② 청구인은 쟁점 비용이 사용승인일 이후 진행된 공사에 대한 것임을 확인할 수 있는 객관적인 증빙을 제시하지 않았고, 공사대금이 항상 공정비율과 비례하여 지급되는 것은 아니며, 공사 완료일을 이행(하자)보증보험증권 등의 담보기간 개시일로 일반화할 수도 없는 점,

③ 처분청은 이 사건 심사청구를 접수한 이후 쟁점 건물의 취득세 과세표준에서 쟁점 부가가치세를 차감하여 취득세 등을 감액ㆍ경정한 점 등을 종합적으로 고려할 때 이 사건 부과처분은 부당하다고 할 수 없다.

나. 처분청은 2021. 10. 6. 청구인에 대한 지방세 세무조사를 실시하여 쟁점 건물의 인테리어공사, 건축ㆍ토목ㆍ기계ㆍ조경공사, 경관조명공사 등(이하 “쟁점 공사”이라 한다)에 대한 대금 일부 계 490,330,714원이 쟁점 건물의 취득세 과세표준에서 누락된 것을 확인하고, 2022. 2. 7. 취득세 등 계 15,850,550원1)을 부과·고지(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)하였다.
——————————————————
주1) 취득세 13,599,300원, 지방교육세 714,670원, 농어촌특별세 1,536,580원 계 15,850,550원
——————————————————

2. 심사청구의 취지와 이유
가. 청구 취지
이 사건의 청구 취지는 이 사건 부과처분을 취소하여 달라는 것이다.

나. 청구 이유
1) 쟁점 건물의 사용승인일(2020. 5. 7.) 기준 쟁점 공사가 완료되지 않았고, 이에 따라 해당 공사업체가 청구인에게 사용승인일 이후 대금을 청구한 사실과 하자보수보증서상의 하자담보 책임기간의 개시일이 사용승인일 이후인 사실이 확인되는데도 처분청이 사용승인일 이후 진행된 공사의 비용(210,353,326원, 이하 “쟁점 비용”이라 한다)을 취득세 과세표준에서 포함한 것은 부당하다.

2) 부가가치세는 취득세 과세표준에 포함될 수 없는데도 처분청은 쟁점 공사대금의 부가가치세 일부(4,162,933원, 이하 “쟁점 부가가치세”라 한다)를 포함하여 이 사건 부과처분을 하였으므로 쟁점 부가가치세를 취득세 과세표준에서 제외하여야 한다.

3. 처분청의 의견
쟁점 공사의 계약서에 따르면 쟁점 건물의 사용승인일(2020. 5. 7.) 이전 공사가 완료되는 것으로 되어 있는 점, 청구인은 사용승인일 이후 공사가 계속 진행되었다고 주장하나, 이에 대한 객관적 증빙을 제시하지 못한 점 등을 고려할 때 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다.

4. 우리 원의 판단
가. 다툼
이 사건의 다툼은 이 사건 부과처분이 부당한지 여부이다.

나. 인정사실
이 사건 관련 기록 등을 검토해 보면 다음과 같은 사실이 인정된다.
1) 청구인은 2020. 5. 7. 처분청으로부터 쟁점 건물의 사용승인을 받아 같은 해 5. 21. 취득가액 4,207,998,181원을 과세표준으로 하여 취득세 등 계 110,593,560원2)을 신고ㆍ납부하였고, 같은 해 9. 14. 취득가액 159,640,000원을 과세표준에 추가하여 취득세 등 계 4,195,570원3)을 신고ㆍ납부하였다.
——————————————————
2) 취득세 93,723,320원, 지방교육세 5,355,610원, 농어촌특별세 11,514,630원 계 110,593,560원
3) 취득세 3,555,590원, 지방교육세 203,160원, 농어촌특별세 436,820원 계 4,195,570원
——————————————————

2) 처분청은 2021. 10. 6. 청구인에 대한 세무조사를 실시하여 같은 해 11. 29. 청구인에게 쟁점 공사의 대금 일부 계 490,330,714원이 쟁점 건물의 취득세 과세표준에서 누락되었다는 사실을 통지하였다.

3) 청구인은 2021. 12. 20. 처분청에 이 사건 부과처분에 대한 과세전적부 심사 청구를 제기하였고, 처분청은 2021. 1. 27. 이를 불채택 결정하였다.

4) 처분청은 2022. 2. 7. 청구인에게 이 사건 부과처분을 하였다.

5) 세부 공종별 쟁점 공사의 계약 내역은 [표 1]과 같다.

6) 처분청은 이 사건 부과처분을 하면서 쟁점 부가가치세에 대하여 과세한 사실을 확인하고, 2023. 1. 2. 쟁점 건물의 취득세 과세표준에서 쟁점 부가가치세 금액을 차감하여 취득세 등 계 167,210원을 감액ㆍ경정하였다.

7) 이 사건 심사청구서에 따르면 쟁점 건물의 사용승인일(2020. 5. 7.) 기준 쟁점 비용의 세부 내역은 [표 2]와 같다.

다. 관계 법령
이 사건과 관계되는 법령은 구 ｢지방세법｣(2021. 12. 28. 법률 제18655호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제10조 제5항 등 [별지] 기재와 같다.

라. 판단
구 ｢지방세법｣ 제10조 제5항 제3호에 따르면 법인장부로 취득가격이 증명되는 취득은 사실상의 취득가격을 과세표준으로 하도록 되어 있다.
구 ｢지방세법 시행령｣(2021. 12. 31. 대통령령 제32293호로 개정되기 전의 것) 제18조 제1항에 따르면 취득세 과세표준에 포함되는 취득가격은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 간접비용의 합계액으로 하도록 되어 있다.
구 ｢지방세법 시행령｣ 제20조 제6항에 따르면 건축물을 건축 또는 개수하여 취득하는 경우에는 사용승인서를 내주는 날과 사실상의 사용일 중 빠른 날을 취득일로 보도록 되어 있다.

위 관계 법령 및 인정사실 등에 비추어 이 사건 부과처분이 부당한지 살펴보면,

① 청구인은 쟁점 건물의 사용승인일(2020. 5. 7.)까지 쟁점 공사를 완료하지 못하였으므로 사용승인일까지 공사가 완료된 부분의 기성고 금액만 쟁점 건물의 취득세 과세표준에 포함되고, 사용승인일 이후 공사가 진행된 부분의 기성고 금액은 취득세 과세표준에서 제외하여야 한다고 주장하나, 쟁점 공사 계약서(변경 계약서 포함)에 따르면 사용승인일 이전에 공종별 공사가 완료되는 것으로 되어 있으므로 쟁점 비용은 사용승인일을 기준으로 쟁점 건물을 취득하기 위하여 지급하여야 할 직접비용에 해당하는 점,

② 청구인은 쟁점 비용이 사용승인일 이후 지급되고 이행(하자)보증보험증권 등의 담보기간 개시일이 사용승인일 이후인 것을 근거로 쟁점 공사가 사용승인일 이후에도 진행되었다고 주장하나, 쟁점 비용이 사용승인일 이후 진행된 공사에 대한 것임을 확인할 수 있는 객관적인 증빙을 제시하지 않았고, 공사대금이 항상 공정비율과 비례하여 지급되는 것은 아니며,4) 공사 완료일을 이행(하자)보증보험증권 등의 담보기간 개시일로 일반화할 수도 없는 점,

③ 처분청은 이 사건 심사청구를 접수한 이후 쟁점 건물의 취득세 과세표준에서 쟁점 부가가치세를 차감하여 취득세 등을 감액ㆍ경정한 점 등을 종합적으로 고려할 때 이 사건 부과처분은 부당하다고 할 수 없다.
——————————————————4) 대법원 2013. 9. 12. 선고 2013두 7681 판결
——————————————————

5. 결론
그렇다면 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 ｢감사원법｣ 제46조
제2항에 따라 주문과 같이 결정한다.