쟁점토지는 취득당시 공부상 지목이 전이고 현황도 농지이므로 농지의 취득세율이 적용되어야 한다는 청구주장의 당부

조심2019지2587(20200204) 취득세기각

[결정요지] 쟁점토지의 경우 2012년부터 2019년까지의 현황지목이 대지로 하여 주택분 재산세가 과세되어 왔던 점, 처분청의 농지취득자격증명원 발급 담당자가 2019년 6월 쟁점토지에 출장한 후 무허가 주택은 철거되었고 쟁점토지는 복토되어 있었으나, 작물이 재배되지 않고 있었다고 확인한 점, 청구인이 취득당시 쟁점토지가 실제 농작물의 경작에 사용되었다는 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 이 건 부과처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.
(관련법령)「지방세법」제11조 제1항 제7호

[주문]심판청구를 기각한다.

[이유] 1. 처분개요
가. 청구인은 2019.6.24. OOO 토지 1,488㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득한 후 2019.6.25. 처분청에 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고 이 건 토지 중 790.32㎡는 「지방세법」제11조​ 제1항 제7호 가목의 농지 취득세율을, 나머지 697.68㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)는 「지방세법」제11조​ 제1항 제7호 나목의 농지 외의 것 취득세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.

나. 청구인은 쟁점토지가 취득할 당시부터 농지였으므로 농지의 취득세율을 적용하여 기 신고ㆍ납부한 취득세 등을 경정하여야 한다는 사유로 처분청에 경정청구(이하 “이 건 경정청구”라 한다)를 하였으나, 처분청은 2019.7.11. 이를 거부하였다.
다. 청구인은 이에 불복하여 2019.8.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
쟁점토지는 취득 당시 공부상 지목이 “답”이고, 청구인이 쟁점토지를 취득하기 전에 그 지상에 소재하던 무허가 주택이 철거되어 쟁점토지는 농사를 지을 수 있는 상태로서 현황 상 지목도 전이었으며 농지취득자격증명원을 발급하였으므로 처분청이 쟁점토지를 농지의 취득세율 적용대상이 아닌 것으로 본 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견
쟁점토지는 2012년부터 2019년까지의 현황상 지목이 무허가 주택의 부속토지로 하여 재산세가 과세되어 왔고, 취득당시 쟁점토지가 복토작업이 이루어졌으나 실제 농작물을 경작하였다는 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있으며, 처분청 농지취득자격증명원 발급 담당공무원이 쟁점토지에 출장을 가서 확인한 결과 복토작업을 하였으나 실제 농작물의 경작이 이루어지지 않았고, 향후 농사를 짓는다 하더라도 소급하여 취득당시의 현황이 농지였다고 인정 할 수는 없으며, 농지취득자격증명은 농지를 취득하는 자가 그 소유권에 관한 등기를 신청할 때에 첨부하여야 할 서류로서 농지를 취득하는 자에게 농지취득의 자격이 있다는 것을 증명하는 것일 뿐 농지 취득의 원인이 되는 매매 등 법률행위의 효력을 발생시키는 요건이 아니라 할 것(대법원 2008. 2.29. 선고, 2007도11029 판결, 같은 뜻임)으로 농지취득자격증명원이 발급되었다는 사실만으로 쟁점토지가 농지라고 단정할 수 없는 바, 처분청이 청구인의 이 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
쟁점토지는 취득당시 공부상 지목이 전이고 현황도 농지이므로 농지의 취득세율이 적용되어야 한다는 청구주장의 당부
나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단
(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.
(가)청구인은 2019.5.2. 매도인과 쟁점토지의 계약을 체결하였고, 쟁점토지 소재 무허가 주택을 2019.6.8.부터 2019.6.10.까지 사이에 철거한 사실을 청구인이 제출한 사진 등에 의하여 확인된다.

(나) 청구인은 2019.6.12. 처분청으로부터 쟁점토지 취득을 위한 농지취득자격증명서를 발급받았다.

(다) 청구인은 2019.6.24. OOO 토지 1,488㎡를 취득한 후 2019.6.25. 처분청에 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고 이 건 토지 중 790.32㎡는 「지방세법」제11조​ 제1항 제7호 가목의 농지 취득세율을 나머지 697.68㎡는 「지방세법」제11조​ 제1항 제7호 나목의 농지 외의 것 취득세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.

(라) 처분청은 쟁점토지상에 컨테이너조 건축물 39.69㎡가 소재하고 있음에 따라 주택분 재산세를 과세하였다.

(마) 처분청의 농지취득자격증명원 발급 담당자가 2019년 6월경 쟁점토지에 출장하였을 당시 무허가 주택은 철거되었고, 쟁점토지는 복토되어 있었으나 작물이 재배되지 않고 있었음이 확인하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.
「지방세법」제11조​ 제1항에서 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다고 규정하면서 그 제7호에서 그 밖의 원인으로 인한 취득을 그 가목에서 농지는 1천분의 30을, 그 나목에서 농지 외의 것은 1천분의 40을 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제21조에서 법 제11조 제1항 제1호 각 목 및 같은 항 제7호 각 목에 따른 농지는 각각 다음 각 호의 토지로 한다고 규정하면서 그 제1호에서 취득 당시 공부상 지목이 논, 밭 또는 과수원인 토지로서 실제 농작물의 경작이나 다년생식물의 재배지로 이용되는 토지. 이 경우 농지 경영에 직접 필요한 농막(農幕)ㆍ두엄간ㆍ양수장ㆍ못ㆍ늪ㆍ농도(農道)ㆍ수로 등이 차지하는 토지 부분을 포함한다고 규정하고 있다.
청구인은 쟁점토지에 대하여 농지의 취득세율을 적용하여야 한다고 주장하나, 쟁점토지의 경우 2012년부터 2019년까지의 현황지목이 대지로 하여 주택분 재산세가 과세되어 왔던 점, 처분청의 농지취득자격증명원 발급 담당자가 2019년 6월 쟁점토지에 출장한 후 무허가 주택은 철거되었고 쟁점토지는 복토되어 있었으나, 작물이 재배되지 않고 있었다고 확인한 점, 청구인이 취득당시 쟁점토지가 실제 농작물의 경작에 사용되었다는 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 청구인이 취득할 당시 쟁점토지가 실제 농작물 등의 경작에 사용되지 아니하여 농지의 취득세율 적용대상으로 보기 어려우므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조​ 제6항과 「국세기본법」 제81조​ 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

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