. 이 건 부동산을 취득하고, 같은 날 취득세 등 합계 OOO을 신고․납부하였다.

(다) 이 건 세무조사와 관련하여 처분청과 청구법인 간에 이루어진 협의 등의 내역은 다음과 같다.
1) 처분청은 2017.7.28. 청구법인에게 “지방세 세무조사 사전통지”(세정과-14907, 2017.7.28.)를 다음과 같은 내용으로 통지하였다. “생략”

2) 세무대리인은 처분청과 협의하여 2017.8.31. 법인장부를 담당자 이메일로 제출(1차 자료 제출)하였다.

3) 처분청은 2017.11.7. 세무대리인에게 이 건 부동산 취득에 관련된 계약서 등 입증 자료를 이메일로 추가 요청하였고, 이에 2017.11.16. 세무대리인과 청구법인 직원이 처분청을 방문하여 40∼50분간 관련 자료 제출 및 의견진달(2차 자료 제출)을 하였다.

4) 처분청은 2018.8.10.∼8.21. 세무조사결과 통지를 위해 세무대리인과 이메일, 유선을 통해 그간 과세대상에 대한 소명자료를 재차 요청(3차 자료 제출)하였고, 세무대리인은 1차와 2차에 제출한 자료를 다시 제출하였다.

(라) 청구법인이 제출한 ‘계정별원장’ 중 쟁점비용에 대하여 보면, 2016.4.29. ‘지급수수료’ 계정에 양도소득세 차액대납분 OOO(매도인이 납부해야 할 소득세법 개정에 따른 양도소득세 추가 납부분을 청구법인이 대납), ‘위약금’ 계정에 OOO 외/증여세 OOO원이 매도인에게 기타소득으로 과세되므로 이를 청구법인이 대납)으로 기재되어 있다.

(마) 처분청은 청구법인이 이 건 부동산을 취득하면서 과소신고한 누락비용(OOO)을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 합계OOO(가산세 포함)을 2018.8.27. 과세예고하였다.

(바) 청구법인은 2018.9.27. 과세전적부심사를 청구하여 2018.11.14. 불채택 결정되었고, 처분청은 2018.12.4. 청구법인에게 이 건 취득세 등 합계OOO을 부과·고지하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다.
(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 「지방세기본법」 제80조​에서 중복세무조사를 금지하는 규정을 둔 입법취지는 무분별한 세무조사로 인하여 발생하는 세무조사권의 남용을 견제하고 세무조사 기법의 선진화를 유도하는 한편, 납세자의 정신적·경제적 위축을 방지하고 안정감을 확보하여 납세자의 권리를 실질적으로 보호하려는 데에 있고, 다만, 세무조사가 한 번 이루어지고 나면 어느 경우에도 중복하여 세무조사를 하는 것이 허용되지 않는다고 할 경우 조세공평에 반하는 결과가 초래될 수 있으므로 일정한 경우에는 예외적으로 중복세무조사가 허용되어야 할 것(대법원 2007.10.25. 선고 2007두16547 판결, 같은 뜻임)이다.
이 건의 경우, 2017.8.28. 청구법인에게 한 ‘세무조사 사전통지’ 내용에 세무조사 기간이 없이 정기 지방세 세무조사로 되어 있고, 2017.8.31. 1차로 법인장부를 담당자 이메일로 제출하였으며, 처분청이 2017.11.7. 세무대리인에게 이 건 부동산 취득에 관련된 계약서 등의 입증 자료를 이메일로 추가 요청한데 대하여 2017.11.16. 세무대리인과 청구법인 직원이 처분청을 처음 방문하여 관련 자료 제출 등과 의견진술을 하였으며, 처분청이 2018.8.10.∼2018.8.21. 세무조사결과 통지를 위해 세무대리인에게 그간 과세대상에 대한 소명자료를 재차 요청하여 그간 제출한 자료 등을 다시 제출하였는바, 이 건 세무조사는 처분청이 청구법인에게 통지한 ‘세무조사 사전통지’의 일환으로 3차례에 걸쳐 관련 자료를 제출 받은 1건의 정기세무조사로 보이므로 「지방세기본법」제80조​ 제2항의 중복세무조사 금지의 원칙 등을 위배한 것으로 보기는 어렵다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 「지방세법 시행령」제18조​ 제1항에서 법 제10조 제5항 각 호에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다고 규정하고, 그 제5호에서 “취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액”이라고 규정하고 있는바, 쟁점비용은 청구법인이 매도자와의 사전 약정에 따라 매도자의 양도소득세 등을 대납하는 성격으로 지급한 비용으로서 “취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액”으로 보는 것이 타당하다 하겠으므로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.