서울세제-6299(2018.05.14) 취득세
[관계법령]「지방세특례제한법」제50조 제1항

[답변요지] 종교목적으로 취득한 부동산을 지방자치단체에 무상으로 임대하여 국공립어린이집으로 사용하는 경우 이는 지방세특례제한법 제50조 제1항 제2호의”해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우”에 해당하므로 취득세 추징대상이다.

【질의요지】
종교단체가 종교목적으로 사용하기 위하여 취득한 부동산을 지방자치단체에 무상임대하여 지방자치단체가 그 부동산에 구립어린이집을 설치하고 부동산 소유자에게 관리운영을 위탁하는 경우, 「지방세특례제한법」제50조 제1항 단서에 따른 취득세 추징대상에 해당하는지 여부
(사실관계)
가. 부동산 소유자 : 종교단체(2017. 5. 29. 취득)
나. 부동산 사용계획 : 종교목적으로 사용하기 위하여 취득하였으나, 지방자치단체에 무상 임대하여 구립어린이집 설치 예정다. 어린이집 운영방법 : 지방자치단체가 부동산 소유자인 종교단체에 위탁하여 운영

【회신내용】
「지방세특례제한법」제50조 제1항에서 종교를 목적으로 하는 단체가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하되 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우와 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있습니다. 따라서 종교단체가 취득하는 부동산이라 하더라도 취득세 등이 면제되는 것은 종교의식·예배·축전·종교교육·선교 등 종교목적으로 직접 사용하는 부동산에 한한다 할 것이므로,귀 질의와 같이 종교목적으로 취득한 부동산을 지방자치단체에 무상으로 임대하여 국공립어린이집으로 사용하는 경우 이는 「지방세특례제한법」제50조 제1항 제2호의”해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우”에 해당하므로 취득세 추징대상으로 판단됩니다.다만, 이에 해당하는 지 여부는 구체적이고 객관적인 사실관계 등을 종합적으로 검토하여 과세권자가 최종 결정할 사안임을 알려드립니다. 끝.