조심2019지1912(2019.06.28) 취득세 경정

[결정요지] ① 청구법인은 쟁점1비용(이 건 학교의 증축비용)은 경기도교육감에게 기부채납을 조건으로 취득한 부동산에 대한 취득가격이므로 ·지방세법」제9조 제2항에 따라 취득세를 비과세하여야 한다고 주장하나, ○○초등학교 증축 협약서에 따르면 청구법인은 이 건 학교의 소유권을 원시적으로 경기도교육감에게 귀속시키기로 약정하고 이 건 학교의 증축공사를 수행한 것이므로 그 취득자는 경기도교육감이므로 납세자가 취득한 부동산 등을 비과세 대상으로 규정하고 있는 ·지방세법」제9조 제2항을 적용할 수는 없음. 한편, 청구법인은 쟁점1비용이 학교용지부담금과 유사하고, 학교용지부담금에 대해서 취득가격에서 제외하라는 질의회신이 있으므로 쟁점1비용을 취득가격에서 제외하여야 하고, 설령 취득가격에 해당한다 하더라도 행정안전부의 해석을 신뢰하여 취득가격에서 제외한 것이므로 가산세를 면제할 만한 정당한 사유에 해당한다고 주장하나, 2010.1.1. 대통령령 제21975호로「지방세법 시행령」제82조의3 제1항 제3호를 개정하여 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하여야 하는 부담금에 대하여는 간접비용으로 보아 취득가격에 포함하도록 규정하면서, 이 건 질의회신은 더 이상 유효한 것이 아니므로 그 후에 취득한 이 건 아파트에 대해서 이 건 질의회신을 적용할 수 있다거나 이를 신뢰한 것을 정당한 사유로 인정하기는 어려움.
② 처분청은 이 건 도시계획시설은 이 건 아파트의 효용과 가치를 높이는 데 기여하는 시설이므로 그 조성비용인 쟁점2비용은 취득가격에 포함되어야 한다는 의견이나, 「지방세법」제9조 제2항은 지방자치단체에 귀속을 조건으로 취득하는 부동산을 취득세 비과세 대상으로 규정하고 있고, 이 건 도시계획시설은 준공 시에 처분청에 귀속되는 것인바, 그 시설을 설치하기 위해서 지출한 쟁점2비용은 처분청에 귀속될 토지의 가치를 증가시킨 것이므로 비과세 대상에 해당한다 할 것임.

[관련법령]지방세법」제9조 제2항 및 제10조 제5항
[참조결정]조심2018지0577

[주 문] 경기도 용인시장(기흥구청장)이 2018.12.14. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 경기도 용인시 기흥구 OOO 등에 소재한 도시계획시설(경관녹지, 어린이공원, 도로)의 조성비용 OOO원을 과세표준에서 제외하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유] 1. 처분개요
가. 청구법인은 2014.6.3. 경기도 용인시 기흥구 OOO 토지 외 20필지에 건축물 146,662.51㎡(이하 “이 건 아파트”라 한다)를 신축 후, 그 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.

나. 처분청은 청구법인이 이 건 아파트의 취득세 등을 신고하면서 OOO초등학교 교사 및 식당(이하 “이 건 학교”라 한다)의 증축비용, 도시계획시설 조성비용 및 상수도원인자부담금 등 합계 OOO원(이하 “쟁점비용”이라 한다)을 취득가격에서 누락하였고, 그 외 과세대상의 경우 취득가격의 일부를 과다 신고하였다고 보아 2018.12.14. 청구법인에게 취득가격의 차액 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.3.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 쟁점비용 중 이 건 학교의 증축비용 OOO원(이하 “쟁점1비용”이라 한다)은 경기도교육감에게 기부채납을 조건으로 취득한 부동산에 대한 취득가격으로 「지방세법」제9조 제2항에 따라 취득세 비과세 대상이므로 이에 대한 취득세 등은 취소되어야 하고, 설령 쟁점1비용을 청구법인이 부담하여야 하는 학교용지부담금과 유사한 것으로 본다고 하더라도, 청구법인이 이 건 아파트를 취득할 당시에는 학교용지부담금을 취득세 과세표준에서 제외하도록 한 해석(행정안전부 세정-429, 2005.1.26.)이 유효하였으므로 그 후 행정안전부가 그 해석을 변경하였다 하더라도 이를 근거로 이 건 아파트의 취득 당시 그 취득가격에 포함되지 않은 쟁점1비용에 대하여 취득세를 부과하는 것은「지방세기본법」제20조의 소급해석 금지의 원칙에 반하는 것이므로 위법하다.
한편, 쟁점1비용이 이 건 아파트의 취득가격에 해당된다 하더라도 청구법인은 공동주택의 신축에 따른 취득세 과세표준에서 학교용지부담금을 제외하도록 한 위 질의회신을 신뢰하고 이를 공동주택의 신축가격에서 제외하여 취득세 등을 신고·납부한 것이므로 이와 같은 사유는 가산세를 면제할 만한 정당한 사유에 해당된다.

(2) 쟁점비용 중 도시계획시설조성비용 OOO원(이하 “쟁점2비용”이라 한다)은 이 건 아파트가 아닌 다른 과세대상에 대한 취득가격으로 청구법인은 2013.11.11. 처분청으로부터 도로, 녹지, 어린이공원(이하 “이 건 도시계획시설”이라 한다)의 실시계획인가를 받을 당시 그 토지와 함께 처분청에 무상귀속하기로 하였으므로 이에 대한 조성비용은 「지방세법」제9조 제2항에 따라 취득세 비과세 대상이다.
(3) 쟁점비용 중 상수도인입공사비용 OOO원(이하 “쟁점3비용”이라 한다)은 상수도를 이 건 공동주택으로 인입하기 위하여 부담한 비용으로 이 건 공동주택의 취득가격에 포함되지 않음에도 취득세를 부과한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견
(1) 쟁점1비용은 청구법인이 부담하여야 하는 학교용지부담금을 대신하여 지출한 비용으로서 당사자 간 약정에 따른 취득자 조건의 부담액에 해당하거나 그에 준하는 것으로 이 건 아파트를 취득하기 위하여 지급하는 직접·간접비용에 해당(조심 2018지577, 2018.11.7.)하고, 건축물 등을 취득하지 않을 경우 지출이 필요 없는 것으로 건축물을 취득하기 위해 관계법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용은 해당 건축물의 취득세 과세표준에 포함된다고 할 것(대법원 2012.1.16. 선고 2011두29472 판결)이므로 쟁점1비용은 이 건 아파트의 취득가격에 포함된다고 보는 것이 타당하다.
한편, 2010.1.1. 대통령령 제21975호로 「지방세법 시행령」제82조의3 제1항 제3호를 개정하여 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하여야 하는 부담금에 대하여는 해당 부동산을 취득하기 위한 간접비용으로 보아 취득가격에 포함하도록 하였는바, 그 이후 납세자가 부담한 학교용지부담금은 취득세 과세대상으로 「지방세기본법」제20조 제3항에서 규정한 소급해석 금지의 원칙과 관계가 없다 할 것이므로 청구법인이 공동주택의 건축주가 부담한 학교용지부담금은 공동주택의 취득가격에 해당되지 않는다는 구 행정안전부의 해석을 신뢰하여 쟁점2비용에 대한 취득세를 신고·납부하지 않았다 하더라도 이는 가산세를 면제할 만한 정당한 사유에 해당되지 않는다.

(2) 이 건 도시계획시설은 이 건 아파트가 소재하는 지역의 도시기반시설로서 이 건 아파트의 효용과 가치를 높이는 데 기여한다고 볼 수 있고, 이 건 아파트의 취득시기 이전에 지급원인이 발생 또는 확정된 것이므로 그 조성비용인 쟁점2비용은 이 건 아파트의 취득가격에 해당된다.
(3) 청구법인은 쟁점3비용을 상수도인입공사비용이라고 주장하고 있으나, 이는 상수도원인자부담금을 법인장부에 잘못 기장한 것으로 상수도원인자부담금은 학교용지부담금 등과 마찬가지로 대형건축물을 신축하는 경우 관계법령에 따라 의무적으로 부담하여야 하는 비용으로 「지방세법 시행령」제82조의3 제1항 제3호에 따른 간접비용으로 이 건 아파트의 취득가격에 해당한다.

3. 심리 및 판단
가. 쟁점
① 국가(경기도교육감)에게 기부채납하기로 약정하고 이 건 학교를 증축한 경우 그 비용이 이 건 아파트의 취득가격에 해당되는지 여부
② 처분청으로부터 도시계획시설 실시계획 승인을 받아 도시계획시설을 조성한 한 후, 처분청에 귀속한 경우 그 비용이 이 건 아파트의 취득가격에 해당하는지 여부
③ 상수도인입공사비용을 상수도원인자부담금으로 보아 취득세 등을 부과하였으므로 이는 취소되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.
(가) 처분청은 2011.5.25. 이 건 아파트의 신축과 관련된 주택건설사업계획을 아래와 같이 승인하였다.
(나) 청구법인은 위 사업계획의 승인 조건에 따라 청구법인과 경기도교육감(경기도용인교육지원청장)은 2011.8.31. 아래와 같이 이 건 학교의 증축과 관련 협약을 체결하였다.

(다) 처분청은 2014.6.2. 경기도 교육감을 건축주로 하고, 증축면적을 2,459.34㎡ 하여, 이 건 학교에 대한 사용승인을 하였다.

(라) 처분청은 2010.10.24. 경기도 용인시 기흥구 OOO 일원에 대한 도시관리계획(제1종지구단위계획)을 아래와 같이 변경 결정하고 이를 고시하였다(용인시 고시 제2010-523호).

(마) 처분청은 2013.11.6.부터 2013.12.27.까지 3회에 걸쳐 이 건 도시계획시설의 설치에 따른 실시계획인가를 하였고, 청구법인은 그 인가조건에 따라 경기도 용인시 기흥구 OOO 일대에 경관녹지를, 같은 동 614-5에 어린이공원을, 같은 동 일대에 도시계획도로를 각각 조성하여 그 토지와 함께 2014.5.21. 처분청에 무상귀속하였으며, 그 조성비용은 경관녹지 OOO원, 어린이공원 OOO원, 도로 OOO원인 것으로 나타난다.

(바) 청구법인은 쟁점3비용을 상수도인입공사비라고 주장하고 있을 뿐 그 지급처 등에 대하여는 구체적으로 밝히지 못하고 있으나, 처분청이 제출한 공문(용인시 수도시설과-9993, 2019.4.23.)에 의하면, 청구법인은 2011.10.13.부터 2013.2.26.까지 3회에 걸쳐 처분청에 상수도원인자부담금 OOO원을 납부한 사실이 확인되고, 동 비용은 쟁점3비용과 동일한 것으로 나타난다.

(2) 먼저, 쟁점①과 쟁점③에 대하여 살펴본다.
(가) 「지방세법」제10조 제5항 및 같은 법 시행령 제18조 제1항 에서 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 간접비용의 합계액으로 한다고 하면서 그 제3호에서 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용을 간접비용의 하나로 규정하고 있고, 같은 법 제9조 제2항에서 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있으며, 「지방세기본법」제57조 제1항에서 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 가산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다.

(나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「지방세법 시행령」제18조 제1항 제3호에서 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용을 해당 부동산을 취득하기 위한 취득가격(간접비용)의 하나로 규정하고 있고 학교용지부담금이 여기에 해당된다는 사실은 다툼이 없는 점, 청구법인은 「학교용지 확보 등에 관한 특례법」 제5조 제1항에 따라 납부하여야 하는 학교용지부담금을 대신하여 이 건 학교의 증축비용(쟁점1비용)을 부담한 것으로 이는 학교용지부담금과 그 성격이 사실상 동일하다고 볼 수 있는 점, 이 건 학교의 원시 취득자는 건축주인 경기도 교육감으로, 청구법인은 이 건 학교의 증축비용만 부담하였을 뿐 이를 사실상 취득하였다고 볼 수는 없는바, 여기에 기부채납용 부동산 등의 취득을 전제로 하는 「지방세법」제9조 제2항을 적용할 여지는 없다고 보이는 점, 청구법인은 쟁점3비용에 대하여 상수도인입공사비라고 주장하고 있으나 이를 입증할 만한 관련 자료는 제출하지 않은 반면 처분청이 제출한 처분청의 내부문서에는 청구법인이 3회에 걸쳐 그 비용을 상수도원인자부담금으로 하여 납부한 사실이 확인되는 점, 상수도원인자부담금은 「지방세법 시행령」제18조 제1항 제3호에서 규정한 간접비용에 해당하는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점1비용과 쟁점3비용을 이 건 아파트의 취득가격으로 보아 그에 따른 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
또한, 2010.1.1. 대통령령 제21975호로 「지방세법 시행령」제82조의3 제1항 제3호를 개정하여 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하여야 하는 부담금에 대하여는 간접비용으로 보아 취득가격에 포함하도록 규정하였는바, 학교용지부담금에 대한 구 행정안전부의 질의회신(세정-429, 2005.1.26.)은 더 이상 유효하지 않다고 할 것이므로 청구법인의 위 질의회신을 신뢰하고 쟁점1비용을 이 건 아파트의 취득가격에 포함하지 않은 것이라 하더라도 이는 가산세를 부과하지 아니할 만한 정당한 사유에 해당되지 않는다고 판단된다.

(3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.
(가) 「지방세법」제7조 제4항에서 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 본다고 규정하고 있고, 같은 법 제9조 제2항에서 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산 등에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제10조 제3항에서 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 취득세의 과세표준으로 한다고 규정하고 있다.

(나) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 이 건 도시계획시설의 조성은 해당 토지의 구성 부분이 변경되는 것으로 지목변경을 수반하는 경우에는 「지방세법」제7조 제4항에서 규정한 취득에 해당하는 점, 이 건 도시계획시설의 실시계획인가서에 청구법인이 도시계획시설을 조성한 후 그 토지와 함께 처분청에 귀속하도록 명시되어 있는바 그 토지의 소유자인 청구법인을 도시계획시설 조성에 따른 지목변경의 취득자로 보아야 하는 점, 이 건 도시계획시설은 그 실시계획 승인일 이후에 청구법인이 조성하여 토지와 함께 처분청에 무상귀속한 것으로 「지방세법」제9조 제2항에서 규정한 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 하는 취득으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 이 건 도시계획시설(토지 제외)은 그 자체로 취득세 비과세 대상에 해당된다고 보는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 그 조성비용인 쟁점2비용을 이 건 아파트의 취득가격으로 보아 그에 따른 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제6항, 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.