조심2018지2446(2019.01.24) 등록면허세 기각

[결정요지] 청구인은 이 건 등록면허세 등을 부과하면서 무신고가산세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하나, 관련 법령 등에 비추어 청구인이 착오로 신고납부한 취득세를 등록면허세 등의 기납부세액으로 공제할 수는 없고, 청구인이 착오로 신고한 취득세 등에 대해서 납부서를 교부한 것을 세무공무원이 적극적으로 개입하여 청구인이 잘못된 신고납부를 하게했다고 보기도 무리이므로 청구주장을 받아들이기 어려움.
[관련법령] 「지방세기본법」제54조 제1항

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유] 1. 처분개요
가. 청구법인은 2015.10.12. OOO 외 3필지 토지(이하 “이 건 토지”라 한다) 및 지상의 미준공건축물(이하 “이 건 건축물”이라 하고, 이 건 토지와 합하여 이하 “이 건 부동산”)을 취득한 후, 이 건 부동산의 취득가액을 과세표준으로 하고 「지방세법」제11조 제1항 제7호 나목의 세율 등을 적용하여 산출한 취득세 등을 신고하면서 2015.10.19. 「지방세특례제한법」(2016.1.1. 법률 제13637호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제38조 제1항에 따른 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 감면을 신청하여 취득세 등을 감면받았다.

나. 처분청은 이 건 건축물이 미준공 건축물로서 「지방세법」제7조에 따른 취득세 등 과세대상 물건이 아니라 등록면허세 과세대상 물건에 해당하는 것으로 보아 2018.6.1. 청구법인에게 기 납부한 취득세 등 합계 OOO(환급가산금을 제외한다)을 환급한 후,
2018.7.25. 청구법인에게 이 건 건축물의 취득가액(OOO)을 과세표준으로 하고 「지방세법」(2016.1.1. 법률 제13636호로 일부개정되기 전의 것) 제28조 제1항 제1호 나목 1)의 세율을 적용하여 산출한 등록면허세 OOO, 지방교육세 OOO 합계 OOO(무신고가산세 OOO 및 납부불성실가산세 OOO 합계 OOO을 포함한다)을 부과·고지하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.10.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
청구법인은 2015.10.12. 이 건 부동산(이 건 토지 및 미준공 건축물인 이 건 건축물)을 취득한 후 취득세 등 OOO을 신고·납부하였고, 처분청 담당공무원은 청구법인의 이 건 취득세 등 신고 당시 이 건 건축물(미준공 건축물)에 대한 신축공사가 진행 중인 사실을 인지하고 있었음에도 위 신고를 그대로 접수하였다.
그러나 이 건 부동산 중 건물 부분은 취득 당시 미준공 건축물이어서 취득세 등 납부대상이 아니었고 이에 따라 정상 납부했어야 할 취득세 등은 토지분 취득세 등 OOO 및 건축물분 등록면허세 등 OOO 합계 OOO이며, 처분청은 청구법인이 당초 신고·납부한 이 건 건축물 등에 대한 취득세 등 환급세액과 신고·납부하였어야 할 등록면허세를 상계하였어야 할 것임에도 당초 과다납부한 취득세 등을 환급한 후 새로 계산한 등록면허세에 무신고가산세 및 납부불성실가산세 OOO까지 가산하여 부과한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견
등록면허세는 「지방세특례제한법」제38조 제1항에 따른 감면대상에 해당하지 아니하고, 등록면허세는 원칙적으로 납세의무자 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 조세채무가 구체적으로 확정되는 것이며, 성립요건의 충족여부를 조사·확인하고 자신의 책임 하에 세액을 신고·납부하는 신고납부방식의 세목으로서 청구법인은 미준공 건축물인 이 건 건축물을 취득한 후 취득세 등을 신고하면서 감면신청을 하였을 뿐 등록면허세 등을 신고한 사실이 없고, 청구법인이 유예기간 내에 이 건 부동산을 의료업에 직접 사용하지 않고 있는 점을 감안하면, 청구법인이 이 건 건축물에 대한 등록면허세를 신고·납부하지 아니한 의무불이행에 대한 귀책사유는 청구법인에게 있다 할 것이어서 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다고 인정하기 어렵다.
또한 청구법인은 이 건 등록면허세 등을 부과하면서 가산세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하나, 지방세는 세목별로 납세의무의 성립시기, 과세대상, 신고·납부기한, 과세표준, 세율 등이 상이하므로 각각의 세목이 규정하는 세법에 따라 확정된 세액을 신고·납부하거나 부과·고지하여야 하는 것이므로, 취득세 등 환급세액이 있다하여 등록면허세 신고·납부의무를 이행하였다고 할 수는 없는 것이어서 취득세 등 환급세액에서 미리 등록면허세를 상계 처리하는 것은 맞지 않다.

3. 심리 및 판단
가. 쟁점
미준공건축물을 취득한 후 취득세 등을 신고·납부한 데 대하여 취득세 등을 환급하면서 무신고 및 납부불성실 가산세를 가산하여 등록면허세 등을 부과한 처분의 당부

나. 관련 법률 : <별지> 기재
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.
(가) 청구법인은 2006.4.17. 의료기관의 설치·운영업 등을 목적사업으로 하여 설립되어 OOO에서 의료업 등을 영위하는 비영리법인이다.
(나) 청구법인의 이 건 부동산 취득 경과 및 취득세 등 신고·납부내역은 다음과 같다.
1) 1988년 이 건 토지 일원에 대하여 도시계획시설(시장) 결정·고시된 이후 1994년 7월 이 건 토지 지상에 건축물 신축공사가 시작되었다가 1997년 12월 공사가 중단되었고, 2003.2.19. 소유주가 OOO㈜로 변경되어 2008.3.3. OOO㈜를 소유자로 하여 소유권 보존등기되었으며, 2008.11.13. 소유주가 ㈜OOO로 변경되었다.
2) 이 건 건축물은 지하 2층, 지상 6층 연면적 15,338.37㎡의 건축물(근린생활시설-시장, 볼링장) 및 지하 2층, 지상 3층 연면적 6,281.14㎡의 건축물(주차장)로, 위 1)과 같이 사용승인되지 아니한 채 소유권이 전전이전되어 2015.10.12. 청구법인이 이 건 건축물을 취득하고 2015.10.20. 소유권이전등기를 하였다.
3) 청구법인은 2015.10.12. 이 건 부동산을 취득한 후 다음 <표1>과 같이 취득세 등을 신고하면서 「지방세특례제한법」제38조 제1항에 따른 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 감면을 신청하여 취득세 등을 감면받았다.
<표1> 취득세 등 신고·납부내역 “생략”

(다) 청구법인은 이 건 부동산을 취득한 후 이 건 부동산을 의료업에 직접 사용하기 위하여 2015.11.2. 사업장 안전 가설휀스를 설치하고 2015.11.30. 도시·군 계획시설사업 실시계획인가 변경 신청서를 제출하였으나 OOO가 지구단위계획을 정비하는 과정에서 그 변경 신청에 대한 처리기한이 연장되어 있던 중 2016.3.10. 청구법인이 도시·군계획시설사업실시계획인가 변경 신청을 취하하였고, 청구법인은 이후 2017.6.1. 의료시설(병원) 설계·감리 계약을 체결(2017.11.6. 설계·감리비 1차 지출)하였다.
(라) 처분청이 2017.11.27. 청구법인에게 한 건축 중단 건축물에 대한 처리계획 제출 통지에 대하여 청구법인은 2017.11.28. 향후 건축을 진행할 예정이라는 내용의 처리계획을 제출하였다.
(마) 이 건 부동산에 대한 취득세 등 환급 및 등록면허세 부과내역은 다음과 같다.
1) 처분청은 이 건 건축물이 미준공 건축물로서 「지방세법」제7조에 따른 취득세 등 과세대상 물건이 아니라 등록면허세 과세대상 물건에 해당하는 것으로 보아 2018.6.1. 청구법인에게 다음 <표2>와 같이 기 납부한 취득세 등 합계 OOO(환급가산금을 제외한다)을 환급하였다.
<표2> 이 건 건축물에 대한 취득세 등 환급내역 “생략”
2) 처분청은 2018.7.25. 이 건 건축물에 대하여 다음 <표3>과 같이 산출한 등록면허세 OOO, 지방교육세 OOO 합계 OOO을 부과·고지하였다(처분청은 이 건 토지에 대하여 정당한 사유 없이 유예기간 내 의료업에 직접 사용하지 아니하였다 하여 기감면한 취득세 등을 추징하였으나, 청구법인은 이에 대하여는 심판청구를 제기하지 아니하였음).
<표3> 이 건 건축물에 대한 등록면허세 등 추징 내역 “생략”
* 이 건 건축물을 취득한 후 등록면허세를 신고·납부하지 아니하였으므로 일반무신고가산세(본세의 20%) 및 취득신고일의 다음날부터 납부불성실가산세를 가산(994일)

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다.
「지방세기본법」제53조의2 제1항은 납세의무자가 법정신고기한까지 「지방세법」에 따라 산출한 세액을 신고하지 아니한 경우에는 산출세액의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다고 규정하고, 제53조의4는 납세의무자가 지방세관계법에 따른 납부기한까지 지방세를 납부하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 “과소납부”라 한다)한 경우에는 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액의 100분의 75에 해당하는 금액을 한도로 납부불성실가산세를 부과하도록 규정하고 있다.
취득세는 토지, 건축물, 차량, 기계장비 등을 취득하는 경우 그 취득한 자에 대하여 부과하는 조세이고, 등록면허세는 등기 또는 등록이라는 사실의 존재를 과세물건으로 하여 「지방세법」상 취득에 해당하지 아니한 경우 그 등기 또는 등록을 받은 자에게 부과하는 조세로서, 납세의무의 성립시기, 과세대상, 신고·납부기한, 과세표준, 세율 등이 상이한 바, 각각의 세목이 규정하는 세법에 따라 확정된 세액을 신고·납부하여야 하는 것이다.
청구법인은 미 준공 건축물인 이 건 건축물을 취득한 후 신고·납부한 취득세 등을 등록면허세 등의 자진 신고·납부세액으로 보아 기납부 세액으로 공제하여야 한다고 주장하나, 청구법인은 미 준공 건축물인 이 건 건축물을 취득한 후 취득세 등을 신고하면서 감면신청을 하였을 뿐 등록면허세 등을 신고·납부한 사실이 없고, 등록면허세를 취득세로 세목을 달리하여 신고한 경우 등록면허세 과세요건을 이루는 기초사실의 중요한 부분을 사실과 다르게 신고한 것으로서 이를 세법에 따른 과세표준 신고서를 제출하고 그 세액을 납부한 것으로 보기 어려우므로, 신고·납부한 취득세 등을 등록면허세 등의 자진 신고·납부세액으로 보아 기 납부세액으로 공제하기는 어렵다고 판단된다.
또한, 신고납부방식의 조세인 등록면허세는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 신고하여야 하는 것이므로 세무공무원이 적극적으로 개입하여 납세의무자가 잘못된 신고?납부를 하게 하는 경우가 아닌 이상 그것이 관계 법령에 어긋나는 것임이 명백한 때에는 그러한 사유만으로 정당한 사유가 있다고 하기는 어려우므로 청구법인이 이 건 건축물에 대하여 신고·납부한 취득세 등을 환급한 후 무신고·납부불성실 가산세 등을 가산하여 등록면허세 등을 부과·고지한 처분청의 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.