[제 목] ① 쟁점건축물 중 줄기세포은행, 제대혈 보관실 및 전시관이 본점 사업용에 해당하는지 여부 ② 쟁점건축물의 공용면적 중 기업부설연구소에 상응하는 부분에 대하여 취득세 등의 감면을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
조심2015지1059(2017.3.16)/경정

[결정요지] ① 제대혈 보관실과 전시관은 청구법인의 영업 결과물인 제대혈을 가공ㆍ보관하는 장소로서 중추적 의사결정이 이루어지는 본점이라고 보기 어렵고 본점의 사무소에 설치된 영업장소에 불과하다고 보이나, 줄기세포은행의 경우, 제대혈 가공 외에도 마케팅본부 소속 제대혈 사업부의 지원시설로 보이는 측면이 있으므로 본점 사업용 부동산에 해당한다 할 것임 ② 기업부설연구소용 부동산을 판단함에 있어 전용부분 뿐만 아니라 공용부분도 포함되므로 이 건 취득세의 범위 내에서 그 세액을 경정하는 것이 타당함.

[관련법령] 「지방세법」제13조 제1항,「지방세특례제한법」제46조
[주 문] 부과처분은
1. OOO 외 5필지에 소재한 건축물(철골철근콘크리트구조, 업무시설 및 교육연구시설, 지하 4층 지상 10층, 연면적 20,389.33㎡) 중 지하 1층 제대혈 보관실 및 전시관을 「지방세법」제13조 제1항, 같은 법 시행령 제25조의 ‘본점 또는 주사무소의 사업용 부동산’에서 제외하고,
2. 위 건축물의 공용면적 중 기업부설연구소에 상응하는 부분을 「지방세특례제한법」제46조의 ‘기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산’에 포함하여 증액경정을 한 세액의 범위 내에서 그 세액 등을 경정하며,
3. 나머지 심판청구는 기각한다.
[이 유] 1. 처분개요
가. 청구법인은 2010년 3월 및 2012년 5월OOO을 신고·납부하였다.
나. 처분청은 2015.2.23.부터 2015.2.27.까지 세무조사를 실시한 결과, 쟁점건축물 중 당초 일반 용도로 신고된 지상 5층 줄기세포은행(전용면적 763.30㎡, 이하 “줄기세포은행”이라 한다), 지하 1층 제대혈 보관실(전용면적 833.10㎡, 이하 “제대혈 보관실”이라 한다) 및 전시관(전용면적 273.12㎡, 이하 “전시관”이라 한다) 등에 대하여 본점 사무용에 해당하는 것으로 보아 2015.4.15. 청구법인에게 취득세 등 합계 OOO을 부과·고지하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.7.8. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 쟁점건축물 중 OOO은 기업부설연구소의 보조 및 지원기능을 수행하는 역할을 담당하고 있는 점, 제대혈 보관실 및 전시관은 위 줄기세포은행의 지원시설에 불과할 뿐만 아니라, 제대혈 보관실은 제대혈 보관용역을 제공하는 청구법인의 영업장에 해당하며 전시관은 고객들에게 제대혈 보관방법, 보관건수 및 향후 사용 전망 등 관련 정보를 제공하기 위한 목적으로 설치된 제대혈 보관실의 부대시설에 해당하는 점 등을 볼 때 본점 기능을 수행하는 부서가 아닌 일반세율 적용대상으로 보는 것이 타당하므로 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.
(2) 청구법인은 당초 취득세 쟁점건축물의 공용면적 중 기업부설연구소에 상응하는 부분에 대하여 일반세율을 적용하여 당초 취득세 등을 신고하였는바, 해당 공용면적 부분 또한 기업부설연구소에 대한 취득세 등의 감면을 적용함이 타당하다.
나. 처분청 의견
(1)청구법인의 2013사업연도 재무제표에 대한 감사보고서 등에 의하면 제대혈 부문이 당기수익의 74.33%를 차지하고 있고 본점 사용분으로 신고된 8층 마케팅 본부에 제대혈 사업부가 설치되어 있어 제대혈 부문은 청구법인의 주력 사업에 해당할 뿐만 아니라 적어도 본점 부서와 밀접한 업무 연관성이 있는 것으로 보이는 점, OOO에서 줄기세포은행의 제대혈 보관과 관련한 업무를 연구소 업무로 인정하고 있지 아니한 점 등에 비추어 줄기세포은행 및 이를 지원·홍보하는 목적으로 설치된 제대혈 보관실과 전시관을 본점 사무용으로 보아 과세한 처분은 정당하다.
(2) 청구법인은 쟁점건축물의 공용 부분 중 기업부설연구소에 상응하는 부분에 대해서도 취득세의 감면 등을 적용하여야 한다고 주장하나 해당 부분에 대하여 별도의 경정청구 등을 제기하는 것은 별론으로 하더라도 이 건 취득세 등의 부과처분과는 무과한 사안이다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
① 쟁점건축물 중 줄기세포은행, 제대혈 보관실 및 전시관이 본점 사업용에 해당하는지 여부
② 쟁점건축물의 공용면적 중 기업부설연구소에 상응하는 부분에 대하여 취득세 등의 감면을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
나. 관련 법령 : 생략
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래 사실들이 확인된다.
(가)청구법인은 2000.6.26. 세포치료요법과 관련된 백혈병 등 혈액암의 골수이식 대체기술 개발과 공급 및 줄기세포치료제의 기술개발과 공급 등을 목적으로 경기도 용인시를 본점 소재지로 하여 설립되었다.
(나) 청구법인은 OOO로 본점 소재지를 이전할 목적으로 2010년 3월경 및 2012년 5월경 2회에 걸쳐 OOO소재 6필지 토지를 취득하고 기업부설연구소용으로 취득신고한 후, 2014.10.2. 위 토지 지상에 쟁점건축물을 신축·취득(사용승인)하여 동 건축물로 본점을 이전하였다.
(다) 청구법인은 쟁점건축물에 대하여 본점 사무용 33.63%, 벤처기업집적시설 19.05%, 기업부설연구소 4%, 일반 43.32%로 안분하여 토지분 및 건물분에 대한 취득세 등 합계 OOO에 기업부설신고를 변경신고하여 2014.11.3. 아래와 같이 동 변경신고가 처리되었다.
(라) 처분청은 OOO와 합동으로 2015.2.23.～2015.2.27. 기간 동안 세무조사를 실시한 결과, 쟁점건축물 중 줄기세포은행, 제대혈 보관실 및 전시관에 대하여 본점 사무용에 해당한다고 보아 2015.4.10. 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과하였다.
(2) 쟁점①에 대하여 살펴본다.
(가) 청구법인이 제시한 자료에 의하면 쟁점건축물에 대한 사용현황 및 세율적용 내역은 아래 <표>와 같다.
*<표> : 생략
(나) 처분청이 제출한청구법인의 2013사업연도 재무제표에 대한 감사보고서 등에 의하면 당기 수익현황은 제대혈 부문이 OOO인 것으로 되어 있다.
(다) 한편, 청구법인은 청구법인의 제대혈 은행사업은 산모와 제대혈 보관계약을 체결하고 위탁보관에 따른 보관료를 받는 사업인바, 제대혈을 보관하기 위한 보관적합검사와 제대혈 가공을 위한 부분(지상 5층 줄기세포은행)과 가공된 제대혈을 냉동저장 및 보관하는 부분(제대혈 보관실, 전시관)은 비록 본점과 동일한 건물에 소재하고 있으나 본점 사무실과 무관한 영업장소(영업장)로 사용되고 있으므로 본점의 기능을 수행하는 부서에 해당한다고 볼 수 없다고 주장하면서 현장사진 등을 증빙자료로 제출하고 있다.
(라) 처분청의 조사내용에 의하면청구법인의 조직도 등에서 본점 사무용으로 신고된 8층 마케팅 본부에 제대혈 사업부가 있는 점 등에 비추어 본점 부서와 좀 더 밀접한 업무관련성이 있는 것으로 보이는 점, 5층 내부 벽면에 부착된 줄기세포은행의 조직도의 고객지원팀도 본점 부분인 8층에 근무하고 있는 점 등을 볼 때 줄기세포은행은 본점 사업부인 마케팅본부 소속 제대혈 사업부의 지원시설 또는 부속시설로 보는 것이 타당하다는 의견을 제시하고 있다.
(마) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「지방세법」제13조 제1항, 같은 법 시행령 제25조에서 과밀억제권역에서 본점이나 주사무소의 사업용 부동산을 취득하는 경우 취득세 등을 중과하도록 규정하고 있고,여기서 말하는 본점이라 함은 대표이사 등 임직원이 상주하면서 기획, 재무, 경영전략 등 법인의 전반적인 사업을 수행하고 있는 경우를 말하고 본점용 부동산이라 함은 법인의 중추적인 의사결정이 이루어지는 장소를 뜻한다 할 것인바,
쟁점건축물 중 지하 1층에 위치한 제대혈 보관실과 전시관은 영업 결과물인 제대혈을 보관하는 설비 및 동 설비의 부대시설에 불과한 것으로 나타나는 반면, 해당 장소에서 경영의사 결정 등 본점의 기능을 수행한다고 인정할 만한 정황이 보이지 아니하므로 이를 중과대상인 본점 사무용에 해당한다고 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
그러나, 쟁점건축물 중 지상 5층에 위치한 줄기세포은행은 청구법인의 조직도 등에서 본점 사무용으로 신고된 8층 마케팅 본부에 제대혈 사업부가 소재하고 있고 5층 내부 벽면에 부착된 줄기세포은행의 조직도의 고객지원팀도 본점 부분인 8층에 근무하고 있는 점 등에 비추어 본점 사업부인 마케팅본부 소속 제대혈 사업부의 지원시설 또는 부속시설로서 청구법인의 중추적인 업무기능을 수행하고 있는 것으로 보이므로 중과대상의 본점 기능을 수행하는 부서가 아닌 일반세율 적용대상에 해당한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다 하겠다.
(3) 쟁점②에 대하여 살펴본다.
(가) 「지방세특례제한법」제46조에서 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하는 것으로, 「지방세기본법」제36조 제1항에 의하면 지방세관계법에 따라 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 지방세관계법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니하는 것으로 각각 규정하고 있다.
(나) 살피건대, 「지방세특례제한법」제46조에서 전용 부분만 한정하여 취득세 등의 면제대상으로 규정하고 있지 아니한 점, 지방세법령에서 직접 사용 또는 임대용 면적을 산출하는 경우 특별한 사정이 없는 한 전용 부분과 그에 상응하는 공용 부분을 합한 면적으로 하는 것이 일반적인 점, 전용 부분의 정상적인 사용을 위해서는 주차장 등 공용 부분의 이용이 필수적인 점 등에 비추어 기업부설연구소용으로 직접 사용하는 부동산에는 전용 부분 뿐만 아니라 공용 부분을 포함하는 것이 타당하다 할 것이고, 과세관청의 증액경정처분이 있는 경우 당초의 확정된 세액을 초과하는 세액의 범위 내에서 당초 확정행위의 하자를 포함한 모든 과세요건사실의 하자를 대상으로 불복을 제기할 수 있으므로, 쟁점건축물의 공용면적 중 기업부설연구소에 상응하는 부분을 「지방세특례제한법」제46조의 ‘기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산’에 포함하여 증액경정이 있은 세액의 범위 내에서 그 세액 등을 경정함이 타당하다고 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「지방세기본법」 제123조 제4항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.