서울세제-3794(2018.03.22) 취득세
[관계법령]「지방세법」제13조 제2항 및 「지방세법 시행령」제26조 제1항 제31호

[답변요지] 부동산을 취득할 당시 민간임대주택에 관한 특별법 제5조에 따라 등록한 임대사업자가 취득하는 부동산에 해당한다고 보기 어려워 취득세 중과대상이 되는 것이나, 현물출자로 법인 전환하는 경우에 취득세를 면제한다고 하고 있으므로, 납부할 농어촌특별세는 중과하여 감면받은 취득세의 100분의 20의 세율을 적용하여야 한다.

【질의요지】
조세특례제한법 제32조에 따른 현물출자에 따라 법인으로 전환하여 서울에 본점을 둔 법인을 설립하는 경우 기존 개인이 주택임대사업자로서 등록한 주택이 취득세가 중과세되는지 여부와 민간임대주택으로 등록한 주택을 현물출자하는 경우 「지방세법 시행령」제26조에 따라 중과세가 되지 않은 취득세 감면분의 20%의 농어촌특별세를 납부하는지 아니면 중과세가 적용된 취득세 감면분의 20%의 농어촌특별세를 납부하는지 여부

【회신내용】
「지방세법」제13조 제2항 및 「지방세법 시행령」제26조 제1항 제31호에서 대도시 내에서 법인 설립에 따라 부동산을 취득하는 경우에는 취득세를 중과세하지만, 민간임대주택에 관한 특별법 제5조에 따라 “등록”한 임대사업자가 경영하는 주택임대사업에 대하여는 중과세를 제외하도록 규정하고 있는바, 현물출자에 따라 법인 설립 당시 취득한 주택은 대도시 내 법인설립 후 5년 이내에 취득하는 부동산 등기에 해당하므로 「지방세법」제13조 제2항에 따라 중과세율이 적용되고, 법인이 주택을 취득한 이후에야 임대사업자로 등록할 수 있게 되므로 법인이 주택을 취득할 당시 민간임대주택에 관한 특별법 제5조에 따라 등록을 한 임대사업자에 해당한다고 보기는 어려워 중과세 대상이라고 할 것입니다.

그러므로 귀 질의와 같이 비록 주택임대사업자로 등록한 개인사업자가 현물출자하여 법인으로 전환하는 경우라 하더라도, 주택임대사업과 관련하여 대도시내 법인설립에 따른 부동산 취득 시 취득세 중과제외 대상은 민간임대주택에 관한 특별법 제5조에 따라 ‘등록을 한 임대사업자’가 경영하는 주택임대사업에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우에 한정된다고 할 것입니다(조세심판원 2015지0594, 2015.6.26. 참조). 또한 귀 질의 경우 부동산을 취득할 당시 민간임대주택에 관한 특별법 제5조에 따라 등록한 임대사업자가 취득하는 부동산에 해당한다고 보기 어려워 취득세 중과대상이 되는 것이나, 「지방세특례제한법」제57조의2 제4항에 따라 현물출자로 법인 전환하는 경우에 취득세를 면제한다고 하고 있으므로, 농어촌특별세법 제5조제1호에서 농어촌특별세는 지방세특례제한법에 따라 감면을 받는 취득세의 감면세액을 과세표준으로 하여 100분의 20의 세율을 적용한 금액으로 하도록 규정하고 있고, 「지방세특례제한법」제57조의2 제4항에서 「지방세법」제13조 제2항의 세율을 적용하지 아니한다는 별도의 규정이 없는 이상, 농어촌특별세 과세표준인 취득세 감면세액은 중과세율을 적용하여 산출한 세액이며, 납부할 농어촌특별세는 중과하여 감면받은 취득세의 100분의 20의 세율을 적용한 금액이라 할 것입니다.
다만, 이에 해당하는지 여부는 과세권자가 사실관계 등을 종합하여 판단할 사안임을 알려드립니다.